View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9533A_low_18 (Length: 417)
Name: NF9533A_low_18
Description: NF9533A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9533A_low_18 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 11592815 - 11592416
Alignment:
| Q |
1 |
aacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattag |
100 |
Q |
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| T |
11592815 |
aacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattag |
11592716 |
T |
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| Q |
101 |
aaaaagggaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatgga |
200 |
Q |
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| T |
11592715 |
aaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatgga |
11592616 |
T |
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| Q |
201 |
gagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtct |
300 |
Q |
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| T |
11592615 |
gagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtct |
11592516 |
T |
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| Q |
301 |
agggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtc |
400 |
Q |
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| T |
11592515 |
agggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtc |
11592416 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Original strand, 11645304 - 11645703
Alignment:
| Q |
1 |
aacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattag |
100 |
Q |
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| T |
11645304 |
aacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattag |
11645403 |
T |
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| Q |
101 |
aaaaagggaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatgga |
200 |
Q |
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| T |
11645404 |
aaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtttaaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatgga |
11645503 |
T |
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| Q |
201 |
gagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtct |
300 |
Q |
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| T |
11645504 |
gagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtct |
11645603 |
T |
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| Q |
301 |
agggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtc |
400 |
Q |
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| T |
11645604 |
agggttatgccaagacaacaatttgctgtggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtc |
11645703 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 260
Target Start/End: Original strand, 37180798 - 37181056
Alignment:
| Q |
1 |
aacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattag |
100 |
Q |
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| T |
37180798 |
aacaatgttgttgatgcagttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatgataatgttcaagattccacaaaagggtcattgg |
37180897 |
T |
|
| Q |
101 |
aaaaagg-gaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatgg |
199 |
Q |
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| T |
37180898 |
aaaaaggaaaaaaaaatgggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataagacggtgtaaagaagtttgtgtcattatctatgg |
37180994 |
T |
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| Q |
200 |
agagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat |
260 |
Q |
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| T |
37180995 |
agagagttgaatcattgacgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat |
37181056 |
T |
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