View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9612_high_1 (Length: 870)

Name: NF9612_high_1
Description: NF9612
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9612_high_1
NF9612_high_1
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (251-857)||(14784814-14785421)
chr2 (15-213)||(14784615-14784813)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (26-857)||(48898569-48899410)
chr7 (642-757)||(34184079-34184194)
chr7 (642-757)||(34204668-34204783)
chr7 (519-581)||(34184264-34184326)
chr7 (519-581)||(34204853-34204915)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-740)||(31116304-31117038)
chr5 (515-857)||(38061701-38062053)
chr5 (803-856)||(31116209-31116262)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (334-564)||(26084777-26085008)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (814-857)||(25661726-25661769)
chr3 (814-857)||(25668131-25668174)
chr3 (814-857)||(25674536-25674579)
chr3 (814-857)||(25681210-25681253)
chr3 (814-857)||(25689514-25689557)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 491; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 491; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 251 - 857
Target Start/End: Original strand, 14784814 - 14785421
Alignment:
251 gtaacgagatgtaaaaaattcaaatgaactttttatgggttaagtatgaccaatctcgcagaccccgtcttgtggggcaagacatttgttgtcttccaaa 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14784814 gtaacgagatgtaaaaaattcaaatgaacattttatgggttaaatatgac-aatctcgcagaccc-gtcttgtggggcaagacatttgttgtcttccaaa 14784911  T
351 gaatgagggtggcctagacataagagacctcatcagatgaatgacgcttttcttacgaagatgctttggaatgttataaccaaacttgatgacctttggt 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14784912 gaatgagggtggcctagacataagagaactcatcagatgaatgatgcttttcttacgaagatgctttggaatgttataaccaaacttgatgacctttggt 14785011  T
451 gcaagattctttatagtaagtgtgggagtaataaagatcttagagtaaccatagattctcaattatatgattctc--ctttgtggaaagctttaacaggt 548  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
14785012 gcaaggttctttatagtaagtgtgggagtaataaagatcttagagaaaccatagattctcaatcatatgattctctcctttgtggaaagctttaacaggt 14785111  T
549 atctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtggtggctgagcaatggtaacaatattaatttttgggtggataaataaacttctagtggaacttccatca 648  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
14785112 atctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtggtagctgagcaatgataacaatattaatttttggatggataaataaacttctactggaacttccatca 14785211  T
649 ctaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtgggattataagttccttacttctaacttactatgtac 748  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14785212 ctgatcaaactagtattgacacaactctatatgcgagggatgtggtaacctcctaagaagagtgggattataagttccttacttctaacttactatgtac 14785311  T
749 atttgctttataggttcttgctat-cctacacctatagaaacaaatgggtatgaaaatattggttagggaggaaccaacactagggatttcacaattcaa 847  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
14785312 atttgctttacaggttcttgctatccctacacgtatagaaacaaatggatatgaaaatattggctagggaggaaccaacactagggatttcataattcaa 14785411  T
848 cgtgcctatg 857  Q
     |||||||||    
14785412 agtgcctatg 14785421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 15 - 213
Target Start/End: Original strand, 14784615 - 14784813
Alignment:
15 acatcacacaggttataagcatctcaacaatatggcgaggtatttggaggcaaacataagttcaggtagagctaccaagggaaagtttcataacatcgtt 114  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
14784615 acatcacacatgttataagcatctcaacaatatggcgaggtatttggaggcaaacataagtccaggtagagctaccaagggaaagtttcataacatcgtt 14784714  T
115 gacaaaattaaaagcagagtaagtggtttggaagcaacaatgcttaagttttgatggcaaacttattccatctaaatcagctttgagctcttatcatac 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||    
14784715 gacaaaattaaaagcagagtaagtggtttggaagcaacaatgcttgagttttgatggcaaacttacgctatctaaatcagttttgagctcttatcatac 14784813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 26 - 857
Target Start/End: Complemental strand, 48899410 - 48898569
Alignment:
26 gttataagcatctcaacaatatggcgaggtatttggaggcaaacataagttcaggtagagctaccaagggaaagtttcataacatcgttgacaaaattaa 125  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||  | |||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||||||| |    
48899410 gttataaacatgtcaataatatgggcaagtatttgggggctaacattagtgcaggtagagctactaggggaaagtttcataacgtcattgacaaaattca 48899311  T
126 aagcagagtaagtggtttggaagcaacaatgcttaagttttgatggcaaacttattccatctaaatcagctttgagctct-tatcatactatcatatgca 224  Q
    ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  || | ||||| |  |||||||| || |||||||||| || | ||||||||||||||    
48899310 aaatagactaagtggtt-ggaagcaacaatgctta-gttttgtcggtagacttactttatctaaattagttttgagctctataccttactatcatatgca 48899213  T
225 gtattctaagcagcctaagaccctttgtaacgagatgtaaaaaattcaaatgaactttttatgggttaagtatgaccaatctcgcagaccccgtcttgtg 324  Q
    |||| ||||||  ||||| |  ||||||||||||||| |||||||||| | || ||||||||||||| |   |||||||||||||| | ||| ||||||     
48899212 gtatgctaagctccctaaaatgctttgtaacgagatggaaaaaattcagaggagctttttatgggttgatactgaccaatctcgcaaaacccatcttgtt 48899113  T
325 gggcaagacatttgttgtcttccaaagaatgagggtggcctagacat-aagagacctcatcagatgaatgacgcttttcttacgaagatgctttggaatg 423  Q
    ||    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || | ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||     
48899112 ggatgggacatttgttgtcttcctaagaatgagggtggcctaggcattaaaaaacctcataatatgaatgacgcttttcttatgaagatgttttggaatc 48899013  T
424 ttataaccaaacttgatgacctttggtgcaagattctttatagtaagtgtgggagtaataaagatcttagagtaaccatagattctcaattatatgattc 523  Q
    | || ||||| | | ||||||| ||||| ||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||    
48899012 taatcaccaagcctaatgacctatggtgtaaggttctctatagtaagtatgggaggaataaagatcttagggtagccatagattctaaatcatatgattc 48898913  T
524 tcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtggtggctgagcaatggtaacaatattaatttttgggtggataaa 623  Q
    |||||| ||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||||||||||||  | || || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
48898912 tcctttatggaaagctttaacaggttattgggaacaatttcaacaaaatattgtgtggcagttgggcgatggtaataatattaatttttggatggataaa 48898813  T
624 taaacttctagtggaact---------tccatcactaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtggg 714  Q
    |   || |||||||||||         ||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| || ||||||||    
48898812 tgggctcctagtggaacttctcttatgtccattactaatcaaaatattattgacacaactctccatgtgagggacgtggtaaccccctaaggagagtggg 48898713  T
715 attataagttccttacttctaacttactatgtacatttgctttataggttcttgctat-cctacacctatagaaacaaatgggtatgaaaatattggtta 813  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||| ||  ||||   ||| ||||||||||     
48898712 attttaatttccttacttctaacttaccgtctacctttgctttacaggttcttgctatccctgcacctaaagacactgatggacttgacaatattggttg 48898613  T
814 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatg 857  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
48898612 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaaagtgtctatg 48898569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 642 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 34184194 - 34184079
Alignment:
642 tccatcactaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtgggattataagttccttacttctaacttac 741  Q
    |||||||||||||||| |  | |||||||||| || ||||| | ||| ||||||||| | |||  ||| || |||||||| ||  |||||||||||||||    
34184194 tccatcactaatcaaaattatgttgacacaaccctctatgttaaggatgtggtaaccccttcaagagattgagattataattttattacttctaacttac 34184095  T
742 tatgtacatttgcttt 757  Q
     || ||| ||||||||    
34184094 catttacctttgcttt 34184079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 642 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 34204783 - 34204668
Alignment:
642 tccatcactaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcagaagagtgggattataagttccttacttctaacttac 741  Q
    |||||||||||||||| |  | |||||||||| || ||||| | ||| ||||||||| | |||  ||| || |||||||| ||  |||||||||||||||    
34204783 tccatcactaatcaaaattatgttgacacaaccctctatgttaaggatgtggtaaccccttcaagagattgagattataattttattacttctaacttac 34204684  T
742 tatgtacatttgcttt 757  Q
     || ||| ||||||||    
34204683 catttacctttgcttt 34204668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 519 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 34184326 - 34184264
Alignment:
519 gattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtgg 581  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| || |||||  | |||||||||||||||||||||    
34184326 gattctcctttgtggaaagcattattaggcatttgggaaaattttcagcaaaatattgtgtgg 34184264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 519 - 581
Target Start/End: Complemental strand, 34204915 - 34204853
Alignment:
519 gattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtgg 581  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||| || |||||  | |||||||||||||||||||||    
34204915 gattctcctttgtggaaagcattattaggcatttgggaaaattttcagcaaaatattgtgtgg 34204853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 19 - 740
