View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9552_low_3 (Length: 402)

Name: NF9552_low_3
Description: NF9552
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9552_low_3
NF9552_low_3
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (2-388)||(30207178-30207564)
chr5 (17-388)||(30436484-30436855)
chr5 (2-387)||(17417658-17418043)
chr5 (8-388)||(29853973-29854353)
chr5 (8-387)||(30400736-30401115)
chr5 (6-388)||(30061032-30061414)
chr5 (1-387)||(30520690-30521076)
chr5 (1-387)||(30561030-30561416)
chr5 (8-388)||(29872836-29873216)
chr5 (17-387)||(30476046-30476416)
chr5 (6-388)||(30750306-30750688)
chr5 (35-388)||(30241445-30241798)
chr5 (17-388)||(30337589-30337960)
chr5 (17-388)||(30484072-30484443)
chr5 (17-388)||(30676352-30676723)
chr5 (17-388)||(30712492-30712863)
chr5 (47-388)||(17983599-17983940)
chr5 (3-162)||(30330469-30330628)
chr5 (222-388)||(30330273-30330439)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (5-388)||(25293011-25293394)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-388)||(26707994-26708374)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (6-387)||(52352619-52353000)
chr4 (8-388)||(20295646-20296026)
chr4 (16-339)||(13617265-13617590)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (15-388)||(7100090-7100463)
chr1 (16-388)||(7580783-7581155)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 2 - 388
Target Start/End: Original strand, 30207178 - 30207564
Alignment:
Q  2 aaaggatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatt 101  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||  |||    
T  30207178 aaaggatgagcgtggcatgttcccatgatcgtcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacacgataacactgatt 30207277  T
Q  102 tcaatgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacat 201  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||||||| ||     
T  30207278 tcagtatattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgctgatttttgttccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttaccttgcagcaa 30207377  T
Q  202 ttcttgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaac 301  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||     
T  30207378 ttcctgcacctttctttgtattacatctaaattgaagccgtcatacttctctcttgtgatagattctataatggagcacaaaatcctcttgaccgagaaa 30207477  T
Q  302 gtctcggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30207478 gtctcggaaacacaaacccatatttttgtattaaaattgctactcaccctagcatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttt 30207564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Original strand, 30436484 - 30436855
Alignment:
Q  17 catgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccatt 116  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||||||   || ||||     
T  30436484 catgttcccatgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaatgatcccatc 30436583  T
Q  117 tctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttct 216  Q
    | |||||  |||| || ||||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||||    
T  30436584 tatcttgtgttaacccaaattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttct 30436683  T
Q  217 ctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaa 316  Q
     |  |||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  30436684 ttccattacatctaaatcaaagtcagcacacttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatccttttgaccgagaaagtctcagaaacacaa 30436783  T
Q  317 acccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||||| |||||| |||  ||||| | |||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30436784 acccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgttttt 30436855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 2 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 17418043 - 17417658
Alignment:
Q  2 aaaggatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatt 101  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     || ||  |||    
T  17418043 aaaggataagcttgacatgttcccatgattgccgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacacataaacactgatt 17417944  T
Q  102 tcaatgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacat 201  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||  || ||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||| ||| |     
T  17417943 tcaacgtattccatttctcttggcttaatccgaatgctaattgttgcattttgttccacacatcgtccaaaaccagaaaatatcttttacctttcaatag 17417844  T
Q  202 ttcttgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaac 301  Q
    ||||| |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||  | | | | ||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||     
T  17417843 ttctttcacctttcttagtaatacatctaaatccaaggcatcacactttccacctattatagattctatgatggaacacaaaatcctcttgattgagaaa 17417744  T
Q  302 gtctcggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgtttt 387  Q
    |  || |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| | |||||||| || ||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  17417743 gcatcagaaacacaaatccaaatttttgtattaaaattgctactcaccctaacatcattgtagaccaattgagctagagttgtttt 17417658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 8 - 388
Target Start/End: Original strand, 29853973 - 29854353
Alignment:
Q  8 tgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| | |||||      
T  29853973 tgagcttggcatgttcccatgattgttgcaacaaatttatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaacacagacttcaaat 29854072  T
Q  108 tattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttg 207  Q
