View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9500_low_7 (Length: 320)

Name: NF9500_low_7
Description: NF9500
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9500_low_7
NF9500_low_7
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (152-302)||(14223660-14223810)
chr2 (1-153)||(19437543-19437697)
chr2 (4-153)||(25445068-25445219)
chr2 (1-152)||(19443118-19443271)
chr2 (1-152)||(25454723-25454876)
chr2 (28-153)||(24053323-24053448)
chr2 (29-152)||(43293174-43293297)
chr2 (28-153)||(43287428-43287553)
chr2 (28-153)||(24056659-24056783)
chr2 (30-152)||(31437151-31437273)
chr2 (30-152)||(31433045-31433167)
chr2 (30-133)||(8872259-8872362)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (1-153)||(30714221-30714375)
chr8 (1-153)||(30721998-30722152)
chr8 (1-152)||(30727606-30727759)
chr8 (27-153)||(21247675-21247800)
chr8 (27-153)||(27679659-27679784)
chr8 (27-153)||(37204234-37204359)
chr8 (27-153)||(37209711-37209836)
chr8 (27-152)||(21241172-21241296)
chr8 (27-152)||(27683441-27683565)
chr8 (46-153)||(26196895-26197002)
chr8 (30-143)||(24042891-24043004)
chr8 (68-152)||(26197005-26197089)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (1-153)||(18534985-18535139)
chr1 (1-153)||(31092953-31093107)
chr1 (1-152)||(18540711-18540864)
chr1 (1-152)||(31099559-31099712)
chr1 (1-153)||(11660176-11660330)
chr1 (28-152)||(27347202-27347326)
chr1 (28-153)||(37356768-37356893)
chr1 (6-153)||(38991098-38991244)
chr1 (6-152)||(38984912-38985057)
chr1 (28-153)||(28519274-28519398)
chr1 (1-152)||(11654020-11654173)
chr1 (28-153)||(37365186-37365311)
chr1 (28-152)||(35625287-35625411)
chr1 (6-152)||(7876091-7876239)
chr1 (28-153)||(28512811-28512933)
chr1 (30-152)||(38736039-38736161)
chr1 (1-152)||(39492740-39492893)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (1-152)||(23058960-23059113)
chr5 (1-152)||(39653933-39654086)
chr5 (4-153)||(21171196-21171347)
chr5 (1-153)||(23053385-23053539)
chr5 (1-153)||(35264546-35264700)
chr5 (1-152)||(35270287-35270440)
chr5 (4-153)||(16675563-16675711)
chr5 (29-153)||(25365430-25365554)
chr5 (4-153)||(21178057-21178210)
[»] chr4 (26 HSPs)
chr4 (1-152)||(30679798-30679951)
chr4 (1-153)||(25687564-25687718)
chr4 (1-153)||(30673705-30673859)
chr4 (6-153)||(18890001-18890150)
chr4 (28-152)||(1913768-1913892)
chr4 (1-150)||(25697332-25697483)
chr4 (3-154)||(23187961-23188114)
chr4 (4-153)||(1874001-1874152)
chr4 (1-153)||(910853-911006)
chr4 (6-153)||(12435360-12435506)
chr4 (6-152)||(42404643-42404788)
chr4 (27-153)||(42411106-42411231)
chr4 (28-153)||(16325753-16325878)
chr4 (28-152)||(16334797-16334921)
chr4 (27-153)||(23200525-23200651)
chr4 (32-153)||(12659230-12659351)
chr4 (6-153)||(29333636-29333782)
chr4 (27-152)||(917323-917447)
chr4 (32-150)||(12439331-12439449)
chr4 (32-153)||(12428922-12429043)
chr4 (30-153)||(4393790-4393913)
chr4 (28-152)||(55325479-55325606)
chr4 (39-152)||(48305386-48305499)
chr4 (38-148)||(12665747-12665859)
chr4 (59-152)||(42119802-42119895)
chr4 (28-152)||(33360217-33360341)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (6-152)||(2982190-2982338)
chr3 (6-153)||(2978246-2978395)
chr3 (28-155)||(15758327-15758454)
chr3 (28-153)||(49486759-49486884)
chr3 (28-152)||(15752534-15752658)
chr3 (29-153)||(21453159-21453283)
chr3 (29-153)||(21458333-21458457)
chr3 (28-152)||(49491256-49491380)
chr3 (29-152)||(21877164-21877287)
chr3 (29-153)||(21883423-21883547)
chr3 (28-153)||(21477491-21477615)
chr3 (28-152)||(21473104-21473228)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (4-153)||(8248109-8248260)
chr7 (4-152)||(8242541-8242691)
chr7 (1-152)||(29176544-29176697)
chr7 (1-143)||(29185532-29185676)
chr7 (27-153)||(22822536-22822661)
chr7 (27-152)||(22826840-22826964)
chr7 (29-153)||(340329-340453)
chr7 (29-152)||(346563-346686)
chr7 (28-153)||(25830424-25830548)
chr7 (52-152)||(2068782-2068882)
chr7 (45-149)||(31904627-31904731)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (28-152)||(18738573-18738697)
chr6 (27-153)||(23427481-23427606)
chr6 (28-152)||(33660928-33661052)
chr6 (27-152)||(23421636-23421760)
[»] scaffold0102 (1 HSPs)
scaffold0102 (1-153)||(14024-14178)
[»] scaffold0014 (2 HSPs)
scaffold0014 (28-153)||(111874-111999)
scaffold0014 (103-152)||(106062-106111)
[»] scaffold0079 (1 HSPs)
scaffold0079 (28-152)||(57939-58063)
[»] scaffold0591 (1 HSPs)
scaffold0591 (29-152)||(9323-9446)
[»] scaffold0258 (1 HSPs)
scaffold0258 (32-150)||(6317-6435)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 126; Significance: 6e-65; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 152 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 14223810 - 14223660
Alignment:
Q  152 acactcgtgtttatgttaattattttatatnnnnnnngttccaaaggaaggaataagccaaagtaatcaaacagtactcaaaaggactttcctcctggtg 251  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223810 acactcgtgtttatgttaattattttatataaaaaaagttccaaaggaaggaataagccaaagtaatcaaacagtactcaaaaggactttcctcctggtg 14223711  T
Q  252 tttgtcaagtcgaaccgaactatatggctaagacagttttggacttttagt 302  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14223710 tttgtcatgtcgaaccgaactatatggctaagacagttttggacttttagt 14223660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 19437543 - 19437697
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19437543 agcagtattcttattcactaatgtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 19437642  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19437643 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 19437697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 25445068 - 25445219
Alignment:
Q  4 agtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatat 101  Q
    |||||||||||||||  || |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25445068 agtattcttattcactgatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagtat 25445167  T
Q  102 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25445168 ggcccattaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 25445219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 19443118 - 19443271
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||   ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19443118 agcagtattcttattcactaatgtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 19443217  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19443218 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 19443271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 25454723 - 25454876
