View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9489_low_5 (Length: 440)

Name: NF9489_low_5
Description: NF9489
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9489_low_5
NF9489_low_5
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (28-422)||(2593125-2593519)
chr5 (157-360)||(28832871-28833074)
chr5 (167-353)||(31401071-31401257)
chr5 (188-353)||(25451871-25452036)
chr5 (167-360)||(28806794-28806987)
chr5 (167-360)||(43592943-43593136)
chr5 (167-360)||(43625737-43625930)
chr5 (255-360)||(33768949-33769054)
chr5 (167-352)||(37560673-37560858)
chr5 (188-357)||(40222136-40222305)
chr5 (167-360)||(27445655-27445848)
chr5 (166-230)||(25785375-25785439)
chr5 (168-351)||(19589116-19589303)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (167-360)||(33037005-33037198)
chr8 (167-360)||(18869742-18869935)
chr8 (167-360)||(26297205-26297398)
chr8 (167-360)||(26310462-26310655)
chr8 (173-360)||(19751607-19751794)
chr8 (157-360)||(26402397-26402600)
chr8 (188-353)||(28332009-28332174)
chr8 (167-360)||(35741211-35741404)
chr8 (173-352)||(10688344-10688523)
chr8 (237-352)||(33494364-33494479)
chr8 (188-353)||(4813128-4813293)
chr8 (188-353)||(16753162-16753327)
chr8 (256-360)||(34586886-34586990)
chr8 (281-353)||(590191-590263)
chr8 (281-353)||(25684021-25684093)
chr8 (188-353)||(28894878-28895043)
chr8 (305-357)||(14602402-14602454)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (167-360)||(18409488-18409681)
chr7 (188-360)||(24275950-24276122)
chr7 (173-360)||(21983961-21984148)
chr7 (167-360)||(20000423-20000616)
chr7 (167-360)||(12397581-12397774)
chr7 (167-360)||(21640512-21640705)
chr7 (157-360)||(9189218-9189421)
chr7 (188-353)||(3320690-3320855)
chr7 (167-360)||(16880749-16880942)
chr7 (167-360)||(24265395-24265588)
chr7 (188-353)||(25404771-25404936)
chr7 (188-353)||(7074165-7074330)
chr7 (188-245)||(30246475-30246532)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (167-360)||(1306693-1306886)
chr3 (157-360)||(6793938-6794141)
chr3 (167-360)||(22172380-22172573)
chr3 (157-360)||(3327560-3327763)
chr3 (157-375)||(4386205-4386423)
chr3 (167-360)||(8512916-8513109)
chr3 (188-357)||(10094708-10094877)
chr3 (188-357)||(10201594-10201763)
chr3 (167-360)||(32476162-32476355)
chr3 (167-360)||(2676292-2676485)
chr3 (188-353)||(47878791-47878956)
chr3 (188-353)||(54192622-54192787)
chr3 (188-352)||(10901124-10901288)
chr3 (157-230)||(37466975-37467048)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (157-351)||(47102061-47102255)
chr1 (167-376)||(47703092-47703299)
chr1 (188-353)||(9525842-9526007)
chr1 (167-352)||(19360638-19360823)
chr1 (255-360)||(41391362-41391467)
chr1 (166-230)||(4650777-4650841)
chr1 (308-352)||(13599206-13599250)
chr1 (173-230)||(13599118-13599175)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (173-360)||(16628064-16628251)
chr4 (167-360)||(18856398-18856591)
chr4 (167-360)||(9228404-9228597)
chr4 (173-360)||(3778266-3778453)
chr4 (257-360)||(6742608-6742711)
chr4 (173-347)||(5143961-5144135)
chr4 (278-360)||(3792205-3792287)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (173-360)||(39483594-39483781)
chr2 (167-360)||(19345099-19345292)
chr2 (188-353)||(22713136-22713301)
chr2 (188-348)||(31056801-31056961)
chr2 (188-353)||(2740319-2740484)
chr2 (188-353)||(39686361-39686526)
chr2 (188-353)||(30478391-30478556)
chr2 (281-353)||(20050757-20050829)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (167-360)||(1457-1650)
[»] scaffold0197 (2 HSPs)
scaffold0197 (167-360)||(13502-13695)
scaffold0197 (167-360)||(18381-18574)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (157-351)||(24435154-24435348)
chr6 (188-353)||(13882853-13883018)
chr6 (188-353)||(31249353-31249518)
chr6 (255-360)||(33335148-33335253)
chr6 (188-353)||(35201965-35202130)
chr6 (167-360)||(14741643-14741837)
[»] scaffold1764 (1 HSPs)
scaffold1764 (188-353)||(833-998)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (157-230)||(32852-32925)
[»] scaffold0006 (4 HSPs)
scaffold0006 (308-352)||(6491-6535)
scaffold0006 (308-352)||(7003-7047)
scaffold0006 (173-230)||(6403-6460)
scaffold0006 (174-230)||(6916-6972)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 422
Target Start/End: Original strand, 2593125 - 2593519
Alignment:
Q  28 aggtaagagagcagagaaaatgagtaatacaaatatattacaagaaattatatccaaaagctctcaaagaacattctctcatttctactcatttatcatc 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2593125 aggtaagagagcagagaaaatgagtgatacaaatatattacaagaaattatatccaaaagctctcaaagaacattctctcatttctactcatttatcatc 2593224  T
Q  128 cctggtttgttgttttctccatccaggagttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaaca 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||    
T  2593225 cctggtttgttgttttctccatccacgagttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagaaatgatttagtgaaca 2593324  T
Q  228 catttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggt 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2593325 catttgttggattgtctttcgaaacatgtttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggt 2593424  T
Q  328 cctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtggacgatactttggctagtacaatgcgtcttcagtatctttgagtgtgattcctaactcacca 422  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2593425 cctctcatggtacacttgttgatttgtcaagtggacggtactttggctagtacaatgcgtcttcagtatctttgaatgtgattcctaactcacca 2593519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 157 - 360
Target Start/End: Original strand, 28832871 - 28833074
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatct 256  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||  |   |||| |||| |||  |  ||    
T  28832871 ttactcttcaacaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaatgaattggtaaacacatccgccagattctcttccgatgccact 28832970  T
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtca 356  Q
    ||||| || ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  28832971 ttttccaccacaatctcttttgattcaatcatgtctcgaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattcgcca 28833070  T
Q  357 agtg 360  Q
    ||||    
T  28833071 agtg 28833074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 31401257 - 31401071
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  31401257 acaaaattgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattttcctccgatgccactttctcaacca 31401158  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31401157 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttg 31401071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 25452036 - 25451871
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  25452036 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 25451937  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  25451936 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 25451871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 28806987 - 28806794
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||||||||| |    
T  28806987 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttttcaacca 28806888  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    | || || |||| |||||||| ||| | |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28806887 cgatctctttggtttcaatcatgtcactgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 28806794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 43592943 - 43593136
