View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9515_2 (Length: 659)

Name: NF9515_2
Description: NF9515
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9515_2
NF9515_2
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (3-471)||(11901309-11901777)
chr5 (3-441)||(12039554-12039992)
chr5 (497-659)||(11901800-11901962)
chr5 (225-436)||(11828659-11828870)
chr5 (500-659)||(11860592-11860751)
chr5 (225-432)||(11860795-11861002)
chr5 (3-168)||(11861038-11861203)
chr5 (497-659)||(11828457-11828619)
chr5 (3-168)||(11828906-11829071)
chr5 (500-659)||(12039357-12039516)
chr5 (225-441)||(11732458-11732674)
chr5 (506-604)||(11732295-11732393)
chr5 (26-164)||(11732735-11732876)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 471
Target Start/End: Original strand, 11901309 - 11901777
Alignment:
Q  3 catcatcaagaccaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattacccca 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901309 catcatcaagaccaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattacccca 11901408  T
Q  103 aatctcatttttccaccaacttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatggnnnnnnnnntattgctgtagtagaggaaggggta 202  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||         |||||  |||||||||||||||| |    
T  11901409 aatctcattttcccaccaacttttcagattaggacaatccgaaattgtaagttccttcaaggatggaaaaaacaatattggggtagtagaggaaggggaa 11901508  T
Q  203 ttaccaacttgannnnnnncttcaatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaact 302  Q
    ||||||||||||       || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901509 ttaccaacttgattgttttctgcaatgaatttcagagagtccagtctccgaatttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaact 11901608  T
Q  303 cgcatttgggacagtcgttcaaggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgc 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11901609 cgcatttgggacagtcgttcaaggtaaacttaacaagacactggatggaatggagccagttagacaaggtgtgacgattgtaccccacaatgaatagcgc 11901708  T
Q  403 tctcaaattcggatgtggctcaagacaatcaagcaactttttgtctatatctttgacttggcttacctt 471  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  11901709 tctcaaattcggatgtggctcaagacaatcaagcaactttcggtctatatctttgacatggcttacctt 11901777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 3 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 12039992 - 12039554
Alignment:
Q  3 catcatcaagaccaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattacccca 102  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| || || ||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  12039992 catcatcaagattaggatatagtggcatgcaagctaacttggggcaatattggacatttagtttggaaatgcaactgaaagatggtctatcattatccca 12039893  T
Q  103 aatctcatttttccaccaacttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatggnnnnnnnnntattgctgtagtagaggaaggggta 202  Q
     |||||| ||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||| ||||||| ||||||||  |    
T  12039892 tatctcagtttcccaccaactgtttagatttggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatggaaaaaataatattggtgtagtaaaggaagggaaa 12039793  T
Q  203 ttaccaacttgannnnnnncttcaatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaact 302  Q
    ||||||||||||        | ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |    
T  12039792 ttaccaacttgattgttttttgcaatgaatttcagtgagtccaaccttcgaagttggagaaccttgagatgtggaagctcatccattggcgggagaaatt 12039693  T
Q  303 cgcatttgggacagtcgttcaaggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgc 402  Q
    ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |  |||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  12039692 cgcattttgggcagtcattcaaggtaaacttaacaagacaatgaagtgaaccgaaccagtcagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaataacac 12039593  T
Q  403 tctcaaattcggatgtggctcaagacaatcaagcaactt 441  Q
    ||||| ||||| | ||||| ||| ||| |||||| ||||    
T  12039592 tctcagattcgaaggtggcacaatacagtcaagcgactt 12039554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 497 - 659
Target Start/End: Original strand, 11901800 - 11901962
Alignment:
Q  497 tcatcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgtt 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901800 tcatcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgtt 11901899  T
Q  597 ctagatgcgatatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctc 659  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11901900 ctagatgcgatatttccaaccggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctc 11901962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 225 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 11828870 - 11828659
Alignment:
Q  225 caatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttgggacagtcgttcaa 324  Q
    |||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11828870 caataaatttcaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctcatccattggtgggagaaattcgcatttgggacagtcattcaa 11828771  T
Q  325 ggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattcggatgtggctca 424  Q
    ||||||||||||||| ||||| |  |||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||  |||||| ||  || ||| ||||||||||      
T  11828770 ggtaaacttaacaaggcattgaagtgaagcgagccagttagacaatgtgtgaccgttgtacccgacaactaatagcacttgcagatttggatgtggctgg 11828671  T
Q  425 agacaatcaagc 436  Q
    ||||||||||||    
T  11828670 agacaatcaagc 11828659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 500 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 11860751 - 11860592
Alignment:
Q  500 tcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgttcta 599  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |    
T  11860751 tcatgatcccatcttagagtcaagaactcgaggtgttgcttatttttcaaaaaatcatctttagcagcttcctttgatggagagaacttgacttgttcaa 11860652  T
Q  600 gatgcgatatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctc 659  Q