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    |||||||||||||||||   || |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  25454723 agcagtattcttattcaatgatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagctcaataacctagtag 25454822  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25454823 tatggcccactaacacatttgctatttggacattcactattaatatttataaca 25454876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 24053323 - 24053448
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24053323 tcaatattacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 24053422  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  24053423 acatccactattaatatttataacac 24053448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 152
Target Start/End: Original strand, 43293174 - 43293297
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43293174 caatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgga 43293273  T
Q  129 catccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||| |||||||||    
T  43293274 catccactattaatgtttataaca 43293297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 43287428 - 43287553
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43287428 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 43287527  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  43287528 acatctactattaatgtttataacac 43287553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 24056659 - 24056783
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||    
T  24056659 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagtccaataacctagtagtatgg-ccaataacacatttgctatctgg 24056757  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  24056758 acatccactattaatatttataacac 24056783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 31437273 - 31437151
Alignment:
Q  30 aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggac 129  Q
    ||||||| |||||| || |||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||| ||| |||| |||||| | |||||||    
T  31437273 aatgttacaaatgaactttatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacacagtattatggtccattaactcatttgttgtttggac 31437174  T
Q  130 atccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31437173 atccactattaatatttataaca 31437151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 31433167 - 31433045
Alignment:
Q  30 aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggac 129  Q
    ||||||| |||||| |  |||||||||||||||| | || |||||||| ||||| |||||| |||||   |||  ||| ||||  |||||||||||||||    
T  31433167 aatgttacaaatgaacattatttatagggaaatagaatatcttatgaactaagctcaataaactagttgcatgctccattaactaatttgctatttggac 31433068  T
Q  130 atccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31433067 atccactattaatatttataaca 31433045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 8872362 - 8872259
Alignment:
Q  30 aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggac 129  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||  | |||||||||||| | | || ||||||| | |||| |||||| ||| ||||     
T  8872362 aatgttacaaatgaactctatttatagggaaatatagtagcctatagactaagcccaataatcaaatagtatggcctattaacccatttgatatatggat 8872263  T
Q  130 atcc 133  Q
    ||||    
T  8872262 atcc 8872259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 30714221 - 30714375
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30714221 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 30714320  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714321 tatggcccactaacacaattgctatttggacatccactattaatatttataacac 30714375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 30721998 - 30722152
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30721998 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 30722097  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30722098 tatggcccactaacacaattgctatttggacatccactattaatatttataacac 30722152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 30727606 - 30727759
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30727606 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttttaggaaaatatagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 30727705  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30727706 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 30727759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21247800 - 21247675
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21247800 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggtccactaacacatttgctatttg 21247702  T
Q  127 gacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  21247701 gacatccaatattaatatttataacac 21247675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 153
Target Start/End: Original strand, 27679659 - 27679784
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27679659 atcaatgttacaaattagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 27679757  T
Q  127 gacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  27679758 gacatccaatattaatatttataacac 27679784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 37204359 - 37204234
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37204359 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 37204261  T
Q  127 gacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  37204260 gacatccaatattaatatttataacac 37204234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 37209836 - 37209711
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37209836 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 37209738  T
Q  127 gacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  37209737 gacatccaatattaatatttataacac 37209711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 21241296 - 21241172
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  21241296 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggtccactaacacatttgctatttg 21241198  T
Q  127 gacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    
T  21241197 gacatccaatattaatatttataaca 21241172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 27 - 152
Target Start/End: Original strand, 27683441 - 27683565
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27683441 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtaacttatgaactaaacccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 27683539  T
Q  127 gacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    
T  27683540 gacatccaatattaatatttataaca 27683565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 46 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 26197002 - 26196895