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  43592943 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 43593042  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43593043 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcgatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 43593136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 43625737 - 43625930
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  43625737 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 43625836  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43625837 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcgatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 43625930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 255 - 360
Target Start/End: Original strand, 33768949 - 33769054
Alignment:
Q  255 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 354  Q
    |||| ||||| ||||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  33768949 ctttctcaaccacaatctcttttgtttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 33769048  T
Q  355 caagtg 360  Q
    ||||||    
T  33769049 caagtg 33769054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37560858 - 37560673
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  37560858 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 37560759  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 352  Q
    |||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  37560758 caatctcttttgtttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgattt 37560673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 40222305 - 40222136
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||| |||| ||   |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  40222305 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattttcttccgttgccactttctccaccatgatctcctttgtctcaatca 40222206  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaa 357  Q
     ||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||    
T  40222205 tgtctctgacgaaatgcaaacgaatgtcaatgtgttttgttctttcatgatatacctgatgatttgtcaa 40222136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 27445655 - 27445848
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||| ||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  27445655 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggggaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 27445754  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  27445755 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcgatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgaattgccaagtg 27445848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 166 - 230
Target Start/End: Original strand, 25785375 - 25785439
Alignment:
Q  166 aacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacat 230  Q
    |||||| |||||||| ||||| || || ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  25785375 aacaaatttgatcaagtcaaaacattgattgaaccttgatctaggtaatgatttggtgaatacat 25785439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 168 - 351
Target Start/End: Original strand, 19589116 - 19589303
Alignment:
Q  168 caaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaaca-- 265  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||  |  ||||| |||||| |  |  ||||||| ||       
T  19589116 caaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggaaatgacttggtaaacacatccgccggattctctttcaatgccactttttccacgca 19589215  T
Q  266 --acaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatt 351  Q
      ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || ||  |||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  19589216 ccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagtgaatgtcaatgtgcttagtcccctcatgatacacttgatgatt 19589303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 33037198 - 33037005
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  |||||||||| |    
T  33037198 acaaatttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggtaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccactttttcaacca 33037099  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33037098 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 33037005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 18869935 - 18869742
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  18869935 acaaatttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggtaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 18869836  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18869835 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 18869742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 26297205 - 26297398
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  |||| ||||| |    
T  26297205 acaaacttgatcaagtccaagcaatgtttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccactttctcaacca 26297304  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26297305 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 26297398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 26310462 - 26310655
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  |||| ||||| |    
T  26310462 acaaacttgatcaagtccaagcaatgtttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccactttctcaacca 26310561  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26310562 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 26310655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 173 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 19751794 - 19751607
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaattt 272  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||  |  ||||| |||| |||  |  ||||||| || | ||| |    
T  19751794 ttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacacatccgccggattctcttccgatgccactttttccaccataatct 19751695  T
Q  273 ccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |  | |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19751694 ctcttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtgctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 19751607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 157 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 26402600 - 26402397
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatct 256  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || || |||| |||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||  |   |||| ||||||||  |  ||    
T  26402600 ttactcttcaacaaacttgatcaagtccaagcaatacttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacatccgccagattctctttcgatgccact 26402501  T
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtca 356  Q
    ||||| || |||||| | || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| | ||    
T  26402500 ttttccaccacaattacttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacatttgatgattcgcca 26402401  T
Q  357 agtg 360  Q
    ||||    
T  26402400 agtg 26402397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 28332174 - 28332009