     ||||||||| |||||  |||| ||  |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  29854073 gattccatttatcttgtgttaacccatattccaattgttgattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatattttaccttgcaacaattcttg 29854172  T
Q  208 cacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcg 307  Q
    |||| |||| |  | |||||||||||| ||| || || | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||     
T  29854173 cacccttctttccaatacatctaaatcaaagtcagcagacttctctcttgtgatagattctacaatagaacacaaaattctcttgactgagaaagtttca 29854272  T
Q  308 gaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||||| |||||||| |||||| |||  ||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29854273 gaaacgcaaacccaaatttttttatcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaagaagagttgttttt 29854353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 8 - 387
Target Start/End: Original strand, 30400736 - 30401115
Alignment:
Q  8 tgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||||||      
T  30400736 tgagcttggcatgttcccatgattgttgcaacaactttatcacgggtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaac 30400835  T
Q  108 tattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttg 207  Q
     ||||||| | |||||  |||| ||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||  ||||||||| || | |||||||||| ||||||    
T  30400836 gattccatctatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattctcccttgcaacaattcttg 30400935  T
Q  208 cacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcg 307  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  30400936 cacctttctttgtattacatctgaatccaaggcatcacatatctctcctgtaatatattctataatagaacacaaaatcctcttgacagagaaagtctcg 30401035  T
Q  308 gaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgtttt 387  Q
    ||||||||||||||   | || | |  ||||   | ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30401036 gaaacacaaacccaagatcttatgtcaaaatagtccctcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttt 30401115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 6 - 388
Target Start/End: Original strand, 30061032 - 30061414
Alignment:
Q  6 gatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaa 105  Q
    |||||| |||| |||||||  ||||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||  ||||||    
T  30061032 gatgagtttggtatgttcctgtgatcgttgcaacaacttcatcacgggtggacactaaaatggaactacctttggatccacaagacaacacaggtttcaa 30061131  T
Q  106 tgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttct 205  Q
    | | |||||||||||| |  |||| ||  |||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||    
T  30061132 tttgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgttgattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaacaatcct 30061231  T
Q  206 tgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtct 305  Q
    ||||||| ||| |  |||||| |  |||| ||| ||  ||| |||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  30061232 tgcacctctctttccattacagcataatcaaagtcaggacacttctgtaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtct 30061331  T
Q  306 cggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    | |||||||||||||| |||||| | |  ||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30061332 cagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttt 30061414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 30521076 - 30520690
Alignment:
Q  1 caaaggatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||| ||||||| ||  ||    
T  30521076 caaatgatgagcttggcatgttcccatgatctcagcaacatccttatcacgagtggagactaaaatggatgaacctttggatccagttgacaacacggat 30520977  T
Q  101 ttcaatgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaaca 200  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  30520976 ttcaacttattccatttctcttggcttaatccaaattccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaaca 30520877  T
Q  201 tttcttgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaa 300  Q
     ||||||||| | ||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||  | |||||||||||||| |||||||||  | || || |||||    
T  30520876 attcttgcacttgtcgttgtataacatctaaatctaaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaa 30520777  T
Q  301 cgtctcggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgtttt 387  Q
     | ||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||    ||| || || || |||||| |||||||||||||    
T  30520776 agcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatcaaaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgtttt 30520690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 30561416 - 30561030
Alignment:
Q  1 caaaggatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaat 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||| |||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||| ||||||| ||  ||    
T  30561416 caaatgatgagcttggcatgttcccatgatctcagcaacatccttatcacgagtggagactaaaatggatgaacctttggatccagttgacaacacggat 30561317  T
Q  101 ttcaatgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaaca 200  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  30561316 ttcaacttattccatttctcttggcttaatccaaattccagttcttgatttctgttccacacatcatccaaaacaagcaaatatcttttaccttccaaca 30561217  T
Q  201 tttcttgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaa 300  Q
     ||||||||| | ||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||  | |||||||||||||| |||||||||  | || || |||||    
T  30561216 attcttgcacttgtcgttgtataacatctaaatctaaggcatcacacttttctcttgaaaaagattctataatagtacacaaaattttgttaacagagaa 30561117  T
Q  301 cgtctcggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgtttt 387  Q
     | ||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||    ||| || || || |||||| |||||||||||||    
