View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9533A_low_1 (Length: 691)

Name: NF9533A_low_1
Description: NF9533A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9533A_low_1
NF9533A_low_1
[»] chr3 (27 HSPs)
chr3 (456-682)||(33399476-33399702)
chr3 (20-180)||(33399827-33399989)
chr3 (214-373)||(32493567-32493717)
chr3 (287-384)||(33399698-33399795)
chr3 (381-683)||(14399495-14399797)
chr3 (381-682)||(7841834-7842135)
chr3 (381-682)||(46992065-46992366)
chr3 (381-665)||(36816335-36816619)
chr3 (381-682)||(21955057-21955358)
chr3 (381-682)||(48249686-48249987)
chr3 (381-665)||(77839-78123)
chr3 (381-663)||(13746540-13746822)
chr3 (381-665)||(7838554-7838838)
chr3 (381-663)||(9428652-9428934)
chr3 (381-682)||(6504774-6505075)
chr3 (137-205)||(32492827-32492895)
chr3 (381-663)||(6741847-6742129)
chr3 (417-682)||(29930309-29930574)
chr3 (417-682)||(29979463-29979728)
chr3 (381-663)||(3949703-3949985)
chr3 (381-663)||(8159802-8160084)
chr3 (381-663)||(16445580-16445862)
chr3 (381-663)||(30946461-30946743)
chr3 (20-87)||(32492759-32492828)
chr3 (417-558)||(4510341-4510482)
chr3 (417-613)||(25059796-25059992)
chr3 (520-663)||(50954233-50954376)
[»] chr1 (25 HSPs)
chr1 (372-682)||(26466080-26466390)
chr1 (379-682)||(32106460-32106760)
chr1 (376-649)||(25231276-25231549)
chr1 (381-682)||(37015855-37016156)
chr1 (381-682)||(38691758-38692059)
chr1 (381-682)||(50116582-50116883)
chr1 (372-682)||(16246561-16246871)
chr1 (381-642)||(21943183-21943444)
chr1 (381-682)||(46974105-46974406)
chr1 (418-682)||(7980068-7980332)
chr1 (383-665)||(51663216-51663498)
chr1 (381-612)||(13174792-13175023)
chr1 (381-663)||(29355507-29355789)
chr1 (381-663)||(41454797-41455079)
chr1 (381-574)||(5078984-5079177)
chr1 (381-663)||(20350416-20350698)
chr1 (381-663)||(44619922-44620204)
chr1 (381-663)||(3947280-3947562)
chr1 (381-663)||(3984073-3984355)
chr1 (381-663)||(13630376-13630658)
chr1 (381-663)||(44466542-44466824)
chr1 (381-663)||(38774934-38775216)
chr1 (381-574)||(12649398-12649589)
chr1 (417-613)||(25593678-25593874)
chr1 (478-558)||(39914002-39914082)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (380-667)||(20285965-20286252)
chr5 (376-649)||(23028374-23028654)
chr5 (381-665)||(18537155-18537439)
chr5 (378-488)||(20287403-20287513)
chr5 (381-682)||(25895920-25896221)
chr5 (506-649)||(13157978-13158121)
chr5 (381-574)||(7020699-7020892)
chr5 (381-574)||(34078829-34079022)
chr5 (381-682)||(7799825-7800126)
chr5 (381-574)||(27866664-27866857)
chr5 (381-612)||(4202758-4202989)
chr5 (503-682)||(20286449-20286629)
chr5 (381-663)||(11032271-11032553)
chr5 (381-663)||(37819696-37819978)
chr5 (381-663)||(38859009-38859291)
chr5 (381-558)||(28885227-28885404)
chr5 (478-682)||(1035466-1035670)
chr5 (465-637)||(13567005-13567177)
chr5 (381-550)||(1036424-1036593)
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (373-666)||(17996983-17997276)
chr2 (381-682)||(41007799-41008100)
chr2 (381-642)||(436292-436553)
chr2 (381-682)||(12907311-12907612)
chr2 (381-682)||(11692634-11692934)
chr2 (381-682)||(43949101-43949402)
chr2 (381-574)||(9655205-9655398)
chr2 (381-682)||(24750599-24750900)
chr2 (381-682)||(28354721-28355022)
chr2 (381-574)||(3802385-3802578)
chr2 (381-574)||(27275179-27275372)
chr2 (381-665)||(24604908-24605192)
chr2 (381-574)||(34920601-34920794)
chr2 (381-663)||(212260-212542)
chr2 (381-663)||(10623273-10623555)
chr2 (381-663)||(39794930-39795212)
chr2 (381-574)||(5348216-5348409)
chr2 (381-574)||(41561061-41561254)
chr2 (381-574)||(45476407-45476599)
chr2 (456-663)||(7263992-7264199)
chr2 (381-663)||(38946723-38947005)
chr2 (381-496)||(1098645-1098760)
chr2 (521-682)||(1100042-1100203)
chr2 (592-682)||(34920802-34920892)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (376-682)||(6182617-6182925)
chr4 (381-665)||(4976713-4976997)
chr4 (381-612)||(11502517-11502748)
chr4 (381-682)||(18580150-18580448)
chr4 (381-663)||(9890982-9891264)
chr4 (381-566)||(19072476-19072661)
chr4 (395-665)||(4978787-4979057)
chr4 (379-665)||(51643315-51643603)
chr4 (383-574)||(41024248-41024439)
chr4 (381-574)||(3404839-3405032)
chr4 (381-663)||(49565283-49565565)
chr4 (381-575)||(4769178-4769376)
chr4 (381-682)||(21471735-21472035)
chr4 (381-546)||(38463656-38463821)
chr4 (372-496)||(44049737-44049861)
chr4 (590-682)||(17140530-17140622)
chr4 (590-682)||(38463825-38463917)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (372-682)||(8400527-8400837)
chr7 (381-682)||(43827425-43827726)
chr7 (388-682)||(47061824-47062118)
chr7 (381-663)||(18106348-18106630)
chr7 (381-574)||(15060662-15060855)
chr7 (381-663)||(617568-617850)
chr7 (381-663)||(42500367-42500649)
chr7 (381-663)||(43622954-43623236)
chr7 (381-663)||(45764339-45764621)
chr7 (381-663)||(30787499-30787781)
chr7 (479-682)||(21799953-21800156)
chr7 (415-549)||(16794466-16794600)
chr7 (417-564)||(3761964-3762111)
chr7 (478-613)||(20908433-20908568)
chr7 (428-558)||(8194146-8194276)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (381-665)||(35965564-35965848)
chr8 (381-682)||(39751847-39752148)
chr8 (387-682)||(7168841-7169136)
chr8 (383-682)||(45455317-45455616)
chr8 (381-682)||(43688990-43689291)
chr8 (381-665)||(43370725-43371009)
chr8 (381-663)||(7341039-7341321)
chr8 (381-663)||(8422675-8422957)
chr8 (381-663)||(30304429-30304711)
chr8 (381-663)||(32377727-32378009)
chr8 (381-663)||(32431684-32431966)
chr8 (478-612)||(22580914-22581048)
chr8 (381-574)||(1115821-1116014)
chr8 (466-682)||(14401676-14401894)
chr8 (520-642)||(2145948-2146070)
chr8 (395-496)||(2145837-2145938)
[»] scaffold0219 (1 HSPs)
scaffold0219 (381-682)||(17010-17311)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (381-682)||(18606937-18607238)
chr6 (383-682)||(24220107-24220408)
chr6 (381-612)||(31147333-31147564)
chr6 (385-663)||(28250856-28251134)
chr6 (381-642)||(29287767-29288028)
chr6 (381-663)||(1611570-1611852)
chr6 (381-574)||(21358169-21358359)
chr6 (381-574)||(23962151-23962341)
chr6 (503-665)||(7362137-7362299)
chr6 (486-613)||(34111586-34111713)
chr6 (590-682)||(35243544-35243636)
[»] scaffold0116 (1 HSPs)
scaffold0116 (372-682)||(12203-12514)
[»] scaffold0494 (1 HSPs)
scaffold0494 (381-663)||(1841-2123)
[»] scaffold0341 (1 HSPs)
scaffold0341 (381-574)||(16176-16369)
[»] scaffold0101 (1 HSPs)
scaffold0101 (381-663)||(33769-34051)
[»] scaffold0340 (1 HSPs)
scaffold0340 (503-682)||(111-290)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 27)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 456 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 33399702 - 33399476
Alignment:
Q  456 gtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgc 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399702 gtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagcaccaaactcttggtcaagtcacgtacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgc 33399603  T
Q  556 aagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaa 655  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |    
T  33399602 aagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgcttgcctactaagatatccacga 33399503  T
Q  656 aacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||    
T  33399502 accatgaacatacacctacattttctt 33399476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 33399989 - 33399827
Alignment:
Q  20 tgaagagattcatttctat--tcttcaagaatttatgtgaagactacaacgaaaagaagccactcttgttagctccccgcatgagaaatgtcattcgggt 117  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399989 tgaaaagattcatttctatgatcttcaagaatttatgtgaagactacaacgaaaagaagccacatttgttagctccccgcatgagaaatgtcattcgggt 33399890  T
Q  118 gactagaggaaataggaatttggacaatttatagcacctcaaaaggaaggaatcagctgtcct 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399889 gactagaggaaataggaatttggacaagttatagcacctcaaaaggaaggaatcagctgtcct 33399827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 214 - 373
Target Start/End: Original strand, 32493567 - 32493717
Alignment:
Q  214 atcaagctgcaaggcattttaggcaaacaagtcaaaaattagcaacaaattataggaagaatgagaaagaatttatggaagatttgcccgaaaattagct 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  32493567 atcaagctgcaaggcattttaggcaaacaagtcaaaaattagcaccaaattataggaagaatgagaaagaatttatggaagatttgcccgaaacttaggt 32493666  T
Q  314 agtggaaactaatcccactaaagacaccaaatgcatcatctcaataatggcgctttcggc 373  Q
    |||||||||||||||         ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32493667 agtggaaactaatcc---------caccaaatgcaacatctcaataatggcgctttcggc 32493717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 287 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 33399795 - 33399698
Alignment:
Q  287 tatggaagatttgcccgaaaattagctagtggaaactaatcccactaaagacaccaaatgcatcatctcaataatggcgctttcggcaacaccgtctt 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33399795 tatggaagatttgcccgaaaattagctagtggaaactaatcccactaaagacaccaaatgcatcatctcaataatggcgctttcggcaacaccgtctt 33399698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 381 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 14399797 - 14399495
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  14399797 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 14399698  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  14399697 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcatccttctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 14399598  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||  | ||||||||||||||||| ||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||| ||||| |||| |||    
T  14399597 tccatggcatggttgtgaactccatttagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaaacacccacattttc 14399498  T
Q  681 ttc 683  Q
    |||    
T  14399497 ttc 14399495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 7841834 - 7842135
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || |||||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  7841834 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgatgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 7841933  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||    |     
T  7841934 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctacaggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 7842033  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||   | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  7842034 ttcatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatcctcattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 7842133  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  7842134 tt 7842135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 46992065 - 46992366
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| ||||||||| || ||| | || ||||| ||||||||| || |||    
T  46992065 tcttgtcacctctatttgtcttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcatatttgtcatgcaatgtggtattttgttcttcaaatgtatcaa 46992164  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    || |||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  46992165 aaaatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 46992264  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  46992265 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 46992364  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  46992365 tt 46992366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 381 - 665
Target Start/End: Original strand, 36816335 - 36816619
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  36816335 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 36816434  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  36816435 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 36816534  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  36816535 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 36816619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 21955057 - 21955358
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  21955057 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 21955156  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||| |    |     
T  21955157 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaataatgtgtccttctagagccggc 21955256  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||| | ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  21955257 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttacttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 21955356  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  21955357 tt 21955358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 48249686 - 48249987
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| | ||||||| || |||    
T  48249686 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgtttttcaaatgtatcaa 48249785  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||  ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||    |     
T  48249786 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacagtcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttataaagccggc 48249885  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  48249886 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 48249985  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  48249986 tt 48249987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 381 - 665
Target Start/End: Original strand, 77839 - 78123
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | || ||||| ||||||||| || |||    
T  77839 tcttgtcacctctatttgcctttcatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtattttgttcttcaaatgtatcaa 77938  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | || |||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||    |     
T  77939 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcttcctttaatctaccggcaataatgtgtccttctaaagccggc 78038  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    | ||||   ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  78039 tccatcaaatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 78123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 13746540 - 13746822
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  13746540 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 13746639  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  13746640 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 13746739  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  13746740 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 13746822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 381 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 7838838 - 7838554