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  28332174 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 28332075  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28332074 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacctgatgatttg 28332009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 35741211 - 35741404
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  35741211 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 35741310  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35741311 caatctcttttgtttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 35741404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 10688523 - 10688344
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaattt 272  Q
    |||||||| || || ||||||||||| |||||| || ||| ||| |||||||||||||  |||||||| || | |||  |  |||||| ||| ||||| |    
T  10688523 ttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatttaggtaatgacttggtgaacacatccgttggattctcctccgatgccacttttttaaccacaatct 10688424  T
Q  273 ccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 352  Q
    | || |||||||||| |||||  ||||| || |  | ||| || ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||    
T  10688423 cttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcagtctaatgtctatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgattt 10688344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 237 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 33494479 - 33494364
Alignment:
Q  237 gattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatg 336  Q
    |||| ||||| ||| || |||||||| | |||||||| || || ||||||| |||||  | ||| || |||||||| |||||||| || ||||||| |||    
T  33494479 gattctcttttgaagcaactttttcagccacaatttcttttgactcaatcatgtctctaataaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctctaatg 33494380  T
Q  337 atacacttgatgattt 352  Q
    ||||||||||||||||    
T  33494379 atacacttgatgattt 33494364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Original strand, 4813128 - 4813293
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  4813128 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 4813227  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  4813228 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 4813293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Original strand, 16753162 - 16753327
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  16753162 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 16753261  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  16753262 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 16753327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 256 - 360
Target Start/End: Original strand, 34586886 - 34586990
Alignment:
Q  256 tttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtc 355  Q
    |||||| || ||||| || || |||||||||| |||||  | ||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |    
T  34586886 tttttccaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaataaagtgcaagcgaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgattcgcc 34586985  T
Q  356 aagtg 360  Q
    |||||    
T  34586986 aagtg 34586990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 281 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 590263 - 590191
Alignment:
Q  281 tcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
    ||||||| ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  590263 tcaatcatgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 590191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 281 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 25684093 - 25684021
Alignment:
Q  281 tcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
    ||||||| ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25684093 tcaatcatgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 25684021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 28895043 - 28894878
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  28895043 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 28894944  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
      |||  ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  28894943 tatctttgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 28894878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 305 - 357
Target Start/End: Original strand, 14602402 - 14602454
Alignment:
Q  305 aaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaa 357  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  14602402 aaacgaatgtcaatgtatttcgtcctttcatgatacatttaatgatttgtcaa 14602454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 18409488 - 18409681
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | | | | |||||||||||||| |  ||||| |||| |||  |  | |||||||| |    
T  18409488 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaataacttggtgaacacattcgccggattctcttccgatgccaccttttcaacca 18409587  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| ||||| |||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18409588 caatctcttttgattcaatcatgtctctgacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 18409681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 188 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 24276122 - 24275950
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||  || ||||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  24276122 caatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacacatccgtcggattctcttccgatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 24276023  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24276022 tgtctcttacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtcctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 24275950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 173 - 360
Target Start/End: Original strand, 21983961 - 21984148
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaattt 272  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||||| || |||||| |||| |||  |   |||||| || || || |    
T  21983961 ttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacatctgctggattctcttccgatgccattttttccaccacgatct 21984060  T
Q  273 ccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    | || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  21984061 cttttgattcaatcatgtctcttacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 21984148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 20000423 - 20000616
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  | |||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  20000423 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgctggattctcctccgatgccactttctcaacca 20000522  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || | |||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20000523 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcagacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 20000616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 12397581 - 12397774
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  12397581 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 12397680  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12397681 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 12397774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 21640512 - 21640705