Alignment:
Q  46 tctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatt 145  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||  |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26197002 tctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcccataaacctatttgctatttgaacatccactattaatatt 26196903  T
Q  146 tataacac 153  Q
    ||||||||    
T  26196902 tataacac 26196895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 30 - 143
Target Start/End: Original strand, 24042891 - 24043004
Alignment:
Q  30 aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggac 129  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  24042891 aatgttacatatgagctctatttatagagaaatagagtagcttatgaactaagcccaataatctaatattatggcccattaacacatttgttatttggac 24042990  T
Q  130 atccactattaata 143  Q
    | |||| |||||||    
T  24042991 acccacaattaata 24043004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 68 - 152
Target Start/End: Original strand, 26197005 - 26197089
Alignment:
Q  68 agcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26197005 agcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcctataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 26197089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 18534985 - 18535139
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  18534985 agcagtattcttattcactgatctgtatatcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 18535084  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18535085 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 18535139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 31092953 - 31093107
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcacatatgtacat--caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31092953 agcagtatttttattcactgatgtatatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 31093052  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31093053 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 31093107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 18540711 - 18540864
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  18540711 agcagtattcttattcactgatctgtatatcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 18540810  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18540811 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 18540864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 31099559 - 31099712
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcacatatgtacat--caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31099559 agcagtatttttattcactgatgtatatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 31099658  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31099659 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 31099712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 11660330 - 11660176
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  11660330 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacatagtag 11660231  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11660230 tatggcccactaacacatttgttacttggacatccactattaatatttataacac 11660176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Original strand, 27347202 - 27347326
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||    
T  27347202 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagtatggctcaataacacatttgctatttgg 27347301  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  27347302 acatccactattaatatttataaca 27347326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 37356768 - 37356893
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37356768 tcaatgttataaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 37356867  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  37356868 acatccactattaatatttataacac 37356893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 38991244 - 38991098
Alignment:
Q  6 tattcttattcacatatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcc 105  Q
    |||||||||||||   |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  38991244 tattcttattcactagtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcc 38991146  T
Q  106 cactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38991145 cactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacac 38991098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 38985057 - 38984912
Alignment:
Q  6 tattcttattcacatatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcc 105  Q
    |||||||||||||   |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  38985057 tattcttattcactagtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcc 38984959  T
Q  106 cactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38984958 cactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 38984912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 28519398 - 28519274
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28519398 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 28519300  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28519299 acatccaatattaatatttataacac 28519274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 11654173 - 11654020
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    |||||||||||||||||   || |||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  11654173 agcagtattcttattcattgatgtgtatatcaatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagaatagcttatgaattaagcccaataacatagtag 11654074  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11654073 tatgatccactaacacatttgctatttggatatccactattaatatttataaca 11654020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 37365186 - 37365311
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  37365186 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggtccaataacacatttgctatttgg 37365285  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  37365286 acatccactattaatatttataacac 37365311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Original strand, 35625287 - 35625411
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35625287 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataatctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 35625386  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  35625387 acatccactattaatatttataaca 35625411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 6 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 7876239 - 7876091
Alignment:
Q  6 tattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatgg 103  Q
