View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9495_2 (Length: 528)

Name: NF9495_2
Description: NF9495
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9495_2
NF9495_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-433)||(8523046-8523459)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-437)||(12248396-12248813)
chr2 (43-437)||(11994139-11994533)
chr2 (106-410)||(32681739-32682043)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (32-424)||(42128832-42129224)
chr5 (32-424)||(42117711-42118102)
chr5 (36-399)||(34232558-34232924)
chr5 (178-410)||(34240443-34240675)
chr5 (22-410)||(42123461-42123849)
chr5 (20-412)||(41713297-41713693)
chr5 (20-89)||(41571759-41571828)
chr5 (222-376)||(41571961-41572115)
chr5 (222-376)||(41617600-41617754)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (33-410)||(11118106-11118483)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (22-410)||(25522773-25523161)
chr6 (22-410)||(24140793-24141180)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 20 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 8523459 - 8523046
Alignment:
Q  20 atcatcccttgtagttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctat 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  8523459 atcataccttgaagttttggatctacaaatgaacaaatttcatggaactttgccaagtaacttttcaaaagaaagtgaacttgagactctgaatctctat 8523360  T
Q  120 cacaaccaattagaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctc 219  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||||||    
T  8523359 ggcaaccaattagaaggtcatattcctaaatccttgtctctctgtaaagggttgatgtttttaaaccttggcaacaacataatagaagacaattttcctc 8523260  T
Q  220 attggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccaga 319  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8523259 attggcttgaaacactgcattatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccaga 8523160  T
Q  320 tttaactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8523159 tttaactatttttgatatctcaaacaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttactgagttggaa 8523060  T
Q  420 tacataaggaatag 433  Q
    ||||| ||||||||    
T  8523059 tacatgaggaatag 8523046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 20 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 12248813 - 12248396
Alignment:
Q  20 atcatcccttgtagttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctat 119  Q
    ||||||||||  ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||| ||||||||||||| |||    
T  12248813 atcatcccttcaagttttgaatctacaaatgaacaaatttcatggcactttgccaagtaacttctcaaagatgagtgcacttgagactctgaatctttat 12248714  T
Q  120 cacaaccaattagaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctc 219  Q
      ||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||     
T  12248713 ggcaaccaattagaaggccatattcctagatccttgtctctctgtaaagggttgaagtttctaaacctcggcagcaacaaaatagaagacgagtttcctg 12248614  T
Q  220 attggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccaga 319  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||      
T  12248613 attggcttcaaacactgcaagatttgaaagttttgctgctgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatctaaatacaaagcatccatttccaag 12248514  T
Q  320 tttaactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || | |    
T  12248513 tttaactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtccgctaccaaatgcctattttgaaaagtttgaagccatgaagaatgttgctgaattggta 12248414  T
Q  420 tacataaggaatagtata 437  Q
    ||||| | ||||| ||||    
T  12248413 tacatgacgaataatata 12248396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 43 - 437
Target Start/End: Original strand, 11994139 - 11994533
Alignment:
Q  43 tacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctatcacaaccaattagaaggtcatat 142  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  11994139 tacaaatgaacacatgtcatggcactttgccaagtaacttctcaaaggagagtgcacttgagactctgaatctctatggcaaccaattagaaggccatat 11994238  T
Q  143 tcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcattggcttcaaacactgcaatat 242  Q
    ||||| |||| |  |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  11994239 tcctagatccttaactctctgtaaagggttgaagtttctaaacctcggcagcaacaaaatagaagacgagtttcctgattggcttcaaacactgcaagat 11994338  T
Q  243 ttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatttaactatttttgatatctcag 342  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  11994339 ttgaaagttttgctgctgcgagacaataagttgcatgatatcattgttaatctaaatacaaagcatccatttccaagtttaactatttttgatatctaag 11994438  T
Q  343 gcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaatacataaggaatagtata 437  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || | |||||| ||||||| ||||    
T  11994439 gcaataactttagtggtccgctaccaaatgcctattttgaaaagtttgaagccatgaagaatgttgctgaattggtatacatgaggaataatata 11994533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 106 - 410
Target Start/End: Original strand, 32681739 - 32682043
Alignment:
Q  106 ctctgaatctctatcacaaccaattagaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaataga 205  Q