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  21640512 acaaatttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 21640611  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21640612 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 21640705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 9189421 - 9189218
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatct 256  Q
    |||||||  |||||| |||||||| |  || ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||  |   |||| |||| |||  |  ||    
T  9189421 ttactcttcaacaaacttgatcaagttcaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacatccgccagattctcttccgatgccact 9189322  T
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtca 356  Q
    ||||| || | ||| ||  | |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9189321 ttttccaccataatctctctcgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgcca 9189222  T
Q  357 agtg 360  Q
    ||||    
T  9189221 agtg 9189218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Original strand, 3320690 - 3320855
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  3320690 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 3320789  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3320790 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttg 3320855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 16880749 - 16880942
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  16880749 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 16880848  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16880849 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 16880942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 24265588 - 24265395
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  24265588 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 24265489  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24265488 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 24265395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 25404936 - 25404771
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  25404936 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 25404837  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  25404836 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 25404771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 7074330 - 7074165
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    |||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  7074330 caatgcttgaactttgctcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 7074231  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| | |||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  7074230 tgtctcggacgaagtgcaaacgaatgtaaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 7074165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 30246532 - 30246475
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctt 245  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||||||||    
T  30246532 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtctt 30246475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 1306693 - 1306886
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  | |||||||| |    
T  1306693 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccaccttttcaacca 1306792  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1306793 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 1306886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 157 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 6794141 - 6793938
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatct 256  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||| |  ||||| |||| |||  |  ||    
T  6794141 ttactcttcaacaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacattcgccggattctcttccgatgccact 6794042  T
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtca 356  Q
    ||||| || ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  6794041 ttttccaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacactttatgattcgcca 6793942  T
Q  357 agtg 360  Q
    ||||    
T  6793941 agtg 6793938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 22172573 - 22172380
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||||||||| |    
T  22172573 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttttcaacca 22172474  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22172473 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 22172380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 3327763 - 3327560
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatct 256  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| ||| | | ||||| |||||||  |  ||||| |||| |||  |  ||    
T  3327763 ttactcttcaacaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggtaattacttggttaacacatccgccggattctcttccgatgccact 3327664  T
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtca 356  Q
    ||||| || ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || ||   ||| | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3327663 ttttctaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagaaaatgtgaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgatttgcca 3327564  T
Q  357 agtg 360  Q
    ||||    
T  3327563 agtg 3327560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 157 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 4386423 - 4386205
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatct 256  Q
    |||||||  ||||||||||| ||| || || |||| |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||  |   |||| ||||||||  || ||    
T  4386423 ttactcttcaacaaaattgaccaagtccaagcaattcttgaaccttgatctaggtaatgacttagtgaacacatccgccagattctctttcgatgcaact 4386324  T
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtca 356  Q
    || || || ||||| || || |||||||||| ||||   ||||| || || ||||| |||||| | ||  |||||| |||||||||||||||||| | ||    
T  4386323 ttctccaccacaatctctttcgattcaatcatgtctttcacaaagtgcaagcgaatgtcaatgggctttatcctctaatgatacacttgatgattcgcca 4386224  T
Q  357 agtggacgatactttggct 375  Q
    |||||| |  |||||||||    
T  4386223 agtggatggcactttggct 4386205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 8512916 - 8513109
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  8512916 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 8513015  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8513016 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 8513109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 357
Target Start/End: Original strand, 10094708 - 10094877
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  10094708 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 10094807  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaa 357  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  10094808 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttgtcaa 10094877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 357
Target Start/End: Original strand, 10201594 - 10201763