T  30561116 agcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatcaaaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgtttt 30561030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 388
Target Start/End: Original strand, 29872836 - 29873216
Alignment:
Q  8 tgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatg 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | |||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| | |||||      
T  29872836 tgagcttggcatgttcccacgattgttgcaacaactttatcacgggtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaacacagacttcaaat 29872935  T
Q  108 tattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttg 207  Q
     |||||| || || ||  ||| |||  |||||||||||||  || ||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||    
T  29872936 gattccacttatcatgtgttagtccagattccaattgttgggttttgttccacagatcatccaaaacgagcaaatattttttaccttgcagcacttcttg 29873035  T
Q  208 cacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcg 307  Q
    ||||||||| |  ||||||||||| || ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| ||||| |||||     
T  29873036 cacctttctttccattacatctaattcgaagtcagcacacttctctcttgtgatagattctataatggaacaacaaatcctcttgacagagaaagtctca 29873135  T
Q  308 gaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    |||||||||||||| || ||| | |  ||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29873136 gaaacacaaacccaaatatttttgtcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacgagagttgttttt 29873216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 387
Target Start/End: Original strand, 30476046 - 30476416
Alignment:
Q  17 catgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccatt 116  Q
    ||||||||||||||||  |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||  || |||||||  | |||||||    
T  30476046 catgttcccatgatttctgcaacatccttatcacgagtggaaactaaaatggaagatcctttggatccacatgacaacgcagatttcaacttgttccatt 30476145  T
Q  117 tctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttct 216  Q
    | |||||||||||||| | |||||||  ||||||| || |||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| | |||| |  | |||||    
T  30476146 tgtcttggcttaatcctagttccaatccttgatttctgctccatacatcatccaaaaccagcaaaaatcttttaccttgcaatagttctcgtgcttttct 30476245  T
Q  217 ctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaa 316  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  30476246 ttgtattacatctaaatccaaggcatcaaacttgtcttttgtgatagattctataatggaacacaaaatccttttgacagagaaagtctccgaaacacaa 30476345  T
Q  317 acccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgtttt 387  Q
    | ||| | ||||||||| ||||| | ||| |||| |  ||| |||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  30476346 atccaaacttttgtattaaaattgctacttaccctatgatcattgtagaccatttgagcaagtgttgtttt 30476416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 388
Target Start/End: Original strand, 30750306 - 30750688
Alignment:
Q  6 gatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaa 105  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||| | |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||  ||||||    
T  30750306 gatgagtttggcatgttcctgtgattgttgcaacaacttcatcacgggtggacaataaaatggaactacctttggatccacaagacaacacaggtttcaa 30750405  T
Q  106 tgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttct 205  Q
    | | |||||||||||| |  |||| ||  |||||||||||| ||||   ||||| |||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||| | ||    
T  30750406 tttgttccatttctctcgtgttaaccctgattccaattgttcattttgattccatacatcatccaaaaccaacaaatatcttttcccttgcaacaatcct 30750505  T
Q  206 tgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtct 305  Q
    ||||||||||| |  |||||| |  | || ||| ||  ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  30750506 tgcacctttctttccattacagcatactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtct 30750605  T
Q  306 cggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    | |||||||||||||| |||||| | |  |||||  ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750606 cagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgtcactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttt 30750688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 35 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 30241798 - 30241445
Alignment:
Q  35 gcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccatttctcttggcttaatccga 134  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |  |||| ||      
T  30241798 gcaacaacctcatcacgagtggatactaaaatggaactacctttggatccacatgacaacacagatttcaatgtgttccatttctctcgtgttaaccctg 30241699  T
Q  135 attccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttctctgtattacatctaaatc 234  Q
    |||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  30241698 attccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaactagcaaatatattttaccttgtaacaattcctgcacctttttctgtgttacatttaaatc 30241599  T
Q  235 caaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaaacccatatttttgtattg 334  Q
     ||| ||||| | |||| |  ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||  |||| |||||||||||||| | ||| |||||     
T  30241598 aaagccatcatacttcttttctgtgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacacaaacccaaactttagtatta 30241499  T
Q  335 aaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||||| | ||||||   || ||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||    
T  30241498 aaattgctactcacggtaacatcattgtagaccgattgaagaagagtggttttt 30241445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 30337960 - 30337589
Alignment:
Q  17 catgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccatt 116  Q
