View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9537_high_2 (Length: 237)

Name: NF9537_high_2
Description: NF9537
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9537_high_2
NF9537_high_2
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (7-223)||(21786883-21787099)
chr7 (1-215)||(21773363-21773577)
chr7 (6-224)||(21683143-21683361)
chr7 (6-223)||(21717217-21717434)
chr7 (6-223)||(21727917-21728134)
chr7 (1-223)||(21789641-21789863)
chr7 (1-223)||(21994715-21994937)
chr7 (1-203)||(21648046-21648248)
chr7 (6-223)||(21653353-21653570)
chr7 (6-215)||(21711204-21711413)
chr7 (1-223)||(21657931-21658153)
chr7 (7-223)||(15715102-15715318)
chr7 (56-223)||(21630248-21630415)
chr7 (71-212)||(21666798-21666939)
chr7 (60-215)||(21697920-21698075)
chr7 (60-203)||(21793302-21793445)
chr7 (51-223)||(21705775-21705944)
chr7 (57-223)||(21765401-21765564)
chr7 (33-215)||(21803670-21803849)
chr7 (108-137)||(21639226-21639255)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (51-223)||(26745-26914)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21787099 - 21786883
Alignment:
Q  7 taatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21787099 taatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcac 21787000  T
Q  107 tcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatccc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21786999 tcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatccc 21786900  T
Q  207 gtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    |||||||||||||||||    
T  21786899 gtagtcgttgtcaaaat 21786883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 21773577 - 21773363
Alignment:
Q  1 ttacggtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcct 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21773577 ttacggtaatgatcatgtattttggctctaacctctaaatatgtgtctgcattaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcct 21773478  T
Q  101 catcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaaca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  21773477 catcactcccaagggaattgagcaaaatctcttttgatctcagtaacttcacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaacgctgcaaaagaaca 21773378  T
Q  201 aatcccgtagtcgtt 215  Q
    |||||||||||||||    
T  21773377 aatcccgtagtcgtt 21773363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 21683361 - 21683143
Alignment:
Q  6 gtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatca 105  Q
    ||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21683361 gtaatgatcaatcattttggctttaacttcaaaatatgtttctgggttaggtaccaagtcagtacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatca 21683262  T
Q  106 ctcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |    
T  21683261 ctcccaagggaattgagcaaaattccttttgatctcagtaccttcacatcttcaggatggtcgatgagcgagtccataaaagctacaaaagaacaaattc 21683162  T
Q  206 cgtagtcgttgtcaaaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||    
T  21683161 cgtagtcgttgtcaaaatt 21683143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21717434 - 21717217
Alignment:
Q  6 gtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatca 105  Q
    |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21717434 gtaatgatcattcattttggctttaacttcaaaatatgtttctgagttcggtaccaagtcagaacctatgatattgaaaagttcggcaacttcctcatca 21717335  T
Q  106 ctcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||    
T  21717334 ctcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcagtaccttcacatcttcaggatggttgataagcgagcacataaaagctgcaaaagaacaaaacc 21717235  T
Q  206 cgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    | |||||||||| |||||    
T  21717234 catagtcgttgttaaaat 21717217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 6 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21728134 - 21727917
Alignment:
Q  6 gtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatca 105  Q
    |||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  21728134 gtaatgatcaagcattttgtctttaacttcaaaatatgtttctgtgttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcaaccacttcctcatca 21728035  T
Q  106 ctcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcc 205  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |  ||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| | ||||||||||||| |    
T  21728034 ctcccaagggaattgagcgaaatcccttttgatctcatttccttcacatcttcaggatggtcgataagtgagtccataaaagatacaaaagaacaaattc 21727935  T
Q  206 cgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    |||| |||||||||||||    
T  21727934 cgtaatcgttgtcaaaat 21727917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21789863 - 21789641
Alignment:
Q  1 ttacggtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcct 100  Q
    |||| |||||| |||||||||||  |||| |||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||    
T  21789863 ttacagtaatgctcatgtattttttctctgacttcaaaatatatttttgtattaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaaaatcggcaacttcct 21789764  T
Q  101 catcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaaca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  ||| ||||||||||||  ||| || || |||||||||||||||||||| |||||    
T  21789763 catcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcaattccttcacatcttcaggacggtcaatgagtgagtccatgaaagctgcaaacgaaca 21789664  T
Q  201 aatcccgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    ||| ||||||||||| |||||||    
