View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9538_5 (Length: 685)

Name: NF9538_5
Description: NF9538
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9538_5
NF9538_5
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (22-261)||(4395291-4395530)
chr2 (535-685)||(4395639-4395789)
chr2 (357-534)||(11828960-11829139)
chr2 (355-534)||(13922186-13922367)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (359-537)||(2286463-2286643)
chr7 (358-535)||(7527180-7527359)
chr7 (355-534)||(496684-496865)
chr7 (355-534)||(11765708-11765889)
chr7 (361-534)||(23844642-23844817)
chr7 (355-476)||(25185910-25186031)
chr7 (355-476)||(48057676-48057797)
chr7 (379-534)||(42535132-42535288)
chr7 (355-472)||(31427241-31427360)
chr7 (355-537)||(40855065-40855250)
chr7 (435-476)||(4649289-4649330)
chr7 (355-416)||(4649474-4649535)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (359-535)||(33594435-33594613)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (355-536)||(52055063-52055246)
chr4 (355-476)||(1158232-1158353)
chr4 (374-535)||(49866670-49866822)
chr4 (552-657)||(1739936-1740041)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (359-524)||(47940831-47940998)
chr3 (358-532)||(49786397-49786573)
chr3 (355-535)||(8436812-8436994)
chr3 (355-476)||(8152978-8153101)
chr3 (355-454)||(29836769-29836867)
chr3 (360-455)||(48778971-48779066)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (355-534)||(25955877-25956058)
chr5 (355-534)||(38280190-38280371)
chr5 (355-534)||(42250117-42250298)
chr5 (355-532)||(1501287-1501467)
chr5 (379-528)||(7886380-7886530)
chr5 (355-422)||(38951382-38951449)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (350-534)||(4076861-4077047)
chr8 (359-534)||(3780276-3780453)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (355-534)||(51787273-51787453)
chr1 (355-538)||(30339637-30339822)
chr1 (355-532)||(20186760-20186939)
chr1 (360-535)||(9672888-9673062)
chr1 (355-472)||(43740388-43740505)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 215; Significance: 1e-117; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 22 - 261
Target Start/End: Original strand, 4395291 - 4395530
Alignment:
Q  22 atcatcatcatgactttgttgacttaaatatgtaacttttatttgctcttctatcggtttgaagaactatgtttgtttatttatagtataataactatat 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4395291 atcatcatcatgactttgttgacttaaatatgtaacttttatttgctcttctatcggtttgaagaactatgtttgtttatttatagtataataactatat 4395390  T
Q  122 tatgaaattatatgatgtggaattattagctatggatgtgtttctatcactaattttgctattccaaaaagattattatgaaatttgattaaagtatcat 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4395391 tatgaaattatatgatgtggaattattagctatggatgtgtttctatcactaattttgctattccaaaaagattattatgaaatttgattaaagtatcat 4395490  T
Q  222 gtatttttgatttggatnnnnnnntgttatggagatgaac 261  Q
    |||||||| ||||||||       ||||||||||||||||    
T  4395491 gtatttttaatttggataaaaaaatgttatggagatgaac 4395530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 535 - 685
Target Start/End: Original strand, 4395639 - 4395789
Alignment:
Q  535 tattagaagcagttggtatgtgtttgttgctgcgttttctttcctctagacgcgtggcaatccaaaacctaccttttgtagctcttaaattatcccgtta 634  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4395639 tattagaagcacttggtatgtgtttgttgctgcgttttctttcctctagacgcgtggcaatccaaaacctaccttttgtagctcttaaattatcccgtta 4395738  T
Q  635 gaagtgcattaggacgctatatttctcaattaaacgccaatccaaacacta 685  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4395739 gaagtgcattcggacgcgatatttctcaattaaacgtcaatccaaacacta 4395789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 357 - 534
Target Start/End: Original strand, 11828960 - 11829139
Alignment:
Q  357 tggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttcct 456  Q
    |||||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| |      
T  11828960 tggtgagacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacataaatatgtgacatgtgtcctagaccccacaaacactttgcctctctcctc 11829059  T
Q  457 tttcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||| | ||| ||||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||    
T  11829060 tttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaccaatcattttcc 11829139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 355 - 534
Target Start/End: Original strand, 13922186 - 13922367
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  13922186 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacgtaaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 13922285  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctcca-catatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
      |||| ||||||||||||||| |  |||| | ||| |||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  13922286 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 13922367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 359 - 537
Target Start/End: Original strand, 2286463 - 2286643
Alignment:
Q  359 gtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttccttt 458  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2286463 gtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttccttt 2286562  T
Q  459 tcgtccatctctctcctc-cacatatatg-ggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcctat 537  Q
    || ||||||||||||||| || ||||||| || ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2286563 tcatccatctctctcctctcaaatatatgagggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcctat 2286643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 358 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 7527359 - 7527180
Alignment:
Q  358 ggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttcctt 457  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||| ||||||||||||| | ||  ||    
T  7527359 ggtgatacatgcatattcattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagactccataaacactttgtctctttttttt 7527260  T
Q  458 ttcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcct 535  Q
    ||| ||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7527259 ttcatccatctctctcctctcaaatatatggggctgtatgggtggtacgaaattatgagtggtctaccaatcattttcct 7527180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 355 - 534
Target Start/End: Original strand, 496684 - 496865
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  496684 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatatgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 496783  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctcca-catatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