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||| ||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  7838838 tcttgccacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 7838739  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||      |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||| | ||| ||||||| |||||||    |     
T  7838738 aatatttcttggaagcatattgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccggaaagaatgtgtccttctaaagccggc 7838639  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    | |||| | ||||||||||||||| ||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  7838638 tccatcgcatggttgtgaactccactaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 7838554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 9428652 - 9428934
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  9428652 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 9428751  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  9428752 aatatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 9428851  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  9428852 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 9428934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 6504774 - 6505075
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| | || ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  6504774 tcttgtcacctctatgtgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 6504873  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| |||||| |  |    ||||||||||||||  ||||| ||||||  | |||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  6504874 aatatttcttggaaacatcttgttcttggtcaagtcatgtacaatcttcttttcgtcctcctttagtctaccggcaagaatgtgtcattctaaagccggc 6504973  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  6504974 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 6505073  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  6505074 tt 6505075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 137 - 205
Target Start/End: Original strand, 32492827 - 32492895
Alignment:
Q  137 ttggacaatttatagcacctcaaaaggaaggaatcagctgtcctaagggaagggggagcattgtgtcca 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  32492827 ttggacaatttatagcacctcaaaaggaaggaatcagctgtcctaagggaagggggggcattgcgtcca 32492895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 6742129 - 6741847
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||| | || |||    
T  6742129 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaagtgtatcaa 6742030  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  6742029 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 6741930  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  6741929 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 6741847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 417 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 29930574 - 29930309
Alignment:
Q  417 gttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtc 516  Q
    |||||||||| | || ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||||||| | ||||||||  |   ||||||||||||||    
T  29930574 gttcattgtacatttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaaaatatgtcttggaagcatcttgctcttggtcaagtc 29930475  T
Q  517 acatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatattt 616  Q
    || ||||| ||||||| | |||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||    |   |||| | ||||||||||||||||||||||| ||     
T  29930474 acgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccgccaagaatgtgtccttctaaagccggcatcatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttc 29930375  T
Q  617 aatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  29930374 aatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 29930309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 417 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 29979728 - 29979463
Alignment:
Q  417 gttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtc 516  Q
    |||||||||| | || ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||||||| | ||||||||  |   ||||||||||||||    
T  29979728 gttcattgtacatttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaaaatatgtcttggaagcatcttgctcttggtcaagtc 29979629  T
Q  517 acatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatattt 616  Q
    || ||||| ||||||| | |||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||    |   |||| | ||||||||||||||||||||||| ||     
T  29979628 acgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccgccaagaatgtgtccttctaaagccggcatcatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttc 29979529  T
Q  617 aatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  29979528 aatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 29979463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 3949985 - 3949703
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  3949985 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 3949886  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  3949885 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 3949786  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  3949785 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 3949703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 8159802 - 8160084
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  8159802 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 8159901  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  8159902 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 8160001  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  8160002 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 8160084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 16445862 - 16445580
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | ||||||   ||||||||| || |||    
T  16445862 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttgtttcttcaaatgtatcaa 16445763  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||    |     
T  16445762 aatatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggaaagaatgtgtccttctaaagccggc 16445663  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  16445662 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 16445580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 30946461 - 30946743
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || |  ||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  30946461 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgactttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 30946560  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  30946561 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcatcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 30946660  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  30946661 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 30946743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 87
Target Start/End: Original strand, 32492759 - 32492828
Alignment:
Q  20 tgaagagattcatttctattcttcaagaatt--tatgtgaagactacaacgaaaagaagccactcttgtt 87  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32492759 tgaagagattcatttctattcttcaagaatttatatgtgaagactgcaacgaaaagaagccactcttgtt 32492828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 417 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 4510482 - 4510341
Alignment:
Q  417 gttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtc 516  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |  | | |||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||   | || | || |||||||||||    
T  4510482 gttcattgtagacttacttgatatttgtcatagactcttgtcttttcttcttcaaatttgtcaaaatattttttggtttcaccgaactattggtcaagtc 4510383  T
Q  517 acatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaag 558  Q
    |  || ||  |||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  4510382 atgtataattttcttgtcgtcctccattaatcttcccgcaag 4510341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 417 - 613
Target Start/End: Original strand, 25059796 - 25059992
Alignment:
Q  417 gttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtc 516  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||| || | | || | ||||  |||||||||||  ||||||||||||| |     || | ||||||||||||||    
T  25059796 gttcattgtagacttgctttatatttgtcatggactcttttatttttttcttcaaatttgtcaaaatatttttttgttttgccgaactcttggtcaagtc 25059895  T
Q  517 acatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaata 613  Q
    ||||| || || |||| | |||| | |||||||  ||||||| ||||| | | |||||  | || ||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  25059896 acatataatctccttgtcgtccttcattaatctttccgcaagaatgtgccctgctaaatatggtaacatcttatggttgtgaacaccattaagaata 25059992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 520 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 50954376 - 50954233
Alignment:
Q  520 tacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaat 619  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    | | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||    
T  50954376 tacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggctccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaat 50954277  T
Q  620 ctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  50954276 ccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 50954233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 3e-84; HSPs: 25)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 372 - 682
Target Start/End: Original strand, 26466080 - 26466390
Alignment:
Q  372 gcaacaccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaa 471  Q
    |||||||||| || | |||||||| |||||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||| ||||| |||||||    
T  26466080 gcaacaccgttttttaacctctgtatgacttccatatttattgacgttcattgtatacttgcttgatatttgtcatgcaatcttgttttttgttcttcaa 26466179  T
Q  472 atttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttct 571  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||    ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26466180 atttaacaaaatatttcttggaagcaccttagtcttggtcaagtcacgtacaatcttcttatcatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtcattct 26466279  T
Q  572 aaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacc 671  Q
    |||    | | |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||    
T  26466280 aaagccggctccatctcatggttgtgaactccattaagaatgtttaatctccaatcatttgtttgcctactaagatatccacgaacaatgaacatacacc 26466379  T
Q  672 tacatattctt 682  Q
    ||||| |||||    
T  26466380 tacattttctt 26466390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 379 - 682
Target Start/End: Original strand, 32106460 - 32106760
Alignment:
Q  379 cgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaac 478  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||||| |||| |||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  32106460 cgtcttgtcacctctgttcgacttccatatttgttgatgttaattgcatacttgcttgatatttgtcttgcaatcttgtcttttgctcttcaaatttaac 32106559  T
Q  479 aaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttc 578  Q
     || ||||||||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||     
T  32106560 -aactattttttcaaagcaccaaactcttggtcaagtcacatacaagctttttgtcattctcctttaatctaccagcaatcatgtgtccttctaaacttg 32106658  T
Q  579 gttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatat 678  Q
    | | |||||| || ||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||| || ||||||||| |||| |||| |    
T  32106659 gctccatctcatgattgtgaactc--ttaagaatattcaatctccaatcatttgtttaccttctaagatatccacgaaccatgaacattcacccacattt 32106756  T
Q  679 tctt 682  Q
    ||||    
T  32106757 tctt 32106760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 376 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 25231549 - 25231276
Alignment:
Q  376 caccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaattt 475  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||  ||| || |||  |||  |||||||||| ||||||||||||| || | | || ||||||  | |||||||||    
T  25231549 caccgtcatgttacctctgtttgacttgaataattttttccgttagttgtatacttgcttgatatttgtcatgcactcttatctttttcttttcaaattt 25231450  T
Q  476 aacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaac 575  Q
    |||||||||||| ||  |||| |||| |  ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  25231449 aacaaaatatttgttaaaagcaccaaacatttggtcaagtcacgtacaatcttcttggtatcctcccttgatctacctgcaagcatgtgtccttccaaac 25231350  T
Q  576 ttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatat 649  Q
    || | | | ||||  |||||||||||||||| | |||||| |||||| | |||||||||| |||||||| ||||    
T  25231349 ttggcttcgtctcacggttgtgaactccattgaaaatattcaatctccagtcatttgtttccctactaatatat 25231276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 37016156 - 37015855
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  37016156 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 37016057  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||||||||||||||  |||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  37016056 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgcacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccagc 37015957  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  37015956 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 37015857  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  37015856 tt 37015855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 38691758 - 38692059
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||| |||| |||| ||| ||||||| || |||||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| | ||||||| || |||    
T  38691758 tcttgtcatctctatttgccttccatatttgttgatgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttattcaaatgtatcaa 38691857  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||| |||| ||||| | ||||| ||||||| |  |     
T  38691858 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatttaccggcaagaacgtgtccttctaaagtcggc 38691957  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||| ||||| |||| |||    
T  38691958 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaaacacccacattttc 38692057  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  38692058 tt 38692059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 50116582 - 50116883
