View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9568_low_3 (Length: 421)

Name: NF9568_low_3
Description: NF9568
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9568_low_3
NF9568_low_3
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (18-411)||(33057158-33057551)
chr6 (18-279)||(33644563-33644836)
chr6 (18-263)||(9166489-9166737)
chr6 (18-261)||(33304214-33304469)
chr6 (18-260)||(33262357-33262611)
chr6 (127-263)||(33285322-33285458)
chr6 (18-270)||(33387875-33388139)
chr6 (18-235)||(33398828-33399039)
chr6 (18-204)||(33271582-33271777)
chr6 (137-260)||(28870323-28870446)
chr6 (142-268)||(31562983-31563109)
chr6 (18-260)||(33409709-33409957)
chr6 (19-99)||(33285501-33285581)
chr6 (209-268)||(33358656-33358715)
chr6 (24-100)||(28870198-28870274)
chr6 (18-106)||(31562841-31562935)
chr6 (50-100)||(33358799-33358849)
chr6 (128-169)||(33358714-33358755)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-268)||(17440903-17441147)
[»] scaffold1408 (1 HSPs)
scaffold1408 (18-268)||(367-629)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (18-268)||(6113-6375)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (18-260)||(31472570-31472827)
chr4 (127-268)||(31499199-31499340)
chr4 (24-180)||(31148108-31148267)
chr4 (18-260)||(31479031-31479285)
chr4 (17-113)||(31504215-31504311)
chr4 (18-107)||(31157122-31157211)
chr4 (132-263)||(31156951-31157082)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 342; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 33057551 - 33057158
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33057551 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgttc 33057452  T
Q  118 ctcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctatt 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  33057451 ctcttctgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaatagcaatagaccgatctcctatt 33057352  T
Q  218 aggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttacgacggcaccctatcgtgaaagtttttgttcgtcgaagttgatgtatc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||| |||    
T  33057351 aggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttacgatggcaccctatcgtgaaattttttattcctcggagttgatgaatc 33057252  T
Q  318 tggctttcaagcgtattgattccaatgagaggttgttgaatatgagagttccagtaaatctcagtcttgttaccaccaaatcaagtcacctatg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33057251 tggctttcaagcgtattgattccaatgagaggttgttgaaaatgagagttccagtaaagctcagtcttgttacgaccaaatcaagtcacctatg 33057158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 279
Target Start/End: Original strand, 33644563 - 33644836
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtt- 116  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |     
T  33644563 gattggtcattttcaactgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcaggagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaacctacaatc 33644662  T
Q  117 -----------actcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 205  Q
               ||| | ||  || |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||    
T  33644663 ctacccaacctactttgataggactcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcaaagtgtgggttattcaatacaaatagac 33644762  T
Q  206 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttacgacggcacc 279  Q
       |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | ||||||    
T  33644763 gaatctcctattatgcatgacaataacaataatatcattggatttgtatgttgtgcagtatttaccatggcacc 33644836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 9166737 - 9166489
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtt- 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||| ||| ||||||||||||  |     
T  9166737 gattggtcattttcaactgtccagaattgagtgataaggaacattgcagtagcatgacattttcatggatgatgcaatttattcaggcaaacccaccatc 9166638  T
Q  117 --actcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcct 214  Q
      ||| | ||  ||||||||| ||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |  ||| |||||||||||||   |||||    
T  9166637 ccactttgataggattcaaattgttacgccaggaattgaaataccaagttggatcaacaatcggagcgtggatggttcgataccaatagacctaactcct 9166538  T
Q  215 attaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcag 263  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  9166537 attatgcatgacaataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcag 9166489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 33304469 - 33304214
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |||||||| |||  |     
T  33304469 gattgttcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggttgacacaattcattgaggcaaactcacaatc 33304370  T
Q  118 ct----------ctt--atgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 205  Q
    ||          |||  ||  ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||| |||||||    
T  33304369 ctaccctacgtcctttgattggattcaaattgttactccaggaaatgaaataccaatttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaatacaaatagac 33304270  T
Q  206 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgc 261  Q
    || |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||  || ||||||||||    
T  33304269 cgatctcctattatgcatgacaataacaattatatcattggctttctatgttgtgc 33304214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 33262611 - 33262357
