View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9551_2D_low_3 (Length: 665)

Name: NF9551_2D_low_3
Description: NF9551_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9551_2D_low_3
NF9551_2D_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-665)||(37216263-37216908)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 582; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 582; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 37216908 - 37216263
Alignment:
Q  20 cttaattgtgaagataatgatcgagttaggagaaattcggattctacaacgttaaataaagtgttggagttatagggtgggtagctattaagccagctac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37216908 cttaattgtgaagataatgatcgagttaagagaaattcggattctacaacgttaaataaagtgttggagttatagggtgagtagctattaagccagctac 37216809  T
Q  120 gagcaccgttattaaaaaggttatgaaatgtactaaggctaaggggagactagataaataatgggtgggtgaaagcgcagaattttcggtaagaccagga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37216808 gagcaccgttattaaaaaggttatgaaatgtactaaggctagggggagactagataaataatgggtgggtgaaagcgcggaattttcggtaagaccagga 37216709  T
Q  220 taacaatgttgagaaagaggttagtgttgattagtttactgggcattttgcgaagagtttggcaaggattctttcatgtcgtttgggacaatgcttactc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37216708 taacaatgttgagaaagaggttagtgttgattagtttactgggcattttgcaaagagtttggcaaggattctttcatgtcgtttgggacaatgcttactc 37216609  T
Q  320 tcttgtccgccgaaatgacacatctctagtgttggtggatggttgagttaggagtgtctgcaagatcccaatgttggaagtgcatgtattgttttttctt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  37216608 tcttgtccgccgaaatgacacatccctagtgttggtagatggttgagttaggagcgtctgcaagatcccaatgttggaagtgtgtgtattgttttttctt 37216509  T
Q  420 ctgttgtgcaaaggagacttaatggggttcagtaacgatgaaaggtagtcaaggagagtccagtggtgtttgtacaaccaagaaggatcatggtaggcac 519  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37216508 ctgctgtgcaaaggagacttaatggggttcagtaacgatgaaaggtagtcaaggagagtccggtggtgtttgtacaaccaagaaggatcatggtaggcac 37216409  T
Q  520 gagaaaattccattcaatggtctacggaaaataatgcgactctcgagtaaggatataaaagttatgtttaaaacattaaagagaagtagagggaaaatgt 619  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37216408 gagaaaactccactcaatggtctacggaaaataatgcgactctcgagtaaggatataaaagttatgtttaaaacattaaagagaagtagagggaacatgt 37216309  T
Q  620 tgaaagtcgtttatgattcatctaaggctgaaggtaacaggggttc 665  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37216308 tgaaagtcgtttatgattcacctaaggctgaaggtaacaggggttc 37216263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University