    |||||||||||||  || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  7876239 tattcttattcactaatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatatagtagcttacgaactaagcctaataacctagtagtatgg 7876140  T
Q  104 cccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7876139 tccactaacacatttgttatttggacattcactattaatatttataaca 7876091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 28512933 - 28512811
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||    
T  28512933 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgc--tttgg 28512837  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||    
T  28512836 acatccaatattaatatttataacac 28512811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 38736161 - 38736039
Alignment:
Q  30 aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggac 129  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  38736161 aatgttacaaatgaactctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctaatagtatggcccaataacatattttctatttggac 38736062  T
Q  130 atccactattaatatttataaca 152  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  38736061 aaccactattaatatttataaca 38736039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 39492893 - 39492740
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  |||| ||  ||| | ||| ||||||  | ||||||||| |||||| ||||| ||||  | |||||||||||| ||| ||     
T  39492893 agcagtattcttattcactgatatatatctcactcttacaaatgaattttatttatagagaaatagagtagtttatagactaagcccaataatctattag 39492794  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||| ||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39492793 tatggctcataaacctatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 39492740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 23058960 - 23059113
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23058960 agcagtattcttattcactaatgtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 23059059  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23059060 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 23059113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 39653933 - 39654086
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39653933 agcagtattcttattcactgatgtgtatatcaatgttataaatgagctctatttataaggaaatatagtagcttatgaattaagcccaataacctagtag 39654032  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39654033 tatggtccactaacacatttgttatttggacatccactattaatatttataaca 39654086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 21171196 - 21171347
Alignment:
Q  4 agtattcttattcacatatgtacatc--aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatat 101  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21171196 agtattcttattcacttatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagtat 21171295  T
Q  102 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21171296 ggcccactaacacatttgccatttggacatccactattaatatttataacac 21171347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 23053385 - 23053539
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  23053385 agcagtattcttattcactaatgtgtgtctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagctcaataacctagtag 23053484  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23053485 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 23053539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 35264546 - 35264700
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
T  35264546 agcagtattcttattcactgatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatag 35264645  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35264646 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 35264700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 35270287 - 35270440
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||     
T  35270287 agcagtattcttattcactgatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatag 35270386  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35270387 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 35270440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 16675711 - 16675563
Alignment:
Q  4 agtattcttattcacatatgtacatc--aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatat 101  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| |||    
T  16675711 agtattcttattcacttatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatatagtagcttatgaattaagcccaa---cctagtagtat 16675615  T
Q  102 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16675614 ggcccactaacacatttgctatttggacattcactattaatatttataacac 16675563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 153
Target Start/End: Original strand, 25365430 - 25365554
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  25365430 caatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgaa 25365529  T
Q  129 catccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  25365530 catccactattaatatttataacac 25365554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 21178057 - 21178210
Alignment:
Q  4 agtattcttattcacatatgtacatc--aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaag--tagcttatgaattaagcccaataacctagtaat 99  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21178057 agtattcttattcacttatgtgtatctcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatatagagtagcttatgaattaagcccaataacctagtagt 21178156  T
Q  100 atggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21178157 atggcccactaacacatttgccatttgaacatccactattaatatttataacac 21178210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 26)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Original strand, 30679798 - 30679951
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcacatatgtac--atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  |||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  30679798 agcagtattcttattcactaatgtatttatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 30679897  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30679898 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 30679951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 25687564 - 25687718
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || | || |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  25687564 agcagtattcttattcactgatctatatatcaatgttacaaatgagctctgtttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataaactagtag 25687663  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25687664 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 25687718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 30673705 - 30673859