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  50116582 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 50116681  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  | | ||||||||||||||||  |||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  50116682 aatatttcttggaagcatctaactcttggtcaagtcacgaacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 50116781  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | |||| |||||||||||||||||| || |||||| | || ||| ||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  50116782 tccatcgcatggtagtgaactccattaagaatgttcaatctccattcctttatttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 50116881  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  50116882 tt 50116883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 372 - 682
Target Start/End: Original strand, 16246561 - 16246871
Alignment:
Q  372 gcaacaccgtcttgtcacctctgtttgactttcat---atttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtctt 468  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |    |||  || ||||| |||| ||| || ||||||||||||  || ||| |||||||||  ||||    
T  16246561 gcaacaccgtcttgtcacctctatttgagtttgacttcattcgttgatgttgattgcataattgcttgatatttgttatgcaatcttgtctttttctctt 16246660  T
Q  469 caaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctt 568  Q
    |||||||||||||||||| || ||| || ||   || ||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |    
T  16246661 caaatttaacaaaatattctt-ggatgcaccttgcttttggt-aagtcacgtacaatcttcttgtcatcctcttttaatctaccggtaagcatgtgtcct 16246758  T
Q  569 tctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatac 668  Q
    |||||| |  | | |||| | |||||||||||| |||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||  |||||||||| || |||||||||||    
T  16246759 tctaaagtcggctccatcgcatggttgtgaacttcattaacaat-ttcaatctccattcatttgtttgcctacacagatattcactaaccatgaacatac 16246857  T
Q  669 acctacatattctt 682  Q
    ||| |||| |||||    
T  16246858 acccacattttctt 16246871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 381 - 642
Target Start/End: Original strand, 21943183 - 21943444
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||| ||||| |||| ||| ||||||| || | ||| |||||| ||||  |||| ||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||| |||    
T  21943183 tcttgtcgcctctatttgccttccatatttgttgacgtttattgtacacttgtttgacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatttatcaa 21943282  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||   |     
T  21943283 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggtaagaatgtgtccttctaaacccggc 21943382  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctact 642  Q
    | |||| | ||||||||||||||||| ||||| || |||| | | || ||||||||||||||    
T  21943383 tccatcccatggttgtgaactccattgagaatgttcaatccccattcctttgtttgcctact 21943444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 46974406 - 46974105
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||| | |||| ||| ||||||| || | |||||||||| ||||  || | ||||||| || ||| | |||||||| |||| |||| || |||    
T  46974406 tcttgtcacctttatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgtttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttctttaaatgtatcaa 46974307  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||||| |  |     
T  46974306 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatgtaccggcaagaatgtgtccttctaaagtcggc 46974207  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||| ||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||| ||||| |||| |||    
T  46974206 tccatcgcatggttgtaaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaaacacccacattttc 46974107  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  46974106 tt 46974105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 418 - 682
Target Start/End: Original strand, 7980068 - 7980332
Alignment:
Q  418 ttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtca 517  Q
    ||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||    
T  7980068 ttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaaaatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtca 7980167  T
Q  518 catacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatattta 617  Q
    | ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||      | |||  | ||||||||||||||||||||||| || |    
T  7980168 cgtacaatcttcttgtcatcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccgactgcattgcatggttgtgaactccattaagaatgttca 7980267  T
Q  618 atctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    ||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||| ||||| |||| |||||    
T  7980268 atccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaaacacccacattttctt 7980332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 383 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 51663498 - 51663216
Alignment:
Q  383 ttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaa 482  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||| ||| || | ||||| |||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||||    
T  51663498 ttgtcacctctatttgccttccatttttgttgacgttcaatgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaaaa 51663399  T
Q  483 tattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgtta 582  Q
    ||||| ||||||||  |   |||||||||||||| | ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    | |     
T  51663398 tatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcgcgtacaatcttcttgtcctcctcctttaatctaccagcaagaatgtgtcattctaaagccggctt 51663299  T
Q  583 catctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    |||| | ||||||||| ||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||||||| || ||||||||    
T  51663298 catcgcatggttgtgagctccattaagaatgttcaatccccattcttttgtttgcttactttgatattcactaatcatgaaca 51663216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 381 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 13175023 - 13174792
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || || ||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  13175023 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgattttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 13174924  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||||||||||||||  |||| ||||||| | ||||||||||||||||| || || ||||||| | |||||    |     
T  13174923 aatatttattggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgaacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccagcgagaatgtgtcctcctaaagccggc 13174824  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaat 612  Q
    | |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  13174823 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaat 13174792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 29355507 - 29355789
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  29355507 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 29355606  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  29355607 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 29355706  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  29355707 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 29355789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 41455079 - 41454797
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  41455079 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 41454980  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  41454979 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 41454880  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  41454879 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 41454797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 5079177 - 5078984
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || | || ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| ||  ||    
T  5079177 tcttgtcacccctatctgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtattaa 5079078  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  5079077 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgccgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 5078984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 20350698 - 20350416
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  20350698 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 20350599  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  20350598 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 20350499  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| ||||||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  20350498 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgtttaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 20350416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 44619922 - 44620204
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||| | |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  44619922 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgcacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 44620021  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  44620022 aatatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 44620121  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  44620122 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 44620204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 3947280 - 3947562
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  3947280 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 3947379  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  3947380 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 3947479  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  3947480 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 3947562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 3984355 - 3984073
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  3984355 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 3984256  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  3984255 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 3984156  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  3984155 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 3984073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 13630658 - 13630376
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | ||||||   ||||||||| || |||    
T  13630658 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttgtttcttcaaatgtatcaa 13630559  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||    |     
T  13630558 aatatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggaaagaatgtgtccttctaaagccggc 13630459  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  13630458 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 13630376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 44466824 - 44466542
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  44466824 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 44466725  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  44466724 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 44466625  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  44466624 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 44466542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 38774934 - 38775216
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||  | |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  38774934 tcttgtcacccatatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 38775033  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  38775034 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 38775133  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  38775134 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 38775216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 12649398 - 12649589
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||  | ||||||| || |||    
T  12649398 tcttgtcacctctatttgtcttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttatttttcaaatgtatcaa 12649497  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | | |||  ||||| |||| ||||| ||||||| |||||||    
T  12649498 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtgctc--ttaatttaccggcaagaatgtgtccttctaaa 12649589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 417 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 25593874 - 25593678
Alignment:
Q  417 gttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtc 516  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||| || | | |||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||     || | || |||||||||||    
T  25593874 gttcattgtagacttgtttgatatttgtcatggactcttgtcttttcttcttcaaatttgtcaaaatattttttggttttaccgaactattggtcaagtc 25593775  T
Q  517 acatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaata 613  Q
    |||||||| |  |||| | |||||| ||||| | |||||||| | ||| | | |||||  | |  ||||||  ||||||||||| ||||||||||||    
T  25593774 acatacaatcgccttgtcgtcctccattaatattcccgcaagaaggtgccctgctaaatatggcaacatcttatggttgtgaacaccattaagaata 25593678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 478 - 558
Target Start/End: Complemental strand, 39914082 - 39914002
Alignment:
Q  478 caaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaag 558  Q
    ||||||||||||| |  || |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| | ||||||| | ||||||    
T  39914082 caaaatatttttttgttgcaccaaactcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcatccttcattaatcttctcgcaag 39914002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 148; Significance: 9e-78; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 9e-78
Query Start/End: Original strand, 380 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 20286252 - 20285965
Alignment:
Q  380 gtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaaca 479  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  20286252 gtcttgtcacctctgtttgacttccatatttgttgatgttcattgtatacttgcttgatatttgtcatgcaatcttgtcttttgctcttcaaatttaaca 20286153  T
Q  480 aaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcg 579  Q
    |||||||| |||||||| ||   |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    |    
T  20286152 aaatatttcttggaagcaccttactcttggttaagtcacatacaatcttcttgtcatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtccttctaaagccgg 20286053  T
Q  580 ttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacata 667  Q
     | |||| | ||||||||||||||||||||||| || | | || | |||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||||    
T  20286052 ctccatcacatggttgtgaactccattaagaatgttcagtttccattcatttgtttgcctactaagatatccacttaccatgaacata 20285965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 376 - 649
Target Start/End: Original strand, 23028374 - 23028654
Alignment:
Q  376 caccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaattt 475  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || | | || ||||||  |||||||||||    
T  23028374 caccgttttgtcacctctgtttgacttgaatatttttttacgttcattgtatacttgcatgatatttgtcatgcactcttttctttttctcttcaaattt 23028473  T
Q  476 aacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcaca-------tacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctt 568  Q
    || ||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||        ||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  |    
T  23028474 aataaaatattttttgaaagcatcaaactcttggtcaagtcaccaatcatgtacaatcttcttgtcatcctcccttaatctacccgcaagcatgtgttct 23028573  T
Q  569 tctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatat 649  Q
    |||||||||   | |||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  23028574 tctaaacttgccttcatctcatggttgtgaactccattaataatattcaatctccaatcatttgtttccctactaagatat 23028654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 381 - 665
Target Start/End: Original strand, 18537155 - 18537439
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  18537155 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 18537254  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||  | |     
T  18537255 aatatttcttggaagcatctcactcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagctggc 18537354  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    |  ||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||| | ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  18537355 tcaatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgttttcttactttgatatccactaatcatgaaca 18537439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 378 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 20287513 - 20287403
Alignment:
Q  378 ccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaa 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| ||||||||||||| |  ||| |||||||||| |||||||||||||    
T  20287513 ccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttattgacgttcattatatacttgcttgatatttgtcatacaatcttgtcttttgctcttcaaatttaa 20287414  T
Q  478 caaaatatttt 488  Q
    |||||||||||    
T  20287413 caaaatatttt 20287403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 25895920 - 25896221
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| | ||||||| || |||    
T  25895920 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgtttttcaaatgtatcaa 25896019  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  25896020 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 25896119  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  25896120 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 25896219  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  25896220 tt 25896221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 506 - 649
Target Start/End: Original strand, 13157978 - 13158121
Alignment:
Q  506 ttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccat 605  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||| ||   | ||| || ||||||||||||||||    
T  13157978 ttggtgaagtcacatacaagtttcttgtcatcctcctttaatctacccgcaagcatgcgtccttttaaatttgactccatttcatggttgtgaactccat 13158077  T
Q  606 taagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatat 649  Q
    ||||||| || |||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  13158078 taagaatgttcaatctccaatcatttgtttgcttattaagatat 13158121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 7020699 - 7020892
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  7020699 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 7020798  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  7020799 aatatttcttggaagcatcttcctcttggtcaagtcacatacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 7020892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 34079022 - 34078829
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  34079022 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 34078923  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  34078922 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 34078829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 7799825 - 7800126
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||  ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| | ||||||| || |||    
T  7799825 tcttgtcacctctattttccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgtttttcaaatgtatcaa 7799924  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| ||||||  |||| ||||||| |||||||    |     
T  7799925 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccgacaagaatgtgtccttctaaagccggc 7800024  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||  | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  7800025 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaattcccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 7800124  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  7800125 tt 7800126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 27866664 - 27866857
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||  ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  27866664 tcttgtcacctctattttccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 27866763  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  27866764 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 27866857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 381 - 612
Target Start/End: Original strand, 4202758 - 4202989
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | |||| || || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  4202758 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttatcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 4202857  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||  ||||||||  |   |||||| ||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||  |||||| |||||||    |     
T  4202858 aatattacttggaagcatcttgctcttgatcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagagtgtgtccttctaaagccggc 4202957  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaat 612  Q
    | |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  4202958 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaat 4202989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 503 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 20286629 - 20286449
Alignment:
Q  503 ctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactc 602  Q
    |||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    | | |||| | ||||||| |||||    
T  20286629 ctcttggtcaagtcatgtacaatctttttgtcatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtccttctaaagccggctccatcacatggttgtaaactc 20286530  T
Q  603 cattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcac-aaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    |||||||||| || |   || | |||||||||||||||||||||||| |||  |  |||||||||||||| |||| |||||    
T  20286529 cattaagaatgttcaggttccattcatttgtttgcctactaagatatccacttacccatgaacatacacccacattttctt 20286449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 11032271 - 11032553
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  11032271 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 11032370  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   || || |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  11032371 aatatttcttggaagcatcttgctttttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtcattctaaagccggc 11032470  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  11032471 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcttttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 11032553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 37819696 - 37819978
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  37819696 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 37819795  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||    |     
T  37819796 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaacaatgtgtccttctaaagccggc 37819895  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  37819896 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 37819978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 38859009 - 38859291
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  38859009 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 38859108  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |    | || |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  38859109 aatatttcttggaagcatcttgttttttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 38859208  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||||| | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  38859209 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatctccattcttttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 38859291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 381 - 558
Target Start/End: Original strand, 28885227 - 28885404
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  28885227 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 28885326  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaag 558  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  28885327 aatatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaag 28885404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 478 - 682
Target Start/End: Original strand, 1035466 - 1035670
Alignment:
Q  478 caaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaactt 577  Q
    |||||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| |||||  |||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||       
T  1035466 caaaatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatattcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagcc 1035565  T
Q  578 cgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacata 677  Q
     | | |||  | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| ||||     
T  1035566 ggctccatggcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacatt 1035665  T
Q  678 ttctt 682  Q
    |||||    
T  1035666 ttctt 1035670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 465 - 637
Target Start/End: Original strand, 13567005 - 13567177
Alignment:
Q  465 tcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtg 564  Q
    ||||||||| || |||||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  13567005 tcttcaaatgtatcaaaatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtccttctttaatctaccggcaagaatgtg 13567104  T
Q  565 tctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgc 637  Q
    || |||||||  | | | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || |||||||||    
T  13567105 tccttctaaagctggctccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgc 13567177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 381 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 1036593 - 1036424
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||  ||| ||||||| || | |||||||||| ||||   | | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  1036593 tcttgtcacctctattttccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgtgtcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 1036494  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatcta 550  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| |||||  |||||| | |||||||||||||||    
T  1036493 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatattcttgtcgtcctcctttaatcta 1036424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 373 - 666
Target Start/End: Original strand, 17996983 - 17997276
Alignment:
Q  373 caacaccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaa 472  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||| | || ||| |||||||||| ||||||||    
T  17996983 caacatcgtcttgtcacctctatttgacttccatatttgttgacgttcattgtatacttgcttgatatttggcatgcaatgttgtcttttgctcttcaaa 17997082  T
Q  473 tttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttcta 572  Q
    |||| |||||||||| |||||||| ||   |||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  17997083 tttatcaaaatatttcttggaagcaccttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttatcatcctcctttaatctaccagcaagcatgtgtccttcta 17997182  T
Q  573 aacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacat 666  Q
    ||    | | |||| | |||||| ||||| ||| |||||| || |||||| | || |||||||| |||||||||||| ||| || | |||||||    
T  17997183 aagccggctccatcgcatggttgcgaacttcatgaagaatgttcaatctccattcctttgtttgtctactaagatatccactaaccttgaacat 17997276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 41007799 - 41008100
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | ||||||| || |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  41007799 tcttgtcacctctatttgccttacatatttgttgacgttcattttagacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 41007898  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  41007899 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtcattctaaagccggc 41007998  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||   | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  41007999 tacatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatcctcattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 41008098  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  41008099 tt 41008100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 381 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 436553 - 436292
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| | || ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  436553 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacaattgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 436454  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  436453 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 436354  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctact 642  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||    
T  436353 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttact 436292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 12907311 - 12907612
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || |  ||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| | ||||||| || ||     
T  12907311 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgactttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttattcaaatgtatcag 12907410  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  12907411 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 12907510  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||| | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  12907511 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatctccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 12907610  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  12907611 tt 12907612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 11692634 - 11692934