      |||| ||||||||||||||| |  |||| | ||| |||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  496784 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 496865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 355 - 534
Target Start/End: Original strand, 11765708 - 11765889
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||    
T  11765708 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtccttgaccccacaaacactttgtctctcttc 11765807  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctcca-catatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
      |||| ||||||||||||||| |  |||| | ||| |||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  11765808 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 11765889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 361 - 534
Target Start/End: Original strand, 23844642 - 23844817
Alignment:
Q  361 gatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttccttttc 460  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  23844642 gatacatgcacatccataggtaacatacacactcaaatctccacataaacatgtgacatgtgccctagacctcacaaacactttgtctctcttccttttc 23844741  T
Q  461 gtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
     ||||||||||||||| || |||||| ||| ||||| ||| |||||||| |||||| ||| || ||||||||||||    
T  23844742 atccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtataggtggtatgaaaatatgagtggtttatcaatcattttcc 23844817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 355 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 25186031 - 25185910
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  25186031 agtggtgatgcatgcacactcataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttatctctcttc 25185932  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctc 476  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  25185931 cttttcatccatctctctcctc 25185910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 355 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 48057797 - 48057676
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||| | |||||| |||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48057797 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacatatttaaacttccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 48057698  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctc 476  Q
      |||| |||||||||||||||    
T  48057697 tctttcatccatctctctcctc 48057676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 379 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 42535288 - 42535132
Alignment:
Q  379 ggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttccttttcgtccatctctctcctcca 478  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||  || | |||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||| |    
T  42535288 ggtgacatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcttatatcccacaaacactttgtctctcttctctttcatccatctctctcctcta 42535189  T
Q  479 -catatatgggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
      |||| |||| |||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  42535188 gaatatgtggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 42535132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 355 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 31427360 - 31427241
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtg--gcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatct 452  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  31427360 agtggtgatacatgcacatccataggtgtggcatacataattaaacctccgcataaatatgtgacatgtggtttagactccacaaacactttgtctctct 31427261  T
Q  453 tccttttcgtccatctctct 472  Q
    ||| | || |||||||||||    
T  31427260 tccctctcatccatctctct 31427241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 355 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 40855250 - 40855065
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgt-tctagaccccacaaacactttgtctatctt 453  Q
    |||| |||| |||||| ||||||  |||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||| | ||    
T  40855250 agtgatgatgcatgcatatccatatgtggtatatacacttaaacctctacacaaacatgtgacctgtgggtctagacctcacaaacactttgtctctttt 40855151  T
Q  454 ccttttcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcctat 537  Q
    || |||| | ||||||||||||| || |||| | ||| ||||||||| |||||||| ||| || |||||| |||||||||| ||||    
T  40855150 ccctttcattcatctctctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaacaatcattttactat 40855065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 435 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 4649330 - 4649289
Alignment:
Q  435 caaacactttgtctatcttccttttcgtccatctctctcctc 476  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  4649330 caaacactttatctctcttccttttcatccatctctctcctc 4649289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 355 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 4649535 - 4649474
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtga 416  Q
    |||||||||| ||||| || |||  |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  4649535 agtggtgatagatgcaaattcataagtggcatacacatttaaaactccacataaatatgtga 4649474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 359 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 33594613 - 33594435
Alignment:
Q  359 gtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttccttt 458  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  33594613 gtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaaccttcacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttgtctctcttccttt 33594514  T
Q  459 tcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcct 535  Q
    || ||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33594513 tcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcct 33594435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 108; Significance: 7e-54; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 355 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 52055246 - 52055063
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  52055246 agtggtgatacatgcacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 52055147  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctc-cacatatatg-ggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttccta 536  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||| || || ||||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52055146 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgagggtgtatggatgttatgaaattatgagtggtctaccaatcattttccta 52055063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 355 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 1158353 - 1158232