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcacatatgtac--atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  |||||   |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  30673705 agcagtattcttattcactaatgtatttatcaatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 30673804  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30673805 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 30673859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 18890150 - 18890001
Alignment:
Q  6 tattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatgg 103  Q
    |||||||||||||  || |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  18890150 tattcttattcactaatgtgtatatcaatgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcccaataacctaatagtatgg 18890051  T
Q  104 cccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18890050 cccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 18890001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Original strand, 1913768 - 1913892
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1913768 tcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttgg 1913867  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  1913868 acatccactattaatatttataaca 1913892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 150
Target Start/End: Original strand, 25697332 - 25697483
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||     
T  25697332 agcagtattcttattcactgatctatatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagtccaataaactagtag 25697431  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataa 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25697432 tatggcccactaacacatttgctatttggatatccactattaatatttataa 25697483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 3 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 23188114 - 23187961
Alignment:
Q  3 cagtattcttattcacatat--gtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaata 100  Q
    |||||||||||||||| |||  ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||    
T  23188114 cagtattcttattcacttatctgtctatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagctcaataaactagtagta 23188015  T
Q  101 tggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaca 154  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23188014 tggtccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacaca 23187961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Original strand, 1874001 - 1874152
Alignment:
Q  4 agtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatat 101  Q
    |||||||||||||||  || ||||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || || |||    
T  1874001 agtattcttattcactgatgtgtatctcaatgttacaaatgagctatatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacataatagtat 1874100  T
Q  102 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1874101 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 1874152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Original strand, 910853 - 911006
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||     
T  910853 agcagtattcttattcactgatctgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtag 910951  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  910952 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacac 911006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 12435360 - 12435506
Alignment:
Q  6 tattcttattcacatatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcc 105  Q
    |||||||||||||   |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  12435360 tattcttattcactagtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcc 12435458  T
Q  106 cactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12435459 cactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacac 12435506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 42404788 - 42404643
Alignment:
Q  6 tattcttattcacatatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcc 105  Q
    |||||||||||||   |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  42404788 tattcttattcactagtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcc 42404690  T
Q  106 cactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42404689 cactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 42404643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 27 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 42411231 - 42411106
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42411231 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 42411133  T
Q  127 gacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  42411132 gacatccaatattaatatttataacac 42411106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 16325753 - 16325878
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16325753 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 16325852  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  16325853 acatccactattaatatttataacac 16325878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Original strand, 16334797 - 16334921
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16334797 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 16334896  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  16334897 acatccactattaatatttataaca 16334921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 23200651 - 23200525
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23200651 atcaatgttacaaatgagttctatttatagggaagtagagtaacttatgaactaagcccaataaactagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 23200552  T
Q  127 gacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  23200551 gacatccactattaatatttataacac 23200525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 32 - 153
Target Start/End: Original strand, 12659230 - 12659351
Alignment:
Q  32 tgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacat 131  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12659230 tgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttggacat 12659329  T
Q  132 ccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12659330 ccactattaatatttataacac 12659351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 29333782 - 29333636
Alignment:
Q  6 tattcttattcacatatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcc 105  Q
    |||||||||||||   |||  |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  29333782 tattcttattcactagtgtgtatcaatgttacaaatgagctttatttatagggaaatagagtaggttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcc 29333684  T
