View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9530_low_2 (Length: 960)

Name: NF9530_low_2
Description: NF9530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9530_low_2
NF9530_low_2
[»] chr2 (56 HSPs)
chr2 (19-852)||(8573912-8574746)
chr2 (48-639)||(9291075-9291655)
chr2 (241-636)||(9068716-9069119)
chr2 (51-440)||(9273899-9274276)
chr2 (269-636)||(9315189-9315557)
chr2 (343-636)||(9318667-9318973)
chr2 (342-608)||(10370971-10371241)
chr2 (636-852)||(9069183-9069397)
chr2 (241-636)||(9326531-9326915)
chr2 (241-454)||(9061848-9062066)
chr2 (358-608)||(10334869-10335120)
chr2 (315-608)||(10346844-10347142)
chr2 (315-644)||(10351276-10351595)
chr2 (38-230)||(9315562-9315746)
chr2 (636-849)||(9076780-9076987)
chr2 (467-634)||(9076551-9076719)
chr2 (38-153)||(12012952-12013065)
chr2 (403-636)||(9285022-9285251)
chr2 (38-216)||(9320527-9320698)
chr2 (39-155)||(9364229-9364343)
chr2 (493-636)||(9287709-9287858)
chr2 (528-644)||(10340557-10340672)
chr2 (38-153)||(11987890-11988003)
chr2 (41-230)||(9061584-9061768)
chr2 (241-375)||(7116685-7116819)
chr2 (469-636)||(9273173-9273344)
chr2 (34-155)||(9066034-9066151)
chr2 (636-822)||(9290810-9290985)
chr2 (467-598)||(11425279-11425414)
chr2 (479-633)||(9271827-9271990)
chr2 (38-155)||(12019292-12019404)
chr2 (896-954)||(8574790-8574848)
chr2 (61-154)||(10352723-10352814)
chr2 (38-156)||(9284610-9284725)
chr2 (38-124)||(9295060-9295144)
chr2 (38-163)||(9328204-9328317)
chr2 (101-153)||(12006557-12006609)
chr2 (562-636)||(7117004-7117078)
chr2 (636-847)||(9314894-9315095)
chr2 (254-408)||(10340778-10340934)
chr2 (345-398)||(9287941-9287994)
chr2 (348-440)||(9295433-9295525)
chr2 (241-300)||(10335165-10335225)
chr2 (689-762)||(9062382-9062456)
chr2 (41-98)||(10371506-10371563)
chr2 (414-454)||(7116882-7116922)
chr2 (520-563)||(9062139-9062182)
chr2 (78-155)||(10335418-10335493)
chr2 (241-300)||(10347170-10347229)
chr2 (191-238)||(10347304-10347351)
chr2 (469-515)||(7116943-7116989)
chr2 (328-378)||(8580365-8580415)
chr2 (636-677)||(9297498-9297540)
chr2 (416-454)||(11425224-11425262)
chr2 (469-515)||(12019789-12019835)
chr2 (82-154)||(10341012-10341082)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (249-576)||(41968072-41968408)
chr8 (38-167)||(41967137-41967264)
[»] scaffold0667 (2 HSPs)
scaffold0667 (241-635)||(1674-2069)
scaffold0667 (38-156)||(4056-4172)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (342-634)||(37461517-37461818)
chr3 (38-231)||(37462011-37462198)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (315-590)||(26574122-26574397)
chr4 (61-167)||(26574498-26574600)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (38-151)||(29443718-29443837)
chr1 (38-155)||(29422925-29423039)
chr1 (41-153)||(29453704-29453813)
chr1 (317-454)||(29462062-29462198)
chr1 (549-634)||(29462264-29462349)
chr1 (413-453)||(29444187-29444227)
chr1 (46-122)||(29468200-29468273)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 769; Significance: 0; HSPs: 56)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 769; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 852
Target Start/End: Original strand, 8573912 - 8574746
Alignment:
Q  19 cttgctatatgtactcaatgacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctcta 118  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8573912 cttgctgtatgtacccaatgacccatcatatgatatatgtggttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctcta 8574011  T
Q  119 attactttgaagtttatacctttgtttatgtatatgtggcaatgtgtgtgtgactgtgctggatttcaaaagaacaaaaaattgagaacaatgtatgcca 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8574012 attactttgaagtttatacctttgtttatgtatatgtgacaatgtgtgtgtgactgtgctggatttcaaaagaacaaaaaattgagaacaatgtatgcca 8574111  T
Q  219 tgtgttagtttaatagttgatattgagatcttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8574112 tgtgttagtttaatagttgatattgagatcttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccaccatgccatggtat 8574211  T
Q  319 gtaaagaggagaaaattgttatatagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactatt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8574212 gtaaagaggagaaaattgttatatagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactatt 8574311  T
Q  419 cttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagatt-aannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8574312 cttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagattcatttttttttttccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggt 8574411  T
Q  518 taaaggacctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8574412 taaaggacctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaa 8574511  T
Q  618 tggagctgcacccatttttctccctctggcctttctaaaggatcttctgcttttgtcttttacttctagactctagtactgttgaaaaaatatggaagca 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8574512 tggagctgcacccatttttctccctctggcctttctaaaggatcttctgcttttgtcttttacttctagactctagtactgttgaaaaaatatggaagca 8574611  T
Q  718 caatgaggttggttagtgtatgaaaagaatcttttatttccattattatttttaaattccaatctcttacaacatgcttaagaaagcacaaagtggttgg 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8574612 caatgaggttggttagtgtatgaaaagaatcttttatttccattattatttttaaattccaatctcttacaacatgcttaagaaagcacaaagtggttgg 8574711  T
Q  818 atattgtacaaagagtattgctcatttcgtgcgcg 852  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8574712 atattgtacgaagagtattgctcatttcgtgcgcg 8574746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 48 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 9291655 - 9291075
Alignment:
Q  48 atgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctttgtttat 147  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  9291655 atgatacatgtagttaaactctatgctaaaggttaaattgaattcttatta--taggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctttgtttat 9291558  T
Q  148 gtatatgtggcaatgtgtgtgtgactgtgctggatttcaaaagaacaaaaaattgagaacaatgtatgccatgtgttagtttaatagttgatattgagat 247  Q
    ||||||||| |||||||||      | |||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||| |  |||||| ||||||  |||||||    
T  9291557 gtatatgtgacaatgtgtg------tatgctggatgtcaaaagaattaaaaattgacaacaatgtatgctatgtatatgtttaagagttgaccttgagat 9291464  T
Q  248 cttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtatgtaaagaggagaaaattgttatatagaaa 347  Q
    |||||||| | ||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||||||| || |  |||  |||| |||   | |||||||||| || ||||||||    
T  9291463 cttcactcataaataattattttgtccagcttatttctgaatgttgagactattccacactgctttggtgtgt---gtggagaaaattattttatagaaa 9291367  T
Q  348 ttggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaacttacttcga 447  Q
    ||||||| |||| | ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    ||    
T  9291366 ttggcctgccat-atattacttcaaatttatgcatagttacattcaaaagcatggttttttatcaactattcttttgcgatattgttgaactta----ga 9291272  T
Q  448 tgagattaannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggt----taaaggacctgtgatgtgcagctgaa 543  Q
    |||||||            ||||||||| | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |      |||| |||||||||||||||||||    