    ||||| |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||||||   |||||||     
T  30337960 catgtccccatgattgatgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatc 30337861  T
Q  117 tctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttct 216  Q
    | |||||  |||| ||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||| |||||||||| | ||||||||||||     
T  30337860 tatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcacctttcc 30337761  T
Q  217 ctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaa 316  Q
     |  |||||| |  |||| ||| ||  ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  30337760 ttccattacagcataatcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaa 30337661  T
Q  317 acccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||||| |||||| | |  ||||| |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337660 acccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttt 30337589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Original strand, 30484072 - 30484443
Alignment:
Q  17 catgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccatt 116  Q
    ||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||||||   |||||||     
T  30484072 catgtccccatgattgttgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatc 30484171  T
Q  117 tctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttct 216  Q
    | |||||  |||| ||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||| | |||||||| | |||||||||||||    
T  30484172 tatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttccgttgcaacaatccttgcacctttct 30484271  T
Q  217 ctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaa 316  Q
     |  |  |||||||| || ||| ||| ||| ||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  30484272 ttccaagacatctaactcaaagtcatgacacttctctaatgtaatagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaa 30484371  T
Q  317 acccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||||| |||||| |||  ||||| | |||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30484372 acccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgttttt 30484443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 30676723 - 30676352
Alignment:
Q  17 catgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccatt 116  Q
    ||||| |||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||||||   |||||||     
T  30676723 catgtccccatgattgatgcaacatcctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttagatccacacgacaaaacagatttcaaacgattccatc 30676624  T
Q  117 tctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttct 216  Q
    | |||||  |||| ||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||     
T  30676623 tatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaaccagcaaatatcttttcccttgcaacaatccttgcacctttcc 30676524  T
Q  217 ctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaa 316  Q
     |  |||||| |  | || ||| ||  ||| ||||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  30676523 ttccattacagcatactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattcgaaaatagaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaa 30676424  T
Q  317 acccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||||| | |||| |||  ||||  |||||||||| || ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  30676423 acccaaacttttttatcaaaatggccactcaccctaacatcattgaagatcaattgaacaagagttgttttt 30676352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 17 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 30712863 - 30712492
Alignment:
Q  17 catgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccatt 116  Q
    ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||| ||   || ||||     
T  30712863 catgttcccatgatagttgcaacaacctcatcacgggtggacaataaaatggaactaccttttgatccacacgacaaaacagattttaaacgatcccatc 30712764  T
Q  117 tctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttct 216  Q
    | |||||  |||| ||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||| |||||||||| | |||||| ||||||    
T  30712763 tatcttgtgttaacccagattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttgcagctttct 30712664  T
Q  217 ctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaa 316  Q
     |  |  |||||||| || ||| ||  ||| ||||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  30712663 ttccaagacatctaactcaaagtcaggacacttctctaatgtaatagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaa 30712564  T
Q  317 acccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||||| | |||| |||  ||||| | |||||||| || ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30712563 acccaaaattttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcattgtagatcaattgaacaagagttgttttt 30712492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 47 - 388
Target Start/End: Original strand, 17983599 - 17983940
Alignment:
Q  47 tcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgtt 146  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| ||| | |||||  ||||||| |||| |||| ||||||||||||| |||| ||    
T  17983599 tcacgagtagacactaaaatggaagtacctttggatccacaagacaacacagacttcaacctattccacttcttttggtttaatccgaattcaaattctt 17983698  T
Q  147 gatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcaca 246  Q
     | || ||||||||||||| || ||||| | |||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |   ||||| |    
T  17983699 cacttttgttccacacatcgtcgaaaaccaacaagcatcttttacgttgcaacatttcttgcacctttctttgtattacctctaaacctatttcatcaaa 17983798  T
Q  247 tttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactc 346  Q