Q  106 cactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29333683 cactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataacac 29333636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 27 - 152
Target Start/End: Original strand, 917323 - 917447
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||     
T  917323 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccga-aacctagtagtatagcccactaacatatttgctattta 917421  T
Q  127 gacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    
T  917422 gacatccaatattaatatttataaca 917447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 32 - 150
Target Start/End: Original strand, 12439331 - 12439449
Alignment:
Q  32 tgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacat 131  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||  |||  |||||||||||||||||    
T  12439331 tgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcccataaacctatttgctatttggacat 12439430  T
Q  132 ccactattaatatttataa 150  Q
    |||||||||||||||||||    
T  12439431 ccactattaatatttataa 12439449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 32 - 153
Target Start/End: Original strand, 12428922 - 12429043
Alignment:
Q  32 tgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacat 131  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||  |||  ||||||| |||||||||    
T  12428922 tgttacaaatgagttctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattagtatggcccataaacctatttgctctttggacat 12429021  T
Q  132 ccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12429022 ccactattaatatttataacac 12429043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 30 - 153
Target Start/End: Original strand, 4393790 - 4393913
Alignment:
Q  30 aatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggac 129  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |||| | |  |||| |||||| ||||| |||    
T  4393790 aatgttacaaatgagctttatttatagggaaataaagtagcttatgaattaaacctaataatctagtagtatgactcgttaacccatttgttatttagac 4393889  T
Q  130 atccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  4393890 atccactattaatatttataacac 4393913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 55325606 - 55325479
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataaccta---gtaatatggcccactaacacatttgctatt 124  Q
    ||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||||||   ||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  55325606 tcaatgtaacaaatgagctttatttatagggaaataaagtagtttatgaactaagttcaataacctaatagtattatgacccactaacacatttgctatt 55325507  T
Q  125 tggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||    
T  55325506 tggacatctattattaatatttataaca 55325479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 39 - 152
Target Start/End: Original strand, 48305386 - 48305499
Alignment:
Q  39 aatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacatccactat 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||| |||||| |||||  ||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  48305386 aatgaactctatttatagggaaatagagtagcatataaactaagctcaataatctagtggtatggcccattaacgcgtttgctatttggacatccacttt 48305485  T
Q  139 taatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||    
T  48305486 taatatttataaca 48305499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 38 - 148
Target Start/End: Original strand, 12665747 - 12665859
Alignment:
Q  38 aaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg---acatcca 134  Q
    |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||  |||||||   |||||||    
T  12665747 aaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaag-ccaataacctagtagtatggcccaataacacatttattatttggacaacatcca 12665845  T
Q  135 ctattaatatttat 148  Q
    ||||||||||||||    
T  12665846 ctattaatatttat 12665859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 59 - 152
Target Start/End: Original strand, 42119802 - 42119895
Alignment:
Q  59 aaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| |||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42119802 aaataaagtagtttatggattaagctcaataatctagtagtatgacccattaatccatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 42119895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Original strand, 33360217 - 33360341
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| || ||| | ||||||| || || ||| | | ||||||||||||||||||||     
T  33360217 tcaatgttacgaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttataaactaaactcaataacttaatagtatagtcaactaacacatttgctatttgt 33360316  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||| |||| |||||||||||||||    
T  33360317 acattcactcttaatatttataaca 33360341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 152
Target Start/End: Original strand, 2982190 - 2982338
Alignment:
Q  6 tattcttattcacatatgt--acatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatgg 103  Q
    ||||||||||||| |||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |    
T  2982190 tattcttattcacttatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatag 2982289  T
Q  104 cccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2982290 cccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 2982338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 153
Target Start/End: Original strand, 2978246 - 2978395
Alignment:
Q  6 tattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatgg 103  Q
    |||||||||||||  || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  2978246 tattcttattcactgatgtgtatatcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatgg 2978345  T
Q  104 cccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2978346 cccactaacacatttgttatttggacatccactattaatatttataacac 2978395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 155
Target Start/End: Original strand, 15758327 - 15758454
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15758327 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 15758426  T
Q  128 acatccactattaatatttataacacac 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15758427 acatccactattaatatttataacacac 15758454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 49486759 - 49486884
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49486759 tcaatgttacaaatgagctctatttatagagaaatagagtagcctatgaattaagctcaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttgg 49486858  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  49486859 acatccactattaatatttataacac 49486884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Original strand, 15752534 - 15752658