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||| |||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  11692634 tcttgtcaactctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttg-tcttcaaatgtatcaa 11692732  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |  |     
T  11692733 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagtcggc 11692832  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    |  ||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||   | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  11692833 tcgatcacatggttgtgaactccattaagaatgttcaatcctcattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 11692932  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  11692933 tt 11692934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 43949101 - 43949402
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||| | |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  43949101 tcttgtcacctatatttgtcttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 43949200  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  43949201 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcatgtacaatcttcttgccgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 43949300  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | | || | ||||||||||||||||||| ||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  43949301 tccttcgcatggttgtgaactccattaataatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 43949400  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  43949401 tt 43949402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 9655398 - 9655205
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || |||||||||||| |||||||| | |||| || || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  9655398 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgatgttcattgtacacttacttcacatttttcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 9655299  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||| ||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  9655298 aatatttcttggaagcatcttgctcttggttaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 9655205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 24750900 - 24750599
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  24750900 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 24750801  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||| |||||| |||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  24750800 aatatttcttggaagcatcttgctctcggtcaattcatgtacaatcttcttgtcatcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaatccggc 24750701  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  24750700 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 24750601  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  24750600 tt 24750599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 28354721 - 28355022
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||| | |||||||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||  ||||||||| || |||    
T  28354721 tcttgtcacctatatttgacttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgaaatgtggtcttttattcttcaaatgtatcaa 28354820  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||| |||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  28354821 aatatttcttggaagcatcttgctcatggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccagcaagaatgtgtcattctaaagcaggc 28354920  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||| ||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  28354921 tccatcgcatggttatgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 28355020  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  28355021 tt 28355022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 3802385 - 3802578
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  3802385 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgaagttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 3802484  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  3802485 aatatttattggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 3802578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 27275179 - 27275372
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  27275179 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 27275278  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  27275279 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 27275372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 381 - 665
Target Start/End: Original strand, 24604908 - 24605192
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| | ||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  24604908 tcttgtcacctctatttgtcttccctatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 24605007  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| |||||  |||||| | |||||||||| ||||||  |||| ||||||  |||||||    |     
T  24605008 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaattttcttgtcgtcctcctttagtctaccgacaagaatgtgtacttctaaagccggc 24605107  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  24605108 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 24605192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 34920601 - 34920794
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || |  ||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  34920601 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgaatttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 34920700  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||| |||| | ||| ||||||| |||||||    
T  34920701 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatttaccggtaagaatgtgtccttctaaa 34920794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 212260 - 212542
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  212260 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 212359  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  212360 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 212459  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  212460 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 212542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 10623273 - 10623555
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  10623273 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 10623372  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  10623373 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 10623472  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  10623473 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 10623555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 39795212 - 39794930
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  39795212 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 39795113  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   || || |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||    |     
T  39795112 aatatttcttggaagcatcttgctttttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgcccttctaaagccggc 39795013  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  39795012 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcttttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 39794930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 5348409 - 5348216
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  5348409 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 5348310  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  5348309 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 5348216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 41561254 - 41561061
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  41561254 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 41561155  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  41561154 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 41561061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 45476599 - 45476407
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||  || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | || ||||| ||||||||  || |||    
T  45476599 tcttgtcacctctatttgccttccatattg-ttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtattttgttcttcaaacgtatcaa 45476501  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||| ||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  45476500 aatatttcttgtaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 45476407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 456 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 7264199 - 7263992
Alignment:
Q  456 gtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgc 555  Q
    |||||| | ||||||||| || |||||||||| |||||| |  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||    
T  7264199 gtctttggttcttcaaatgtatcaaaatatttcttggaaccatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggc 7264100  T
Q  556 aagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaa 655  Q
    ||| ||||||| |||||||    ||| |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| |    
T  7264099 aagaatgtgtccttctaaagccggttccatgagatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccacta 7264000  T
Q  656 aacatgaa 663  Q
    | ||||||    
T  7263999 atcatgaa 7263992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 38947005 - 38946723
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  38947005 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgaaatgtggtctctagttcttcaagtgtatcaa 38946906  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    |||||||  |||||||  |   |||||||||||||||| ||| | |||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  38946905 aatatttcatggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgttgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 38946806  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  38946805 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 38946723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 381 - 496
Target Start/End: Original strand, 1098645 - 1098760
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  1098645 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 1098744  T
Q  481 aatattttttggaagc 496  Q
    ||||||| ||||||||    
T  1098745 aatatttcttggaagc 1098760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 521 - 682
Target Start/End: Original strand, 1100042 - 1100203
Alignment:
Q  521 acaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatc 620  Q
    |||| ||||||| | ||||||||||||||| | ||||| |||||||  ||||||    | | |||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  1100042 acaatcttcttgtcgtcctcctttaatctatcggcaagaatgtgtccatctaaagccggctccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatc 1100141  T
Q  621 tcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
     | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  1100142 cccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 1100203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 592 - 682
Target Start/End: Original strand, 34920802 - 34920892
Alignment:
Q  592 gttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  34920802 gttgtgaactccattaagaatgttcaatctccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 34920892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 376 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 6182925 - 6182617
Alignment:
Q  376 caccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttactt--gatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaat 473  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||||||||| ||  ||  ||| |||||| || | | |||||||||  |||| ||||    
T  6182925 caccgtcttgtcacctctgtttgacttgaatattttttgatgttcattgtatatttgtttttgatgtttgtcatgcactcttgtctttttctcttaaaat 6182826  T
Q  474 ttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaa 573  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||  |||||  |||||| || | ||| ||||| |||  |||||||| |||| ||||||    
T  6182825 ttaacaaaatattttttgaaagcaccaaactcttggtcaagtcatgtacaattttcttgtcaccatcccttaatatacttgcaagcatatgtccttctaa 6182726  T
Q  574 acttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacaccta 673  Q
    |||| | | |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||| |  | |||||| |||| ||||||| |    
T  6182725 acttggcttcatctcatggttgtgaactccatcaagaatattcaatctccaatcgtttgtttccctactaagacacccgcaaaacttgaatatacaccca 6182626  T
Q  674 catattctt 682  Q
    ||| |||||    
T  6182625 cattttctt 6182617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 381 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 4976997 - 4976713
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| ||||  || ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  4976997 tcttgtcacctctatttgcattccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 4976898  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||    |     
T  4976897 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccggcaagaatgtgtctttctaaagccggc 4976798  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    | |||| | ||||||  ||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  4976797 tccatcgcatggttgcaaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 4976713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 381 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 11502748 - 11502517
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | ||||||||| ||||| ||| | |||| || || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  11502748 tcttgtcacctctatttgtcttccatatttgttgacgttcattgtttacttgcttcacatttatcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 11502649  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | || |||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||    |     
T  11502648 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcttcctttaatctaccggcatgaatgtgtccttctaaagccggc 11502549  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaat 612  Q
    | |||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  11502548 tccatcgcatgggtgtgaactccattaagaat 11502517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 18580150 - 18580448
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| |   ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || |||   |||||| | ||||||||| || |||    