    |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  11860651 gatgagaaatttccaagtggcctctcagattgttaagatctgtgagtgatcttagtcctc 11860592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 225 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 11861002 - 11860795
Alignment:
Q  225 caatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttgggacagtcgttcaa 324  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  11861002 caatgaatttcaaagagtccaatctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggtgggagaaatttgcaattgggacagtcgttcaa 11860903  T
Q  325 ggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattcggatgtggctca 424  Q
    |||||| ||| ||||  |||| |  |||  |||||| ||||||||  |||| |||| |||||| ||||  |||||| || ||| |||| ||||||||||     
T  11860902 ggtaaatttaccaaggaattgaagtgaagcgagccaattagacaacatgtggccatggtacccgacaactaatagctctttcagattctgatgtggctcg 11860803  T
Q  425 agacaatc 432  Q
    ||||||||    
T  11860802 agacaatc 11860795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 11861203 - 11861038
Alignment:
Q  3 catcatcaagaccaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattacccca 102  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| | ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  |||     
T  11861203 catcatcaagaccgggatatagtggcatggaagctaactgaggacaatattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatcattttcccg 11861104  T
Q  103 aatctcatttttccaccaacttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatgg 168  Q
     || || |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  11861103 tatgtctttttcccaccaactttttagattaggacaatctgagattgcaagttccttcaaggatgg 11861038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 497 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 11828619 - 11828457
Alignment:
Q  497 tcatcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgtt 596  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||| |||||    
T  11828619 tcatcgtgatcccatcttagagtcaagaactcaaggtgttgtttatttttcaaaaaatcatctttagcagcttcttttgatggagagaacttgatttgtt 11828520  T
Q  597 ctagatgcgatatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctc 659  Q
    | ||||||   ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  11828519 ccagatgcataatttccaagtggcccctcagattgttaagatctgtgagtgatcttagtcctc 11828457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 3 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 11829071 - 11828906
Alignment:
Q  3 catcatcaagaccaggatatagaggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattacccca 102  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||    
T  11829071 catcatcaagaccgggatagagcagcatgcaagctaattgaggacagtattggatatttagctttgaaatgcaactgaaagatggtctatcattgtccca 11828972  T
Q  103 aatctcatttttccaccaacttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaaggatgg 168  Q
     || ||||||| |||||||| ||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  11828971 tatgtcattttcccaccaaccttttagtttaagacaatctgagattgttagttccttcaaggatgg 11828906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 500 - 659
Target Start/End: Complemental strand, 12039516 - 12039357
Alignment:
Q  500 tcatgatcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgttcta 599  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||  |||||| ||| | |||||| |||||||||| |    
T  12039516 tcatgatcccatcttagagtcaagaacccaaggtattttttgtttttcaaaaattcatctttagcaatttccttggattgcgagaacttgacttgttcca 12039417  T
Q  600 gatgcgatatttctaactggcctctcagattgttaagatccgtgagttctcttagtcctc 659  Q
    ||||||| ||||| |  || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  12039416 gatgcgaaatttccatgtgacctctcagtttgttgagatcggtgagttctcttagtcctc 12039357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 225 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 11732674 - 11732458
Alignment:
Q  225 caatgaatttcagagagtccagtctccgaagttggagaaccttgagatgtggaagctgatccattggggggagaaactcgcatttgggacagtcgttcaa 324  Q
    |||||||||  ||||| ||||  |||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||| || ||||| | |||||| ||||||||  ||||    
T  11732674 caatgaattcaagagattccaacctccgaagatggagagccttgagatttggaaggtgatcgattggcggtagaaatttgcatttaggacagtcactcaa 11732575  T
Q  325 ggtaaacttaacaagacattggatggaatggagccagttagacaaggtgtgaccattgtaccccacaatgaatagcgctctcaaattcggatgtggctca 424  Q
    ||||||||||||||| ||||| |  |||| |||||| ||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||  || ||||||| ||| |||| |      
T  11732574 ggtaaacttaacaaggcattgaagcgaatcgagccatttagataaggtgcggccattgtaccctacaatgaatagaactttcaaattgggaggtggttgg 11732475  T
Q  425 agacaatcaagcaactt 441  Q
    ||||| ||||| |||||    
T  11732474 agacattcaagtaactt 11732458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 506 - 604
Target Start/End: Complemental strand, 11732393 - 11732295
Alignment:
Q  506 tcccatcttagagtcaaaaactcaaggtgttgtttatttttcagaaattcatcttgagcagcttccttagatggagagaacatgacttgttctagatgc 604  Q
    ||||||||||||||||||  || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || |||||||||||| ||||||| || ||||||    
T  11732393 tcccatcttagagtcaaatgctgaatgtgttgtttatttttcacaaattcatctttagccgcttcgttggatggagagaacttgacttgctccagatgc 11732295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 11732876 - 11732735
Alignment:
Q  26 ggcatgcaagctaatttaggacaacattggatgtttagttttgaaatgcaactgaaatatggtctatcattaccccaaatc---tcatttttccaccaac 122  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||| |  ||   | |  ||   ||||||| ||||||||    
T  11732876 ggcacgcatgctaatttaggacaacatcggatatttagttttgaaatgcaagggaaagatggtctgttttttttcaatgtcttatcattttcccaccaac 11732777  T
Q  123 ttttcagattaggacaatccgagattgtaagttccttcaagg 164  Q
    |||  || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  11732776 tttcgagtttaggacaatccgaaattgtaagctccttcaagg 11732735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University