View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9530_low_5 (Length: 450)

Name: NF9530_low_5
Description: NF9530
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9530_low_5
NF9530_low_5
[»] scaffold0087 (5 HSPs)
scaffold0087 (1-432)||(13348-13769)
scaffold0087 (1-419)||(20406-20824)
scaffold0087 (1-419)||(30754-31172)
scaffold0087 (24-432)||(34769-35174)
scaffold0087 (24-419)||(40810-41205)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (1-432)||(5761782-5762203)
chr6 (24-432)||(5830697-5831105)
chr6 (28-432)||(5853642-5854046)
chr6 (19-362)||(5883794-5884137)
chr6 (28-422)||(5821369-5821763)
chr6 (20-381)||(5889053-5889414)
chr6 (18-419)||(5881077-5881478)
chr6 (87-234)||(5163566-5163713)
chr6 (136-256)||(2715409-2715533)
chr6 (252-326)||(5163713-5163787)


Alignment Details
Target: scaffold0087 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 5)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Original strand, 13348 - 13769
Alignment:
Q  1 acaaatcttggatattggacaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  13348 acaaatcttggatattggacaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccagaaggtataacaaaactcgtggcattagctgctttca 13447  T
Q  101 acctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13448 acctttcatggaataatctcaaaggatttattcctagcaacattggtcatatggaaagtttacaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtag 13547  T
Q  201 aatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  13548 aatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagtcacatgaacttgt-tttcaacaacttagaaggcaatattcccataagcactcaactacaaact 13646  T
Q  301 tttggcccctcatcatatgttgggaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattata 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||          ||||||||||| |||    
T  13647 tttggcccctcatcatatgttgggaatagtagactttgtggcccaccaatcacaaatctttgtccaggagatgtg---------acaagaagccatgata 13737  T
Q  401 aacatgtcactagtgaagaagatgaagataag 432  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13738 aacatgtcactaatgaagaagatgaagataag 13769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Original strand, 20406 - 20824
Alignment:
Q  1 acaaatcttggatattggacaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20406 acaaatcttggatattggacaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaa 20505  T
Q  101 acctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||     
T  20506 acctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcacttgacttctcaagaaatcatatttctggtag 20605  T
Q  201 aatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaact 300  Q
    |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||  || |||||||| || || ||    
T  20606 aatgccgacgagcttctcaaatttgacatttcttagttacatggacttgtctttcaacaacttagaaggaaaaattccactatgcactcaactacaatct 20705  T
Q  301 tttggcccctcatcatatgttgggaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattata 400  Q
    ||||| || ||  ||||||  ||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||   |||||| || |||    
T  20706 tttggtccatctacatatgcggggaataatcgactatgtggaccaccactcataaatctttgtccagacgatgtgatttctccaaatagaagctatgata 20805  T
Q  401 aacatgtcactagtgaaga 419  Q
    ||  |||||||||||||||    
T  20806 aaactgtcactagtgaaga 20824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #3
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Original strand, 30754 - 31172
Alignment:
Q  1 acaaatcttggatattggacaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30754 acaaatcttggatattggacaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaa 30853  T
Q  101 acctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||     
T  30854 acctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaagattagaatcactagacttatcaagaaaacatatttcaggtag 30953  T
Q  201 aatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaact 300  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||| || || ||    
T  30954 aatgccaacgagcttaacaaatttgacatttcttagttacatggacttgtctttcaacaacttagaaggaaaaattccactaagcactcaactacaatct 31053  T
Q  301 tttggcccctcatcatatgttgggaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattata 400  Q
    ||||  || ||  |||||   ||||||| | |||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||   | |||| || |||    
T  31054 tttgatccatctacatatacggggaataatcgactatgtggaccaccactcataaatctttgtccagacgatgtgatttctccaaataaaagctatgata 31153  T
Q  401 aacatgtcactagtgaaga 419  Q
    ||  |||||||||||||||    
T  31154 aaactgtcactagtgaaga 31172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #4
