View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9533A_low_8 (Length: 463)

Name: NF9533A_low_8
Description: NF9533A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9533A_low_8
NF9533A_low_8
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (17-449)||(5172698-5173130)
chr4 (17-449)||(4842395-4842827)
chr4 (24-448)||(5159789-5160213)
chr4 (24-454)||(5182037-5182464)
chr4 (17-446)||(5195424-5195853)
chr4 (33-451)||(5213606-5214021)
chr4 (166-454)||(4856867-4857151)
chr4 (312-446)||(7142257-7142390)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 17 - 449
Target Start/End: Original strand, 5172698 - 5173130
Alignment:
Q  17 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  5172698 gacatagttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagt 5172797  T
Q  117 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| || ||| ||||||      
T  5172798 aacttaacaaacctcagaattcttgaccttagccataatctattcagtggaaattttccatccttcattagtaatctcacatccttgacattcttatcac 5172897  T
Q  217 tctttggaaattacatgcaaggaccattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 316  Q
    ||| || |||||||||||||||| |||||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| || || || |||||    
T  5172898 tctatgaaaattacatgcaaggatcattttcacttatcattttggctaatcactccaatcttcagcatctacatatttcatcgaaaaacagcactggagt 5172997  T
Q  317 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggttccctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5172998 acacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtccctcattcttagaaattgcaacctaaacaaggacaaaggaagtgtcatt 5173097  T
Q  417 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173098 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 5173130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 17 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 4842827 - 4842395
Alignment:
Q  17 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  4842827 gacatagttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggaagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagt 4842728  T
Q  117 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||      
T  4842727 aacttaacaaacctcagaattcttgaccttagccataatctgttcggtggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccttgacattcttatcac 4842628  T
Q  217 tctttggaaattacatgcaaggaccattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 316  Q
    ||| || |||||||||||||||| |||||||| | | ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || || ||||  |||||    
T  4842627 tctatgaaaattacatgcaaggatcattttcacttatcaatttggctaatcactccaatcttcagcatctatatatttcatctaaaaacagtattggagt 4842528  T
Q  317 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggttccctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||    
T  4842527 acacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtccctcattcttagaaattgcaacctaaacatgaagaaaggaagtgtcatt 4842428  T
Q  417 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4842427 cctacttttctttcttatcaatataatttgata 4842395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 24 - 448
Target Start/End: Original strand, 5159789 - 5160213
Alignment:
Q  24 ttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaa 123  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5159789 ttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagccagaacatgtttagtgctaaatttcctgagtgtttaagcaacttaa 5159888  T
Q  124 caaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttgg 223  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||| |||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5159889 caaacctcagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaagtttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatgg 5159988  T
Q  224 aaattacatgcaaggaccattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacatt 323  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||| | || || | ||  |||||| |||||    
T  5159989 aaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcattccaatcttgaggttctatatatttcatcaaaaaacaatattggagtagacatt 5160088  T
Q  324 gaaactgaaaaaacaaaatggttccctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctactt 423  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5160089 gaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaggacaaaggaagtgtcattcctactt 5160188  T
Q  424 ttctttcttatcaatataatttgat 448  Q
    |||||||||||||||| ||||||||    
T  5160189 ttctttcttatcaatacaatttgat 5160213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 24 - 454
Target Start/End: Original strand, 5182037 - 5182464
Alignment:
Q  24 ttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaa 123  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5182037 ttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgtttagtgctaaacttccagagtgtttaagcaacttaa 5182136  T
Q  124 caaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttgg 223  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  5182137 caaaccttagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaattttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatgg 5182236  T
Q  224 aaattacatgcaaggaccattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacatt 323  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |||   ||||| | ||||    
T  5182237 aaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcactcaaatcttcagcatctatatatttcaccggaaaacagt---ggagttctcatt 5182333  T
