View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9607_1 (Length: 1150)

Name: NF9607_1
Description: NF9607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9607_1
NF9607_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-1150)||(29606888-29608049)
chr8 (1-54)||(29606828-29606881)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 1105; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 1105; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1150
Target Start/End: Original strand, 29606888 - 29608049
Alignment:
Q  1 agcacccgcaccagacaaagaaacaccggcaccagcacctacacacaaaaagaagaaagcaccaaaatcatcacctgttccttccccagcaattctccca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29606888 agcacccgcaccagacaaagaaacaccggcaccagcacctacacacaaaaagaagaaagcaccaaaatcatcacctgttccttccccagcaattctccca 29606987  T
Q  101 ccatcacctgcaccaacacctgcaatagacacacc------------agcaccatcgcctgaagatgatgcgccagaaccaccgccaccccacaagcaca 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29606988 ccatcacctgcaccaacacctgcaatagacacaccatcatcagcaccagcaccatcgcctgaagatgatgcgccagaaccaccgccaccccacaagcaca 29607087  T
Q  189 agagaagaaaacacaagcatagtaagcataagaaacatcacgcactagctctagcaccagagcctacaagttcaagttcaacaatcattaggaggagtcc 288  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607088 agagaagaaaacacaagcatagtaagcataagaaacatcacgcactagctctagcaccagagcctacaagttcaagttcaacaatcattaggaggagtcc 29607187  T
Q  289 cccagcaccactggctgatgataatactacaatgagttcagatgaaggaccgtcaccagcacccagtcccagtgcggtaatatccttttccattttactt 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  29607188 cccagcaccactggctgatgataatactacaatgagttcagatgaaggaccgtcaccagcacccagtcccagtgcggtaatatctttttccattttactt 29607287  T
Q  389 taagttacaattctatatttacggacctctttggtctggattatgccgcattaacgaattcatgcaatctttgtcatctgatctttatcagacagattgt 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607288 taagttacaattctatatttacggacctctttggtctggatcatgccgcattaacgaattcatgcaatctttgtcatctgatctttatcagacagattgt 29607387  T
Q  489 actctgacttggcaaaacttgctaaagcttcttttatcgaatcttatgattttatgtttcacagaatggtgcacaatcttaccaagggcaatggagaaag 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607388 actctgacttggcaaaacttgctaaagcttcttttatcgaatcttatgattttatgtttcacagaatggtgcacaatcttaccaagggcaatggagaaag 29607487  T
Q  589 atgttggcaactggtggaattgctattgccattttgttatgtgtcacttgagtaactgcagaagatgctcatatgacaaaacatggattcgagcgaaacg 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29607488 atgttggcaactggtggaattgctattgccattttgttatgtgtcacttgagtaactgcagaagatgctcatatgacaaaacatggattcaagcgaaacg 29607587  T
Q  689 gttatttggtttgcaaaaatataaaattatttcatatgtatggaattgaatgatgaacaattatactcataatatttttcttatccttttgttctttcat 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607588 gttatttggtttgcaaaaatataaaattatttcatatgtatggaattgaatgatgaacaattatactcataatatttttcttatccttttgttctttcat 29607687  T
Q  789 tgtattgtggtctttgctcaagcaataatagtgatatgagattttgagttatcaagaaatgcaaacttaaatatgagatcatgaacgcccaaattgctta 888  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607688 tgtattgtggtctttgctcaagcaataatagtgatatgagattttgagttatcaagaaatgcaaagttaaatatgagatcatgaacgcccaaattgctta 29607787  T
Q  889 aaataacttaagtatatgcaaaccagtacttacaaatatacatgtgttaaaaattaaatatgagcatgaagaaaaacttactaaaaagttaaatataact 988  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607788 aaataacttaagtatatgcaaaccagtacttacaaatatacatgtgttaaaaattaaatatgagcatgaagaaaaacttactaaaaagttaaatataact 29607887  T
Q  989 gcaatatgaatcaattgttggcccataatattgtatactattagactatttcccccattgacatgattttaagctcacaacccacaatcgtgtagctgca 1088  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607888 gcaatatgaatcaattgttggcccataatattgtatactattagactatttcccccattgacatgattttaagctcacaacccacaatcgtgtagctgca 29607987  T
Q  1089 attgcaatttaaagggagcataaaaatctagaatctaatagttctatgttcagtaccagtac 1150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607988 attgcaatttaaagggagcataaaaatctagaatctaatagttctatgttcagtaccagtac 29608049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 54
Target Start/End: Original strand, 29606828 - 29606881
Alignment:
Q  1 agcacccgcaccagacaaagaaacaccggcaccagcacctacacacaaaaagaa 54  Q
    |||||| ||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29606828 agcaccagcaccggccaaagaagcaccagcaccagcacctacacacaaaaagaa 29606881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University