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 117  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| || |||||||||| | ||| ||| ||  |     
T  33262611 gattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggacgacacaattcattcaagcataccaacaatc 33262512  T
Q  118 ct------cttat------gagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 205  Q
    ||      |||||      ||| ||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||    
T  33262511 ctaccctacttatttggatgagtttcaaattgttagtccaggaaatgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcaataccagtagac 33262412  T
Q  206 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtg 260  Q
    |   ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||  || |||||||||    
T  33262411 caaactcctattatgcatgataataacaataatatcattggctttctatgttgtg 33262357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 127 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 33285458 - 33285322
Alignment:
Q  127 gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgac 226  Q
    |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||  |||||||||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  33285458 gattcatattgttactccaggaagtgaaataccaagttggattaataatcagagcgtgggtagttcaataccaatagacagatctcctattatgcatgac 33285359  T
Q  227 aatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcag 263  Q
    ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  33285358 aataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcag 33285322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 33388139 - 33387875
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacg--- 114  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||   |||||| ||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||        
T  33388139 gattgatcgttttcaactgtccaaaactgggtgatagggagtgttgcagtagcatgacattttcatggatgacacaatttattaaggcaaaccgacaaac 33388040  T
Q  115 ------ttactcttatga---gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 205  Q
          |  || || |||   ||||||||| |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  33388039 ctaccctgcctattttgatacgattcaaattgttactacaggaagtgaaataccgagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcaatactaatagac 33387940  T
Q  206 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcatttac 270  Q
       |  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||| ||||||    
T  33387939 aaattgcctattatgcatgacaataacaataatatcattggctttctatgttgtgcagtatttac 33387875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 33399039 - 33398828
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 117  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| |||||||| ||||||||||  ||| || ||||  |     
T  33399039 gattggtcattttcaactgttcaaaattgggtgagagggaacgttgcagtagcatgacattttcatggatgatacaattcattctggccaatccacaatc 33398940  T
Q  118 ctcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctatt 217  Q
    | | |       |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||||||||  ||||||  |    
T  33398939 cacct------ctcaaattgttattccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagtgtgtgggtgattcaatacaaatagacctatctcctgct 33398846  T
Q  218 aggcatgacaatgacaat 235  Q
    | |||||| ||| |||||    
T  33398845 atgcatgataataacaat 33398828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 33271777 - 33271582
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgg------gtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaaccc 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||      |||||||||||| |||||| ||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  33271777 gattggtcattttcaactgtccaaaattggctgactgtgagagggaacgttgcagtagcttgacattttcatggatgatacaattcattatggcaaaccc 33271678  T
Q  112 acgttactctt---atgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaataga 204  Q
     |  |  | ||   ||||| |||| ||  | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||    
T  33271677 gcaatcttatttgaatgagtttcatattataactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcatgggtgattcgataccaataga 33271582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 137 - 260
Target Start/End: Original strand, 28870323 - 28870446
Alignment:
Q  137 gttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgacaatgacaata 236  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||   ||||||||||   |||||||| ||||||    
T  28870323 gttactccaggaagtgaaataccaagttggattaacaatcagagcatgggtggttcaatacaaatagacgaatctcctattataaatgacaataacaata 28870422  T
Q  237 atatcattggtattgtatgttgtg 260  Q
    ||||||||||  ||||||||||||    
T  28870423 atatcattggctttgtatgttgtg 28870446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 142 - 268
Target Start/End: Original strand, 31562983 - 31563109
Alignment:
Q  142 tccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatc 241  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||    ||||||  || ||||||||||  |||| |||||    
T  31562983 tccaggaagtgaaataccgaattggatcaacaatcatagcatgggtgattcaataccaatagagttctctcctcctatgcatgacaatatcaatgatatc 31563082  T
Q  242 attggtattgtatgttgtgcagcattt 268  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||    
T  31563083 attggctttgtatgttgtgcagtattt 31563109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 33409957 - 33409709
