View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9522_low_4 (Length: 377)

Name: NF9522_low_4
Description: NF9522
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9522_low_4
NF9522_low_4
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (16-373)||(35364646-35365003)
chr5 (49-366)||(35752636-35752953)
chr5 (49-356)||(35404400-35404707)
chr5 (80-366)||(35374256-35374542)
chr5 (50-355)||(35421488-35421793)
chr5 (50-355)||(35434833-35435138)
chr5 (80-161)||(35384038-35384116)
chr5 (50-103)||(35417009-35417062)
chr5 (76-112)||(35364218-35364254)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (24-373)||(10421656-10421994)
chr1 (36-350)||(10417760-10418074)
chr1 (35-357)||(10412030-10412352)
chr1 (76-112)||(10422405-10422441)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (49-334)||(30633112-30633397)
chr2 (49-334)||(30660841-30661126)
chr2 (49-334)||(30669521-30669806)
chr2 (96-334)||(30631054-30631292)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (75-357)||(13563209-13563490)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (75-338)||(1153059-1153323)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (40-336)||(29625205-29625493)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 350; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 373
Target Start/End: Original strand, 35364646 - 35365003
Alignment:
Q  16 atttcctgtcatcagcaattactgttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364646 atttcctgtcatcagcaattactgttgcttttgctttgagttcacagactgataaacttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtc 35364745  T
Q  116 tgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggag 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364746 tgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggag 35364845  T
Q  216 aatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaa 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35364846 aatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaa 35364945  T
Q  316 aacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaaccaacaacaccaaact 373  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35364946 aacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaaccaacaacagcaaact 35365003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 49 - 366
Target Start/End: Original strand, 35752636 - 35752953
Alignment:
Q  49 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 148  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35752636 ctttgagttcgcagactgataagcttgctttgcttgctttaaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatggaatgagtctctaca 35752735  T
Q  149 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 248  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||     
T  35752736 tttctgtgtgtggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctcttccttgcatttggaaaatcaaacattgggtggcactcttggaccatct 35752835  T
Q  249 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattc 348  Q
    ||||| ||| |||||||||| |||  ||||   |||  ||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||     
T  35752836 ttgggtaatttaacatttctcagattactccgacttagaaatgttaacttgcatggtgaagttccaaaacaagttggttgtttgaagcggttgcaagttg 35752935  T
Q  349 ttcacttaaccaacaaca 366  Q
    || |||||| ||||||||    
T  35752936 ttgacttaagcaacaaca 35752953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 49 - 356
Target Start/End: Original strand, 35404400 - 35404707
Alignment:
Q  49 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 148  Q
    ||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  35404400 ctttgagttcaaagactgataagctggctttgcttgcattgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcatggaataagtctctaca 35404499  T
Q  149 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 248  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  | | |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||    
T  35404500 tttttgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcatcacacgagagtctctgccttgcgtttggaaaatcaaacattgggtggcactcttggaccatca 35404599  T
Q  249 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattc 348  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||  ||  | |||  ||| ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||| |||    
T  35404600 ttgggaaatctaacctttcttacaattctaaaacttagaaaggtcaacttgtatggtggaattccaaaacaagttggttgtttgaagcgattgcaagttc 35404699  T
Q  349 ttcactta 356  Q
    || |||||    
T  35404700 tttactta 35404707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 80 - 366
Target Start/End: Original strand, 35374256 - 35374542
Alignment:
Q  80 gcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggt 179  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||  | || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35374256 gcttgctttgaaggaaaagctcacaaatggtgtaccagactctcttccatcatggaatgagtctttacatttctgtgaatggcaaggagttacatgtggt 35374355  T
Q  180 cgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactct 279  Q
    ||||||||||||||||||  | | ||||||||||| ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||      
T  35374356 cgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacactgggtggcactctcggaccatcattgggaaatctaacatttatcagaagactaa 35374455  T
Q  280 acctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaaccaacaaca 366  Q
    | |||  ||| ||  | |||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||  ||||  ||||| |||||| | ||||||    
T  35374456 agcttagaaatgttaatttgcatggtgaaattccaagtcaggttggtcgtttaaagcgattgcatcttcttgacttaagcgacaaca 35374542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 50 - 355
Target Start/End: Original strand, 35421488 - 35421793
Alignment:
Q  50 tttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacat 149  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |  ||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||    
T  35421488 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctcttcat 35421587  T
Q  150 ttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcat 249  Q
    |||||||||||| | ||  ||||||| ||||| || ||||||||||||  |   ||||||||||| |||||||  | |||||||||||| |||||||| |    
T  35421588 ttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacatgagagtctctgtcttgcatttggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatcct 35421687  T
Q  250 tgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattct 349  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||    
T  35421688 taggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggttgcaagttct 35421787  T
Q  350 tcactt 355  Q