T  9291271 tgagatt-cttttttttttccacagggaggacttcttgtcccgaggatttaaattgagattgtaagggatggaagtaagggcctgtgatgtgcagctgaa 9291173  T
Q  544 acaggatgctc--aagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccatttttctc 639  Q
    ||||||| |||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| | | |||| ||||||||| |||||||||||    
T  9291172 acaggattctcaaaagttgtttgttgtgatggaattagttaccttggtttgtggggaaggttgaattgatattgaaaggagctgcatccatttttctc 9291075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 241 - 636
Target Start/End: Original strand, 9068716 - 9069119
Alignment:
Q  241 ttgagatcttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtatgtaaagaggagaaaattgttat 340  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| |||| |  || |||| |||||||||||||| ||||| |||||      
T  9068716 ttgagatcttcgctcctaaataattatcttgacaagcttatttctgaatgttgagcctattcttccctgccgtggtatgtaaagagaagaaagttgtt-- 9068813  T
Q  341 atagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaactt 440  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||| |||||||| | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  9068814 -tagaaattggcctaccatgaaattactccaaat--atgcataattcctttcaaaagtatggctttttatcaactattcttttgtgaaattgttgaactt 9068910  T
Q  441 acttcgatgagattaannnnnnnnnnc------------cacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaaggacctg 528  Q
    |||||||||||||| |          |            ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  9068911 acttcgatgagattcattttttttttctttctttctttccacagggatggtttcttgtccaaaggatttaaattgagattgtaagggatggaaggacctg 9069010  T
Q  529 tgatgtg-cagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgca 627  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||| |||||||    
T  9069011 tgatgtgccaactgaaacatgatgctcaagttgcttcttgtgatgtaattagtcaccttggtttgtgggaaaggttgaattgataaagaatgaagctgca 9069110  T
Q  628 cccattttt 636  Q
    |||||||||    
T  9069111 cccattttt 9069119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 51 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 9274276 - 9273899
Alignment:
Q  51 atatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctttgtttatgta 150  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||||    
T  9274276 atatatgtagttaaactttatgctaaaggtcatgttgaattcttatta--taggacaaggattcactaattactttgaa---tctacctttgtttatgta 9274182  T
Q  151 tatgtggcaatgtgtgtgtgactgtgctggatttcaaaagaacaaaaaa-ttgagaacaatgtatgccatgtgttagtttaatagttgatattgagatct 249  Q
    |||||| |||||||||| ||  ||      ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||  |||||||||    
T  9274181 tatgtgacaatgtgtgtatgcatg------atttctaaagaacaaaaaaattgacaacaatgtatgctatgtgttggtttaagagttgaccttgagatct 9274088  T
Q  250 tcactcctgaataattattttgacaa-gctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtatgtaaagaggagaaaattgttatatagaaat 348  Q
    ||| |||| |||||| |||||| ||| ||| |||| |||||||| ||||||| || || || | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  9274087 tcattcct-aataat-attttggcaaagcttatttctgaatgttaagactattccaccctgtcgtggtatgtgaagaggagaaaattgttatttagaaat 9273990  T
Q  349 tggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaactt 440  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9273989 tggcctacaatgaaattattttaaatttaagcatagttcctttcaaaagca-tgttttttatcaactatttttttgtgatattgttgaactt 9273899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 269 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 9315557 - 9315189
Alignment:
Q  269 ttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtatgtaaagaggagaaaattgttatatagaaattggcctaccatgaaattact 368  Q
    ||||| |||| |||| |||||||||||||||| || || |||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| || | ||||||    
T  9315557 ttgaccagcttatttttgaatgttgagactattccaccctgctgtggtatgtaaagtggagaaaattgttatttagaaattggcctactat-atattact 9315459  T
Q  369 ctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggtttttt--atcaactattcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagattaannnnnnnnnn 466  Q
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    ||||||||| |              
T  9315458 acaaatttattcatagttccattcaaaagcatggttttttttatcaattattcttttgtgatattgtttaactta----gatgagattcatttttttttt 9315363  T
Q  467 cca-cagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaaggacctgtgatgtg---cagctgaaacaggatgctcaagttgtt 562  Q
    ||| |||||| | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  9315362 ccaacagggacgacttcttgtcccgaggatttaaattgagattgtaagggatggagggacctgtgatgtgtagcagctgaaacatgatgctcaacttgtt 9315263  T
Q  563 tcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccattttt 636  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||    
T  9315262 tcttgtgatggaattagtctgcttggtttgtgggaatggttgaattgataatgaatggagctgcactcattttt 9315189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 343 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 9318973 - 9318667
Alignment:
Q  343 agaaattggcctaccatgaaatta---ctctaaatttatgcatagttccattcaaaa-gcacggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaac 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||  |||||| ||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9318973 agaaattggcctaccatgaaattattactctaagcttatgcttagttccttttaaaaagcatggttttttatcaactattattttgtgatattgttgaac 9318874  T
Q  439 ttacttcgatgagattaannnnnnnnnn--ccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaagga----cctgtgat 532  Q
    || ||| ||||||||| |            ||||||||| | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |  |||||    ||||||||    
T  9318873 ttgctttgatgagattcatttttttttcttccacagggacgacttcttgtcccgaggatttaaattgagattgtaagggatggaaggaaggacctgtgat 9318774  T
Q  533 gtgcagc---tgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacc 629  Q
    |||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||    
T  9318773 gtgcagcagctgaaacaggatactcaagttgtttcttgtgatggaattagaaaccttggtttgtgggaaaggctgaattgataatgaatggagctgcacc 9318674  T
Q  630 cattttt 636  Q
    |||||||    
T  9318673 cattttt 9318667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 342 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 10371241 - 10370971
Alignment:
Q  342 tagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaactta 441  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||    
T  10371241 tagaaattggcctaccatgaaattactccaaatttatgcatagttcctttcaaaagcatgg-tttttatcatctattcttttgtgatgtttttgaagtta 10371143  T
Q  442 cttcgatgagatt-aannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaagg----acctgtgatgtgc 536  Q
    ||| ||||||||| |           ||||||||| | ||| ||||||  | |||||||||||||| |||||||| |  ||||    || ||||| ||||    
T  10371142 ctttgatgagattcattttttttttcccacagggacgactttttgtcccgaggatttaaattgagactgtaagggatggaaggaagaacgtgtgaagtgc 10371043  T
Q  537 agctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatt 608  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  10371042 agctgaaacaggatgctccagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtaggaaaggttgaatt 10370971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 636 - 852