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccac---- 113  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||| ||| |||||||  ||| |||||| ||||||||| ||        
T  33409957 gattgttcattttcaactgtccaaaattggttgagagggaacgttgcagtagcatcacaatttcatggatggcacatttcattcaggcaaaccaacaacc 33409858  T
Q  114 --gttactcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtct 211  Q
         | |  |  | | ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||||| |||| ||    |||    
T  33409857 caacaaattgtcggcgcttcaaattgtaactccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagagcgtgggtgcttcaatatcaattgatgaatct 33409758  T
Q  212 cctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtg 260  Q
    ||| |||   |||||||| |||||||||| |||||  ||||| ||||||    
T  33409757 cctgttataaatgacaataacaataatattattggctttgtaagttgtg 33409709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 33285581 - 33285501
Alignment:
Q  19 attgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcat 99  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| || ||| |||||||| |||||||||    
T  33285581 attggtcattttcaactgtccaaaattaggtgaaagggaacgttgcagtagcatggcattttcatggatgatacaattcat 33285501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 209 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 33358715 - 33358656
Alignment:
Q  209 tctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 268  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  33358715 tctcctattaggcatgacaataacaataatgtcattggttttgtatgttgtgcagtattt 33358656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 100
Target Start/End: Original strand, 28870198 - 28870274
Alignment:
Q  24 tcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcatt 100  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||  | |||||| || ||| |||||||||||||||||||    
T  28870198 tcattttcaactgtccaaatttaggtgagagggaacgttgttgtagcatggcattttcatggatgaaacaattcatt 28870274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 106
Target Start/End: Original strand, 31562841 - 31562935
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgg------gtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggca 106  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||||      |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  31562841 gattggtcatttttaactgtccgaaattggctgagagtgagagggagcattgcaggagcatgacattttcatggatggcacaattcattaaggca 31562935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 33358849 - 33358799
Alignment:
Q  50 gagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcatt 100  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  33358849 gagagggaacgttgcagtagcatgacactttcatggatgaaacaattcatt 33358799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 33358755 - 33358714
Alignment:
Q  128 attcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatc 169  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  33358755 attcaaatagttactccaggaagtgaaatgctaagttggatc 33358714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Original strand, 17440903 - 17441147
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 117  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    ||    
T  17440903 gattgttcatcttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttacagtagcatgacattttcatggatgatgcaattcattaaggcaaaccctttcta 17441002  T
Q  118 ctcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctatt 217  Q
     |   ||  |||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||  ||||||||  |||||||||    
T  17441003 tttgaataggattcatattgttagtccaggaagcgaaataccaagttggatcaacaataagagcgtgggtgattcaataagaatagaccaatctcctatt 17441102  T
Q  218 aggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 268  Q
    | ||      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  17441103 aagc------atgacaataatatcattggttttgtatgttgtgcagtattt 17441147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 629 - 367
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccac---- 113  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||        
T  629 gattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaatc 530  T
Q  114 -----gt---tactcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 205  Q
         ||   || |  |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||    
T  529 ctacggtccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccaggaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttcaatactaatagac 430  T
Q  206 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 268  Q
       |||||| |||  ||||||||| | ||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||    
T  429 gaatctcctgttatacatgacaataagaataatatcattggctttgtattttgtgcagtattt 367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 18 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 6375 - 6113
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccac---- 113  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||| ||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||        
T  6375 gattggtcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaatgttgtagtagcataacattttcatggatgaaacaattcattcaggcaaaccaacaatc 6276  T
Q  114 -----gt---tactcttatgagattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 205  Q
         ||   || |  |||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||    
