View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9542_3 (Length: 485)

Name: NF9542_3
Description: NF9542
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9542_3
NF9542_3
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-479)||(13448055-13448533)
chr2 (27-479)||(13454552-13455004)
chr2 (28-479)||(13439919-13440370)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (37-478)||(12540413-12540854)
chr5 (29-478)||(28385054-28385503)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (40-478)||(3417537-3417975)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (30-479)||(48965050-48965499)
chr4 (41-464)||(48957876-48958299)
chr4 (29-464)||(48961011-48961448)
chr4 (87-464)||(48912369-48912746)
chr4 (29-203)||(48967178-48967352)
chr4 (294-453)||(48974103-48974262)
[»] scaffold0536 (4 HSPs)
scaffold0536 (147-479)||(6517-6852)
scaffold0536 (294-464)||(10517-10687)
scaffold0536 (303-361)||(1580-1638)
scaffold0536 (150-202)||(1739-1791)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (28-463)||(12641506-12641941)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (63-464)||(12590196-12590594)
chr6 (239-463)||(12483492-12483716)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 455; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 455; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 479
Target Start/End: Original strand, 13448055 - 13448533
Alignment:
Q  1 ccagcttgaggtctctcaatcttttaaggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13448055 ccagcttgaggtctctcaatcttttaaggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagccaccttcttgaatagc 13448154  T
Q  101 ttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448155 ttgtatagctttttctccaaactctcgagcacgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatct 13448254  T
Q  201 ctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13448255 ctgctcactaacttctttctctccgcgacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttatcagtttctcat 13448354  T
Q  301 tgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448355 tgtagaattgatctccatgaaccggccacgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccc 13448454  T
Q  401 cactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctct 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448455 cactgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctct 13448533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 27 - 479
Target Start/End: Original strand, 13454552 - 13455004
Alignment:
Q  27 aggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctc 126  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  13454552 aggtttctcaatcttttaagttcatcaatcaaagccaacaaattattataagatgagccacctttttgaatagcttgtgtagccttttctccaaactctc 13454651  T
Q  127 gagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgc 226  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  13454652 gagcacgtaccctgatatttttagcttcatcaccaccgcccatcaatctcctcacagccttctctatgctatctttgctcaccaacttctctctctccgc 13454751  T
Q  227 aacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggc 326  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  13454752 aacaccacttgtacaccattctgttgcaccgacttcaattccaattcctcgaacttgtgttattagtttctcgttgtagaattgatctccatggactggc 13454851  T
Q  327 catgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaa 426  Q
    || ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13454852 cacgttatcattggaactcccatgctaacagcctctacgattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtgactcaatatcttaa 13454951  T
Q  427 cttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctct 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||    
T  13454952 cttgtggggcccaacccctaatgatcaaaccctttttctcgatgtttttctct 13455004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 28 - 479
Target Start/End: Original strand, 13439919 - 13440370
Alignment:
Q  28 ggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcg 127  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  13439919 ggtctctcaatcttttaagttcttcaattaaagccaacaaattattataagacgagccaccttcttgaatagcttgtgtagccttttctccaaactcttg 13440018  T
Q  128 agcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgca 227  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  13440019 agcaagtagcctcatatttttagcttcatcaccattctccatcaatctcctcacagccttctctatgttatccctgctcaccaacttctctctctccgca 13440118  T
Q  228 acaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcc 327  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13440119 acaccattcttacaccattccgttgcaccgacttccactccaattcctcgaaattgtgttaccagtttctcgttgtagaattgatctccatgaaccggcc 13440218  T