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  15752534 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 15752633  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  15752634 acatccactattaatatttataaca 15752658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21453283 - 21453159
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21453283 caatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgga 21453184  T
Q  129 catccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  21453183 catccactattaatatttataacac 21453159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21458457 - 21458333
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21458457 caatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgga 21458358  T
Q  129 catccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  21458357 catccactattaatatttataacac 21458333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Original strand, 49491256 - 49491380
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49491256 tcaatgttacaaatgagctctatttatagagaaatagagtagcctatgaattaagctcaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttgg 49491355  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  49491356 acatccactattaatatttataaca 49491380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 21877287 - 21877164
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21877287 caatgttacaaatgagctccatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgga 21877188  T
Q  129 catccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  21877187 catccactattaatatttataaca 21877164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 29 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21883547 - 21883423
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  21883547 caatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggctcaataacacatttgctatttgga 21883448  T
Q  129 catccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  21883447 catccgctattaatatttataacac 21883423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 21477615 - 21477491
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  21477615 tcaatgttacaaatgagccctatttataaaaaaataaagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacaca-ttgctatttgg 21477517  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  21477516 acatccactattaatatttataacac 21477491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 21473228 - 21473104
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21473228 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagtccaataagctaatagtatggcccaataacacatttgctatttgg 21473129  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  21473128 acatccactattaatatttataaca 21473104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 109; Significance: 8e-55; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 4 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 8248260 - 8248109
Alignment:
Q  4 agtattcttattcacata--tgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatat 101  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  8248260 agtattcttattcacttagatgtaactcaatgttacaaatgagctctatttataggaaaatagagtagcttatgaattaagcctaataatctagtaatat 8248161  T
Q  102 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8248160 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 8248109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 4 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 8242691 - 8242541
Alignment:
Q  4 agtattcttattcacata--tgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatat 101  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  8242691 agtattcttattcacttagatgtaactcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaattaagcctaataatctagtaatat 8242592  T
Q  102 ggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8242591 gacccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 8242541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 29176697 - 29176544
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  29176697 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 29176598  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29176597 tatgacccactaacacatttgctatttggacatccaatattaatatttataaca 29176544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 29185676 - 29185532
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||     
T  29185676 agcagtattcttattcactaatgtgtgtatcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtag 29185577  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaata 143  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  29185576 tatggcccactaacacattttctatttggacatccaatattaata 29185532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 22822661 - 22822536
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22822661 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 22822563  T
Q  127 gacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||    
T  22822562 gacatccaatattaatatttataacac 22822536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 27 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 22826964 - 22826840
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22826964 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagctaatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttg 22826866  T
Q  127 gacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    
T  22826865 gacatccaatattaatatttataaca 22826840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 153
Target Start/End: Original strand, 340329 - 340453
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  340329 caatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggctcaataacacatttgttatttgga 340428  T
Q  129 catccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||| |||||||||||||||||||    
T  340429 catccgctattaatatttataacac 340453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 152
Target Start/End: Original strand, 346563 - 346686
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  346563 caatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagctcaataacctagtagtatggctcaataacacatttgctatttgga 346662  T
Q  129 catccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||| ||||||||||||||||||    
T  346663 catccgctattaatatttataaca 346686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Original strand, 25830424 - 25830548
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    |||||| || ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||| || ||||||  || ||||| ||||  |||||||||||||    