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||| ||||||||||||||| || |  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| |||||    
T  1158353 agtgatgatacatgcacatcgatagaaggcgtacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccctacaaacattttgtctctcttc 1158254  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctc 476  Q
    | |||| | |||||||||||||    
T  1158253 cctttcattcatctctctcctc 1158232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 374 - 535
Target Start/End: Original strand, 49866670 - 49866822
Alignment:
Q  374 ccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttccttttcgtccatctctctc 473  Q
    |||| ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||| || ||||||||||||| |||||  |||| || |||||||||    
T  49866670 ccataggtggtatacacgcttaaaccttcacacaaatatgtgacatgtgacttagaccacataaacactttgtctctcttctctttcatcgatctctctc 49866769  T
Q  474 ctccacatatatgggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcct 535  Q
    || | ||||        |||||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  49866770 ct-ctcata--------gtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcct 49866822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 552 - 657
Target Start/End: Original strand, 1739936 - 1740041
Alignment:
Q  552 atgtgtttgttgctgcgttttctttcctctagacgcgtggcaatccaaaacctaccttttgtagctcttaaattatcccgttagaagtgcattaggacgc 651  Q
    ||||||||||| |||| ||||  || ||||||||||| ||||  | | || ||||||||||||||  |||||||  | | ||||||||||||| ||||||    
T  1739936 atgtgtttgttactgcatttttcttgctctagacgcgcggcagacaagaagctaccttttgtagcatttaaattcccactttagaagtgcattgggacgc 1740035  T
Q  652 tatatt 657  Q
     |||||    
T  1740036 gatatt 1740041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 108; Significance: 7e-54; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 359 - 524
Target Start/End: Original strand, 47940831 - 47940998
Alignment:
Q  359 gtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttccttt 458  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47940831 gtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttccttt 47940930  T
Q  459 tcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctacca 524  Q
    || ||||||||||||||| || |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  47940931 tcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctacca 47940998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 358 - 532
Target Start/End: Original strand, 49786397 - 49786573
Alignment:
Q  358 ggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttcctt 457  Q
    ||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |    
T  49786397 ggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctct 49786496  T
Q  458 ttcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcatttt 532  Q
    ||| | |||||||||||||  | |||| | ||| |||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  49786497 ttcattcatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 49786573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 355 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 8436994 - 8436812
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8436994 agtggtgatatatgtacacccataggtggcatacacatttaaacctctacataaatatatgacacgtgtcttagaccccacaaacactttgtctctcttc 8436895  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctcca-catatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcct 535  Q
      |||| ||||||||||||||| |  |||| | ||| |||||| || ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||    
T  8436894 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcct 8436812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 355 - 476
Target Start/End: Original strand, 8152978 - 8153101
Alignment:
Q  355 agtggtgatacat--gcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatct 452  Q
    |||||||||||||  ||||| | || |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||    
T  8152978 agtggtgatacatatgcacacctataggtggcatacacacctaaacctccacataaacatgtgacatgtggcctagactccacaaacactttgtctctct 8153077  T
Q  453 tccttttcgtccatctctctcctc 476  Q
    ||  |||  |||||||||||||||    
T  8153078 tctcttttatccatctctctcctc 8153101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 355 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 29836867 - 29836769
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    ||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  29836867 agtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtaacatatgacctacaccccacaaa-actttgtctctcttc 29836769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 360 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 48779066 - 48778971
Alignment:
Q  360 tgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttcc 455  Q
    ||||||||||||| | || |||||||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||    
T  48779066 tgatacatgcacacctataggtggcatactcatttaaacatccacataaatatgtgacatgtggtctagactccataaacactttatctctcttcc 48778971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 355 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 25956058 - 25955877
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25956058 agtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacatttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 25955959  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||| | ||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25955958 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 25955877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 355 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 38280371 - 38280190
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38280371 agtggtgatacatgtacatccataggtggtatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 38280272  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctcca-catatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
      |||| ||||||||||||||| |  |||| | ||| |||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  38280271 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 38280190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 355 - 534
Target Start/End: Original strand, 42250117 - 42250298
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||||||| ||||   || |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42250117 agtggtgatacatgcacacccataaatgacatagacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcttagaccccacaaacactttgtctctcttc 42250216  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