T  6275 ctacggtccgtatttgtatgagcttcaaattgttactccaggaagtgaaataccaagctggatcaacaatcagagcatgggtggttcaatactaatagac 6176  T
Q  206 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 268  Q
       |||||| |||  ||||||||| | ||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||    
T  6175 gaatctcctgttatacatgacaataagaataatatcattggctttgtattttgtgcagtattt 6113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 18 - 260
Target Start/End: Original strand, 31472570 - 31472827
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattg---caggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacg 114  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||   ||  | ||||||| ||| |||||||| |||| ||||| ||||||| ||||     
T  31472570 gattgctcattttcaactgtcctaatttgggtgagagggaacattgttgcactaacatgacattttcatggatgatacaactcattcaggcaaatccaca 31472669  T
Q  115 tt---------actcttatgagat---tcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaata 202  Q
     |         ||| |||||| ||   ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||| |||| |||| | ||    
T  31472670 atccttccctgactgttatgatataattcagattgttactccaggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagaacaagggtgattcgatacgatta 31472769  T
Q  203 gaccggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtg 260  Q
    |||   ||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||    
T  31472770 gactcatctcccattatgcatgacaataacaataatatcattggttgtatatgttgtg 31472827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 127 - 268
Target Start/End: Original strand, 31499199 - 31499340
Alignment:
Q  127 gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgac 226  Q
    |||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||| | || |||||||| | |||| ||||||||| |||||||   ||||| ||||  ||||||    
T  31499199 gattcatattgttactccaggaagtgaaatatcaagttggtttaagaatcagagcaagggtgattcaatacgaatagactcatctcccattatccatgac 31499298  T
Q  227 aatgacaataatatcattggtattgtatgttgtgcagcattt 268  Q
    ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  31499299 aataacaataatatcattggctttgtatgttgtgcagtattt 31499340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 31148267 - 31148108
Alignment:
Q  24 tcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgttactctta 123  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| |  ||||||| | ||| |||||||| |||| |||||  ||| |||||||  | ||| |     
T  31148267 tcattttcaactgtcctaaattgggtgagagggaatgttggaatagcatgatattttcatggatgatacaactcattcgggcgaacccacaatcctcatc 31148168  T
Q  124 tga---gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagag 180  Q
    |||   ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31148167 tgatgtgattcaaattgttactccgggaagtgaaataccaagttggttcaacaatcagag 31148108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 18 - 260
Target Start/End: Original strand, 31479031 - 31479285
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccacgtta 117  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||| || ||||||||| ||| |||||||| |||||||||| ||||||||| ||  |     
T  31479031 gattgttcattttcaactgtcctaaattgggtgaaacggaacgttggagtagcatgacattttcatggatgatacaattcattcaggcaaaccgacaatt 31479130  T
Q  118 ctcttatga------------gattcaaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagac 205  Q
    |||  ||||            | ||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||| ||| ||||| ||||||     
T  31479131 ctcccatgactcctctgatagggttcaaattgttactccaggtagtgaaatgccaagttggttcaacaatcagagcaagggtaatttaatacgaatagat 31479230  T
Q  206 cggtctcctattaggcatgacaatgacaataatatcattggtattgtatgttgtg 260  Q
       ||||| |||| ||| |||||| ||||||||||| ||||   |||||||||||    
T  31479231 tcttctccgattatgcacgacaataacaataatatcgttggctgtgtatgttgtg 31479285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 113
Target Start/End: Original strand, 31504215 - 31504311
Alignment:
Q  17 agattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaaacccac 113  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||   | ||  || |||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31504215 agattgcttattttcaactgtcctaaattggatgagagggaatgctacattagaatgacattttcatggatgatacaattcattaaggcaaacccac 31504311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 31157211 - 31157122
Alignment:
Q  18 gattgctcattttcaactgtccaaaattgggtgagagggaacattgcaggagcatgacacttttatggatgaaacaattcattaaggcaa 107  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||  |||||| || ||| |||||||| |||||| ||| ||||||    
T  31157211 gattggtcattttcaactgtcctaaattgggtgagagtgaagattgcaatagcatggcattttcatggatgatacaattgattcaggcaa 31157122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 132 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 31157082 - 31156951
Alignment:
Q  132 aaatagttaatccaggaagtgaaataccaagttggatcaacaatcagaggatgggttattcaataccaatagaccggtctcctattaggcatgacaatga 231  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||   |||| ||||||||  ||| ||||  ||||  |||| | |  |||||||    
T  31157082 aaattgttattcctggaagtgaaataccaatttggttcaacaatcagagcgagggtgattcaataagaatggacctatctcagattatggacaacaatga 31156983  T
Q  232 caataatatcattggtattgtatgttgtgcag 263  Q
    |||| || ||||||| ||||  ||||||||||    
T  31156982 caatgatttcattggcattgcttgttgtgcag 31156951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University