T  25830424 tcaatgctacaaaggagctctatttatagggaaatataatagcttatggactaagcccaacaatctagtag-atagcccattaaccaatttgctatttgg 25830522  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  25830523 acatccactattaatatttataacac 25830548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 52 - 152
Target Start/End: Original strand, 2068782 - 2068882
Alignment:
Q  52 tatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataac 151  Q
    |||||||||||| | ||||||||| | |||||||||| | ||| || ||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2068782 tatagggaaatataatagcttatggactaagcccaatcatctattagtatagcctattaactcatttgctatttggacatccactattaatatttataac 2068881  T
Q  152 a 152  Q
    |    
T  2068882 a 2068882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 45 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 31904731 - 31904627
Alignment:
Q  45 ctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatat 144  Q
    |||||||||||| |||||  |  | |||| ||| |||| ||||||  |||||| ||| || ||||||| |||||| ||| ||||||||||||  ||||||    
T  31904731 ctctatttatagagaaatgcaacaacttaagaaataagtccaatagtctagtagtatcgcacactaactcatttgttatatggacatccacttataatat 31904632  T
Q  145 ttata 149  Q
    |||||    
T  31904631 ttata 31904627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 18738697 - 18738573
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18738697 tcaatgttacaaatgagctctatttataggtaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccactaacacatttgctatttgg 18738598  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  18738597 acatccactattaatatttataaca 18738573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 27 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 23427606 - 23427481
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23427606 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatggtccactaacacatttgctatttg 23427508  T
Q  127 gacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||    
T  23427507 gacatcaaatattaatatttataacac 23427481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Original strand, 33660928 - 33661052
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||||    
T  33660928 tcaatgttacaaatgaactctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtaatatggcccataaacctatttgctatttgg 33661027  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  33661028 acatccactattaatatttataaca 33661052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 27 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 23421760 - 23421636
Alignment:
Q  27 atcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttg 126  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||    
T  23421760 atcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtaacttatgaactaagcccaa-aacctagtagtatagtccactaacacatttgctatttg 23421662  T
Q  127 gacatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||| | |||||||||||||||||    
T  23421661 gacatcaaatattaatatttataaca 23421636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0102 (Bit Score: 104; Significance: 8e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0102
Description:

Target: scaffold0102; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 14178 - 14024
Alignment:
Q  1 agcagtattcttattcac--atatgtacatcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaa 98  Q
    ||||||||||||||||||  || |||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||     
T  14178 agcagtattcttattcactgatgtgtctctcaatgttacaaatgagctctatttatagggaaatagagtagcttatgaactaagctcaataacctagtag 14079  T
Q  99 tatggcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 153  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14078 tatggctcactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataacac 14024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 2)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 28 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 111999 - 111874
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  111999 tcaatgttacaaatgaactctatttatagggaaatagagtagcctatgaattaagcccaataacctaatagtatggcccactaacacatttgctatttgg 111900  T
Q  128 acatccactattaatatttataacac 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  111899 acatccactattaatatttataacac 111874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 106111 - 106062
Alignment:
Q  103 gcccactaacacatttgctatttggacatccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  106111 gcccactaacacatttgctatttggacatccgctgttaatatttataaca 106062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0079 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0079
Description:

Target: scaffold0079; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 58063 - 57939
Alignment:
Q  28 tcaatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgg 127  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  58063 tcaatgttacaaatgagctctatttataagaaaatatagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataacacatttgctatttgg 57964  T
Q  128 acatccactattaatatttataaca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  57963 acatccactattaatatttataaca 57939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0591 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0591
Description:

Target: scaffold0591; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 9446 - 9323
Alignment:
Q  29 caatgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttgga 128  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  9446 caatgttacaaatgagctctatttataagaaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctagtagtatggcccaataatacatttgctatttgga 9347  T
Q  129 catccactattaatatttataaca 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  9346 catccactattaatatttataaca 9323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0258 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0258
Description:

Target: scaffold0258; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 150
Target Start/End: Original strand, 6317 - 6435
Alignment:
Q  32 tgttataaatgagctctatttatagggaaataaagtagcttatgaattaagcccaataacctagtaatatggcccactaacacatttgctatttggacat 131  Q
    ||||| || |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||| |||||  ||   |||||||||||||||||    
T  6317 tgttacaattgagttctatttacagggaaatagagtagcttatgaactaagcccaataacctattcgtatagcccataaatttatttgctatttggacat 6416  T
Q  132 ccactattaatatttataa 150  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  6417 ccactgttaatatttataa 6435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University