    ||| | |  ||| || ||||||||||  ||||||||||| | |||||| |||||   ||  ||||| |||||||| |||||||| |||||| |  |||||    
T  17983799 tttttgttctgtcatggattctataacggaacacaaaattcccttgactgagaaaacctttgaaacccaaacccaaatttttgttttgaaaatttcactc 17983898  T
Q  347 acccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||   |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17983899 acgttatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgttttt 17983940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 3 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 30330628 - 30330469
Alignment:
Q  3 aaggatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaattt 102  Q
    ||||||||| ||  || |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||| |||  ||||| ||| ||||    
T  30330628 aaggatgagttttacaagttcccatgattgtcgcaacaacctcatcaggagtggacgcaaaaatgaaactacctttggatacacacgacaacacatattt 30330529  T
Q  103 caatgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacac 162  Q
    |||  |||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||| ||||||||||    
T  30330528 caacatattccatttctcttggcataatccgaattctagtttttgatttttgttccacac 30330469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 222 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 30330439 - 30330273
Alignment:
Q  222 ttacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacacaaaccca 321  Q
    ||||||||||||  ||| |||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||  ||||| |||||  | |||||||||||    
T  30330439 ttacatctaaattgaagccatcccacttctctcttatgataggttctataatagaacacacaatcctattgagagagaaagtctcatatacacaaaccca 30330340  T
Q  322 tatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
     ||| || |||| ||||| |||||||||| |||||| | || || |||| |||||| ||||||||||    
T  30330339 aattattatattaaaatttccactcaccctaatatcatcgtggatcaatcgaacaatagttgttttt 30330273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 5 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 25293394 - 25293011
Alignment:
Q  5 ggatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttca 104  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   ||||||||| ||||||    
T  25293394 ggatgagcttgacaagttcccattattgtcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacgattggatccaaccgacaatacagatttca 25293295  T
Q  105 atgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttc 204  Q
    |  ||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||  ||||||||| ||||||||||||| | |||    
T  25293294 acatattcaatttttcttgggttaatctgaattccaattgctgatttttgttccacacatcgtccaaaataagcaaatatattttaccttgcaatagttc 25293195  T
Q  205 ttgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtc 304  Q
    || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25293194 ttacacctttctttgtattacatctaaatcaaaggcatcacacttctctctagtgatagattctataatggaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtc 25293095  T
Q  305 tcggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||| ||| | | |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25293094 tcagaaacacaaacccaaatttttgtattaaaagtgctactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttt 25293011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 165; Significance: 4e-88; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 8 - 388
Target Start/End: Original strand, 26707994 - 26708374
Alignment:
Q  8 tgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||| |||||||      
T  26707994 tgagcttggcatgttcccatgattgttgcaacatccttatcacgagtggacactaaaatggaactaccttttgatccacaggacaaaacagatttcaaac 26708093  T
Q  108 tattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttg 207  Q
     ||||||| | |||||  |||| ||  |||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||  ||||||||| |||| |||||||||| | ||||    
T  26708094 gattccatctatcttgtgttaacccatattccaattgttcattttgattccacacatcatccaaaatcagcaaatatattttcccttgcaacaatccttg 26708193  T
Q  208 cacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcg 307  Q
    ||||||||| |  ||||||||||| || ||| ||  ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||     
T  26708194 cacctttctttccattacatctaactcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgactgagaaagtctca 26708293  T
Q  308 gaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    |||||||||||||| |||||| |||  |||||  ||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  26708294 gaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgtcactcaccctaacatcgttgtagatcaactgaacaagagttgttttt 26708374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 146; Significance: 8e-77; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 6 - 387
Target Start/End: Original strand, 52352619 - 52353000
Alignment:
Q  6 gatgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaa 105  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||| ||||||||| ||  ||||||||||||||  ||||| ||| |||||||    
T  52352619 gatgagtttgacatgttcccatgattgtcgcaacatccttatcacaagtggaaactaaaatgtaagcacctttggatccacaggacaacacagatttcaa 52352718  T
Q  106 tgtattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttct 205  Q
      | |||||||| |||||||||||||| | ||  |||| | ||||| | |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52352719 cttgttccatttttcttggcttaatcctagtttgaattctagatttctattccacacatcatccaaaaccaacaaatatcttttaccttgcaacaattct 52352818  T
Q  206 tgcacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtct 305  Q
    ||| |  |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||   ||    
T  52352819 tgcgctcttctttgtatcacatctaaatctaagccatcacacttttctcttgtaatagattctataatggaacacaaaatcctattgacagagaaatcct 52352918  T