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  10201594 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 10201693  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaa 357  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  10201694 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttgtcaa 10201763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 32476162 - 32476355
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  32476162 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 32476261  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32476262 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 32476355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 2676485 - 2676292
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  2676485 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 2676386  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || | |||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2676385 caatctcttttgtttcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 2676292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Original strand, 47878791 - 47878956
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  47878791 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 47878890  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     |||||  || || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  47878891 tgtctcttacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 47878956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 54192787 - 54192622
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || |  |  || ||||| |  |||||||    
T  54192787 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctatcatgatctcctttgtctcaatca 54192688  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  54192687 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 54192622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 10901288 - 10901124
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||| |||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  10901288 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattttcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 10901189  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 352  Q
     ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||    
T  10901188 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgattt 10901124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 230
Target Start/End: Original strand, 37466975 - 37467048
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacat 230  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||  ||| ||| ||||| |||||||    
T  37466975 ttactcttcaacaaatttgatcaagtccaaacaatgcttgaaccttgatctcggtaatgacttggtaaacacat 37467048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 157 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 47102255 - 47102061
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatct 256  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| |||||||| |   |||| |||| |||  |  ||    
T  47102255 ttactcttcaacaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacattcgcctgattctcttccgatgccact 47102156  T
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatt 351  Q
    ||||| || ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  47102155 ttttccaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgtaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatt 47102061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 167 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 47703299 - 47703092
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || |||||||||||||||||| || | | ||| ||||| |||||||  |  ||||| |||| |||  |  ||||||| || |    
T  47703299 acaaacttgatcaagtccaaacaatgcttgaaccttgatttaggcaatgacttggtaaacacatccgccggattctcttccgatgc--ctttttccacca 47703202  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtggacgat 366  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||     
T  47703201 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgattcgccaagtgaatgac 47703102  T
Q  367 actttggcta 376  Q
    ||||||||||    
T  47703101 actttggcta 47703092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 9526007 - 9525842
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  9526007 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 9525908  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9525907 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttg 9525842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 167 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 19360823 - 19360638
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||| ||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  19360823 acaaacttgatcaagtccaagcaatgattgaaacttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattatcatccgatgccactttatcaacca 19360724  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 352  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || ||  |||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  19360723 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagggaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacgtgatgattt 19360638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 255 - 360
Target Start/End: Original strand, 41391362 - 41391467
Alignment:
Q  255 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 354  Q
    |||| ||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  41391362 ctttctcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 41391461  T
Q  355 caagtg 360  Q
    ||||||    
T  41391462 caagtg 41391467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 230
Target Start/End: Original strand, 4650777 - 4650841
Alignment:
Q  166 aacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacat 230  Q
    ||||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||    
T  4650777 aacaaaattgatcaagtccaaacaatgtttgaaccttgatctaagcaatgatttgatgaacacat 4650841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 308 - 352
Target Start/End: Original strand, 13599206 - 13599250
Alignment:
Q  308 cgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 352  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  13599206 cgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattt 13599250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 230
Target Start/End: Original strand, 13599118 - 13599175
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacat 230  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||    
T  13599118 ttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaagcaatgacttggtaaacacat 13599175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 173 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 16628251 - 16628064
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaattt 272  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||  |   |||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| |    
T  16628251 ttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacacatccgccagattctcttccgatgccactttttccaccacaatat 16628152  T
Q  273 ccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    | || |||||||||| |||||  ||||| || ||  |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16628151 cttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagtgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgatttgccaagtg 16628064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 18856398 - 18856591