T  18580150 tcttgtcacctctatttgtc---catatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgaggtctttagttcttcaaatgtatcaa 18580246  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||    |     
T  18580247 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacatacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctatcggcaagaatgtgtcattctaaagccggc 18580346  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||   | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  18580347 ttcattgcatggttgtgaactccattaagaatgtttaatcctcattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 18580446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 9891264 - 9890982
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  9891264 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 9891165  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  9891164 aatatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 9891065  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  9891064 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 9890982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 381 - 566
Target Start/End: Original strand, 19072476 - 19072661
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| | ||||||| || |||    
T  19072476 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgtttttcaaatgtatcaa 19072575  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtc 566  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  19072576 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtc 19072661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 395 - 665
Target Start/End: Original strand, 4978787 - 4979057
Alignment:
Q  395 tttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaa 494  Q
    |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  4978787 tttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaaaatatttcttggaa 4978886  T
Q  495 gctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggtt 594  Q
    ||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | || ||||||| ||| |  ||||| ||||||| ||||||| |  | | |||| | |||||    
T  4978887 gcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcatcctttagtctgctggcaagaatgtgtccttctaaagtcggctccatcgcatggtt 4978986  T
Q  595 gtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    | |||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  4978987 gggaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 4979057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 379 - 665
Target Start/End: Original strand, 51643315 - 51643603
Alignment:
Q  379 cgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaac 478  Q
    |||||||||| |||| |||| ||| ||||||| || | |||||| ||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |    
T  51643315 cgtcttgtcaactctatttgccttccatatttgttgacgttcatcgtacacttgctttacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatc 51643414  T
Q  479 aaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa-ctt 577  Q
    ||||||||||||| ||||      |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||| ||||||| || |||| |      
T  51643415 aaaatattttttgaaagcattttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctactggcaagaatgtgtccttataaagccg 51643514  T
Q  578 cgttacatctcttggttgtg-aactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
     | | |||| | || ||||| ||||||||||||||| || |||||| | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  51643515 ggctccatcgcatgtttgtgaaactccattaagaatgttcaatctcaattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 51643603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 383 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 41024439 - 41024248
Alignment:
Q  383 ttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaa 482  Q
    |||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||||    
T  41024439 ttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaaaa 41024340  T
Q  483 tattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  41024339 tatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttttcgtcctcctttaatctacctgcaagaatgtgtccttctaaa 41024248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 3405032 - 3404839
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | |||| || || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  3405032 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttatcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 3404933  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||    
T  3404932 aatatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctactggcaagaatgtgtccttctaaa 3404839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 49565283 - 49565565
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  49565283 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 49565382  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||    |     
T  49565383 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctatcggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 49565482  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  49565483 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 49565565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 381 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 4769376 - 4769178
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaat----tta 476  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| |  |  ||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| |||||||||    |||    
T  4769376 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgtagacattcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatcaattta 4769277  T
Q  477 acaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaac 575  Q
     |||||||||| ||| ||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||    
T  4769276 tcaaaatatttcttgaaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggtaagaatgtgtccttctaaac 4769178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 21472035 - 21471735
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | |||| | |   ||| | |||||||| || |||||| || |||    
T  21472035 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttttatcc-aatgtggtcttttgttcatcaaatgtatcaa 21471937  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||| |  |||| |||||||||| |||| ||       
T  21471936 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttattctatcttcaagaatgtgtctttttaaagttgtc 21471837  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  21471836 tccattgtatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 21471737  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  21471736 tt 21471735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 381 - 546
Target Start/End: Original strand, 38463656 - 38463821
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| | ||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || | | | ||||||||  |||||||| || |||    
T  38463656 tcttgtcacctctatttgccttccgtatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcagtgtggtcttttgtccttcaaatgtatcaa 38463755  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaa 546  Q
    ||||||||||||||||  |   |||||||||||||||| | ||| ||||||| | |||||||||||    
T  38463756 aatattttttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtgcaatcttcttgtcgtcctcctttaa 38463821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 372 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 44049861 - 44049737
Alignment:
Q  372 gcaacaccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaa 471  Q
    |||||| | ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||| ||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| |||||||    
T  44049861 gcaacagcttcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcgttgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaa 44049762  T
Q  472 atttaacaaaatattttttggaagc 496  Q
    || || |||||||||| ||||||||    
T  44049761 atgtatcaaaatatttcttggaagc 44049737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 590 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 17140622 - 17140530
Alignment:
Q  590 tggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||||||||  ||||| ||| || |||||||| ||| | |||| |||||    
T  17140622 tggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcctactttgatatccactaaccatgaacaaacatccacattttctt 17140530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 590 - 682
Target Start/End: Original strand, 38463825 - 38463917
Alignment:
Q  590 tggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  38463825 tggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 38463917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 372 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 8400837 - 8400527
Alignment:
Q  372 gcaacaccgtcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaa 471  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | ||||| |||| |||| ||||||||||||| |  ||| | |||||||| |||||||    
T  8400837 gcaacgccgtcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcaatgtacacttgcttgatatttgtcatccaatgtggtcttttgttcttcaa 8400738  T
Q  472 atttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttct 571  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||    
T  8400737 atttatcaaaatattttttggtaacatcttgctcttggtcaagtcacctacaatcttcttgtcatcctcctttaatgtaccagcaagaatgtgtccttct 8400638  T
Q  572 aaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacc 671  Q
    |||    | | |||| | ||||||||||||||||| | ||| || |||| | | || ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||  ||||    
T  8400637 aaagccggctccatcgcatggttgtgaactccattgaaaatgttcaatccccattcttttgtttgcctactaagatatccactaaccatgaacaagcacc 8400538  T
Q  672 tacatattctt 682  Q
     |||| |||||    
T  8400537 cacattttctt 8400527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 43827425 - 43827726
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||||||  | | |||||||||| |||| ||||||||||||| || ||| | |||||||| |||||||||||| |||    
T  43827425 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgctgacgttcattgtacacttgcttgatatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatttatcaa 43827524  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   | |||||||||||||| ||||| ||||||  | ||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||  | |     
T  43827525 aatatttcttggaagcatcttgcacttggtcaagtcacgtacaatcttcttttcgtcctcctttaatctaccggtaagaatgtgtcattctaaagctggc 43827624  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | | || | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || |||||||| |||||||||||| ||| || |||||||| ||||| |||| |||    
T  43827625 tccttcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgtctactaagatatccactaaccatgaacaaacacccacattttc 43827724  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  43827725 tt 43827726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 388 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 47062118 - 47061824
Alignment:
Q  388 acctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattt 487  Q
    |||||| |||| ||| ||||||| || | |||||| ||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || ||||||||||    
T  47062118 acctctatttgccttccatatttgttgacgttcatcgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaaaatattt 47062019  T
Q  488 tttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatct 587  Q
     ||||||||  |   |||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||| |  | | ||||     
T  47062018 cttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacatacaatctttttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttcaaaagtcggctccatcg 47061919  T
Q  588 cttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    | ||||||||||||||||||||||| || ||||   | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  47061918 catggttgtgaactccattaagaatgttcaatcctcattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 47061824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 18106630 - 18106348
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  18106630 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 18106531  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  18106530 aatatttcttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctacctgcaagaatgtgtccttctaaagccggc 18106431  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  18106430 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 18106348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 15060855 - 15060662
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  15060855 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 15060756  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||  ||||||||  |   ||||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  15060755 aatattccttggaagcatcttgctctttgtcaagtcacttacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 15060662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 617568 - 617850
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  617568 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 617667  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  617668 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 617767  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  617768 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 617850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 42500649 - 42500367
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  42500649 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 42500550  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||| ||||  |    |||| |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||    |     
T  42500549 aatatttcttgaaagcatcttgatctttgtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtttccttctaaagccggc 42500450  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||||| | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  42500449 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatctccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 42500367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 43622954 - 43623236
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  43622954 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 43623053  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  43623054 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 43623153  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  43623154 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 43623236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 45764621 - 45764339