    |||||| ||||||||||||||| || |||| | ||| || | ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42250217 cttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgcacgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 42250298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 355 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 1501467 - 1501287
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||   |||||||||| | ||||||||||| |||||    
T  1501467 agtggtgatacatgcagatccataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatatgacatgtagcctagaccccatatacactttgtctctcttc 1501368  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctc-cacatatat--gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcatttt 532  Q
      |||| ||||||||||||||| || |||| |  ||| |||||| || |||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  1501367 tctttcatccatctctctcctctcaaatatgtggggggtgtatgtgtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 1501287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 379 - 528
Target Start/End: Original strand, 7886380 - 7886530
Alignment:
Q  379 ggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttccttttcgtccatctctctcctc-c 477  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| | |||||| | | ||||||| |||||| |||| |  |||||||||| | |    
T  7886380 ggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctaaatcccacatatattttgtctctcttccctttcatatatctctctcccctc 7886479  T
Q  478 acatatatgggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatca 528  Q
    | |||| | || ||||||||| |||||||| ||| || |||||||||||||    
T  7886480 aaatatgtagggtgtatgggtggtatgaaaatattagtggtctaccaatca 7886530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 355 - 422
Target Start/End: Original strand, 38951382 - 38951449
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtg 422  Q
    |||| |||||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||| |||||    
T  38951382 agtgatgatacatgcacattcatagatggcatatatacttaaatctcaacacaaatatgtgatatgtg 38951449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 350 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 4077047 - 4076861
Alignment:
Q  350 aaaccagtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtcta 449  Q
    |||| |||| ||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||| |||||||     
T  4077047 aaacgagtgatgatacatgcatacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctagaccccacaaacaatttgtctc 4076948  T
Q  450 tcttccttttcgtccatctctctcctc-cacatatatgg-gatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| || |||  ||| | ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4076947 tcttccttttcatccatctctctcctctcaaataagtggaggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 4076861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 359 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 3780453 - 3780276
Alignment:
Q  359 gtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttccttt 458  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||   ||| |||| | ||||||||||||| |||||| ||    
T  3780453 gtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctaaacccgagaaacactttgtctctcttccctt 3780354  T
Q  459 tcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
    || ||||||||| ||||| || |||| | ||| ||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  3780353 tcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 3780276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 355 - 534
Target Start/End: Original strand, 51787273 - 51787453
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51787273 agtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaaccttcacataaacatgtgacacgtgctctagaccccacaaacactttgtctctcttc 51787372  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctcca-catatatgggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcc 534  Q
      |||| | ||||||||||||| |  |||| |||| |||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  51787373 tctttcatgcatctctctcctctagaatatgtggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 51787453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 355 - 538
Target Start/End: Original strand, 30339637 - 30339822
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30339637 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctctacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttc 30339736  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctcca-catatatg-ggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcctatt 538  Q
      |||| ||||||||||||||| |  |||| || || |||||| || |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  30339737 tctttcatccatctctctcctctagaatatgtgagggtgtatgagtggtataaaaatatgagtggtctaccaatcattttcctatt 30339822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 355 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 20186939 - 20186760
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  20186939 agtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagatcccacaaacactttgtctctcttc 20186840  T
Q  455 cttttcgtccatctctctcctc-cacatatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcatttt 532  Q
      |||| |||||||||| ||||  | |||| | ||| |||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  20186839 tctttcatccatctctcccctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcatttt 20186760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 360 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 9673062 - 9672888
Alignment:
Q  360 tgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttcctttt 459  Q
    ||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||  ||||||||||  ||||| |||||  |||    
T  9673062 tgatacatgtacacctataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctaga-tccacaaacac--tgtctctcttctcttt 9672966  T
Q  460 cgtccatctctctcctcca-catatat-gggatgtatgggtagtatgaaattatgagcggtctaccaatcattttcct 535  Q
    | ||||||||||||||| |  |||| | ||| |||||| || ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||    
T  9672965 catccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcct 9672888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 355 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 43740505 - 43740388
Alignment:
Q  355 agtggtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtgacatgtgttctagaccccacaaacactttgtctatcttc 454  Q
    ||||||||| |||| |||||||| | |  ||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||| ||| |||||||||||||||| |||||    
T  43740505 agtggtgatccatgaacatccatagatcacatgcacacttaaacctccacacaaacatgtgatatgtggcctaaacctcacaaacactttgtctctcttc 43740406  T
Q  455 cttttcgtccatctctct 472  Q
    ||| || |||||| ||||    
T  43740405 cttatcatccatcactct 43740388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University