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 24 - 432
Target Start/End: Original strand, 34769 - 35174
Alignment:
Q  24 cattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcaca 123  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34769 cattgatctttcgtgcaaccacttaacaggagagatacctcaaagtataacaaaactcgtggcattagctactttaaacctttcaaggaataatctcaca 34868  T
Q  124 ggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatt 223  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  34869 ggaatcattcctagcaaaattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttctggtagaatgccaacgagcttttcaaatt 34968  T
Q  224 tgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcatatgttgg 323  Q
    |||||| ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||  ||||||||||| || ||| |||||   |||  |||||||| ||    
T  34969 tgacatctcttaataacatgaacttgtctttcaataacttagacgacaaaattccagtaagcactcaactacaaa-ttttgattcctattcatatgtggg 35067  T
Q  324 gaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattataaacatgtcactagtgaagaagat 423  Q
    ||||| | ||||||||||      ||||| |||||||||||||   |||||| ||||| || | |||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  35068 gaataatcgactttgtgg--attgactcataaatctttgtccaagtgatgtgatttcttcaactagaaccaatgataaacatgtcactagtgaagaagat 35165  T
Q  424 gaagataag 432  Q
    |||||||||    
T  35166 gaagataag 35174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 24 - 419
Target Start/End: Original strand, 40810 - 41205
Alignment:
Q  24 cattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcaca 123  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40810 cattgatctttctaacaaccacttaactggagagatacctaaaagtataacaaaacttgtggcattagctggtttaaacctttcaaggaataatctcaca 40909  T
Q  124 ggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatt 223  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||||  |||    
T  40910 ggattaattcccaacaacattggtcatatggaaacattagaatcacttgacttgtcaagaaaccatctttctgggagaatgccaccaagcttttcgtatt 41009  T
Q  224 tgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcatatgttgg 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||  ||||||||||| || || ||||||  |||||  ||||||| ||    
T  41010 tgacatttcttagttacatgaacttgtcgttcaacaacttagaaggtaaaattccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctacatatgtcgg 41109  T
Q  324 gaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattataaacatgtcactagtgaaga 419  Q
    ||| ||| |||||||||| |  ||||||| ||||||||||||    |||||  |||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  41110 gaacagtggactttgtggacagccactcataaatctttgtcctagcgatgtaatttctccaacaaaaagccatgataaacatgccactagtgaaga 41205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 432
Target Start/End: Original strand, 5761782 - 5762203
Alignment:
Q  1 acaaatcttggatattggacaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  5761782 acaaatcttggatattggacaaccattgatctttcttgcaaccatttaaccggagagataccagaaggtataactaaactcgtggcattagctgctttaa 5761881  T
Q  101 acctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  5761882 acctttcatggaataatctcacaggatttattcctagcaacattggtcatatgaaaagtttacaatcactcgacttgtcaataaaccatctttcaggtag 5761981  T
Q  201 aatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  5761982 aatgccaacaagcttttcaaatttgacatttcttagtcacatgaacttgt-tttcaacaacttagaaggcaatattcccataagcactcaactacaaact 5762080  T
Q  301 tttggcccctcatcatatgttgggaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattata 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||          ||||||||||| |||    
T  5762081 tttggcccctcatcatatgttgggaatagtagactttgtggcccaccattcacaaatctttgtccaggagatgtg---------acaagaagccatgata 5762171  T
Q  401 aacatgtcactagtgaagaagatgaagataag 432  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5762172 aacatgtcactaatgaagaagatgaagataag 5762203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 24 - 432
Target Start/End: Original strand, 5830697 - 5831105
Alignment:
Q  24 cattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcaca 123  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5830697 cattgatctttcgtgcaaccacttaacaggagagatacctcaaagtataacaaaactcgtggcattagctactttaaacctttcaaggaataatctcaca 5830796  T
Q  124 ggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatt 223  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  5830797 ggaatcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttctggtagaatgccaacgagcttttcaaatt 5830896  T
Q  224 tgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcatatgttgg 323  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||  ||||||||||| || |||||||||   |||  |||||||| ||    
