View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9509_low_1 (Length: 742)

Name: NF9509_low_1
Description: NF9509
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9509_low_1
NF9509_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-732)||(33555856-33556572)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 732
Target Start/End: Original strand, 33555856 - 33556572
Alignment:
Q  16 caaaattatagacagaattataaacatagaacttttgacacctattagcaaaatgattgttcactgaattcaaatgtattagaaatttatttcattcccc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33555856 caaaattatagacagaattataaacatagaacttttgacacctattagtaaaatgattgttcactgaattcaaatgtattagaaatttatttcattcccc 33555955  T
Q  116 tttattttgattcctaaagtcttttaattttaatctatagtttccatatacataaaacttttgacatacacgcagctgatctgtaatggagtcttcctgg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33555956 tttattttgattcctaaagtcttttaattttaatctatagtttccatatacataaaacttttgacatacacgcagctgatctgtaatggagtcttcctgg 33556055  T
Q  216 ttcatgaccgacgaaattttagagtctatactcaagttcgctgccctcgaagcataagagttgtgagttgtaagccatgagtaatggttaaatggaagct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33556056 ttcatgaccgacgaaattttagagtctatactcaagttcgctgccctcgaagcataagagttgtgagttgtaagccatgagtaatggttaaatggaagct 33556155  T
Q  316 ccatcacctacacatgcaaatcatttataataattaatcttttacaaagtttattttagcagctatagaacaaaaatgaaaaatgtatgatgaggactaa 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  33556156 ccatcacctacacatgcaaatcatttataataattaatcttttacaaagtttattttagcagctatagaacataaatgaaaaatgtatgatgaggactaa 33556255  T
Q  416 ggacttttgaaataggacttgaagttcggactcgtgtacaccggctttgtgagttgcattccaggcactgcagccccgtaccacagtcattgacgtcgcg 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33556256 ggacttttgaaataggacttgaagttcggactcgtgtacaccggctttgtgagttgcattccaggcactgcagccccgtaccacagtcattgacgtcgcg 33556355  T
Q  516 ggagcatgtttccccaatctgttatgaattgttgctcacatgaaacaaaaatatgtccttaaaatcttgatcatagattatttgatgaattgaagatgaa 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33556356 ggagcatgtttccccaatctgttatgaattgttgctcacatgaaacaaaaatatgtccttaaaatcttgatcatagattatttgatgaattgaagatgaa 33556455  T
Q  616 gagaatatactaacactttgcaacttttgatattaagctttaagaatctcaaatttttagggttaggatgaagtgttaaaatttaattgtgaaatgtcta 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33556456 gagaatatactaacactttgcaacttttgatattaagctttaagaatctcaaatttttagggttaggatgaagtgttaaaatttaattgtgaaatgtcta 33556555  T
Q  716 gagtcatgatgcctttg 732  Q
    |||||||||||||||||    
T  33556556 gagtcatgatgcctttg 33556572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University