Target Start/End: Original strand, 9069183 - 9069397
Alignment:
Q  636 tctccctctggcctttctaaa-ggatcttctgcttttgtcttttacttctagactctagtactgttgaaaaaatatggaagcacaatgaggttggttagt 734  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  9069183 tctccctctggcctttctaaatggatcttctgcttttgtcttttacttctagactctagtactgttgagaaaatatgaaagcacaatgaggttggttatt 9069282  T
Q  735 gtatgaaaagaatcttttatttccattattatttttaaattccaatctcttacaacatgcttaagaaagcacaaagtggttggatattgtacaaagagta 834  Q
    |||| ||| | |||||||||||||   ||||| ||||||||| || ||||||||||||||| | |||||||||  | |||||| || ||||  || ||||    
T  9069283 gtataaaacgtatcttttatttcc---attatctttaaattctaaactcttacaacatgctaatgaaagcacattgaggttggttactgtatgaaaagta 9069379  T
Q  835 ttgctcatttcgtgcgcg 852  Q
    |||||| |||| ||||||    
T  9069380 ttgctcctttcttgcgcg 9069397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 241 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 9326915 - 9326531
Alignment:
Q  241 ttgagatcttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtatgtaaagaggagaaaattgttat 340  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||| |||| || | || |||| |||||||||||||||| || |  |||| |||||||||||||| ||||| |||||      
T  9326915 ttgagattttcactcctaaataattttttttaccaacttatttctgaatgttgagactattccacactgccgtggtatgtaaagagaagaaagttgttg- 9326817  T
Q  341 atagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaactt 440  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||| || ||              ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9326816 --agaaattggcctactatgaaattactcttaagtt--------------tcaaaagcatggttttt-atcaactattcttttgtgatattgttgaactt 9326734  T
Q  441 acttcgatgagattaannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaagga----cctgtgatgtgc 536  Q
    |||||||||||||| |          ||||||||| | ||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||| |  |||||    ||||||||||||    
T  9326733 acttcgatgagattcagtttttctttccacagggacgacttcttgtcccgaggatttaaattgaggttgtaagggatagaaggaaggacctgtgatgtgc 9326634  T
Q  537 agc---tgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccatt 633  Q
    |||   ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  | |||||||||  | ||||||||||||||||| ||||    
T  9326633 agcagctgatacaggatactcaagttgtttcttgtgatggaattagtctgcttggtttgtgcgataggttgaatggataatgaatggagctgcactcatt 9326534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 241 - 454
Target Start/End: Original strand, 9061848 - 9062066
Alignment:
Q  241 ttgagatcttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtatgtaaagaggagaaaattgttat 340  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| | | || |||| ||||||| |||||||| || || |||  |||||||||||| | || ||||||||||    
T  9061848 ttgagattttcactcctaaataattattttggccaacttatttctgaatgtggagactattccaccctgctgtggtatgtaaagtgtagtaaattgttat 9061947  T
Q  341 atagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactattcttttgtg-----atattgttg 435  Q
     | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||     |||||||||    
T  9061948 ttggaaattagcctaccatgaaattactccaaatttatgcatagtttcattcaaaagcatgggtttttatcaactattcttttgtgatataatattgttg 9062047  T
Q  436 aacttacttcgatgagatt 454  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  9062048 aacttactttgatgagatt 9062066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 358 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 10335120 - 10334869
Alignment:
Q  358 atgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagattaan 457  Q
    |||||||||||| |||||| | ||||||||| ||||||| || ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |     
T  10335120 atgaaattactccaaatttgtacatagttcctttcaaaaacatggttttttatcgaacattcttttgtgatattgttgaacttacttttatgagattcat 10335021  T
Q  458 nnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaagga----cctgtgatgtgcagctgaaacaggatgct 553  Q
             ||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||| |||||||| |  |||||    | ||||| |||||||||||||||||||||    
T  10335020 ttttct---ccacagggatgacttcttgtcccgaggatttaaattgagactgtaagggatggaaggaagaacgtgtgaagtgcagctgaaacaggatgct 10334924  T
Q  554 caagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatt 608  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  10334923 ccagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtaggaaaggttgaatt 10334869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 315 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 10347142 - 10346844
Alignment:
Q  315 gtatgtaaagaggagaaaattgttatatagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggtttttt-----a 409  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| | ||||||||||| |||   |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||     |    
T  10347142 gtatgtaaagagaggaaagttgttgtttagaaattggc-tactgggaaattactccaaatttatgcatagttcctttcaaaaacatggttttttttttta 10347044  T
Q  410 tcaactattcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagattaannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattg 509  Q
    | ||| |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||          ||||||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||    
T  10347043 tgaacaattcttttgtcatattgttgaacttactatgatgagatgaattttttc---ccacagggatgacttcttgtcccgaggatttaaattgagattg 10346947  T
Q  510 taaggggt--ta--aaggacctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttga 605  Q
    |||||| |  ||  |||||||||||| |||||||||||||| || || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10346946 taagggatggtaggaaggacctgtgaagtgcagctgaaacatgaagcaccggttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttga 10346847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 315 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 10351595 - 10351276
Alignment:
Q  315 gtatgtaaagaggagaaaattgttatatagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaac 414  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| | ||||  |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||    
T  10351595 gtatgtaaagagaggaaagttgttgtttagattttggcctaccatgaaagtactccaaatttatgcatagttcctttcaaaagcatgattttt-atcaac 10351497  T
Q  415 tattcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagattaannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaagg 514  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||   || |||| |          ||||||||| | |||||||||   | ||||||||||||||||||||||    
T  10351496 tattcttttgtgatatttttgaactt-ctt---tgtgattcatttttt----ccacagggacgacttcttgtctggaggatttaaattgagattgtaagg 10351405  T
Q  515 ggttaaaggacctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaat 614  Q
    |    ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| | |||||||||||| | |||    
T  10351404 gaaggaaggaccagtgaagtgcagctgaaataggatgcttctgttgtttcttgtgatggaattgctcaccttggtttgtaggaaaggttgaattgataat 10351305  T
Q  615 gaatggagctgcacccatttttctccctct 644  Q
    | |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  10351304 g-atggagttgcacccatttttatccctct 10351276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 38 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 9315746 - 9315562