T  21789663 aattccgtagtcgttctcaaaat 21789641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21994937 - 21994715
Alignment:
Q  1 ttacggtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcct 100  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||||  |||| ||||| |||| |||||||||| |  ||||||||||    
T  21994937 ttacagtaatgttcatctattttggctctaactttaaaatatatttctgtgtcaggtataaagttagtacgtatgctattgaaaagattggcaacttcct 21994838  T
Q  101 catcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaaca 200  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||    
T  21994837 catcactccaaggtgaattgagcaaaatcccttttgatctcaataacttcacatcttcaggatggtcgatgagtgagtccatgaaagttgcaaaagaaca 21994738  T
Q  201 aatcccgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    ||| || |||||||| |||||||    
T  21994737 aattccatagtcgttctcaaaat 21994715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 21648248 - 21648046
Alignment:
Q  1 ttacggtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcct 100  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||   |||||||||||||  ||||||| |||||| |||| |||||| |||||||| || |||| |||||    
T  21648248 ttacggtaatgataatctattttggctctaactctgaaatatgtttctgtattaggtatcaagtcggtacctatgattttgaaaagatcggcaatttcct 21648149  T
Q  101 catcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaaca 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||| ||| ||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  21648148 catcgctcccaagggaattgagcaaaatctcttttgatctcaatagcttcacaacttcaggatggtcgatgagtgagtccatgaaagctgcaaaagaaca 21648049  T
Q  201 aat 203  Q
    |||    
T  21648048 aat 21648046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21653570 - 21653353
Alignment:
Q  6 gtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatca 105  Q
    |||||| |||| |||||||  |||||||||| ||||| |||||  |||||| |||| ||||||||||||||| |||||||  |   | | ||||||||||    
T  21653570 gtaatgctcatttattttgcgtctaacttcataatatatttctctgttaggaaccacgtcagtacttatgattttgaaaaaattgacgagttcctcatca 21653471  T
Q  106 ctcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcc 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||  || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  21653470 ctcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaccttcacatcttcaggatcttcaataagtgagtcaatgaaagctgcaaaagaacaaattc 21653371  T
Q  206 cgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    | |||||||| |||||||    
T  21653370 catagtcgttctcaaaat 21653353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 6 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 21711413 - 21711204
Alignment:
Q  6 gtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatca 105  Q
    |||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| || |||| ||||||||||    
T  21711413 gtaatgttcatctattttggctcttacttcaaagtatgtttcagtattaggtatcaagtcagtacctatgattttgaaaagatcggcaatttcctcatca 21711314  T
Q  106 ctcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| || ||||||||||  || || || ||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  21711313 ctcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatctcaatagcttcacttcttcaggatgctcaatgagtgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaaatc 21711214  T
Q  206 cgtagtcgtt 215  Q
    | ||||||||    
T  21711213 catagtcgtt 21711204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21658153 - 21657931
Alignment:
Q  1 ttacggtaatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcct 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||| |||| | || || |||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||| ||||    
T  21658153 ttacagtaatgatcatgtattttcaatctaacttcaaagtatatttccgggtcagctaccaagtcagtacatatgatattgaaaagattggcaacatcct 21658054  T
Q  101 catcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaaca 200  Q
    ||||||| |||||| | |||  |||||||||||||||||| | |  ||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  21658053 catcactgccaaggcatttggccaaaatcccttttgatctcaattccttcacgtcttcaggatggtcgatgagcgagtccatgaaagttacaaaagaaca 21657954  T
Q  201 aatcccgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    ||| || || ||||| |||||||    
T  21657953 aattccataatcgttctcaaaat 21657931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 7 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 15715318 - 15715102
Alignment:
Q  7 taatgatcatgtattttggctctaacttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcac 106  Q
    ||||| |||||||| |||  |||||||||| || |||||| |  || | |||||| || ||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||    
T  15715318 taatgctcatgtatcttgcgtctaacttcataaaatgtttttccgtaatgtaccacgttagtacttatgatattgaaaagattgacaacttcctcatcac 15715219  T
Q  107 tcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatccc 206  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |  ||| ||||||||||||  |||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||| ||| |    
T  15715218 tcccaagtaaattgagcaaaatcccttttgatctcaattccttcacatcttcaggacggtcgatgagcgaggccaagaaagctgaaaaagaacagatctc 15715119  T
Q  207 gtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    ||||||||| |||||||    
T  15715118 gtagtcgttatcaaaat 15715102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 56 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21630415 - 21630248
Alignment:
Q  56 gtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatc 155  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| | |  ||| || ||    