    ||||||| ||||||  |||||| || ||||| ||| |||| |||||| || ||   ||||||  |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  32681739 ctctgaacctctatggcaaccacttggaaggccattttccgaaatccttgtctggctgtaaaaagttggagtttctaaacctcggaagcaacaaaataga 32681838  T
Q  206 tgacaaatttcctcattggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaag 305  Q
     ||||| || ||  |||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||  |||||| |||  ||||| | |     
T  32681839 cgacaatttcccatattggcttcatacaatgcaagatttgaaagtattggttttgcgtgacaacaagttgcatggtcccattgtcaatttaaagaacgaa 32681938  T
Q  306 catccatttccagatttaactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatg 405  Q
    |||| ||||||    ||||  |||||||||||||| || || ||||| ||||||  | || ||||| | ||||| ||    ||||||||||||| |||||    
T  32681939 catctatttcctagcttaatcatttttgatatctctggaaacaacttcagtggttttatatcaaaagcttatttaaatttttttgaagccatgaagaatg 32682038  T
Q  406 ttact 410  Q
    |||||    
T  32682039 ttact 32682043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 32 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 42129224 - 42128832
Alignment:
Q  32 agttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctatcacaaccaatta 131  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| || |  |||  ||||||||||| |||||| ||  |||| |||||    
T  42129224 agttttggatttgcaaatgaatagattttatggaactttgccaagtaacttttcagagtactgtgagcttcagactctaaatctccatggcaacaaatta 42129125  T
Q  132 gaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcattggcttcaaa 231  Q
    ||||||||| |||| |||||| || |||| |||| |  |||| ||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||    
T  42129124 gaaggtcattttccaaaatccttgtctctctgtacaaagttggagtttctaaacctcggaagcaacaacatagaagacaattttcctgattggcttcaaa 42129025  T
Q  232 cactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatttaactatttt 331  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  42129024 cactgcaatatttgaaagtgttggttttgcaagacaacaagttgcatggtatcattgctaatctaaagatcaagcatccatttccaagtttaattatttt 42128925  T
Q  332 tgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaatacat 424  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||    
T  42128924 tgatatctcaggcaataactttagcggtccgctaccaaaagcctattttaaaaagtttgaagccatgaagaatgttactcaattggaatacat 42128832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 32 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 42118102 - 42117711
Alignment:
Q  32 agttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctatcacaaccaatta 131  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||  ||||||||||| |||||| ||  ||||||||||    
T  42118102 agttttggatttgcaaatgaatagattttatggaactttgccaagtaacttttcagaggactgtgtgcttcagactctaaatctccatggcaaccaatta 42118003  T
Q  132 gaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcattggcttcaaa 231  Q
    |||||||| |||||||||||  |  ||| |||||||    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| | || | ||||||    ||||||||||    
T  42118002 gaaggtcagattcctaaatctttctctcattgtaaaaacctga-gtttttaaaccttggcagcaacaaaataaaagaaagatttcccgtctggcttcaaa 42117904  T
Q  232 cactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatttaactatttt 331  Q
    |||| ||||||||| |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  42117903 cactacaatatttgcaagtgttggttttacaagacaataagttgcatggtatcattcctaatccaaagatcaagcatccatttccaagtttaattatttt 42117804  T
Q  332 tgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttactgagtttgaatacat 424  Q
    | |||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||| | | ||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||    
T  42117803 ttatatctcaggaaataactttagctgtccgctaccaaaagcatttttaaaaaaatttgaagccatgaagaaagttactgaattggaatacat 42117711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 36 - 399
Target Start/End: Original strand, 34232558 - 34232924
Alignment:
Q  36 ttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctatcacaaccaattagaag 135  Q
    |||||| |||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||  |||| || |||||||||| ||  ||||||  ||||||    
T  34232558 ttggatctacaaatgaatagattttatggcgctttgccaagtaacttctcaaagtacagtgaccttcggagtctgaatctcaatggcaaccatatagaag 34232657  T
Q  136 gtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcattggcttcaaacact 235  Q
    ||||| | ||||||||  || | |  ||||||  | || ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||||  |    
T  34232658 gtcatttgcctaaatctttgtcccactgtaaaacgctggagtttctaaacctcggcagcaacaaaatagaagacaaatttcctgactggattcaaacttt 34232757  T
Q  236 gcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatttaactatttttgat 335  Q
    |||| ||||||||||| |  |||| ||||| |||||||||||||||  |||||  |||  |||||||||| ||||||||||   ||||  ||||||||||    
T  34232758 gcaagatttgaaagtgctagttttacgagataataagttgcatggtcacattgccaatttaaagatcaagaatccatttcccagtttagttatttttgat 34232857  T