T  5830897 tgacatttcttaataacatgaacttgtctttcaataacttagacggcaaaattccagtaagcactcaactacaaacttttgattcctattcatatgtggg 5830996  T
Q  324 gaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattataaacatgtcactagtgaagaagat 423  Q
    ||||| | |||||||||| |||||||||| |||||||||||||   |||||| ||||| || | |||| | || ||||||||||||||||||||||||||    
T  5830997 gaataatcgactttgtggaccaccactcataaatctttgtccaagcgatgtgatttcttcaactagaaccaatgataaacatgtcactagtgaagaagat 5831096  T
Q  424 gaagataag 432  Q
    |||||||||    
T  5831097 gaagataag 5831105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 28 - 432
Target Start/End: Original strand, 5853642 - 5854046
Alignment:
Q  28 gatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggat 127  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5853642 gatctttcttgcaaccaattaaccggagagatacctcaaagcataacgaaactcgcagcattagctagtttaaacctttcaaggaataatctcacaggat 5853741  T
Q  128 tcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgac 227  Q
    | ||||| |  ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  5853742 taattcccaataacattggtcatatgaaaatgttagaatcgctcgatttgtcaagaaaccatctttctggtagaatgccaacaagcttttcaaatttaac 5853841  T
Q  228 atttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcatatgttgggaat 327  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  || |||||||||   |||  |||||||| ||||||    
T  5853842 atctcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaaaattccaataagcactcagctacaaacttttgattcctattcatatgtggggaat 5853941  T
Q  328 agtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattataaacatgtcactagtgaagaagatgaag 427  Q
    | | |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||| || | |||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5853942 aatcgactttgtggaccaccactcataaatctttgtccagccgatgtgatttcttcaactagaatcaatgataaacatgtcactattgaagaagatgaag 5854041  T
Q  428 ataag 432  Q
    |||||    
T  5854042 ataag 5854046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 362
Target Start/End: Original strand, 5883794 - 5884137
Alignment:
Q  19 acaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatc 118  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  5883794 acaacaattgatctttcttgcaaccaattaaccggtgagataccccaaagtataacaaaacttgttgcattagttggtttaaacctttcagggaataatc 5883893  T
Q  119 tcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttc 218  Q
    |||||||| | ||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5883894 tcacaggaatgattcccaacaacattggtcatatgaaaatgttagaatcacttgacttgtcaagaaaccatctttcgggtagaatgccaacaagcttttc 5883993  T
Q  219 aaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcatat 318  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| || |||||||||   |||| ||||||    
T  5883994 aaatttgacatttcttggttacatgaacctgtcgttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagcactcaactacaaacttttgattcctcttcatat 5884093  T
Q  319 gttgggaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttg 362  Q
    || ||||||| | |||||||||| | ||| |||| |||||||||    
T  5884094 gtggggaataatcgactttgtggacaaccgctcataaatctttg 5884137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 28 - 422
Target Start/End: Original strand, 5821369 - 5821763
Alignment:
Q  28 gatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggat 127  Q
    ||||||||  ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||  | |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5821369 gatctttcaagcaaccacttaacaggtgagataccgcaaagtataacaaagttggtggtattagttggtttaaacctttcaaggaataatctcacaggat 5821468  T
Q  128 tcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgac 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5821469 tcattcctagcaacattggtcatatggaaagtttagaatcattggacttgtcaagaaatcatctctacggtaaaatgccaacaagcttttcaagtttgac 5821568  T
Q  228 atttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcatatgttgggaat 327  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || |||||  ||||||||||| || |||||||||  || || |||||||| |||||     
T  5821569 atttcttggttacatgaacctgtcattcaacaatttagaagggaaaattccactaagcactcaactacaaacttttgatccatcttcatatgtggggaac 5821668  T
Q  328 agtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattataaacatgtcactagtgaagaaga 422  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||  || || |||||  |||||||| | || ||| || | ||||||||||| |||||||||||    
T  5821669 agtcgactttgtggcccaccactcataaaccttttccctgacgatgtaatttctccaactagtagcaatgacaaacatgtcacaagtgaagaaga 5821763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 20 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 5889414 - 5889053