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| || | | |||    
T  9315746 gacccatcatatgatataagtagttaaactctatgctaaaggtcaaattgaattcttat--tataggacaaggattccctaattactttaaattctctac 9315649  T
Q  138 ctttgtttatgtatatgtggcaatgtgtgtgtgactgtgctggatttcaaaagaacaaaaaattgagaacaatgtatgccatgtgttagttta 230  Q
    |||||||||| | |||||| || ||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||    
T  9315648 ctttgtttatctctatgtgacattgtgtg------tgtgctggatttcaaaagaacaaaaaattgacaacaatgcatgatatgtgttagttta 9315562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 636 - 849
Target Start/End: Original strand, 9076780 - 9076987
Alignment:
Q  636 tctccctctggcctttctaaa-ggatcttctgcttttgtcttttacttctagactctagtactgttgaaaaaatatggaagcacaatgaggttggttagt 734  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||| |    
T  9076780 tctccctctggcctttctaaaaggatcttctgcctttatcttttacttctagactctagtactgttgagaaaatatggaagcacaatgaggatgattatt 9076879  T
Q  735 gtatgaaaagaatcttttatttccattattatttttaaattccaatctcttacaacatgcttaagaaagcacaaagtggttggatattgtacaaagagta 834  Q
    |||| ||||| ||||||||||||    ||||| | |||||||||| |    ||| |||||||| |||||||||| | |||||| ||| |||  || ||||    
T  9076880 gtataaaaagtatcttttatttc---gattatctctaaattccaaac----acagcatgcttatgaaagcacaatgaggttggttatagtatgaaaagta 9076972  T
Q  835 ttgctcatttcgtgc 849  Q
    |||||| ||||||||    
T  9076973 ttgctcctttcgtgc 9076987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 467 - 634
Target Start/End: Original strand, 9076551 - 9076719
Alignment:
Q  467 ccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaaggacctgtgatgtg-cagctgaaaca-ggatgctcaagttgtttc 564  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||| | |||||||  |||||||||    
T  9076551 ccacagggatggcttcttgtccaaaggatttaaattgagattgtaagggatggaaggacctgtgatgtgtcagctgaaagatggatgctagagttgtttc 9076650  T
Q  565 ttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccattt 634  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  9076651 tt-tgatgtaattagtcaccttggtttgcaggaaaggttgaattgataatgaatggaactgcacccattt 9076719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 38 - 153
Target Start/End: Original strand, 12012952 - 12013065
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  12012952 gacccatcatatgatatatgtagttagactccatgttaaaggtcaaattgaattcttatta--taggacaaggattctctaattactttgaagtctctac 12013049  T
Q  138 ctttgtttatgtatat 153  Q
    ||||||||||||||||    
T  12013050 ctttgtttatgtatat 12013065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 403 - 636
Target Start/End: Original strand, 9285022 - 9285251
Alignment:
Q  403 ttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagattaannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaatt 502  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |           |||||||| | ||||||||||  | ||||||||||    
T  9285022 ttttttatcaactattcttttgtaatattgttgaacttactttgatgagatgcattttttct---cacagggacgacttcttgtccggaggatttaaatt 9285118  T
Q  503 gagattgtaaggggttaaagg----acctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaa 598  Q
    ||||||||||||| |  ||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |     |||||| ||    
T  9285119 gagattgtaagggatggaaggaaggacctgtgatgtgcagctgaaacatgatgctcaagtagtttcttgtgatggaattagtcatc-----ttgtgggaa 9285213  T
Q  599 aggttgaatttacaatgaatggagctgcacccattttt 636  Q
    | |||||||| | |||  |||||||||||| |||||||    
T  9285214 atgttgaattgataattcatggagctgcacacattttt 9285251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 38 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 9320698 - 9320527
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||| |  | |||||||||| |||||||||||||||||| | |||    
T  9320698 gacccatcatatgatatattaagttaaactctatgctataggtcaaattgaatttttatta--tcggacaaggatactctaattactttgaagtctctac 9320601  T
Q  138 ctttgtttatgtatatgtggcaatgtgtgtgtgactgtgctggatttcaaaag-aacaaaaaattgagaacaatgtatgc 216  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||      | |||||||||||||||| |||||||||| || | ||||||||||    
T  9320600 ctttgtttacgtatatgtgacaatgtgtg------tatgctggatttcaaaagaaacaaaaaatggacagcaatgtatgc 9320527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 39 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 9364343 - 9364229
Alignment:
Q  39 acccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacc 138  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||  ||||||||| |  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  9364343 acccatcatatgatatatgtacttaaactctatattaaaggtcaaatggaattcttatta--taggacaaggagtctctaattactttgaagtctatacc 9364246  T
Q  139 tttgtttatgtatatgt 155  Q
    |||||||||||||||||    
T  9364245 tttgtttatgtatatgt 9364229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 70; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 493 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 9287858 - 9287709
Alignment:
Q  493 gatttaaattgagattgtaaggggttaaagga----cctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttgg 588  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  | |||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  9287858 gatttaaattgagattgtaagggatggatggaagtacctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggagttagtcaccttgt 9287759  T
Q  589 tttgtggaaaaggttgaatttacaatga--atggagctgcacccattttt 636  Q
     |||||| ||||| |||||| | |||||  ||| || |||||||||||||    
T  9287758 cttgtgggaaaggctgaattgataatgaatatgtagttgcacccattttt 9287709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 528 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 10340672 - 10340557
Alignment:
Q  528 gtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgca 627  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| | |||| |||||| ||||    
T  10340672 gtgaagtgcagctgaaacaggatgctccagttgtttcttatgatggaattagtcacctcggtatgtggtaaaggttgaattgataatg-atggagttgca 10340574  T
Q  628 cccatttttctccctct 644  Q
    ||||||||| |||||||    
T  10340573 cccatttttatccctct 10340557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 38 - 153
Target Start/End: Original strand, 11987890 - 11988003
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||| |  ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||    
T  11987890 gacccatcatgtgatatatgtagttaaactttatgttaaaggtcaaattgaattcctatta--taggacaaggattttctaattactttgaagtctctac 11987987  T
Q  138 ctttgtttatgtatat 153  Q
    ||||||||||||||||    
T  11987988 ctttgtttatgtatat 11988003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 41 - 230
Target Start/End: Original strand, 9061584 - 9061768
Alignment:
Q  41 ccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaag-----gattctctaattactttgaagtttat 135  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |   ||||||||||     ||||||||||||||||||||   | |    
T  9061584 ccatcatataatatatgtagttaaactctatgctaaaggttaaattgaattcttgt--tataggacaaggatttgattctctaattactttgaa---tct 9061678  T
