View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF9595A_low_2 (Length: 654)
Name: NF9595A_low_2
Description: NF9595A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF9595A_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 572; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 572; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 37369492 - 37368869
Alignment:
| Q |
21 |
aaaaacctcgtgcactcaaatctttatcaattaatagctgcctataccagaattaacaaaattcaaaattccatttataactttattatcataaccattt |
120 |
Q |
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37369492 |
aaaaacctcgtacactcaaatctttatcaattaatagctgcctataccagaattaacaaaattcaaaattccatttataactttattatcataaccattt |
37369393 |
T |
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| Q |
121 |
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220 |
Q |
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| T |
37369392 |
ttatcaatggttgaaatgaaatttgataacctggacaaatgccctataaaatgatgttgaatacaaagagaaaaaatgtgcaacccttaaaacaaggtaa |
37369293 |
T |
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| Q |
221 |
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320 |
Q |
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37369193 |
T |
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| Q |
321 |
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420 |
Q |
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| T |
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37369093 |
T |
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| Q |
421 |
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520 |
Q |
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37368993 |
T |
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| Q |
521 |
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620 |
Q |
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| T |
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37368893 |
T |
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| Q |
621 |
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644 |
Q |
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tggtctctttcttagttatctttg |
37368869 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 568; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 644
Target Start/End: Original strand, 37358572 - 37359195
Alignment:
| Q |
21 |
aaaaacctcgtgcactcaaatctttatcaattaatagctgcctataccagaattaacaaaattcaaaattccatttataactttattatcataaccattt |
120 |
Q |
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| T |
37358572 |
aaaaacctcgttcactcaaatctttatcaattaatagctgcctataccagaattaacaaaattcaaaattccatttataactttattatcataaccattt |
37358671 |
T |
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| Q |
121 |
ttatcaatggttgaaatgatatttgataacctggacaaatgccctataaaatgatgttgaatacaaagagaaaaaatgtgcaacccttaaaacaaggtaa |
220 |
Q |
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ttatcaatggttgaaatgaaatttgataacctggacaaatgccctataaaatgatgttgaatacaaagagaaaaaatgtgcaacccttgaaacaaggtaa |
37358771 |
T |
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221 |
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320 |
Q |
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caaaagtaatcaactaacctttattataatcctcttcatttaatgaacatttcattttgacaagagatagacacgatgaacataacaacatttcattctg |
37358871 |
T |
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| Q |
321 |
acaagagatggacacaatggctcacaatgacaataataatattaataacataaaattattattattctaattgtgtctagcttgagtcattgtctctatc |
420 |
Q |
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37358872 |
acaagagatggacataatggctcacaatgacaataataatattactaacataaaattattattattctaattgtgtctagctcgagtcattgtctctatc |
37358971 |
T |
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| Q |
421 |
tcatgtccattaaataggaaagaatctcaaacacttgttatgttgctaccaatgtcatgatattttattactttgctgtttatttttgcaaatataattt |
520 |
Q |
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| T |
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tcatgtccattaaataggaaagaatctcaaacacttgttatgttgctatcaatgtcatgttattttattattttgcagtttatttttgcaaatataattt |
37359071 |
T |
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| Q |
521 |
aaggttttatcttagaaagttggatattttaacaagtatttaactatgtggtgtgttatatgttggaacagccgtaccatgaggggttttacactgtgct |
620 |
Q |
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aaggttttatcttagaaagttggatattttaacaagtatttaactatgtggtgtgttatatgttggaacagccgtaccatgaggggttttacactgtgct |
37359171 |
T |
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621 |
tggtctctttcttggttctctttg |
644 |
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tggtctctttcttagttatctttg |
37359195 |
T |
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