View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9538_4 (Length: 838)

Name: NF9538_4
Description: NF9538
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9538_4
NF9538_4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (30-838)||(4396278-4397088)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 716; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 716; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 838
Target Start/End: Complemental strand, 4397088 - 4396278
Alignment:
Q  30 atatactttttattccctgatcaaccaaagcttcttctccatccatcaaccaaacaaatgaaagagagacagatcaaagaaaataccattcacatcatat 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4397088 atatactttttattccctgatcaaccaaagcttcttctccatccatcaaccaaacaaatgaaagagagacagatcaaagaaaataccattcacatcatat 4396989  T
Q  130 aagtttgcaaattaaagatgattgaagttatccatcaacagctgaattcttcatggtcatgattatattttgtgatggttcattcatgcagctgaaactg 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4396988 aagtttgcaaattaaagatgattgaagttatccatcaacagctgaattcttcatggtcatgattatattttgtgatggttcattcatgcagctgaaactg 4396889  T
Q  230 aaagaaagttaatggatgtatagggtgtgacattgcataaaagataggaatgacatagcacaaaaagatataattactatagattagaagaaaaataaaa 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4396888 aaagaaagttaatggatgtatagggtgtgacattgcataaaagataggaatgacatagcacaaaaagatataattactatagattagaagaaaagtaaaa 4396789  T
Q  330 agttattatttcagtgtactacagatataaattaactgaagtcttgctcgacatatcgaaatcacagtgtcaaatcaaggtaacatgagattgaaaacac 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4396788 agttattatttcagtgtactacagatataaattaactgaagtcttgctcgacatatcgaaatcacagtgtcaaatcaaggtaacatgagattgaaaacac 4396689  T
Q  430 tgttgttatcaaacaacacgtaaaccaatccataactgttccatgtaacctctctgctcctccacaattaacaactctacttattcttggatttattgga 529  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4396688 tgttgttatcaaacaacacgtaaaccaatccataactgttccatgtaacctctct-ctcatcaacaattaacaactctacttattcttggatttattgga 4396590  T
Q  530 aaggaacagtgactattgagttgtattgttttttgagaaatgatttgtgaacacatacatagtaacaaagtg-nnnnnnnncctcatgtgaagacaaatt 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||| ||||||||||||    
T  4396589 aaggaacagtgactattgagttgtattgttttttgagaaatgatttgtgaacacatacatagtaacaaagtgtttttttttcctcatatgaagacaaatt 4396490  T
Q  629 ttggcagtttgtgtgaaaacgttggtaccattccgttttgggtcagacctttctgattcacgttaactacatacgcttttaaatg--ccatacactaaca 726  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4396489 ttggcagtttgtgtgaaaacgttggtaccattccgttttgggtcagacctttctgattcatgttaactacatacgcttttaaatgccccatacactaaca 4396390  T
Q  727 ggttgacaccnnnnnnngatcaaacaaaacacataaaatctgataacttgtaaaattatattcagcttatttataatttaatgataaataaatcagatat 826  Q
     |||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4396389 agttgacacctttttttgatcaaacaaaacacataaaatctgataacttgtaaaattatattcagcttatttataatttaatgataaataaatcagatat 4396290  T
Q  827 aacgagtcatat 838  Q
    ||||||||||||    
T  4396289 aacgagtcatat 4396278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University