Q  136 acctttgtttatgtatatgtggcaatgtgtgtgtgactgtgctggatttcaaaag-aacaaaaaattgagaacaatgtatgccatgtgttagttta 230  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||      | |||||||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||||| |||| ||||||||    
T  9061679 acctttgtttatgtatatgtgacaatgtgtg------tatgctggatttcaaaagaaacaaaaaattaataacattgtatgctatgttttagttta 9061768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 241 - 375
Target Start/End: Original strand, 7116685 - 7116819
Alignment:
Q  241 ttgagatcttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtatgtaaagaggagaaaattgttat 340  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||  | || |||| |||||||||||| | |||||  |||| |    
T  7116685 ttgagatcttcactcctaaataattattttggcaagctcatttctgaatgttgagactatttcaccctgccgtggtatgtaaagtgaagaaagctgttgt 7116784  T
Q  341 atagaaattggcctaccatgaaattactctaaatt 375  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7116785 tgagaaattggcctaccatgaaattactctcaatt 7116819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 469 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 9273344 - 9273173
Alignment:
Q  469 acagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaagga----cctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttc 564  Q
    ||||||| | ||||||||||  | |||||||||||||||||| |||| |  |||||    |||||||| |||||||  |||| ||||||||||||| |||    
T  9273344 acagggacgacttcttgtcccgaggatttaaattgagattgtgagggatggaaggaaggacctgtgatatgcagctttaacacgatgctcaagttgcttc 9273245  T
Q  565 ttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccattttt 636  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||    
T  9273244 ttgttatggaattagtctccttggtttgcgagaaaggttgaattgataatgaatggagctgcatccattttt 9273173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 34 - 155
Target Start/End: Original strand, 9066034 - 9066151
Alignment:
Q  34 caatgacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagttt 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||| ||||||||||| || ||||||||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  9066034 caatgacccatcatatgatatatgtagctaaacttt--gctcaaggtcaaattgaagtcttatca--taggataaagattctctaattactttgaagttt 9066129  T
Q  134 atacctttgtttatgtatatgt 155  Q
     |||||||||||||||| ||||    
T  9066130 ctacctttgtttatgtacatgt 9066151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 636 - 822
Target Start/End: Complemental strand, 9290985 - 9290810
Alignment:
Q  636 tctccctctggcctttctaaaggatcttctgcttttgtcttttacttctagactctagtactgttgaaaaaatatggaagcacaatgaggttggttagtg 735  Q
    |||||||||| ||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9290985 tctccctctgacctatctaaaaga-cttctgcttttgtcttttacttctag-------tactgttgaggaaatatggaagcacaatgaggttggttattg 9290894  T
Q  736 tatgaaaagaatcttttatttccattattatttttaaattccaatctcttacaacatgcttaagaaagcacaaagtggttggatatt 822  Q
    ||||||||| |||||||||||||     ||| | ||||||| || ||||||||||||||| | || ||||||| | |||||| ||||    
T  9290893 tatgaaaagtatcttttatttcc---ggtatctctaaattctaaactcttacaacatgctgatgacagcacaacgcggttggttatt 9290810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 63; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 467 - 598
Target Start/End: Original strand, 11425279 - 11425414
Alignment:
Q  467 ccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaagga----cctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtt 562  Q
    ||||||||| | ||||||||||  | |||||||||||| |||||||||| |  |||||    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  11425279 ccacagggacgacttcttgtcccgaggatttaaattgacattgtaagggatggaaggatggacctgtgatgtgcagctgaaacaggatactcgagttgtt 11425378  T
Q  563 tcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaa 598  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  11425379 tcttgtgaaggaattaatcaccttggtttggggaaa 11425414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 62; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 479 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 9271990 - 9271827
Alignment:
Q  479 cttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaa----ggacctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtt---tcttgtgat 571  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |  ||    |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   |||||| ||    
T  9271990 cttcttgtcccgaggatttaaattgagattgtaagggatggaaagaaggacatgtgatgtgcagctgaaacaggataatcaagttgttgtttcttgtaat 9271891  T
Q  572 ggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatga--atggagctgcacccatt 633  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||  |||||| ||||||||||    
T  9271890 ggaattagtctccttggtttgtgggaaaggttgaattgataatgaatatggagttgcacccatt 9271827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 38 - 155
Target Start/End: Original strand, 12019292 - 12019404
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    | |  ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  12019292 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgttaatgt---attggaattcttatta--taggacaaggattctctaattactttgaagtctctac 12019386  T
Q  138 ctttgtttatgtatatgt 155  Q
    ||||||||||||||||||    
T  12019387 ctttgtttatgtatatgt 12019404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 896 - 954
Target Start/End: Original strand, 8574790 - 8574848
Alignment:
Q  896 aagtctttgttcgttactgcatgtgttttccatcacgttgtcgccgtctctgcttctcc 954  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8574790 aagtctttgttcgttactgcatgtgttttccatcacgttgtcgccgtctctgtttctcc 8574848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 61 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 10352814 - 10352723
Alignment:
Q  61 ttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctttgtttatgtatatg 154  Q
    |||||||||||  || |||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||    
T  10352814 ttaaactctatattataggtcaaattgaattcttatca--taggataaggattctctaattactttgacgtctttacctttgtttatgtatatg 10352723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 156
Target Start/End: Original strand, 9284610 - 9284725
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||   || ||||||||| |||| ||||||||||| || ||||     
T  9284610 gacccatcatataatttatgtagttaaactttatattaaaggtcaaattgaattcttat--tatcggacaaggagtctccaattactttgatgtctata- 9284706  T
Q  138 ctttgtttatgtatatgtg 156  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  9284707 ctttgtctatgtatatgtg 9284725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 124
Target Start/End: Original strand, 9295060 - 9295144
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattact 124  Q
    |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| || |||||||||||||    
T  9295060 gacccatcatataatttatgtggttaaactctatgctaaaggtcaaattgaattcttat--tataggacaggggttctctaattact 9295144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 48; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 9328317 - 9328204
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    ||||        |||||||||||||||||||| | |||    
T  9328317 gacccgtcatatgatatatgaagttaaactctatgctaaaggtcaaattgaattctta----atag--------ttctctaattactttgaagtctctac 9328230  T