    | ||||    
T  35421788 tgactt 35421793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 50 - 355
Target Start/End: Original strand, 35434833 - 35435138
Alignment:
Q  50 tttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacat 149  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |  ||||| |||| |||||||||||||| |||||  ||    
T  35434833 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttgaaagaaaaacttaccaatggtatacctgatgctcttccatcatggaatgaatctctttat 35434932  T
Q  150 ttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcat 249  Q
    |||||||||||| | ||  ||||||| ||||| || ||||||||||||  |   ||||||||||| |||||||  | |||||||||||| |||||||| |    
T  35434933 ttctgtgaatgggagggtgttacatgcggtcgacgccacatgagagtctctgtcttgcatttggaaaatcaaaattggggtggtactcttggaccatcct 35435032  T
Q  250 tgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattct 349  Q
    | ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||| ||||    
T  35435033 taggaaatctaacctttctcagaaaactcaaactttccaacatcgatttgcacggtgaaattccaaaagaagttggtcttttgaagaggttgcaagttct 35435132  T
Q  350 tcactt 355  Q
    | ||||    
T  35435133 tgactt 35435138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 80 - 161
Target Start/End: Original strand, 35384038 - 35384116
Alignment:
Q  80 gcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatgg 161  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| ||  | |||||||| ||||||||||||||||   || ||||||||||||||    
T  35384038 gcttgctttgaaggaaaagctcacaaatggcgtaccagattctcttccatcatggaatgagt---tatatttctgtgaatgg 35384116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 103
Target Start/End: Original strand, 35417009 - 35417062
Alignment:
Q  50 tttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttac 103  Q
    ||||||||||  ||||||||||  |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  35417009 tttgagttcagtgactgataaacatgctttgctttctttaaaagaaaagcttac 35417062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 112
Target Start/End: Original strand, 35364218 - 35364254
Alignment:
Q  76 ctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgt 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  35364218 ctttgcttgctttgaaggaaaagcttaaaaatggtgt 35364254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 24 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 10421994 - 10421656
Alignment:
Q  24 tcatcagcaattactgttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctc 123  Q
    |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| |||||||||         ||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||     
T  10421994 tcatcagcaactactgttgctctagctttgagttcacggactgataa---------gcttgctttgaaagaaacgcttacaaatggtgtaccagattctt 10421904  T
Q  124 tgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaat 223  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  10421903 tgccatcatggaatgagtctctatatttctgtgagtggcaggggattacatgtggtagtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttcgagaatcaaac 10421804  T
Q  224 attgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagtt 323  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10421803 attgggtggtactc--ggaccatcattgagaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgttgacttgcatggtgaaattccaaaacaagtt 10421706  T
Q  324 ggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaaccaacaacaccaaact 373  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10421705 ggtcgtttgaagcggctgcaagttcttcacttaaccaacaacaacaaact 10421656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 36 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 10418074 - 10417760
Alignment:
Q  36 actgttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatgga 135  Q
    |||||||||  |||||||||| || ||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||||| ||    
T  10418074 actgttgctcatgctttgagtacagagactgataagcatgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccagattctttgccatcataga 10417975  T
Q  136 atgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtac 235  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  10417974 atgagtctctacatttctgtgattggcaagggattagatgtggtcgtcgtcacatgagagtctcttccttgcatttggaaaatcaaacattgggtggtac 10417875  T
Q  236 tctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaag 335  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||  | |||  ||| || |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10417874 tcttggaccatccttgggaaatctaacatttctcagaatacttaaacttaaaaaagttgacttgtatggtaaaattccaaaacaaattggtcgtttgaag 10417775  T
Q  336 cggctgcaaattctt 350  Q
    ||  ||||| |||||    
T  10417774 cgattgcaagttctt 10417760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 35 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 10412352 - 10412030
Alignment:
Q  35 tactgttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatgg 134  Q
    ||||||| || ||||||||||||||  || |||| |   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||| |||||||||||    
T  10412352 tactgttactcttgctttgagttcagcgattgatgagcatgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtacaagattctttgccatcatgg 10412253  T
Q  135 aatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggta 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||| |||||||| |||||||||||   |   ||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  10412252 aatgagtctctacatttctgtgaatggcagggagttgaatgcggtcgtcgacacatgagagtttctgtcttgcatttggaaaatcaaaacttgggtggta 10412153  T
Q  235 ctctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 334  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10412152 ctcttggaccatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 10412053  T
Q  335 gcggctgcaaattcttcacttaa 357  Q
    |||  ||||| ||||| ||||||    
T  10412052 gcgattgcaagttcttgacttaa 10412030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 76 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 10422441 - 10422405
Alignment:
Q  76 ctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgt 112  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  10422441 ctttgcttgctttgaaggaaaagcttaaaaatggtgt 10422405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 9e-89; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 49 - 334
Target Start/End: Original strand, 30633112 - 30633397
Alignment:
Q  49 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 148  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30633112 ctttgaattcaaagactgataagctagctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtatcagattatttgccatcatggaatgagtctctaca 30633211  T
