View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9578_low_2 (Length: 681)
Name: NF9578_low_2
Description: NF9578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9578_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 587; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 672
Target Start/End: Original strand, 35542244 - 35542897
Alignment:
| Q |
16 |
acttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgataaaaatccaccaccagagacatttccaaaggattacgacatatttaaaaatccaattaa |
115 |
Q |
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| T |
35542244 |
acttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgataaaaatccaccaccagagacatttccaaaggattacgacatatttaaaaatccagttaa |
35542343 |
T |
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| Q |
116 |
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215 |
Q |
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| T |
35542344 |
tccaaatacaactaccggtaacggtgtttacatgtttaataaagatgagattgttgatgtgatactacagaatgcaaaccagttacatgggaatggtagt |
35542443 |
T |
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| Q |
216 |
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315 |
Q |
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| T |
35542444 |
gaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacttgatgcgaaaagtttcaatttgacac |
35542543 |
T |
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| Q |
316 |
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415 |
Q |
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| T |
35542544 |
gcgcacctttgaggaacaccgtggttgtatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtcacat |
35542643 |
T |
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| Q |
416 |
tgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaggctgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctacagcc |
515 |
Q |
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| T |
35542644 |
tgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaaggtgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctacagcc |
35542743 |
T |
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| Q |
516 |
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615 |
Q |
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| T |
35542744 |
aagatgctcctaaatgatacccttcattgagactagttactcatgtcaaaccttaatttcctaagagtgattttctttctttctactcta---agttatc |
35542840 |
T |
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| Q |
616 |
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672 |
Q |
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| T |
35542841 |
atcaatttatgggtggttttgttgagttattgttatccattgtttctctagtattat |
35542897 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 599
Target Start/End: Original strand, 35527746 - 35528332
Alignment:
| Q |
16 |
acttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgataaaaatccaccaccagagacatttccaaaggattacgacatatttaaaaatccaattaa |
115 |
Q |
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| T |
35527746 |
acttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgatagaaatccaccaccagagagattcccattggatttcgatatatttaaaactccggttaa |
35527845 |
T |
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| Q |
116 |
tccaaatacaactactggtaacggtgtttacatgtttaataaagatgagattgttgatgtgatactacagaatgcaaaccagttacatgggaatggtagt |
215 |
Q |
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| T |
35527846 |
tccaagtacaataaccggtaacggtgtttacacgtttcagttgaatgaggttgttgatgtgatactacaaaatgcaaacatgttgaaagagaatactagt |
35527945 |
T |
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| Q |
216 |
gaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacgtg---atgcgaaaagtttcaatttga |
312 |
Q |
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| T |
35527946 |
gaagttcatccatggcatttacatggacatgatttttgggttttgggatatggtgaagggaaatttgaaccaggtgttcatcagaaaagtttgaatttaa |
35528045 |
T |
|
| Q |
313 |
cacgcgcacctttgaggaacactgtggttgtatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtca |
412 |
Q |
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| T |
35528046 |
cacgtgcgcctttgaggaacactgcagttatatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtca |
35528145 |
T |
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| Q |
413 |
cattgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaggctgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctaca |
512 |
Q |
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| T |
35528146 |
cattgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaaggtgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctaca |
35528245 |
T |
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| Q |
513 |
gccaagatgttcctaaatgatactctacactaagattagttactcatgtcaaaccctaatttcctaagagtgtttttctttctttct |
599 |
Q |
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| T |
35528246 |
gccaagatgttcctaaacgataccctacactaagactagttactcatgtcaaaccctaatttcctaagagtgtttttctttctttct |
35528332 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 16 - 528
Target Start/End: Original strand, 35509549 - 35510064
Alignment:
| Q |
16 |
acttaggagcaatcaaatataaactaaacaatacatttgataaaaatccaccaccagagacatttccaaaggattacgacatatttaaaaatccaattaa |
115 |
Q |
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| T |
35509549 |
acttaggatcaattaaatttaacctaaaaaatacatttgataaaaatccaccaccagagagatttccaatggattatgacatatttaaaaatccagtgaa |
35509648 |
T |
|
| Q |
116 |
tccaaatacaactactggtaacggtgtttacatgtttaataaagatgagattgttgatgtgatactacagaatgcaaaccagttacatgggaatggtagt |
215 |
Q |
| |
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| T |
35509649 |
tccaaacacaactaccggcaatggtgtttacacgttccagttgaatgaggttgttgatgtgatactacaaaatgcaaaccagttaaatgggaatggtagt |
35509748 |
T |
|
| Q |
216 |
gaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacg---tgatgcgaaaagtttcaatttga |
312 |
Q |
| |
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| T |
35509749 |
gaaattcatccatggcatttgcatggacatgatttttgggttttgggatatggtgaagggagatttagaccaggagttgatgagagaagtttcaatttga |
35509848 |
T |
|
| Q |
313 |
cacgcgcacctttgaggaacactgtggttgtatttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtca |
412 |
Q |
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| T |
35509849 |
cacgtgcacctttgaggaacactgcagttatatttccatatggttggactgcactaaggtttaaggcagataatcctggtgtttgggcatttcattgtca |
35509948 |
T |
|
| Q |
413 |
cattgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaggctgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctaca |
512 |
Q |
| |
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| T |
35509949 |
cattgaaccacatttgcatatgggaatgggtgttatttttgctgaggctgttcataaagttaggaacatacctaaagaagctcttaaatgtggtgctaca |
35510048 |
T |
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| Q |
513 |
gccaagatgttcctaa |
528 |
Q |
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| T |
35510049 |
gcctagatgttcctaa |
35510064 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 248 - 529
Target Start/End: Original strand, 35953808 - 35954092
Alignment:
| Q |
248 |
tttttgggttttgggatatggagaagggaaattcaaaccacgtg---atgcgaaaagtttcaatttgacacgcgcacctttgaggaacactgtggttgta |
344 |
Q |
| |
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| T |
35953808 |
tttttgggttttgggatatggagaaaggaaattcaaactaggtgttgatgagaagaaatgtaatctaacaagtgcgcgtttaaggaacactgcagttaca |
35953907 |
T |
|
| Q |
345 |
tttccgtatggttggactgcattaaggtttaaggcagataaccctggtgtttgggcatttcattgtcacattgaaccacatttgcatatgggaatgggtg |
444 |
Q |
| |
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| T |
35953908 |
tttccatatggttggactgcattaaggtttaaggcagataatcctggagtttgggcatttcattgtcatgttgaaccacatttgcatatggaaatgggtg |
35954007 |
T |
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| Q |
445 |
ttatttttgctgaggctgttcataaaattaggaaagtacctacagaagctcttacttgtggtgctacagccaagatgttcctaaa |
529 |
Q |
| |
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| T |
35954008 |
ttatatttgctgatggtgtttataaaatttggaaaataccgacagacactctaaattgtggcgctccagcgaagaagttcctaaa |
35954092 |
T |
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