Q  138 ctttgtttatgtatatgtggcaatgt 163  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||    
T  9328229 ctttgtttacgtatttgtgacaatgt 9328204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #37
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 101 - 153
Target Start/End: Original strand, 12006557 - 12006609
Alignment:
Q  101 taggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctttgtttatgtatat 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  12006557 taggacaaggattctctaattactttgaagtctctacctttgtttatgtatat 12006609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #38
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 562 - 636
Target Start/End: Original strand, 7117004 - 7117078
Alignment:
Q  562 ttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccattttt 636  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||| | ||||||||||||||  |||||||||    
T  7117004 ttcttgtgatggaattagtcatcttggtttgttggaatggttgaattaataatgaatggagctgtgcccattttt 7117078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #39
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 636 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 9315095 - 9314894
Alignment:
Q  636 tctccctctggcctttctaaa-ggatcttctgcttttgtcttttacttctagactctagtactgttgaaaaaatatggaagcacaatgaggttggttagt 734  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||| ||||||        || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  9315095 tctccctctggcctttctaaaaggatctgctgctt--gtcttttaattctagc-------accgttgagaaaatatggaagcacagtgaggttggttatt 9315005  T
Q  735 gtatgaaaagaatcttttatttccattattatttttaaattccaatctctt-acaacatgcttaagaaagcacaaagtggttggatattgtacaaagagt 833  Q
    |||||||||| || || ||||||    ||||| | ||||||  || ||||| | |||||||||| |||||||||  | |||||| |||||||  || |||    
T  9315004 gtatgaaaagtatgttctatttc---aattatctctaaatttgaaactcttaaaaacatgcttatgaaagcacattgaggttggttattgtatgaaaagt 9314908  T
Q  834 attgctcatttcgt 847  Q
    ||||||| ||||||    
T  9314907 attgctcctttcgt 9314894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #40
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 254 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 10340934 - 10340778
Alignment:
Q  254 tcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatgg----tatgtaaagaggagaaaattgttatatagaaatt 349  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  | || || |||||    | ||||||||| ||| | ||||| |   ||||||    
T  10340934 tcctaaatagttattttgacaagcttatttctgaatgttgagactattacaccctgtcatggcttgtctgtaaagagaagatatttgttgtt--gaaatt 10340837  T
Q  350 ggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggtttttt 408  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||||    
T  10340836 ggcctaccatgaacttactacaaatttatgcatagttcttttcaaaagcatggtctttt 10340778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #41
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 345 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 9287994 - 9287941
Alignment:
Q  345 aaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagc 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||    
T  9287994 aaattggcctaccatgaaattactccaaatttatgcatagttccttgcaaaagc 9287941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #42
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 348 - 440
Target Start/End: Original strand, 9295433 - 9295525
Alignment:
Q  348 ttggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagc--acggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaactt 440  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  |   |||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  9295433 ttggcctaccatgaaattactccaaatttaggcatagttcctttcaaaagcgtaattttttttaggaactattc--ttgtgatattgttgaactt 9295525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #43
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 241 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10335225 - 10335165
Alignment:
Q  241 ttgagatcttcactcctgaataatt-attttgacaagctaatttatgaatgttgagactat 300  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  10335225 ttgagatcttcactcctaaataatttattttgacaagcttatttctgaatgttgagactat 10335165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #44
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 689 - 762
Target Start/End: Original strand, 9062382 - 9062456
Alignment:
Q  689 tctagtactgttgaaaaaatatggaa-gcacaatgaggttggttagtgtatgaaaagaatcttttatttccatta 762  Q
    |||||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  9062382 tctagtactgttgcgaatatatggaaagcacaatgaggttggttattgtataaaaagtgtcttttatttccatta 9062456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #45
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 41 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 10371563 - 10371506
Alignment:
Q  41 ccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatca 98  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||    
T  10371563 ccatcatattatatatgcagttaaactctgtgttaaaggtcaaattgaattcttatca 10371506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #46
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 414 - 454
Target Start/End: Original strand, 7116882 - 7116922
Alignment:
Q  414 ctattcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagatt 454  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7116882 ctattcttttgtgacattgttgaacttacttcgatgagatt 7116922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #47
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 520 - 563
Target Start/End: Original strand, 9062139 - 9062182
Alignment:
Q  520 aaggacctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgttt 563  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9062139 aaggacctatgatgtgcagctgaaacaagatgctcaagttgttt 9062182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #48
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 10335493 - 10335418
Alignment:
Q  78 ggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctttgtttatgtatatgt 155  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||  ||||||||||||||||| || |||   |||||||||||||||||||||    
T  10335493 ggtcaaattgaattcttatca--taggatgaggattctctaattactctggagtcgttacctttgtttatgtatatgt 10335418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #49
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 10347229 - 10347170
Alignment:
Q  241 ttgagatcttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactat 300  Q
    |||||| |||||||||| ||   ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  10347229 ttgagaccttcactcctaaaaccttattttgacaagcttatttttgaatgttgagactat 10347170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #50
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 10347351 - 10347304
Alignment:
Q  191 aacaaaaaattgagaacaatgtatgccatgtgttagtttaatagttga 238  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  10347351 aacaaaaagttgacaacaatgtatgctatgtgttagtttaagagttga 10347304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #51
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 469 - 515