Alignment:
Q  20 caaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataatct 119  Q
    |||| |||||||||||  ||||||| ||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||| || ||| ||||||||| | ||| ||||    
T  5889414 caactattgatctttcaagcaaccacttaaccggagtaatacctcaaagtataacaaaacttgtggtattagttgatttgaacctttcaggaaatcatct 5889315  T
Q  120 cacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttca 219  Q
    ||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5889314 cacaggattaattcccaaaaacattggtcatatggaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcgggtaaaatgccaacaagcttttca 5889215  T
Q  220 aatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcatatg 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||| || || ||||||  || ||  |||| |    
T  5889214 aatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaataacttagaaggcaaaattccactaagcactcaactacaatcttttgatccttctacatacg 5889115  T
Q  320 ttgggaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttct 381  Q
    | ||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||    
T  5889114 tggggaatagtggactttgtggctcaccactcatgaatctttgcccaggagatgtggtttct 5889053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 419
Target Start/End: Original strand, 5881077 - 5881478
Alignment:
Q  18 gacaaccattgatctttcttgcaaccatttaacaggagagataccccaaagtataacaaaactcgtggcattagctggtttaaacctttcatggaataat 117  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||   |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | ||| ||    
T  5881077 gacaacaattgatctttcttgcaacaacctaacaggagaaataccccacgatataccaaaactcgtggcattagttggtttagacctttcaggaaatcat 5881176  T
Q  118 ctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagctttt 217  Q
    ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  5881177 ctcacaggattaattcccaaaaacattggtcatatgaaaatgttagaatcattggacttgtcaagaaatcatctctacggtaaaatgccaacaagctttt 5881276  T
Q  218 caaatttgacatttcttagttacatgaacttgtctttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcata 317  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| || |||||  || | |||||| || ||||||||   |||||  ||||    
T  5881277 caagtttgacatttcttggttacatgaacctgtcgttcaacaatttagaagggaaaattccactaggtactcaactacaaacttttcatccctctgcata 5881376  T
Q  318 tgttgggaatagtagactttgtggcccaccactcacaaatctttgtccagaagatgtggtttctccaccaagaagccattataaacatgtcactagtgaa 417  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||| |  ||||||| |||||||||||| |  |||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  5881377 tgtggggaacagtggactttgtggacagccactcataaatctttgtcctggcgatgtgatttctccaacaaaaagccatgataaacatgccactggtgaa 5881476  T
Q  418 ga 419  Q
    ||    
T  5881477 ga 5881478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 87 - 234
Target Start/End: Original strand, 5163566 - 5163713
Alignment:
Q  87 attagctggtttaaacctttcatggaataatctcacaggattcattcctagcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgtcaagaaac 186  Q
    ||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5163566 attagttggtttaaaccttttagggaatattctcacaggattcattcccaacaacattggtcatatgaaaatgttggaatcactcgacttgtcaagaaac 5163665  T
Q  187 catctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacatttctt 234  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5163666 catctttcaggtaaaatgccaacaaacttttcaaatttgacatttctt 5163713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 136 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 2715533 - 2715409
Alignment:
Q  136 agcaacattggtcatatggaaaggttagaatcactcgacttgt----caagaaaccatctttcaggtaaaatgccaacaagcttttcaaatttgacattt 231  Q
    ||||||||| |||||||| ||| ||||||||| |||||||| |    |||||||  ||||||   ||| |||||||||||||||| | |||||||||||     
T  2715533 agcaacatttgtcatatgaaaatgttagaatcgctcgacttatatatcaagaaattatctttattgtagaatgccaacaagctttgctaatttgacattc 2715434  T
Q  232 cttagttacatgaacttgtctttca 256  Q
     | ||||||||||||||||||||||    
T  2715433 ataagttacatgaacttgtctttca 2715409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 326
Target Start/End: Original strand, 5163713 - 5163787
Alignment:
Q  252 tttcaacaacttagaaggcaacattcccataagcactcaattagaaacttttggcccctcatcatatgttgggaa 326  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||| || || ||||||  |||||  ||||||| |||||    
T  5163713 tttcaacaacttagaaggcaaaattccactaagcactcaactacaatcttttgatccctctgcatatgtcgggaa 5163787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University