Q  328 atgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaac 427  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13440219 acgttatcattggaactcccgcactaacagactctacaattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaac 13440318  T
Q  428 ttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctct 479  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  || |||||||||    
T  13440319 ttgtggggcccaacccttaatgatcaaacccatcctcctaatgtttctctct 13440370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 37 - 478
Target Start/End: Original strand, 12540413 - 12540854
Alignment:
Q  37 atcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtag 136  Q
    ||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||| ||| || || |||||||||| |||| || |||| || ||||||| |||||| ||| ||||    
T  12540413 atcttttaatttcgtcgatcaaagataacaaattattatgagaggaaccaccttcttgaacagctcgtctagccttctctccaatctctcgtgcacgtag 12540512  T
Q  137 cctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactc 236  Q
     || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| ||  |||| |     
T  12540513 tctcatattttcagcttcataaccaccatccatcaatctcctcatagccttctctatgccatctctgccaaccaacttctttctctccccattaccattt 12540612  T
Q  237 gtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatca 336  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||  |||||| |||||||    
T  12540613 gtacaccattctgttgcacctacttctactccaattcctcggacctgtgttattagtttctcgttgaataagtgatctccatgacacggccacgttatca 12540712  T
Q  337 ttggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggc 436  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12540713 ttggaactcccgcaccaacagcctctacaattgagtttcccccacaatgtgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggc 12540812  T
Q  437 ccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctc 478  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||    
T  12540813 ccaacccctaatgatcaaacccttttttccaatgtttctctc 12540854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 29 - 478
Target Start/End: Original strand, 28385054 - 28385503
Alignment:
Q  29 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 128  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| || |||| || |||| || ||||| |||||||||    
T  28385054 gtctctcaatcttttaagttcgtcgattaaagctaacaaattattataagaggaaccaccttctttaacagctcgtgtagccttctctcctaactctcga 28385153  T
Q  129 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaa 228  Q
    ||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  28385154 gcacgttgtctcatattttcagcttcatcgccaccgtccatcaatttcctcatagccttctctatgttatctctgctcaccaacttctttctctccccat 28385253  T
Q  229 caccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcca 328  Q
     |||| | ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||| ||||| |  |||||| | ||||||||||  ||| |||||| |||||   |||||    
T  28385254 taccatttgtacaccattccgttacacctacttccactccaattcttcggactgttgttatcaatttctcattgctgaagtgatctgcatgacaaggcca 28385353  T
Q  329 tgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaact 428  Q
     |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||    
T  28385354 cgttatcattggaactcccgcgccaacagcctctacaattgagttccctccgcaatgtgtcagaaatccccccaccgcagggttgctcaatatcagaact 28385453  T
Q  429 tgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctc 478  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || ||||||||    
T  28385454 tgtggggcccaacccctgattatgaaacccttctttccaatgtttctctc 28385503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 40 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 3417975 - 3417537
Alignment:
Q  40 ttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcct 139  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||  || || || ||||||||||||||| || |||| || ||||||| |||||||||| |||| ||    
T  3417975 ttttaagttcgtcgatcaaagttaacaaattatgatgtgaggaaccaccttcttgaatagctcgtttagccttctctccaagctctcgagcacgtagtct 3417876  T
Q  140 gatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgta 239  Q
     |||  |||||| ||||||| || ||||||||||||||| |  ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||   | |    
T  3417875 cataccttcagcctcatcactactgtccatcaatctcctcattgccttctctatgtcatctctgctcaccaacttctttctctccccaataccatgtgca 3417776  T
Q  240 caccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattg 339  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  3417775 cgccattctgttgcacctacttccactccaattcctcggacttgtgttattagtttctcattgaacaattgatctccatgacccggccacgttatcattg 3417676  T
Q  340 gaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggccca 439  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  3417675 gaactcctgcaccaacagcctcaacaaatgagttccccccacaatgtgtcataaatccccctaccgcagggtggctcaatatctgaacctgtggggccca 3417576  T
Q  440 acccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctc 478  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||    