Target Start/End: Original strand, 7116943 - 7116989
Alignment:
Q  469 acagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggg 515  Q
    ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  7116943 acagggaggacttcttgtccaaaggatttaaattgagattgtaaggg 7116989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #52
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 328 - 378
Target Start/End: Original strand, 8580365 - 8580415
Alignment:
Q  328 agaaaattgttatatagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttat 378  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  8580365 agaaaattgttgtttagaaatttgcctaccatgaaattactccaaagttat 8580415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #53
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 636 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 9297540 - 9297498
Alignment:
Q  636 tctccctctggcctttct-aaaggatcttctgcttttgtcttt 677  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  9297540 tctccctctggcctttctaaaaggatcttctgcttttatcttt 9297498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #54
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 416 - 454
Target Start/End: Original strand, 11425224 - 11425262
Alignment:
Q  416 attcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagatt 454  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  11425224 attcttttgtgattttgttgaacttacttggatgagatt 11425262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #55
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 469 - 515
Target Start/End: Original strand, 12019789 - 12019835
Alignment:
Q  469 acagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggg 515  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||    
T  12019789 acagggatgacttcttgtccaaaggatttaaattgacattgtaaggg 12019835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #56
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 10341082 - 10341012
Alignment:
Q  82 aaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctttgtttatgtatatg 154  Q
    ||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||| || | ||| ||||||| ||||||||    
T  10341082 aaattgaattcttatca--taggataaggattctctaattaccttgatgtatttacttttgtttgtgtatatg 10341012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 129; Significance: 3e-66; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 249 - 576
Target Start/End: Original strand, 41968072 - 41968408
Alignment:
Q  249 ttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccat---ggtatgtaaagaggagaaaattgttatataga 345  Q
    |||||| ||||||||| ||||| ||||||| |||| ||| ||||||||| || || |||||  ||   ||||||||||||| ||||| ||||| | ||||    
T  41968072 ttcactactgaataatcatttttacaagcttatttctgagtgttgagaccattccaccatgaaatttgggtatgtaaagagaagaaagttgttgtttaga 41968171  T
Q  346 aattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacgg----ttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaactta 441  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||| ||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41968172 aattggcctaccatgaaattactcctaatttatgcatagttcctttcagaagcatggttttttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaactta 41968271  T
Q  442 cttcgatgagattaannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggt----taaaggacctgtgatgtgca 537  Q
    |||| |||||||| |          | ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |      ||||||||||||||||||    
T  41968272 cttcaatgagattca---tttttttcgacagggatgacttcttgtcccaaggatttaaattgagattgtaagggatggaaggaaggacctgtgatgtgca 41968368  T
Q  538 gctgaaa-caggatgctcaagttgtttcttgtgatggaat 576  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  41968369 gctgaaaccaggatgctcaagttgtttcttctgatggaat 41968408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 38 - 167
Target Start/End: Original strand, 41967137 - 41967264
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    |||||||||||  ||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||   |||||| ||  ||||||||||||||| ||||  | |||    
T  41967137 gacccatcatacaatacatgtacttaaactctatgttaaaggttaaattgaattcttat--tataggataactattctctaattacttcgaaggctttac 41967234  T
Q  138 ctttgtttatgtatatgtggcaatgtgtgt 167  Q
    ||||||||||||| |||||  |||||||||    
T  41967235 ctttgtttatgtacatgtgataatgtgtgt 41967264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 111; Significance: 2e-55; HSPs: 2)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 241 - 635
Target Start/End: Complemental strand, 2069 - 1674
Alignment:
Q  241 ttgagatcttcactcctgaataattattttgacaagctaatttatgaatgttgagactataccgccatgccatggtatgtaaagaggagaaaattgttat 340  Q
    ||||||| || |||||| ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| || || |||| || ||||||||||  ||||| ||||| |    
T  2069 ttgagattttgactcctaaataattattttgaccagcttatttctgaatgttgagactattccaccctgccgtgttatgtaaagaaaagaaagttgttgt 1970  T
Q  341 atagaaattggcctaccatgaaattactc-taaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaactattcttttgtgatattgttgaact 439  Q
      ||||||||||||||||||||||||||| |||  || ||||||||||  |||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||||  |||||||    
T  1969 tgagaaattggcctaccatgaaattactcttaagcttttgcatagttcatttcaaaagcatggttttttatagactat--ttttgtgatatcattgaact 1872  T
Q  440 tacttcgatgagattaannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggt----taaaggacctgtgatgt- 534  Q
    ||||||||||||||| |          | ||||||| | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |    | ||||| |||||||||     
T  1871 tacttcgatgagattca---tttttttctacagggacgacttcttgtccggaggatttaaattgagattgtaagggttggaatgaaggatctgtgatgtg 1775  T
Q  535 --gcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccat 632  Q
      ||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||  || |  ||||||  | ||||||||||||||||| |||    
T  1774 cagcagctgaaacagaattctcaagttgtttcttgtaatggaattagtctgcttggtttgt--aagattttgaatggataatgaatggagctgcactcat 1677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 38 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 4172 - 4056
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||| |  ||||| ||||||||| ||||||||||||| | | |||    
T  4172 gacccatcatatgatttatttagttaaactctgtgctaaaactcaaattgaattcttatta--taggaaaaggattctataattactttgaattctctac 4075  T
Q  138 ctttgtttatgtatatgtg 156  Q
    |||||||||||||||||||    
T  4074 ctttgtttatgtatatgtg 4056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 105; Significance: 6e-52; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 342 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 37461818 - 37461517
Alignment:
Q  342 tagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttat--gcatagttccattcaaaagcacggtttttt-atcaactattcttttgtgatattgttgaac 438  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||  ||||||| || ||||| | || |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  37461818 tagaaaatggcctaccatgatattacttcaaatttatatgcatagtacctttcaagaacatggtttttttatcaaccattcttttttgatattgttgaac 37461719  T
Q  439 ttacttcgatgagattaannnnnnnnnnc--cacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaaggggttaaagga----cctgtgat 532  Q