Q  149 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 248  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||     
T  30633212 tttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatcc 30633311  T
Q  249 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 334  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30633312 ttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30633397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 49 - 334
Target Start/End: Original strand, 30660841 - 30661126
Alignment:
Q  49 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 148  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30660841 ctttgaattcaaagactgataagctagctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtatcagattatttgccatcatggaatgagtctctaca 30660940  T
Q  149 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 248  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||     
T  30660941 tttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtctctgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatcc 30661040  T
Q  249 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 334  Q
    ||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30661041 ttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30661126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 49 - 334
Target Start/End: Original strand, 30669521 - 30669806
Alignment:
Q  49 ctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctaca 148  Q
    |||||| |||| ||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |  ||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30669521 ctttgaattcaaagactgataagctggctttgcttgctttgaaggaaaagcttacaaatggtgtaccatattatttgccatcatggaatgagtctctaca 30669620  T
Q  149 tttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatca 248  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| ||||     
T  30669621 tttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcactgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatcc 30669720  T
Q  249 ttgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 334  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||| |||  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30669721 ttgggaaatttaacatttcttcaaaagctcagcctttcaaatgtcaacttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30669806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 96 - 334
Target Start/End: Original strand, 30631054 - 30631292
Alignment:
Q  96 aagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagag 195  Q
    |||||||||||||||||  | |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30631054 aagcttacaaatggtgtaccagattatttgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatgggaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagag 30631153  T
Q  196 tcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcga 295  Q
    ||  | | ||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||| |    
T  30631154 tctctgccttgcatttggaaaatcaaacatttggtggcactcttggatcatccttgggaaatctaacatttcttcgaatgctcaacctttcaaatgtcaa 30631253  T
Q  296 cttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaa 334  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30631254 cttgcatggtgaaattccaacacaagttggtcttttgaa 30631292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 123; Significance: 4e-63; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 75 - 357
Target Start/End: Original strand, 13563209 - 13563490
Alignment:
Q  75 gctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacat 174  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13563209 gctttgcttgctttgtaggaaaagcttacaaatggcgtgcccgattctctaccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcagggggttacat 13563308  T
Q  175 gtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaa 274  Q
    ||||| ||||||||||| |||||  | | ||||||||| ||||||||| || ||||| |||| | |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||     
T  13563309 gtggtggtcgtcacatgcgagtctctgccttgcatttgaagaatcaaacatggggtgctacttttggaccatccttgggaaatttaacctttcttagaat 13563408  T
Q  275 actctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcggctgcaaattcttcacttaa 357  Q
     ||  | |||   ||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||    
T  13563409 cctaaaacttaagaacatcgacttgca-gatgaaattccaaaagaagttggtcgtttgaagtgattgcaaattcttgacttaa 13563490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 75 - 338
Target Start/End: Original strand, 1153059 - 1153323
Alignment:
Q  75 gctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatgagtctctacatttctgtgaatggcaagggattacat 174  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||    
T  1153059 gctttgcttgctttgaagaaaaaacttacaaatggcgtgcctgattctctgccgtcatggaatgagtctctacatttttgtaaatggcaaggggttaaat 1153158  T
Q  175 gtggtc-gtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctcggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaa 273  Q
    |||||| ||  |||||||||||||  |   |||||||||||||||||||  | |||||||||||| | || | | |||||||||||||||||||| | ||    
T  1153159 gtggtcagtgctcacatgagagtctctatcttgcatttggagaatcaaacctggggtggtactcttgaacgagccttgggaaatctaacatttctaacaa 1153258  T
Q  274 aactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagcgg 338  Q
     |||| | ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  1153259 tactcaagctttcaaatatcggcttgcatggtgaaattccaaaacaagctggttgtttgaagcgg 1153323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 29625493 - 29625205
Alignment:
Q  40 ttgcttttgctttgagttcacagactgataaatttgctttgcttgctttgaaagaaaagcttacaaatggtgtgtctgattctctgccatcatggaatga 139  Q
    ||||| || ||| ||||||| | ||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  29625493 ttgctatttcttcgagttcagacactgataagctcgctttgcttgctttgaaggaaaagcttacgaatggggtgtcggattctctgccatcatggaatga 29625394  T
Q  140 gtctctacatttctgtgaatggcaagggattacatgtggtcgtcgtcacatgagagtcatttctttgcatttggagaatcaaatattgggtggtactctc 239  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||        |||| |||||| || |||| ||||||||||||| |     
T  29625393 gtctttacatttctgtgaatggcaagggattacatgtgatcatccacacatgagag--------ttgcgtttggaaaaccaaacattgggtggtactatt 29625302  T
Q  240 ggaccatcattgggaaatctaacatttcttagaaaactctacctttcaaacgtcgacttgcatggtgaaattccaaaacaagttggtcgtttgaagc 336  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||| |||   |||   |||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  29625301 gggccatcattgggaaatctaacctttctcagagtgctcatacttgtacacgtcgacttgcatggtgaaattccaagtcaagttggccgtttgaagc 29625205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University