T  3417575 acccctaacgatcaaacccttctttccaatgtttctctc 3417537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 30 - 479
Target Start/End: Original strand, 48965050 - 48965499
Alignment:
Q  30 tctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgag 129  Q
    |||||| ||||||| || || |||||||| || |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||| |||    
T  48965050 tctctcaatcttttgagatcatcaatcaaggctaacaaattcttatgagacgagccaccttcttgaatggctcgtctagccttttctccaaactcttgag 48965149  T
Q  130 catgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaac 229  Q
    || |    || || || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| | ||||| ||| ||  |||     
T  48965150 cacgacttctaattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatctcctcacagccttctctatgctatcactactcaccagcttctctctttcttcaaa 48965249  T
Q  230 accactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccat 329  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | || |||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  48965250 accagtcaaacaccattctgttgcaccaacttccactccaatccctcgcacttctgttatcagtttttcgttgtagaattgttctccatgtgaaggccat 48965349  T
Q  330 gttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaactt 429  Q
    || ||||| ||||| ||||||| ||||||||| || || |||||||  || ||||| ||||||||  | ||||| || ||||||||||  |||  ||| |    
T  48965350 gtaatcatcggaacccccgcaccaacagcctccactgtggagttccaaccacaatgagtcataaaggcacccacagcggggtggctcagaatcagaacct 48965449  T
Q  430 gtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctct 479  Q
    | || |||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||||    
T  48965450 gcggagcccaacccctaataatcaaacccttctttccaatgtttctctct 48965499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 41 - 464
Target Start/End: Original strand, 48957876 - 48958299
Alignment:
Q  41 tttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctg 140  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||| |||| ||| || || |||||||||| |||| || |||| |||||||| |||||| ||||| |  |  ||    
T  48957876 tttaagatcatcaatcaaagacaacaaattgttatgagatgatccaccttcttgaacagctcgtgtagccttttctccgaactcttgagcacgctgtttg 48957975  T
Q  141 atattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtac 240  Q
    || |  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||| | ||||| | ||||| | ||||| ||| |||  |   ||    
T  48957976 atttcctcagcttcatcaccaccgtccatcaatctcttcacagccttttctatactatctttactcacaatcttctgtttctcctcaaaaccgtttacac 48958075  T
Q  241 accattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattgg 340  Q
    |||| ||||||||||| || || || ||||||||||| |  |  ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  48958076 accactctgttgcaccaacctccaccccaattcctcgcacattagttatcaacttctcattgtagaattgttctccatgcaccggccacgtgatcattgg 48958175  T
Q  341 aactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaa 440  Q
    ||| ||||| ||||||||||| || || ||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||| |||  ||||||||  |||  |||||||||||||||     
T  48958176 aacccccgcgctaacagcctccacagtggagttccacccgcaatgtgtcataaatgcacccacggcaatgtggctcagaatcaaaacttgtggggcccac 48958275  T
Q  441 cccctaatgatcaaacccttcttc 464  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  48958276 cccctaatgatcaaacctttcttc 48958299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 29 - 464
Target Start/End: Original strand, 48961011 - 48961448
Alignment:
Q  29 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 128  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||| ||||  |||||| || || ||||||||||||    
T  48961011 gtctctcaatcttttaagatcatcaattaaagccaacaaattattatgagatgagccgcctacttgaacagctcatatagccttatccccaaactctcga 48961110  T
Q  129 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaa 228  Q
    ||| |  | || |||| ||| |||||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||  ||||| || | |  | ||| ||||||||  |||    
T  48961111 gcacgccgtcttatatcttcggcttcatcaccaccgtccattaattttctcactgccttctctatattatctttgttgatcaccttatttctctcttcaa 48961210  T
Q  229 caccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcca 328  Q
     ||||  |  |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || || |  |  ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  48961211 taccatccacacaccattctgttgcaccaacttcaattccaataccccgcacatcagttatcaacttctcgttgtagaattgttctccatgtacgggcca 48961310  T
Q  329 tgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgag--ttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaa 426  Q
    |||||||||||| |  || |||||| ||||||| | ||| |||  |||| ||||||||||||||||||  | ||||| || | ||||| ||  ||| |||    
T  48961311 tgttatcattgggatccctgcactaccagcctcaatggtggagagttccacccgcaatgcgtcataaacacacccaccgctgtgtggcccaggatcataa 48961410  T
