View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9498_3 (Length: 635)

Name: NF9498_3
Description: NF9498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9498_3
NF9498_3
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (22-608)||(2040798-2041384)
chr8 (13-604)||(1352264-1352842)
chr8 (72-523)||(1357444-1357895)
chr8 (126-543)||(1364328-1364732)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (57-604)||(36717341-36717882)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (78-372)||(24620337-24620630)
chr3 (369-602)||(24619733-24619969)
chr3 (246-384)||(18179888-18180026)
chr3 (106-236)||(18180119-18180249)
chr3 (382-449)||(18179644-18179711)
chr3 (517-601)||(18179206-18179290)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 2041384 - 2040798
Alignment:
22 tatctgcgagaaggaagccatcatcatcactgcttttgtttcaaaggaatcctgttatgatgaaaagaaaggatcaaacacctttggttgatctttgtgt 121  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2041384 tatctgcgagaaagaagccatcatcatcggtgcttttgtttcaaaggaatcctgttatgatgaaaagaaaggatcaaacacctttggttgatctttgtgt 2041285  T
122 tgagaaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatcatatgcttgagaaagtcttgcctcactgcacacttgatcagttg 221  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||    
2041284 tgagaaaggtattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatgatatgcttgagagaatcttgcctcactgcacacttgaccagttg 2041185  T
222 atgcatattgagaagtccactcaagggatggatttgatccctataacagatcaattgtggaaaaagttctttgagaagcagtttggtataaattgcacta 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2041184 atgcatattgagaagtccactcaagggatggatttgagccctataacagatcaattgtggagaaagttctttgagaagcagtttggtataaattgcacta 2041085  T
322 atgaagtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtttcattcacttggttgcagctgtatgaggctaaggtcaaaaaagtggctcagactgagaatgaagc 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
2041084 atgaagtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtttcattcacttggttgcagctgtatgaggctaaggtcaaaagagtggctcagactgagaatgaagc 2040985  T
422 agttgatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaacaaagcaggaaaatcaaaacatgcaccaaacttccacccagtgaaagaagattt 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
2040984 agttgatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaacaaagcaggaaaatcaaaacatgcaccaaacttccacccagcgaaagaagattt 2040885  T
522 tgtggagataatggatctggatacaacttgtcagtgaagagcagcaacataatgaagaagtcaaagaaggattttcttaatagcttg 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
2040884 tgtggagataatggatctggatacaacttgtcagtgaagagcagcaacataatgaagaagtcaaagaaggattttcttaatagcttg 2040798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 604
Target Start/End: Original strand, 1352264 - 1352842
Alignment:
13 gagatgaaatatctgcgagaaggaagccatcatcatcactgcttttgtttcaaaggaatcctgttatgatgaaaagaaaggatcaaacacctttggttga 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1352264 gagatgaaatatctgcgagaaggaagccatcatcatcggtgcttttgtttcaaaggaatcctgttatgatgaaaagaaaggatcaaacacctttggttga 1352363  T
113 tctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatcatatgcttgagaaagtcttgcctcactgcacactt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
1352364 tctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatcatatgcttgagagaatcttgcctcactgcacactt 1352463  T
213 gatcagttgatgcatattgagaagtccactcaagggatggatttgatccctataacagatcaattgtggaaaaagttctttgagaagcagtttggtataa 312  Q
    || ||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
1352464 gaacagttgatgcatattgagaagacaaataaagggatggatttgagccctataacagatcaattgtggaaaaagttctttgagaagcaatttggtataa 1352563  T
313 attgcactaatgaagtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtttcattcacttggttgcagctgtatgaggctaaggtcaaaaaagtggctcagactga 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||    
1352564 attgcactaatgaagtagttaagaagatgaaagaaa-------------cacttggttgcagttgtatgaggctaaagtcaaaaaaatggctcgggctga 1352650  T
413 gaatgaagcagttgatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaacaaagcaggaaaatcaaaacatgcaccaaacttccacccagtgaa 512  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1352651 gaatgaagcagttgatcgactcacgaaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaacaaagcaggcaaatcaaaacatgcaccaaacttccacccagtgaa 1352750  T
513 agaagattttgtggagataatggatctggatacaacttgtcagtgaagagcagcaacataatgaagaagtcaaagaaggattttcttaatag 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1352751 agaagattttgtggagataatggatctggatacaacttgtcagtgaagagcagcaacataatgaagaagtcaaagaaggattttcttaatag 1352842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 72 - 523
Target Start/End: Original strand, 1357444 - 1357895
Alignment:
72 cctgttatgatgaaaagaaaggatcaaacacctttggttgatctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttg 171  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1357444 cctgttatgatgaagagaaaggatcaaacatgtttggttgatctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttg 1357543  T
172 atcatcatatgcttgagaaagtcttgcctcactgcacacttgatcagttgatgcatattgagaagtccactcaagggatggatttgatccctataacaga 271  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
1357544 atcatcatatgcttgagagaatcttgcctcactgcacacttgaacagttgatgcatattgagaagtccactcaagggatggatttgagccctataacaga 1357643  T
272 tcaattgtggaaaaagttctttgagaagcagtttggtataaattgcactaatgaagtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtttcattcacttggttg 371  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1357644 taaattgtggaaaaagttctttgaaaagcaatttggtataaattgcactaatgaagtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtttcattcacttggttg 1357743  T
372 cagctgtatgaggctaaggtcaaaaaagtggctcagactgagaatgaagcagttgatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaacaaa 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1357744 cagctgtatgaggctaaggtcaaaaaagtggctcagactgagaatgaagcagttgatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaacaaa 1357843  T
472 gcaggaaaatcaaaacatgcaccaaacttccacccagtgaaagaagattttg 523  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
1357844 gcaggcaaatcaaaacatgcaccaaacttccaccaagtaaaagaagattttg 1357895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 126 - 543
Target Start/End: Original strand, 1364328 - 1364732
Alignment:
126 aaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatcatatgcttgagaaagtcttgcctcactgcacacttgatcagttgatgc 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
1364328 aaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatcatatgcttgagagaatcttgcctcactgcacacttgaacagttgatgc 1364427  T
226 atattgagaagtccactcaagggatggatttgatccctataacagatcaattgtggaaaaagttctttgagaagcagtttggtataaattgcactaatga 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
1364428 atattgagaagtccactcaagggatggatttgagccctataacagatcaattgtggaaaaagttctttgagaagcaatttggtataaattgcactaatga 1364527  T
326 agtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtttcattcacttggttgcagctgtatgaggctaaggtcaaaaaagtggctcagactgagaatgaagcagtt 425  Q
    |||||||||||||||||||||||             ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||||||||||||    
1364528 agtagttaagaagatgaaagaaa-------------cacttggttgcagttgtatgaggctaaagtcaaaaaaatggctcgggctgagaatgaagcagtt 1364614  T
426 gatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaacaaagcaggaaaatcaaaacatgcaccaaacttccacccagtgaaagaagattttgtg 525  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
1364615 gatcgactcacgcaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaacaaagcaggcaaatcaaaacatgcaccaaacttccaccaagtaaaagaagattttgtg 1364714  T
526 gagataatggatctggat 543  Q
    ||||| ||||| ||||||    
1364715 gagatgatggacctggat 1364732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 57 - 604
Target Start/End: Original strand, 36717341 - 36717882
Alignment:
57 ttgtttcaaaggaatcctgttatgatgaaaagaaaggatcaaacacctttggttgatctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggag 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36717341 ttgtttcaaaggaatcctgttatgatgaagagaaaggatcaaacatctttggttgatctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggag 36717440  T
157 atgttagtcatgttgatcatcatatgcttgagaaagtcttgcctcactgcacacttgatcagttgatgcatattgagaagtccactcaagggatggattt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||    
36717441 atgttagtcatgttgatcatcatatgcttgagagaatcttgcctcactgcacacttgatcagttgatgcatattgagaaggcaagtgaagggatggattt 36717540  T
257 gatccctataacagatcaattgtggaaaaagttctttgagaagcagtttggtataaattgcactaatgaagtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtt 356  Q
    || ||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36717541 gagccctataactgataaattgtggaaaaaattctttgaaaagcagtttggtataaattgcactaatgaagtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtt 36717640  T
357 tcattcacttggttgcagctgtatgaggctaaggtcaaaaaagtggctcagactgagaatgaagcagttgatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaag 456  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
36717641 tcattcacttggttgcagctgtatgaggctaaggtaaaaaaaatggctcaggctgagaatgaagcagttgatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaag 36717740  T
457 atgcaagaaaacaaagcaggaaaatcaaaacatgcaccaaacttccacccagtgaaagaagattttgtggagataatggatctggatacaacttgtcagt 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| | | |||||||||||| |||||| || ||| |||||| ||| |     ||    