Q  306 cggaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgtttt 387  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||  || ||   |||||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52352919 cagaaacacaaacccaaatttttctatgaaattttttactcactctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttt 52353000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 20296026 - 20295646
Alignment:
Q  8 tgagcttggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||      
T  20296026 tgagcttggcatgttcccatgattgttgcaacatccttatcacgagttgacactaaaatggaactaccttttgatccacatgacaaaacagatttcaaac 20295927  T
Q  108 tattccatttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttg 207  Q
     | ||||| | ||  |  |||| ||  |||||||||| | ||||   |||||||||||||||||||  | ||||||| |||| |||||||||| | ||||    
T  20295926 gagtccatatatcgggtgttaacccagattccaattgatcattttgattccacacatcatctaaaatcaacaaatatattttcccttgcaacaatccttg 20295827  T
Q  208 cacctttctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcg 307  Q
    ||||||||| |  | ||| ||||| || ||| ||  ||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||| |||||     
T  20295826 cacctttctttccaatacgtctaagtcaaagtcaggacacttctctaatgtgatagattctataatagaacgcaaaatcctctcgaaggagaaagtctca 20295727  T
Q  308 gaaacacaaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    |||||||||||||| ||| || |||  ||||| |||||||| | |  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20295726 gaaacacaaacccaaattcttttatcaaaattgccactcacgcgatcatcattgtagactaattgaacaagagttgttttt 20295646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 339
Target Start/End: Original strand, 13617265 - 13617590
Alignment:
Q  16 gcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccat 115  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |   ||||||||| ||||||||||  ||| |||||||  ||||||  ||||| || |||||||| |||||||||    
T  13617265 gcatgttcccatgattgatgcaacatcgatatcacgagtagacactaaaacagaagtacctttcaatccacaagacaacacgaatttcaacgtattccat 13617364  T
Q  116 ttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttac--cttgcaacatttcttgcacctt 213  Q
    ||||  |||  || || |||||| || | |||| || ||||||| || || || ||||| |||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  13617365 ttcttatggtctattctgaattcaaactcttgacttttgttccaaacgtcgtccaaaacaagcaaaaatcttttacaccttgcagcatttcttgcacctt 13617464  T
Q  214 tctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaaca 313  Q
    ||| ||||||||||||||||     |||||||| |||| | |||| || ||||||||||| |||  |||||| |||| ||  |||||   |||  ||| |    
T  13617465 tctttgtattacatctaaatatgttgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaaagcaaaattctctagattgagaaaacctctaaaata 13617564  T
Q  314 caaacccatatttttgtattgaaatt 339  Q
    || ||||| |||||||| ||||||||    
T  13617565 catacccaaatttttgttttgaaatt 13617590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 388
Target Start/End: Original strand, 7100090 - 7100463
Alignment:
Q  15 ggcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattcca 114  Q
    ||||||||||| |||||   |||||| ||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| ||  |||||||  |||||||    
T  7100090 ggcatgttcccgtgattgaggcaacatccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttggatccacatgacaacaccgatttcaacttattcca 7100189  T
Q  115 tttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcaccttt 214  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||| ||||| | |||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||    
T  7100190 tttctcttggtttagtccgaattcaaattcttcatttttgttccacacatcatccaaaaccaacaaacatcttgtaccttgcatcatttcttgcactttt 7100289  T
Q  215 ctctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacac 314  Q
    || |||||||||||||| ||||  | |||||| || | | |||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||| |||||||    
T  7100290 ctttgtattacatctaactccattgaatcacacttttgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgactgagaaaacctctgaaacac 7100389  T
Q  315 aaacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||| |  ||| ||||| |||||||||  |||||||||||||    
T  7100390 aaacccaaatttttgttttgaaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagagttgttttt 7100463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 7581155 - 7580783
Alignment:
Q  16 gcatgttcccatgattttcgcaacaacctcatcacgagtggacactaaaatggaactacctttggatccacttgacaatacaaatttcaatgtattccat 115  Q
    ||||||||||||||||   |||||  ||  ||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||  ||||| ||| |||||||| ||||||||    
T  7581155 gcatgttcccatgattgatgcaacctccatatcacgagtagacactaaaacggaagtacctttcgatccaccagacaacacagatttcaatttattccat 7581056  T
Q  116 ttctcttggcttaatccgaattccaattgttgatttgtgttccacacatcatctaaaactagcaaatatcttttaccttgcaacatttcttgcacctttc 215  Q
    ||||| |||  || ||| ||||| |||| |||| || |  |||| ||||| || ||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7581055 ttctcatggtctagtccaaattcaaattcttgactttttatccaaacatcgtccaaaaccagcaaacgtctttttccttgcaacatttcttgcacctttc 7580956  T
Q  216 tctgtattacatctaaatccaaggcatcacatttctctcttgtgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgaccgagaacgtctcggaaacaca 315  Q
    | ||||||||||||||| |||  |||||||| |||| | |||| || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||   ||| ||||||||    
T  7580955 tttgtattacatctaaacccattgcatcacacttctgttttgtcatggattctataatggaacacaaaatccccttgaccgagaatacctctgaaacaca 7580856  T
Q  316 aacccatatttttgtattgaaattaccactcacccaaatatcgttgtagaccaattgaacaagagttgttttt 388  Q
    |||||| |||||||| ||||||||   |||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7580855 aacccaaatttttgttttgaaattgtgactcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgttttt 7580783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University