Q  336 atctcaggcaataactttagtggtcctctacca---aaatcctatttcaaaaagtttgaagccatga 399  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||   |||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  34232858 atctcgggaaataactttagtggtccgctaccaccgaaagactatttcaaaaagtatgaagccatga 34232924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 178 - 410
Target Start/End: Original strand, 34240443 - 34240675
Alignment:
Q  178 ttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcattggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgca 277  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||| || ||||||||||||   ||||||||||| || ||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  34240443 ttctaaatcttcgcaacaacaaaatggaagacaaatttcctgtctggcttcaaactctccaatacttgaaagtgctggttttgcgagacaataagttgca 34240542  T
Q  278 tggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatttaactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctat 377  Q
    ||||  |||||  |||  |||||||| ||||||||||||   ||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  34240543 tggtcacattgccaatttaaagatcaggcatccatttcctagtttagttatttttgatatctcaagcaataactttactggtccgctaccaaaagcctat 34240642  T
Q  378 ttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttact 410  Q
    || ||| | ||||||||||||| ||| ||||||    
T  34240643 ttaaaatattttgaagccatgaagaaagttact 34240675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 42123849 - 42123461
Alignment:
Q  22 catcccttgtagttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctatca 121  Q
    ||||||||  ||||||| || |||||| |||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |  ||    ||   |||||||| |||||       
T  42123849 catcccttcaagttttgaatctacaaatgaacatgttttatggtactttgccaagtaacttttcaaagaactgtagtattgtcactctgaacctctacgg 42123750  T
Q  122 caaccaattagaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcat 221  Q
    |||||| |||||||| ||| |||| |||||| || |||  ||||||  |||  ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||| ||    
T  42123749 caaccagttagaaggccattttccaaaatccttgtctcgctgtaaagagttagagtttctaaacctcggtagcaacaaaatagaagacaattttcctgat 42123650  T
Q  222 tggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatt 321  Q
    ||| |||||||||| ||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||  ||| |  |||  ||||||  ||| || |||||||   |    
T  42123649 tggtttcaaacacttcaagatttgaaagtactggttttgcgagacaataagtttcatggtcccatcgccaatttaaagattgagcgtctatttccaagct 42123550  T
Q  322 taactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttact 410  Q
    |||  |||||||||||||| || ||||||||| |||||  |||||||||| ||||||  ||||| | ||||||||||| ||||| ||||    
T  42123549 taatcatttttgatatctctggaaataactttggtggttttctaccaaaagcctattcaaaaaattatgaagccatgaagaatgatact 42123461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 20 - 412
Target Start/End: Original strand, 41713297 - 41713693
Alignment:
Q  20 atcatcccttgtagttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctat 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||| |||||||||    
T  41713297 atcataccttgaagttttggatctacaaatgaacaaattttatggcactttgccaagtaacttttcaaaggacagtgagcttcatactctaaatctctat 41713396  T
Q  120 cacaaccaattagaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctc 219  Q
      |||| |||||||||| ||| | ||||| ||  || |    || |      ||||  ||||||| ||||||| ||| |||||||| | ||  ||||||     
T  41713397 ggcaacaaattagaaggccatttgcctaattctttgtccaactgcatggacctgaatgttctaaatcttggcaacaataaaatagaaggcagttttcctg 41713496  T
Q  220 attggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccattt-ccag 318  Q
    | ||||||| ||| |||    |||||||||||||| ||||| |  |||| ||||||||||||   |||   |||  ||||||||| ||||||||| ||||    
T  41713497 agtggcttccaactctgtctcatttgaaagtgttggttttgagtaacaacaagttgcatggtcctatttccaatttaaagatcaaacatccatttcccag 41713596  T
Q  319 at--ttaact-atttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttactga 412  Q
     |  |||| | ||| |||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||| ||||| | | || |||||| ||||||||||||    
T  41713597 tttattaattaattgttgatatctcgggcaatgacttcagtggtccgctaccaaaagcctatttaaaaaattatcaaaccatgaagaatgttactga 41713693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 20 - 89
Target Start/End: Original strand, 41571759 - 41571828
Alignment:
Q  20 atcatcccttgtagttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaag 89  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41571759 atcatcccttcaagttttggatttacaaatgaacaaattttatggcactttaccaagtaacttttcaaag 41571828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 376
Target Start/End: Original strand, 41571961 - 41572115
Alignment:
Q  222 tggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatt 321  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||  || |||||||||| ||||| ||| |||||   ||||    |  ||| |||||||||||||||||   ||    
T  41571961 tggcttcaaactatgcaatatttggaagtactggttttgcgagagaataatttgtatggtcctattgccggtgtaaatatcaagcatccatttcctagtt 41572060  T
Q  322 taactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatccta 376  Q
    ||| |||||||||||| |||  ||||||||| ||||| || ||||||||| ||||    
T  41572061 taattatttttgatatttcatccaataacttcagtggcccactaccaaaagccta 41572115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 222 - 376