    ||||||  |||||||| |          |  ||||||||   ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||  |||||    ||||| ||    
T  37461718 ttacttaaatgagattcatttgtttttcctacacagggaccacttcttgtccggaggatttaaattgagattgtaaggggtggaaggaagaacctgtaat 37461619  T
Q  533 gtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccat 632  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||    
T  37461618 gtgcagctgaaacagggtgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtctccttggtttgtgggtaaggttgaattgataatgaatggagctgcacgcat 37461519  T
Q  633 tt 634  Q
    ||    
T  37461518 tt 37461517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 38 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 37462198 - 37462011
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaa-ggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttata 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||||| | |  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  37462198 gacccatcatatgatatatgtagttaagttctatgctaaaaggtcaaattgaattcttgtta--taggacaaggattctctaattactttgaagtctcta 37462101  T
Q  137 cctttgtttatgtatatgtggcaatgtgtgtgtgactgtgctggatttcaaaag-aacaaaaaattgagaacaatgtatgccatgtgttagtttaa 231  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||      | |||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||| || | ||||||||||||||    
T  37462100 cctttgtttatgtatatgtgacaatgtgtg------tatgctagatttcaaaagaaataaaaaattgacaacaatgaattctatgtgttagtttaa 37462011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 88; Significance: 8e-42; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 315 - 590
Target Start/End: Complemental strand, 26574397 - 26574122
Alignment:
Q  315 gtatgtaaagaggagaaaattgttatatagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaac 414  Q
    |||||||||||| ||||| ||||  | || | ||||||  |||||||| |||||| || ||||||||||||||| || ||||||| || |||| ||||||    
T  26574397 gtatgtaaagagaagaaagttgtcgtttacatattggcgcaccatgaacttactccaattttatgcatagttcctttaaaaagcatggctttt-atcaac 26574299  T
Q  415 tattcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagattaannnnnnnnnnccacagggatggcttcttgtcctaaagatttaaattgagattgtaagg 514  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |          ||||||||| | ||| ||||||  |  ||||||||||||| ||||||     
T  26574298 tattcttttgtgatatttttgaacttactttgatgagattcattttttc---ccacagggacgactttttgtccagagaatttaaattgagactgtaagc 26574202  T
Q  515 ggttaa----aggacctgtgatgtgcagctgaaacaggatgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtt 590  Q
    | |  |    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26574201 gatggacggaaggacctgtgaagtgcagctgaaacaggatgctccagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtt 26574122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 61 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 26574600 - 26574498
Alignment:
Q  61 ttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctttgtttatgtatatgtggcaa 160  Q
    |||||||||||  || |||||||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| || | |||| |||||||||||||  ||||||    
T  26574600 ttaaactctatattataggtcaaattgaattcttatca--taggataaggattctctaattactttgacgtctttaccgttgtttatgtata--tggcaa 26574505  T
Q  161 tgtgtgt 167  Q
    |||||||    
T  26574504 tgtgtgt 26574498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 3e-20; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 151
Target Start/End: Original strand, 29443718 - 29443837
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaa-ggtcaaattaaattctta-----tcacataggacaaggattctctaattactttgaagt 131  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||| |     |  |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29443718 gacccatcatatgatatatctagttaaactccatgttaaaaggtcaaattgaattctgaattcttatcataggacaaggattctctaattattttgaagt 29443817  T
Q  132 ttatacctttgtttatgtat 151  Q
     | |||||||||||||||||    
T  29443818 ctctacctttgtttatgtat 29443837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 38 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 29423039 - 29422925
Alignment:
Q  38 gacccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatac 137  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||| |   |||||||||||| ||||||||| | ||  ||||| ||||||||||||| |||||||| | |||    
T  29423039 gaccgatcatatgatatatctagttaaactctgtta-aaaggtcaaattgaattcttattatat--gacaatgattctctaattattttgaagtctctac 29422943  T
Q  138 ctttgtttatgtatatgt 155  Q
    ||||||||||||||||||    
T  29422942 ctttgtttatgtatatgt 29422925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 153
Target Start/End: Original strand, 29453704 - 29453813
Alignment:
Q  41 ccatcatatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaattactttgaagtttatacctt 140  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||| || ||||| ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||     
T  29453704 ccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaagt-aaattgaattcttatta--tagaacaaggattctctaattactttgaagtctctaccta 29453800  T
Q  141 tgtttatgtatat 153  Q
     ||||||||||||    
T  29453801 agtttatgtatat 29453813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 317 - 454
Target Start/End: Original strand, 29462062 - 29462198
Alignment:
Q  317 atgtaaagaggagaaaattgttatatagaaattggcctaccatgaaattactctaaatttatgcatagttccattcaaaagcacggttttttatcaacta 416  Q
    |||||| ||| ||||||||||| | ||||||||  |  ||||||||||||||  ||||||| ||||| || | |||||||    |||||||||||| |||    
T  29462062 atgtaaggagcagaaaattgttttgtagaaatttactcaccatgaaattacttcaaatttaagcataattactttcaaaaagttggttttttatca-cta 29462160  T
Q  417 ttcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagatt 454  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  29462161 ttcttttatgatattgttgaacttacttacatgagatt 29462198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 549 - 634
Target Start/End: Original strand, 29462264 - 29462349
Alignment:
Q  549 atgctcaagttgtttcttgtgatggaattagtcaccttggtttgtggaaaaggttgaatttacaatgaatggagctgcacccattt 634  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||| | || ||||| |||| ||| |||||    
T  29462264 atgctcaagttgtttctagtaatggaattagtcaccttgttttgtgggaaggattgaattgataaggaatgtagctccacacattt 29462349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 413 - 453
Target Start/End: Original strand, 29444187 - 29444227
Alignment:
Q  413 actattcttttgtgatattgttgaacttacttcgatgagat 453  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29444187 actattcttttgtgatattgttgagcttacttctatgagat 29444227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 46 - 122
Target Start/End: Original strand, 29468200 - 29468273
Alignment:
Q  46 atatgatatatgtagttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattctctaatta 122  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |   |||||||||||| |||||||||   ||||||||| |||||||||||||    
T  29468200 atatgatatatgcagttaaactctgt-taaaaggtcaaattgaattcttat--tataggacaatgattctctaatta 29468273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University