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| |||   ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  45764621 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcgcatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 45764522  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  45764521 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtcattctaaagccggc 45764422  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  45764421 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 45764339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 30787781 - 30787499
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || ||||  || ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | || | | | ||||||| | || |||    
T  30787781 tcttgtcacccctatttgctttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtatctggttcttcaagtgtatcaa 30787682  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  30787681 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 30787582  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  30787581 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 30787499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 479 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 21800156 - 21799953
Alignment:
Q  479 aaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttc 578  Q
    ||||||||||||||| || ||   |||||| | ||||||| || ||  ||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||        
T  21800156 aaaatattttttggatgcaccttgctcttgattaagtcacgtataattttcttgttatcctcctttaatctaccgacaaacatgtgtccttctaaagccg 21800057  T
Q  579 gttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatat 678  Q
      | |||| | ||||||||||||||||||| ||| || |||||| | |  ||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||| |||| |||| |    
T  21800056 actccatcgcatggttgtgaactccattaacaatgttcaatctccattgctttgttttcctactaagatatccactaaccatgaacatgcacccacattt 21799957  T
Q  679 tctt 682  Q
    ||||    
T  21799956 tctt 21799953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 415 - 549
Target Start/End: Original strand, 16794466 - 16794600
Alignment:
Q  415 atgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaag 514  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| || | | ||  |||||  |||||||||||  |||||||||||||||   | |||| || |||||||||    
T  16794466 atgttcattgtagacttgcttgatatttgtcatggactctttccttttcttcttcaaatttgtcaaaatattttttggtttcaccaaactattggtcaag 16794565  T
Q  515 tcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatct 549  Q
    |||  ||||| ||||||| | |||||| |||||||    
T  16794566 tcatgtacaatcttcttgtcgtcctccattaatct 16794600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 417 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 3762111 - 3761964
Alignment:
Q  417 gttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtc 516  Q
    ||||||||||| ||| ||| | ||||||| || | | |||||||||   ||||||||| | |||||||||||||||  ||  ||| |||||||||||||     
T  3762111 gttcattgtatgctttctttacatttgtcatgcactcttgtctttttcccttcaaattcatcaaaatattttttggctgcatcaaactcttggtcaagtt 3762012  T
Q  517 acatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtg 564  Q
    || || || ||| ||| |||| ||| ||||||| ||| ||||||||||    
T  3762011 acctagaatctttttgtcatcttcccttaatcttccctcaagcatgtg 3761964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 478 - 613
Target Start/End: Original strand, 20908433 - 20908568
Alignment:
Q  478 caaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaactt 577  Q
    ||||||||||||| |  || |||| |||||||| |||||||  |||| ||||||| |||||||| ||||||| || ||||| ||||| | ||||||  ||    
T  20908433 caaaatatttttttgttgcaccaaactcttggtaaagtcacgcacaatcttcttgtcatcctcccttaatcttcctgcaagaatgtgcccttctaacatt 20908532  T
Q  578 cgttacatctcttggttgtgaactccattaagaata 613  Q
         | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20908533 gccgtcgtctcatggttgtgaactccattaagaata 20908568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 428 - 558
Target Start/End: Original strand, 8194146 - 8194276
Alignment:
Q  428 acttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagct 527  Q
    |||| ||||||||||||| || | | |||||||||  |||||||||||  |||||||||||||||   | || | || ||| ||||||||  ||||| ||    
T  8194146 acttgcttgatatttgtcatggactcttgtcttttcttcttcaaatttgtcaaaatattttttggtttcaccgaactattgctcaagtcatgtacaatct 8194245  T
Q  528 tcttgccatcctcctttaatctacccgcaag 558  Q
    ||||| | |||||| ||||||| ||||||||    
T  8194246 tcttgtcgtcctccattaatcttcccgcaag 8194276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 85; Significance: 4e-40; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 381 - 665
Target Start/End: Original strand, 35965564 - 35965848
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  35965564 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 35965663  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  35965664 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 35965763  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  35965764 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 35965848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 39751847 - 39752148
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  39751847 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 39751946  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| |||   || |||| |||||||    ||    
T  39751947 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcataaatatgtcattctaaagccggt 39752046  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||  | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | |||||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||| ||| | |||| |||    
T  39752047 tccattgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcatttgtttgcttactttgatatccaccaatcatgaacaaacatccacattttc 39752146  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  39752147 tt 39752148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 387 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 7169136 - 7168841
Alignment:
Q  387 cacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatatt 486  Q
    ||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||||||||    
T  7169136 cacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatggaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaaaatatt 7169037  T
Q  487 ttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatc 586  Q
    | ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| | ||||| | ||||||||||||||||  ||||| |||| || ||||||| |  | | ||||    
T  7169036 tcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcatcttgtcgtcctcctttaatctactagcaagaatgtatccttctaaagtcggctccatc 7168937  T
Q  587 tcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
     | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||||||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  7168936 gcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccactcctttgtttgcctactttgatatccactaaccatgaacaagcacccacattttctt 7168841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 383 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 45455616 - 45455317
Alignment:
Q  383 ttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaa 482  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| || | ||| |||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | || ||||| ||||||||| || |||||    
T  45455616 ttgtcacctctatttgcctttcatatttgttgacgttgattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatatggtattttgttcttcaaatgtatcaaaa 45455517  T
Q  483 tattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgtta 582  Q
    ||||| ||||||||      |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |  | |     
T  45455516 tatttcttggaagcattttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagtcggctc 45455417  T
Q  583 catctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    |||| | ||||||| ||||||||||||||| |  |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  45455416 catcgcatggttgttaactccattaagaatgtccaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 45455317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Original strand, 43688990 - 43689291
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||| |||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  43688990 tcttatcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 43689089  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| || |||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||          
T  43689090 aatatttcttcgaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcttttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccgac 43689189  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  43689190 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttaaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 43689289  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  43689290 tt 43689291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 381 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 43371009 - 43370725
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||| |||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  43371009 tcttgtcagctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 43370910  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||          
T  43370909 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccgac 43370810  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || || | | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  43370809 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaaaccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 43370725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 7341321 - 7341039
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  7341321 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 7341222  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  7341221 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 7341122  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  7341121 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 7341039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 8422675 - 8422957
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  8422675 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 8422774  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  8422775 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtcattctaaagccggc 8422874  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    | ||||||||||||||||||||| ||||||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  8422875 tccatgggatagttgtgaactccattaagaatgtttaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 8422957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 30304429 - 30304711
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  30304429 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctatggttcttcaagtgtatcaa 30304528  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  30304529 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 30304628  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  30304629 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 30304711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 32377727 - 32378009
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  32377727 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 32377826  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  32377827 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 32377926  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  32377927 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 32378009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 32431684 - 32431966
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  32431684 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 32431783  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  32431784 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 32431883  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  32431884 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 32431966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 478 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 22581048 - 22580914
Alignment:
Q  478 caaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaactt 577  Q
    |||||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |     
T  22581048 caaaatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagtc 22580949  T
Q  578 cgttacatctcttggttgtgaactccattaagaat 612  Q
     | | |||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  22580948 ggctccatcgcatggttgtaaactccattaagaat 22580914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 1116014 - 1115821
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| | ||  || | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||| | || |||    
T  1116014 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacatttgtttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaattgtatcaa 1115915  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  1115914 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtactatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 1115821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 466 - 682
Target Start/End: Original strand, 14401676 - 14401894
Alignment:
Q  466 cttcaaatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcaca--tacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgt 563  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||| |  ||||| ||||||| |||| ||| ||||||| || ||||| ||||    
T  14401676 cttcaaattcatcaaaatattttttggtggcaccaaactcttggtcaagtcatatgtacaatcttcttgtcatcatcccttaatcttcctgcaagaatgt 14401775  T
Q  564 gtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | | |||||||||| |   ||  || ||||||||||||||||||||||||   ||  || |||| ||||||| |||||||| |||| ||   ||| ||||    
T  14401776 gccattctaaacttggcaccaattcatggttgtgaactccattaagaatagccaacttccaatcctttgtttccctactaacatatccatgcaacttgaa 14401875  T
Q  664 catacacctacatattctt 682  Q
    || ||||| |||| |||||    
T  14401876 cacacacccacattttctt 14401894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 520 - 642
Target Start/End: Original strand, 2145948 - 2146070
Alignment:
Q  520 tacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaat 619  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||| |  | | |||| | ||||||||||||||||||| ||| || |||    
T  2145948 tacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatatgtccttctaaagtcggctccatcgcatggttgtgaactccattaaaaatgttcaat 2146047  T