Q  427 cttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc 464  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  48961411 cttgtggggcccaccccttaatgatcaaacccttcttc 48961448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 87 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 48912746 - 48912369
Alignment:
Q  87 ccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagcct 186  Q
    ||||||| ||| || ||| ||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| |||    
T  48912746 ccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaacct 48912647  T
Q  187 tctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgt 286  Q
    |||| ||  |||| || |  || | ||||| ||| ||| ||| |||| | || | |||||| ||||||||||| || || ||||| ||  | |  |||||    
T  48912646 tctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgt 48912547  T
Q  287 tataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgc 386  Q
    ||| |  ||||||||||| || || |||||||| | |||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||| ||| |||||     
T  48912546 tatcaacttctcattgtaaaactgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgt 48912447  T
Q  387 gtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc 464  Q
    ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||| ||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||    
T  48912446 gtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttc 48912369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 203
Target Start/End: Original strand, 48967178 - 48967352
Alignment:
Q  29 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 128  Q
    |||||||  ||||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||| || |||| ||||||||||| ||||||    
T  48967178 gtctctcattcttttaagatcatcaatcaaagcaagtaaattattataagacaagccaccttcttgaagtgctcgtgtagccttttctccaaagtctcga 48967277  T
Q  129 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctg 203  Q
    ||| || | ||||| || |||||||||||  ||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  48967278 gcacgttgtctgatcttctcagcttcatcgtcattgtccatcaatcttcttatagctttctctatgttatctctg 48967352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 294 - 453
Target Start/End: Original strand, 48974103 - 48974262
Alignment:
Q  294 ttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataa 393  Q
    ||||| ||||||||||| ||  |||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||| ||||  |    
T  48974103 ttctcgttgtagaattgttcgtcatgcactggccacgtgatcattggaacccctgcactaacggcttccacggtggagttccacccgcaatgtgtcaaga 48974202  T
Q  394 atccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatca 453  Q
    || | || |  ||||||||||  || |||   |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  48974203 atgcaccgatagcagggtggcctaaaatcaccacttgtggggcccacccccttatgatca 48974262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 4)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 147 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 6852 - 6517
Alignment:
Q  147 tcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccatt 246  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || | ||| | ||||| ||||||| ||| |||| | | || ||| |    
T  6852 tcagcttcgtcaccaccatccatcaatctcctcacagccttctcaatactatccctccccaccaccttctctctctccccaataccagttgaactccact 6753  T
Q  247 ctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcc 346  Q
    | | ||| || ||  | || ||||||| ||| |  |||||||| |  || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||    
T  6752 cagctgcccccaccaccaccccaattcgtcgcacctgtgttatcaacttttcattgtaaaattgttctccatgcaccggccacgtgatcatcggaacccc 6653  T
Q  347 cgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaaccccta 446  Q
     |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||||||||||||  | ||||  ||   ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  6652 tgcactaacagcctcaacagtggaattccacccacaatgcgtcataaacgcacccagagctttgtggctcaaaatcataacttgtggagcccaaccccta 6553  T
Q  447 atgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctct 479  Q
    || |||||||||||||||   |||||||||||||||    
T  6552 ataatcaaacccttcttctttccgatatttctctct 6517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 294 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 10687 - 10517
Alignment:
Q  294 ttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataa 393  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||    
T  10687 ttctcattgtaaaattgttctccatgcattggccacgtgatcattggaacccctgcactaaccgcctccacggtggaattccacccacaatgtgtcataa 10588  T
Q  394 atccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc 464  Q
    |  | |||||  ||| |||||| |  ||| |||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  10587 acgcacccacaacagtgtggcttagaatcataacctgaggggcccaacccttaataatcaaacccttcttc 10517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 1638 - 1580