Target Start/End: Original strand, 41617600 - 41617754
Alignment:
Q  222 tggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatt 321  Q
    |||||||||||  ||||||||||| ||||  || |||||||||| ||||| ||| |||||   ||||    |  ||| |||||||||||||||||   ||    
T  41617600 tggcttcaaactatgcaatatttggaagtactggttttgcgagagaataatttgtatggtcctattgccggtgtaaatatcaagcatccatttcctagtt 41617699  T
Q  322 taactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatccta 376  Q
    ||| |||||||||||| |||  ||||||||| ||||| || ||||||||| ||||    
T  41617700 taattatttttgatatttcatccaataacttcagtggcccactaccaaaagccta 41617754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 33 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 11118483 - 11118106
Alignment:
Q  33 gttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctatcacaaccaattag 132  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    ||  | ||||||| ||||||  |||||| ||||    
T  11118483 gttttgaatctacaaatgaacaaatttcatggcactttgcctagtaacttttcaaaggaaagtcgtattgtgtctctgaacctctatggcaaccagttag 11118384  T
Q  133 aaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcattggcttcaaac 232  Q
    |||| ||| |||| |||||| || |||  ||||||  ||||  |||||||||||| |||||||||| |||||| ||||  |||||| |||||||||||||    
T  11118383 aaggccattttccaaaatccttgtctcggtgtaaaaagttggcgtttctaaacctcggcagcaacagaatagaagacagttttcctgattggcttcaaac 11118284  T
Q  233 actgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatttaactattttt 332  Q
    | ||| | |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||  ||||||| |||||| |||||||   ||||  ||||||    
T  11118283 attgccagatttgaaagtattggttttgcgagacaataagttgcatggtcccattgaaaatttaaagatcgagcatctatttccaagcttaatcattttt 11118184  T
Q  333 gatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttact 410  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||  |||||||||| ||||||| ||||| | |||||| |||| ||||||||||    
T  11118183 gatatctcgggcaacagctttagtggttttctaccaaaagcctatttaaaaaactatgaagctatgaagaatgttact 11118106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 22 - 410
Target Start/End: Original strand, 25522773 - 25523161
Alignment:
Q  22 catcccttgtagttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctatca 121  Q
    ||||||||  ||||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  | ||    |||| || ||||||      
T  25522773 catcccttcaagttttgaatctacaaatgaatagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaagcatagtaaaattgtctctctaaacctctatgg 25522872  T
Q  122 caaccaattagaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcat 221  Q
    |||| | |||||||||| | |||| |||||  ||   |  ||||||  |||| ||||||||||||| ||   |||||||||||| ||||| |||||  ||    
T  25522873 caacgagttagaaggtcgttttccgaaatctttgttccggtgtaaaaagttggagtttctaaacctcggggtcaacaaaatagaagacaattttccggat 25522972  T
Q  222 tggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatt 321  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | |||| |||  ||| ||||||||| |||||| |  ||    
T  25522973 tggcttcaaacaatgcaggatttgaaagtgttggttttgcgagacaacaagttgcatggttcccttgtcaatttaaaaatcaagcattcatttcaaagtt 25523072  T
Q  322 taactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttact 410  Q
    |||  ||||||||||||||||| || || ||  |||||  |||||||||| ||||||| | ||| | ||||||||||| ||||||||||    
T  25523073 taatcatttttgatatctcaggtaacaatttaggtggttttctaccaaaagcctatttaagaaattatgaagccatgaagaatgttact 25523161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 24141180 - 24140793
Alignment:
Q  22 catcccttgtagttttggatttacaaaagaacagatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggaaagtgcacttcagactctgaatctctatca 121  Q
    ||||||||  ||||||| || ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | || | ||||||||| |||||      
T  24141180 catcccttcgagttttgaatctacaaatcaacacatttcatggcactttgccaagtaacttttcaaaggacaatggaattgacactctgaatttctatgg 24141081  T
Q  122 caaccaattagaaggtcatattcctaaatccctggctctttgtaaatggttgaagtttctaaaccttggcagcaacaaaatagatgacaaatttcctcat 221  Q
     ||| | |||||||| ||| |||| |||||| || |||  ||||||   ||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||| || ||    
T  24141080 taacaagttagaaggccattttccgaaatccttgtctcgatgtaaaaatttggagtatctaaacctcggcaacaacaaaatagaagacaatttttctgat 24140981  T
Q  222 tggcttcaaacactgcaatatttgaaagtgttgcttttgcgagacaataagttgcatggtatcattgttaatccaaagatcaagcatccatttccagatt 321  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||  |||    |||  ||||||  |||||  |||||||   |    
T  24140980 tggcttctaacactgcaatatttggaagtattggttttgcgagacaataagttacatggtcacatcaccaatttaaagatgtagcatttatttccaaggt 24140881  T
Q  322 taactatttttgatatctcaggcaataactttagtggtcctctaccaaaatcctatttcaaaaagtttgaagccatgatgaatgttact 410  Q
    ||| |  |||||||||||| || || ||||| ||||||  ||| |||||| ||||||| ||||| | ||||||||||| | ||||||||    
T  24140880 taa-tcattttgatatctctggaaacaacttcagtggttttctgccaaaagcctatttaaaaaattatgaagccatgaaggatgttact 24140793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University