Q  620 ctcgaatcatttgtttgcctact 642  Q
    ||| | |||||||||||| ||||    
T  2146048 ctccattcatttgtttgcttact 2146070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 395 - 496
Target Start/End: Original strand, 2145837 - 2145938
Alignment:
Q  395 tttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaatattttttggaa 494  Q
    |||| ||| ||||||| || |||||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| |  ||||||| ||||||||| || |||||||||| ||||||    
T  2145837 tttgccttccatatttgttgatgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtgatcttttgttcttcaaatgtatcaaaatatttcttggaa 2145936  T
Q  495 gc 496  Q
    ||    
T  2145937 gc 2145938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0219 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0219
Description:

Target: scaffold0219; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 17311 - 17010
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | |||| || || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  17311 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttttcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 17212  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  17211 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacttacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 17112  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  17111 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccctattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 17012  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  17011 tt 17010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 6e-36; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 381 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 18607238 - 18606937
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||| |||||||| |||| ||| ||||||| || |||||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| | ||||||| || |||    
T  18607238 tcttatcacctctatttgccttccatatttgttgatgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttattcaaatgtatcaa 18607139  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||| |  |||| ||||||| ||||||| |  |     
T  18607138 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctatcgacaagaatgtgtccttctaaagtcggc 18607039  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||    
T  18607038 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttc 18606939  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  18606938 tt 18606937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 383 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 24220408 - 24220107
Alignment:
Q  383 ttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaa 482  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||||| || | ||| ||| || |||||||||||||||||| || ||| | |||||||| | |||||||||| |||||    
T  24220408 ttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgtttattttacacttacttgatatttgtcatgcaatgtggtcttttgtttttcaaatttatcaaaa 24220309  T
Q  483 tattttttggaagc-tccaat-ctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||| |||||||| ||  || |||||||||||||||| || ||  |||||| | |||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||          
T  24220308 tatttcttggaagcatcttatgctcttggtcaagtcacgtataattttcttgtcgtcctcctttaatctaccgacaagaatgtgtccttctaaagccgac 24220209  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattc 680  Q
    | |||| | |||||||||||| |||||||||| || |||| | | |||||||||| ||||||||||||| ||| || |||| |||  |||| |||| |||    
T  24220208 tccatcgcatggttgtgaactgcattaagaattttcaatccccattcatttgttttcctactaagatatccactaaccatggacaagcacccacattttc 24220109  T
Q  681 tt 682  Q
    ||    
T  24220108 tt 24220107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 381 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 31147564 - 31147333
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | |||| || || ||| | |||||||| ||||||||| ||  ||    
T  31147564 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcaaatttatcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtataaa 31147465  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||  ||||||||  |   |||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| |  |     
T  31147464 aatattacttggaagcatcttgctcttgatcaagtcacgtacaatcttcttgtcattctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagtcggc 31147365  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaat 612  Q
    | |||| | |||||||||||||||||||||||    
T  31147364 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaat 31147333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 385 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 28251134 - 28250856
Alignment:
Q  385 gtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaaaata 484  Q
    ||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||||||    
T  28251134 gtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaaaata 28251035  T
Q  485 ttttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttaca 584  Q
    ||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||  | | | ||    
T  28251034 tttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctatcggcaagaatgtgtccttctaaagctggctcca 28250935  T
Q  585 tctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    |    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  28250934 tgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 28250856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 381 - 642
Target Start/End: Original strand, 29287767 - 29288028
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | |||| || || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  29287767 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttttcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 29287866  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||| ||||||| || ||||          
T  29287867 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccggcaagaatgtgtccttataaagccgac 29287966  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctact 642  Q
    | |||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||    
T  29287967 tccatcgcatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttact 29288028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Original strand, 1611570 - 1611852
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  1611570 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 1611669  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  1611670 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 1611769  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  1611770 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 1611852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 21358169 - 21358359
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| | |||   |||| ||  ||| |||||  |||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  21358169 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgtctat---cattttacgcttgcttgacctttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 21358265  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||  ||||| ||||||| | ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||    
T  21358266 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcatgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctatcggcaagaatgtgtccttctaaa 21358359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 23962151 - 23962341
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    ||||||||||||| |||| ||| ||||||| | |||   |||| ||  ||| |||||  |||||| || ||| | |||||||| ||||||||| || |||    
T  23962151 tcttgtcacctctatttgccttccatatttgtctat---cattttacgcttgcttgacctttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttcaaatgtatcaa 23962247  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||  ||||| ||||||| | ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||    
T  23962248 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcatgtacaatcttcttgtcgtcctcctttaatctatcggcaagaatgtgtccttctaaa 23962341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 503 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 7362299 - 7362137
Alignment:
Q  503 ctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactc 602  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||| |    | |||| | |||||||||||||    
T  7362299 ctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctcctttagtctaccggcaagaatgtgtcattctaaagtcgactccatcgcatggttgtgaactc 7362200  T
Q  603 cattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaaca 665  Q
    |||||||||| || ||||   | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||    
T  7362199 cattaagaatgttcaatccacattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaaca 7362137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 486 - 613
Target Start/End: Original strand, 34111586 - 34111713
Alignment:
Q  486 tttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacat 585  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||||| || ||||| || |  | ||||||  || |   |||    
T  34111586 tttttggttgctccaaactcttggtcaagtcacgtacaatcttctagtcatcttcctttaatcttcctgcaagaattttcccttctaactttggcgccat 34111685  T
Q  586 ctcttggttgtgaactccattaagaata 613  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34111686 ctcatggttgtgaactccattaagaata 34111713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 590 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 35243636 - 35243544
Alignment:
Q  590 tggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | |||||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  35243636 tggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcatttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 35243544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 372 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 12514 - 12203
Alignment:
Q  372 gcaacaccgtcttgtcacctctgtttgactttc-atatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttca 470  Q
    |||||| | ||||||||||||| |||| ||||| |||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||||| ||||||    
T  12514 gcaacagcttcttgtcacctctatttgcctttcgatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtcttttgttcttca 12415  T
Q  471 aatttaacaaaatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttc 570  Q
    ||| || |||||||||| ||||||||  |  ||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||| |||||||||| | ||| ||||||| |||    
T  12414 aatgtatcaaaatatttcttggaagcatctttctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgtcctccattaatctaccggaaagaatgtgtccttc 12315  T
Q  571 taaacttcgttacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacac 670  Q
    ||||    | | |||  | ||||| ||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||    
T  12314 taaagccagctccatggcatggttttgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcac 12215  T
Q  671 ctacatattctt 682  Q
    | |||| |||||    
T  12214 ccacattttctt 12203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0494 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0494
Description:

Target: scaffold0494; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 2123 - 1841
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  2123 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 2024  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  2023 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 1924  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  1923 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 1841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0341 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0341
Description:

Target: scaffold0341; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 381 - 574
Target Start/End: Original strand, 16176 - 16369
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || ||||  || ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||||| | ||||||||| || |||    
T  16176 tcttgtcacccctatttgcgttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctttggttcttcaaatgtatcaa 16275  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaa 574  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  16276 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcttcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaa 16369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0101 (Bit Score: 55; Significance: 3e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0101
Description:

Target: scaffold0101; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 381 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 34051 - 33769
Alignment:
Q  381 tcttgtcacctctgtttgactttcatatttatttatgttcattgtatacttacttgatatttgtcttgtaattttgtcttttggtcttcaaatttaacaa 480  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||| || | |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||| | |||| | | ||||||| | || |||    
T  34051 tcttgtcacccctatttgccttccatatttgttgacgttcattgtacacttgcttcacatttgtcatgcaatgtggtctctggttcttcaagtgtatcaa 33952  T
Q  481 aatattttttggaagctccaatctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgt 580  Q
    ||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    |     
T  33951 aatatttcttggaagcatcttgctcttggtcaagtcacgtacgatcttcttgtcgtcctcctttaatctaccggcaagaatgtgtccttctaaagccggc 33852  T
Q  581 tacatctcttggttgtgaactccattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaa 663  Q
    | |||    ||||||||||||||||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||    
T  33851 tccatgggatggttgtgaactccattaagaatgttcaatccccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaa 33769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0340 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0340
Description:

Target: scaffold0340; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 503 - 682
Target Start/End: Original strand, 111 - 290
Alignment:
Q  503 ctcttggtcaagtcacatacaagcttcttgccatcctcctttaatctacccgcaagcatgtgtctttctaaacttcgttacatctcttggttgtgaactc 602  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||| | | |||||||| ||||| || ||| ||||||| |||||||    | | |||| | |||||||||||||    
T  111 ctcttggtcaagtcacgtacaatcttcttgtcgttctcctttagtctactcgtaagaatgtgtccttctaaagccggctccatcgcatggttgtgaactc 210  T
Q  603 cattaagaatatttaatctcgaatcatttgtttgcctactaagatattcacaaaacatgaacatacacctacatattctt 682  Q
    |||||||||| || |||| | | || ||||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||||  |||| |||| |||||    
T  211 cattaagaatgttcaatcaccattcctttgtttgcttactttgatatccactaatcatgaacaagcacccacattttctt 290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University