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | ||| ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  18856398 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggtaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 18856497  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || | |||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18856498 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcagacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 18856591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 9228597 - 9228404
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  9228597 acaaatttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacta 9228498  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9228497 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 9228404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 173 - 360
Target Start/End: Original strand, 3778266 - 3778453
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaattt 272  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||| | | ||||| |||||||  |  ||||| |||| |||  |  ||||||| || ||||| |    
T  3778266 ttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggtaatcacttggtaaacacatccgccggattatcttccgatgccactttttccaccacaatct 3778365  T
Q  273 ccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    | || ||||||||||  ||||  ||||| || || ||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3778366 cttttgattcaatcatatctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgcgctttgtcctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 3778453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 257 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 6742711 - 6742608
Alignment:
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtca 356  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  6742711 ttttcaaccacaatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgattcgcca 6742612  T
Q  357 agtg 360  Q
    ||||    
T  6742611 agtg 6742608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 347
Target Start/End: Original strand, 5143961 - 5144135
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaattt 272  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||  || ||||| ||||||||  |  | ||| | || || || |    
T  5143961 ttgatcaatttcaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaatgatttggtaaacacatccgtcggattctctttcgatgccacctttaccaccacgatat 5144060  T
Q  273 ccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgat 347  Q
    | || |||| || || ||||| |||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  5144061 cttttgatttaaccatgtctctgacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgat 5144135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 278 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 3792287 - 3792205
Alignment:
Q  278 gattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||||||||| |||||  ||||| || || | ||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3792287 gattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcaaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 3792205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 173 - 360
Target Start/End: Original strand, 39483594 - 39483781
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaattt 272  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  ||||| |||| |||  |  | |||||||| ||||| |    
T  39483594 ttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcttccgatgccaccttttcaaccacaatct 39483693  T
Q  273 ccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    | || |||||||||| |||||  ||||| || || ||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  39483694 cttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaagcgaatgtcaatgtgcttagttctctcatgatacacttgatgattcgccaagtg 39483781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Original strand, 19345099 - 19345292
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  19345099 acaaacttgatcaagtccaaacaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 19345198  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19345199 caatctcttttgtttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 19345292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Original strand, 22713136 - 22713301
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  22713136 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 22713235  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     |||||  || || || |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||    
T  22713236 tgtctcttacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgtcctttcatgatatacctgatgatttg 22713301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 348
Target Start/End: Original strand, 31056801 - 31056961
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||| ||||| ||||||| ||  ||||| |||| | |  |  ||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  31056801 caatgcttgaaccttgatctaggcaatgacttggtaaacacatatgccggattctcttccaatgccactttttccaccacaatctcttttgattcaatca 31056900  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatg 348  Q
     |||||  ||||| || || ||||| |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||    
T  31056901 tgtctctaacaaagtggaagcgaatgtcaatgtgcttaatcctttcatgatacacttgatg 31056961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 2740484 - 2740319
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    |||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  2740484 caatgcttgaactttgctcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 2740385  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  2740384 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatggtttg 2740319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 39686526 - 39686361
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  |  ||||| |  |||||||    
T  39686526 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgagctccttagtctcaatca 39686427  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  39686426 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 39686361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 30478556 - 30478391
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||| |||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  30478556 caatgcttgaaccgtgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattttcttccgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 30478457  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     |||||  || || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  30478456 tgtctcttacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 30478391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 281 - 353
Target Start/End: Original strand, 20050757 - 20050829
Alignment:
Q  281 tcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
    ||||||| ||||| ||| || || |||||||| ||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||    
T  20050757 tcaatcatgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgttttgttctttcatgatatacctgatgatttg 20050829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 1650 - 1457