Q  324 gaaactgaaaaaacaaaatggttccctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctactt 423  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  5182334 gaaactgaaaagacaaagtggtttcccaaatttcaattgaagacactcattcttagaaattgcaacctaaacaaggagaaaggaggtgtcattcctactt 5182433  T
Q  424 ttctttcttatcaatataatttgatattctt 454  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5182434 ttctttcatatcaatataatttgatattctt 5182464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 17 - 446
Target Start/End: Original strand, 5195424 - 5195853
Alignment:
Q  17 gacatagttaattattacaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagc 116  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||| || |||||||||    
T  5195424 gacatagttaattatgacaggactatgcaattttaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttagtgctaaacttccagattgtttaagc 5195523  T
Q  117 aacttaacaaacctcagagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatcct 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5195524 aacttaacaaacctcagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaattttccatctttcattagcaatctcacatcactggcatacttatcct 5195623  T
Q  217 tctttggaaattacatgcaaggaccattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagt 316  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |   ||||||||||||| | || || | ||  |||||    
T  5195624 tctatggaaattacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcattccaatcttgaggttctatatatttcatcaaaaaacaatattggagt 5195723  T
Q  317 acacattgaaactgaaaaaacaaaatggttccctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcatt 416  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  5195724 agacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttcaattgaagtcacttattgttagaaattgcaacctaaacaaggacgaaggaagtgtcatt 5195823  T
Q  417 cctacttttctttcttatcaatataatttg 446  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5195824 cctacttttctttcatatcaatataatttg 5195853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 33 - 451
Target Start/End: Original strand, 5213606 - 5214021
Alignment:
Q  33 acaggactatgcagtttgaagggtttggtagaactggacatcagcaataacatgtttgatgctaaacttcctgagtgtttaagcaacttaacaaacctca 132  Q
    |||||||||||||  ||||||| ||||||||| || || |||||| |||||||||||   ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  5213606 acaggactatgcaaattgaaggatttggtagagctagatatcagctataacatgtttagcgcgcaacttcccgagtgtttaagcaacttaacaaacctga 5213705  T
Q  133 gagttcttgaccttggcaataatctgttcactggaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttggaaattacat 232  Q
      |||||||| ||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5213706 atgttcttgaacttagctataatttgttcagtggaaattttccatccttcattagtaatctcacatcactggcatacttatccctctttggaaattacat 5213805  T
Q  233 gcaaggaccattttcattgaccaccttggctaatcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacattgaaactgaa 332  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |  |||| || |  || | | ||||||||||||||    
T  5213806 gcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcactccaatctccagcatctatatatttcatc--acaa-agcattggtgcaaacattgaaactgaa 5213902  T
Q  333 aaaacaaaatggttccctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctacttttctttctt 432  Q
    || ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5213903 aagacaaagtggttacccaaatttcaattgaagacactcattcttagaaattgcaacttaaacaaggacaaaggaagtgtcattcctacttttctttcat 5214002  T
Q  433 atcaatataatttgatatt 451  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  5214003 atcaatatagtttgatatt 5214021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 166 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 4857151 - 4856867
Alignment:
Q  166 gaaattttccatccttcactaccaatctcacatccctggcatacttatccttctttggaaattacatgcaaggaccattttcattgaccaccttggctaa 265  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  4857151 gaaattttccatccttcactaccaatctcacatctcttgcatact-atccatctatggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccactttggctaa 4857053  T
Q  266 tcactccaatcttcaacatctatatatttcaccgaacaatagtaccggagtacacattgaaactgaaaaaacaaaatggttccctaaatttcaattgaag 365  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||||||| | || |||   ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  4857052 tcactcaaatcttcagcatctatatatttcaccggaaaacagt---ggagttctcattgaaactgaaaagacaaagtggtttcccaaatttcaattgaag 4856956  T
Q  366 tcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtgtcattcctacttttctttcttatcaatataatttgatattctt 454  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  4856955 acactcattcttagaaattgcaacctaaacatggacgaaggaagtgtcattcctacttttctttcatatcaatataatttggtattctt 4856867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 312 - 446
Target Start/End: Original strand, 7142257 - 7142390
Alignment:
Q  312 ggagtacacattgaaactgaaaaaacaaaatggttccctaaatttcaattgaagtcactcattcttagaaattgcaacctaaacaaagacaaaggaagtg 411  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| |  |  |||| ||  ||| ||||||||||| |||||  |||||||||| ||    
T  7142257 ggagtacacgttgaaactgaaaatacaaagtggtttcctagatttcaactacatacacttatg-ttaaaaattgcaaccaaaacatggacaaaggaaatg 7142355  T
Q  412 tcattcctacttttctttcttatcaatataatttg 446  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||| ||||||||    
T  7142356 tcattcctagttttttttcatatcaacataatttg 7142390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University