Alignment:
Q  303 tagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctc 361  Q
    ||||||||||| | ||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  1638 tagaattgatcactatgtactggccatgtgatcattggaattcctgcactaacagcctc 1580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 150 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 1791 - 1739
Alignment:
Q  150 gcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctct 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  1791 gcttcatcaccactgtccatcaacctccttaaagccttctttatacgatctct 1739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 28 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 12641941 - 12641506
Alignment:
Q  28 ggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcg 127  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||| || ||| ||| |||| ||||  ||||||||| |    
T  12641941 ggtctctcgatcttttaagatcgttaatcaaagccaacaaattgttatgagacgacccgccttcttcaacagcatgtgtagcctttttcccaaactcttg 12641842  T
Q  128 agcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgca 227  Q
    |||| || | ||||| |  | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||| |  |||| | |  |   |    
T  12641841 agcacgttgtctgatttccttagcttcatcaccatcgtccatcaatctcctcacagctttctctatactatgtctactcaccactttctcttttccttta 12641742  T
Q  228 acaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcc 327  Q
      ||||     | |||| ||||||||||| || || || ||||| | ||| |     ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || || ||||    
T  12641741 taaccatgtacagaccactctgttgcacccacctccaccccaatccttcgcacaacagttatcagcttctcattatagaactgttctccttgcactggcc 12641642  T
Q  328 atgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaac 427  Q
    | || ||||||||||  || |||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||| |||| |||||| || ||| | ||    
T  12641641 acgtgatcattggaatccctgcactaacagcctctaccaaggagttcgacccgcaatgcgtcatgaatgcacccacagcagcgtggcttaaaatcattac 12641542  T
Q  428 ttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttctt 463  Q
    ||||||||||||  |||||||||| ||||| |||||    
T  12641541 ttgtggggcccactccctaatgataaaacctttctt 12641506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 56; Significance: 5e-23; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 63 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 12590594 - 12590196
Alignment:
Q  63 aacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccac 162  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||| || |||||||||| || |||||| ||  | || | ||||| |  |||||||||   ||||    
T  12590594 aacaaattattattagaggagccaccttgttgaacagctagtctagctttttcccctaactcttgactacgtcgtctgatttcctcagcttcaatgccac 12590495  T
Q  163 cgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttc 262  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||| ||   |||  ||| | |   | || |||| ||||||||||| |||||    
T  12590494 catccatcaatcttctcacagcattctttatgctatctctactcaccaccttttt---ctcgtcaataacgtacatagaccaatctgttgcaccaacttc 12590398  T
Q  263 aactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctct 362  Q
     |||||||||||  | |  |  ||||| |  ||||||||||| || || || ||||  |  |||||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||     
T  12590397 cactccaattccatgcacatcagttatcaacttctcattgtaaaaatgttcaccattcaatggccatgtgatcatcggaattccagcactaaccgcctcc 12590298  T
Q  363 acggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttct 462  Q
    |||   || ||||  || ||||| ||||||||  | |||||||||  ||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12590297 acgacggaattccatccacaatgtgtcataaacgcgcccactgcattgtggctcataatcattacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttct 12590198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 239 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 12483716 - 12483492
Alignment:
Q  239 acaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcatt 338  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |  |  ||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||| || ||||||    
T  12483716 acaccactctgttgcaccgacttccacaccaatccctcgcacattagttatgagtttctcattgtaaaaatgttcaccgtgaaccggccacgtgatcatt 12483617  T
Q  339 ggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggccc 438  Q
    ||||  || |||||||| || || ||    || ||||  || || || ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||   || ||||| ||||    
T  12483616 ggaatccctgcactaaccgcttccacaacagaattccatccacagtgagtcataaatgcacccactgcagggtggctcaaaatcagtacctgtggtgccc 12483517  T
Q  439 aacccctaatgatcaaacccttctt 463  Q
    | ||||| ||||| |||||| ||||    
T  12483516 accccctgatgattaaacccatctt 12483492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University