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||||||||| |    
T  1650 acaaaattgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttttcaacca 1551  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    | || || || | |||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1550 cgatctcttttgcttcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 1457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 13695 - 13502
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  13695 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 13596  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13595 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 13502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 18574 - 18381
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||| | | | ||| |||||||||||||  |  ||||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  18574 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatcgaggcaatgacttggtgaacacatccgccggattctcctccgatgccactttctcaacca 18475  T
Q  267 caatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || |||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18474 caatctcttttgattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 18381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000007; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 157 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 24435348 - 24435154
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatct 256  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||| ||  |  ||| | |||| |||  |  ||    
T  24435348 ttactcttcaacaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacatatccgccggactttcttccgatgccact 24435249  T
Q  257 ttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatt 351  Q
    ||||| || ||||| || || |||||||||| || ||   |||| | ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  24435248 ttttccaccacaatctcttttgattcaatcatgtttctatcaaagttaaagcgaatgtcaatgtgcttagtcctctcatgatgcacttgatgatt 24435154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 13883018 - 13882853
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  13883018 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 13882919  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  13882918 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 13882853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Original strand, 31249353 - 31249518
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  31249353 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 31249452  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  31249453 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 31249518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 255 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 33335253 - 33335148
Alignment:
Q  255 ctttttcaacaacaatttccttggattcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgt 354  Q
    |||| ||||| ||||| || || | |||||||| ||||| |||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  33335253 ctttctcaaccacaatctcttttgcttcaatcatgtctctgacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgc 33335154  T
Q  355 caagtg 360  Q
    ||||||    
T  33335153 caagtg 33335148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Original strand, 35201965 - 35202130
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||  | || ||||||||||| |||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  35201965 caatgcttgaatcttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttccgatgccactttctctaccatgatctccttagtctcaatca 35202064  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  35202065 tgtctctgacgaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacctgatgatttg 35202130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 167 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 14741837 - 14741643
Alignment:
Q  167 acaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaa 266  Q
    ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||||||||  |  | ||| || | |||  |  |||| ||||| |    
T  14741837 acaaacttgatcaagtccaagcaatgcttgaatcttgatctaggcaatgacttggtgaacacatccgccgaattatcctccgatgccactttctcaacca 14741738  T
Q  267 caatttccttgg-attcaatcaagtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttgtcaagtg 360  Q
    |||| || || | ||||||||| |||||  ||||| || |  ||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14741737 caatctcttttgtattcaatcatgtctctaacaaagtgcaggcgaatgtcaatgtgctttgtcctttcatgatacacttgatgatttgccaagtg 14741643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1764 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold1764
Description:

Target: scaffold1764; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 998 - 833
Alignment:
Q  188 caatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacatttgttggattgtctttcgaaacatctttttcaacaacaatttccttggattcaatca 287  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||  | || |||||||||||  ||  |  |||| || || |  || ||||| |  |||||||    
T  998 caatgcttgaaccttgatcttggtaatgatttggtgaacatgtctgctggattgtcttctgatgccactttctctaccatgatctcctttgtctcaatca 899  T
Q  288 agtctcagacaaaatgaaaacgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgatttg 353  Q
     ||||| ||| || || |||||||| |||||||| || || || |||||||| |||||||||||||    
T  898 tgtctctgactaagtgcaaacgaatgtcaatgtgctttgttctttcatgatatacttgatgatttg 833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 230
Target Start/End: Original strand, 32852 - 32925
Alignment:
Q  157 ttactctctaacaaaattgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacat 230  Q
    |||||||  |||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||||    
T  32852 ttactcttcaacaaacttgatcaagtctaagcaatgcttgaaccttgatctaggtaatgacttggtaaacacat 32925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 4)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 308 - 352
Target Start/End: Original strand, 6491 - 6535
Alignment:
Q  308 cgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 352  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  6491 cgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattt 6535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 308 - 352
Target Start/End: Original strand, 7003 - 7047
Alignment:
Q  308 cgaatatcaatgtgtttggtcctctcatgatacacttgatgattt 352  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  7003 cgaatgtcaatgtgctttgtcctctcatgatacacttgatgattt 7047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 230
Target Start/End: Original strand, 6403 - 6460
Alignment:
Q  173 ttgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacat 230  Q
    |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||    
T  6403 ttgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaagcaatgacttggtaaacacat 6460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 174 - 230
Target Start/End: Original strand, 6916 - 6972
Alignment:
Q  174 tgatcaattcaaatcaatgcttgaaccttgatctaagtagtgatttggtgaacacat 230  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||    
T  6916 tgatcaagtccaagcaatgcttgaaccttgatctaagcaatgacttggtaaacacat 6972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University