View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF9591_low_1 (Length: 354)
Name: NF9591_low_1
Description: NF9591
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9591_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 45654305 - 45653971
Alignment:
| Q |
1 |
aaaaaatttctttggatcaatttctgctnnnnnnnttgcttatttgcaccaatattgtcatgtttagatcaatttatacaaagccatattatcatgttta |
100 |
Q |
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| T |
45654305 |
aaaaaaattctttggatcaatttctgctaaaaaa-ttgcttattttcaccaatattgtcatgtttagatcaatttctacaaagccatattatcatgttta |
45654207 |
T |
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| Q |
101 |
gatcaatttattcacacggattcaatttctacaaaaa-ccattatatatttccaccaacattcattgctgccttctttttatccattatcgttgattaac |
199 |
Q |
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| T |
45654206 |
gatcaatttattcacacggattcaatttctacaaaaaaccattatttatttccaccaacattcattgctgccttctttttatccattatcgttgattaac |
45654107 |
T |
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| Q |
200 |
ttagatcactcaaatcataatgaagaaagtaatgaaatgaaaagaaaatattatgaagagattataaattaatggtagagcaaaactttacctatgattt |
299 |
Q |
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| T |
45654106 |
ttagatcactcaaaacataatgaagaaagtaatgaaatgaaaagaaaatattatgaagagattataaattaatggtagagcaaaagtttacctatgattt |
45654007 |
T |
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| Q |
300 |
caagtgactagtgaaaccagaaaatgaaaaggaaac |
335 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
45654006 |
caagtgactagtgaaaccagaaaatgaaaaggaaac |
45653971 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 9 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 21681553 - 21681227
Alignment:
| Q |
9 |
tctttggatcaatttctgctnnnnnnnttgcttatttgcaccaatattgtcatgtttagatcaatttatacaaagccatattatcatgtttagatcaatt |
108 |
Q |
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| T |
21681553 |
tctttagatcaatttctgctaaaaaaattgcttattttcaccaatattgtcatgtttagatcaatttctacgaagccatattatcatgtttagatcaatt |
21681454 |
T |
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| Q |
109 |
tattcacacggattcaatttctacaaaaaccattatatatttccaccaacattcattgctgccttctttttatccattatcgttgattaacttagatcac |
208 |
Q |
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| T |
21681453 |
tattcacacggattcaatttctacagaaaccattatttatttccaccaacattcattgctgccttctttttatccattattgttgattaacttagatcac |
21681354 |
T |
|
| Q |
209 |
tcaaatcataatgaagaaagtaatgaaatgaaaagaaaatattatgaagagattataaattaatggtagagcaaaactttacctatgatttcaagtgact |
308 |
Q |
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| T |
21681353 |
tcaaaacataatgaagaaagtaatgaaatgaaaataaaatattatgaagatattataaatcaaaggtatagcaaaactttacctatgatttcaagtgact |
21681254 |
T |
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| Q |
309 |
agtgaaaccagaaaatgaaaaggaaac |
335 |
Q |
| |
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| T |
21681253 |
agtgaaaccagaaaatgaaaaggaaac |
21681227 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 209 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 45581755 - 45581670
Alignment:
| Q |
209 |
tcaaatcataatgaagaaagtaatgaaatgaaaagaaaatattatgaagagattataaattaatggtagagcaaaactttacctat |
294 |
Q |
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||||| || ||| ||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||| |
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| T |
45581755 |
tcaaaacaaaattaagaaagtaatgaaatgaagagcaaccattatgaatagattataaattataggtagagaaaacctttatctat |
45581670 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 4275478 - 4275144
Alignment:
| Q |
1 |
aaaaaatttctttggatcaatttctgctnnnnnnnttgcttatttgcaccaatattgtcatgtttagatcaatttatacaaagccatattatcatgttta |
100 |
Q |
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|
| T |
4275478 |
aaaaaaattctttagatcaatttctgctaaaaaaattgcttattttcaccaatattgtcatgtttagatcaatttctacaaagtcatattatcatgttta |
4275379 |
T |
|
| Q |
101 |
gatcaatttattcacacggattcaatttctacaaaaaccattatatatttccaccaacattcattgctgccttctttttatccattatcgttgattaact |
200 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
4275378 |
gatcaatttattcacatggattcaatttctacaaaaaccattatttatttccaccaacattcattgttgccttctttttatccattatcgttgattaact |
4275279 |
T |
|
| Q |
201 |
tagatcactcaaatcataatgaagaaagtaatgaaatgaaaagaaaatattatgaagagattataaattaatggtagagcaaaactttacctatgatttc |
300 |
Q |
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| T |
4275278 |
tagatcactcaaaacataatgaagaaagtaataaaatgaaaagaaaatattatgaagagattataaattaaaggtagagcaaaacttcacctatgatttc |
4275179 |
T |
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| Q |
301 |
aagtgactagtgaaaccagaaaatgaaaaggaaac |
335 |
Q |
| |
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| T |
4275178 |
aagtgactagtgaaaccagaaaatgaaaaggaaac |
4275144 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 48 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 6194786 - 6194692
Alignment:
| Q |
48 |
accaatattgtca-tgtttagatcaatttatacaaagccatattatcatgtttagatcaatttattcacacggattcaatttctacaaaaaccatt |
142 |
Q |
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| T |
6194786 |
accaatattgtcaatgtttagatcaatttctacaaaatcatattatcatgtttaggtcaatttattcactc-gattcaatttctacaagaaccatt |
6194692 |
T |
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