36717741 atgcaagaaaacaaagcaggaaaataaaaacatgcaccatagttccacctaataaaagaagattttctggagacaacggacctggat-caaat-----gt 36717834  T
557 gaagagcagcaacataatgaagaagtcaaagaaggattttcttaatag 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
36717835 gaagagcagcaacataatgaagaagtcaaagaaagattttcttaatag 36717882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 167; Significance: 4e-89; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 78 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 24620630 - 24620337
Alignment:
78 atgatgaaaagaaaggatcaaacacctttggttgatctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatc 177  Q
    |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
24620630 atgatgaagagaaaggatcaaacatatttggttgatctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatc 24620531  T
178 atatgcttgagaaagtcttgcctcactgcacacttgatcagttgatgcatattgagaagtccactcaagggatggatttgatccctataacagatcaatt 277  Q
    |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | |   ||||||||||||||| ||| | || |||||||||||| || |||| |  || || |    
24620530 atatgcttgagtgaatcttgcctcactgcacacttgaccggaacatgcatattgagaaggccaatgaa-ggatggatttgagccatatatcgaataaact 24620432  T
278 gtggaaaaagttctttgagaagcagtttggtataaattgcactaatgaagtagttaagaagatgaaagaaaaaagagtttcattcacttggttgc 372  Q
    ||||||||||||  |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
24620431 gtggaaaaagtttattgaaaagcagtttggtataatttgcacaaatgaagtagttaaggatatgaaagaaaaaatagtttcattcacatggttgc 24620337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 369 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 24619969 - 24619733
Alignment:
369 ttgcagctgtatgaggctaaggtcaaaaaagtggctcagactgagaatgaagcagttgatcgactcgcgcaacgctacaaggaagaagatgcaagaaaac 468  Q
    ||||||||| || | |||||||| |||||| | ||||||  | | ||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
24619969 ttgcagctgaataaagctaaggtaaaaaaaatagctcaggttaaaaatgaagcagttgatcgacccacgcaatgctaaaaggaagaagatgcaagaaaac 24619870  T
469 aaagcaggaaaatcaaaacatgcaccaaacttccacccagtgaaagaagattttgtggagataatggatctggatacaacttgtca---gtgaagagcag 565  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||| |||   |||||||||||    
24619869 aaagcaggaaaataaaaacatgcaccaaaattccacctagtaaaagaagattgtgtggaggtaatggacctagatacaacttctcaaatgtgaagagcag 24619770  T
566 caacataatgaagaagtcaaagaaggattttcttaat 602  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
24619769 caacataatgaagaaatcaaagaaatattttcttaat 24619733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 246 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 18180026 - 18179888
Alignment:
246 gggatggatttgatccctataacagatcaattgtggaaaaagttctttgagaagcagtttggtataaattgcactaatgaagtagttaagaagatgaaag 345  Q
    ||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| || ||| || ||||| ||    
18180026 gggatggatttgagcccggtaacagataaattgtggaaaaagttctttgaaaagcagtttggtataagttgcacaaatgaaataattaggaggatgacag 18179927  T
346 aaaaaagagtttcattcacttggttgcagctgtatgagg 384  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||||    
18179926 aaaaaagagtgtcattcagatggttgcagttgtatgagg 18179888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 106 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 18180249 - 18180119
Alignment:
106 tggttgatctttgtgttgagaaagctattgataatgtaaaataccttggagatgttagtcatgttgatcatcatatgcttgagaaagtcttgcctcactg 205  Q
    ||||||||||||||||| | | |||||| |||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||   | ||||||| |||||    
18180249 tggttgatctttgtgttcaaacagctatagataatttaagataccttggaaatgttggtcctgttgatcatcatctgcttgaacgaatcttgccacactg 18180150  T
206 cacacttgatcagttgatgcatattgagaag 236  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| ||||||    
18180149 cacacttgaccagttgacgcatatcgagaag 18180119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 382 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 18179711 - 18179644
Alignment:
382 aggctaaggtcaaaaaagtggctcagactgagaatgaagcagttgatcgactcgcgcaacgctacaag 449  Q
    |||||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||||    
18179711 aggctaagggaaaagaagtggctcaggctgagaatgaagcaattgatcgactcagggaacgctacaag 18179644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 517 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 18179290 - 18179206
Alignment:
517 gattttgtggagataatggatctggatacaacttgtca---gtgaagagcagcaacataatgaagaagtcaaagaaggattttcttaa 601  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||   ||||||   |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||    
18179290 gattttttgtagataatggacctggatacaacgtgtcaaatgtgaag---agcaacataatgaagaagtcaaagatagaatttcttaa 18179206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University