T  21630415 gtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagatgggcaacttcctcatcactcccaagtttattgagcaaaatcccatttgatctcaattccttcacgtc 21630316  T
Q  156 ttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||  |||| ||||| |||||||    
T  21630315 ttcaggatggtcgatgagcgagtccatgaaagctagaaaagaacaaatttcgtaatcgttctcaaaat 21630248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 71 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 21666939 - 21666798
Alignment:
Q  71 ttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgat 170  Q
    |||||||||||||||  |  |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | |  | | ||||||||||||| ||||||    
T  21666939 ttatgatattgaaaatattggcaacttcctcatcactcccaaagcaattgagcaaaatcccttttgatctcaattccctcacatcttcaggatggtcgat 21666840  T
Q  171 aagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtc 212  Q
    ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21666839 aagtgactcgatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtc 21666798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 60 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 21698075 - 21697920
Alignment:
Q  60 caagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttca 159  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | |  ||| |||||||||    
T  21698075 caagtcagtgcctatgatattgaaaagtttggcaacttcctcatcactcccaaggcaattgagcaaaatccgttttgatctcaattccttcacatcttca 21697976  T
Q  160 ggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgtt 215  Q
    |||| ||| || || || |||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||    
T  21697975 ggatggtcaatgagtgactccatgaaagctacataagaacaaattacgtagtcgtt 21697920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 60 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 21793445 - 21793302
Alignment:
Q  60 caagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatcttca 159  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||| | |  ||| |||||||||    
T  21793445 caagtcggtacttatgatattgaaaagatgggcaacttcctcatcactcccaagtttattgcgcaaaatcccttttgatctcaattccttcacatcttca 21793346  T
Q  160 ggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaat 203  Q
    |||| |||||| || || ||||||||| || |||||||||||||    
T  21793345 ggatggtcgatgagtgactccatgaaaactacaaaagaacaaat 21793302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21705944 - 21705775
Alignment:
Q  51 gttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttg 150  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||  |   ||  |||||||||||||||||| | || |||     
T  21705944 gttagctaccaagtcagtacctatgatattgaaaagactggcaacttcctcatcactccaaaccg---tgcacaaaatcccttttgatctcaataccttc 21705848  T
Q  151 acatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    |||||||| |||| |||||| || |||||||| |||||| || ||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  21705847 acatcttccggatggtcgatgagtgagtccatcaaagctacataagaacagatcccacagtcgttgtcaaaat 21705775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 57 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 21765564 - 21765401
Alignment:
Q  57 taccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttgacatct 156  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||  |   ||  |||||||||||||||||| | || ||| ||||||    
T  21765564 taccaagtcagtacctatgatattgaaaagactggcaacttcctcatcactccaaaccg---tgcacaaaatcccttttgatctcaataccttcacatct 21765468  T
Q  157 tcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    || |||| |||||| || |||||||| |||||| || ||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  21765467 tccggatggtcgatgagtgagtccatcaaagctacataagaacagatcccacagtcgttgtcaaaat 21765401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 33 - 215
Target Start/End: Original strand, 21803670 - 21803849
Alignment:
Q  33 ttcaaaatatgtttctgagttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatccct 132  Q
    ||||||||||  ||||  ||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| || ||   ||  ||||||||||    
T  21803670 ttcaaaatataattctatgttagattccaagccagtacctatgatattgaaaagattggcaacttcctcatcactccaaaagg---tgcacaaaatccct 21803766  T
Q  133 tttgatcttagtaacttgacatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgtt 215  Q
    |||||||| | |  ||| ||||||||||||| ||| || || ||||||||||||||| || ||||||||| | | ||||||||    
T  21803767 tttgatctcaatgccttcacatcttcaggatggtcaatgagagagtccatgaaagctacataagaacaaaactcatagtcgtt 21803849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 108 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 21639255 - 21639226
Alignment:
Q  108 cccaagggaattgagcaaaatcccttttga 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21639255 cccaagggaattgagcaaaatcccttttga 21639226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 51 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 26914 - 26745
Alignment:
Q  51 gttaggtaccaagtcagtacttatgatattgaaaagttcagcaacttcctcatcactcccaagggaattgagcaaaatcccttttgatcttagtaacttg 150  Q
    ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||  | ||   ||  |||||||| ||||||||| |||| |||     
T  26914 gttagctaccaggtcggtacctatgatattgaaaaggttggcaacttcctcatcactccataagg---tggacaaaatcctttttgatctcagtaccttc 26818  T
Q  151 acatcttcaggattgtcgataagcgagtccatgaaagctgcaaaagaacaaatcccgtagtcgttgtcaaaat 223  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||   ||||||||||||||||    
T  26817 acatcttcaggatggtcgatgagcgagtccatgagagctacataagaacaaatctgatagtcgttgtcaaaat 26745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University