Target Start/End: Complemental strand, 31117038 - 31116304
Alignment:
19 cacacaggttataagcatctcaacaatatggcgaggtatttggaggcaaacataagttcaggtagagctaccaagg-gaaagtttcataacatcgttgac 117  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||||||  | |||||||| || |||||| ||| |||||||| | || | ||  |||||||||||||||| ||||     
31117038 cacacaagttataagcatgtcaataatatgggcaagtatttgggggaaaacatcagtccaggtagatccactagggaaaaagtttcataacatcattgaa 31116939  T
118 aaaattaaaagcagagtaagtggtttggaagcaacaatgcttaagttttgatggcaaacttattccatctaaatcagctttgagctct-tatcatactat 216  Q
    |||||| ||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||  | || ||||| |  |||||||||||||||||||| | || ||||||||    
31116938 aaaattcaaaacagactaagtgg-ttggaagcaataatgcttaagttttgccgacagacttactttatctaaatcagctttgagctttataccatactat 31116840  T
217 catatgcagtattctaagcagcctaagaccctttgtaacgagatg--taaaaaattcaaatgaactttttatgggttaagtatgaccaatctcgcagacc 314  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||| ||| |||   |||||| ||||| || ||||||||||| | |   | |||||||| |||||||    
31116839 catatgcagtatgctaagctccctaaaaccctttgtagcgaaatgaaaaaaaaaatcaaaggagctttttatgggatgatattaaccaatcttgcagacc 31116740  T
315 ccgtcttgtggggcaagacatttgttgtcttccaaagaatgagggtggcctagaca-taagagacctcatcagatgaatgacgcttttcttacgaagatg 413  Q
    || |||||||||    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||||    
31116739 ccatcttgtgggatgggacatttgttgtcttcctaaaaatgagggtggcctaggcattaagagacctcatcatatgaaagacgtttttcttatgaagatg 31116640  T
414 ctttggaatgttataaccaaacttgatgacctttggtgcaagattctttatagtaagtgtgggagtaataaagatcttagagtaaccatagattctcaat 513  Q
    |||| |||| | || ||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
31116639 cttttgaatctgatcaccaagcttgatgacctatggtgtaagcttctttatagtaagtatgggaggaataaagatcttagggtaaccatagattctaaat 31116540  T
514 tatatgattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtggtggctgagcaatggtaacaatattaatttttg 613  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||| |||||    
31116539 catatgattcccctttgtggaaagctttaacaagtatttgggattaatttaagcaaaatattgtgtggcagcttggcaatggtaacaatattaacttttg 31116440  T
614 ggtggataaataaacttctagtggaacttc---------catcactaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctca 704  Q
    | | |||||||   || | |||||||||||         ||||||||||||||| |||||| |||| |||||  ||||||||||||||||| ||| ||||    
31116439 gatcgataaatgtgctcccagtggaacttctcttatgttcatcactaatcaaacaagtatttacacgactctccatgtgagggacgtggtagccttctca 31116340  T
705 gaagagtgggattataagttccttacttctaactta 740  Q
    | ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||    
31116339 ggagagtgggactataatttccttacctctaactta 31116304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 515 - 857
Target Start/End: Original strand, 38061701 - 38062053
Alignment:
515 atatgattctcctttgtggaaagctttaacaggtatctgggatcaatttcagcaaaatattgtgtggtggctgagcaatggtaacaatattaatttttgg 614  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||  | || || ||||||| ||||||||||||||     
38061701 atatgattctcctttatggaaagctttaacatgtatttgggaacgatttcagcaaaatattgtgtggcagttgggcgatggtaataatattaatttttga 38061800  T
615 gtggataaataaacttctagtggaacttc---------catcactaatcaaactagtattgacacaactctatatgtgagggacgtggtaacctcctcag 705  Q
     |||||||||   || |||||||||||||         ||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||| ||||||| |||| ||||||    
38061801 atggataaatgggctcctagtggaacttctcttatgtccattactaatcaaactattattgacataactctccatgtgagtgacgtggcaaccccctcag 38061900  T
706 aagagtgggattataagttccttacttctaacttactatgtacatttgctttataggttcttgctat-cctacacctatagaaacaaatgggtatgaaaa 804  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||| ||  ||||   ||| ||    
38061901 gagagtgggattttaatttccttacttctaacttaccgtctacctttgctttacaggttctttctatccctgcacctaaagacactgatggacttgacaa 38062000  T
805 tattggttagggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatg 857  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||    
38062001 tattggttggggaggaaccaacactagggatttcacaatttaaagtgtctatg 38062053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 803 - 856
Target Start/End: Complemental strand, 31116262 - 31116209
Alignment:
803 aatattggttagggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctat 856  Q
    ||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
31116262 aatattggttgcggtggaaccaacactagggatttcacaattcaaagtgcctat 31116209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 334 - 564
Target Start/End: Original strand, 26084777 - 26085008
Alignment:
334 atttgttgtcttccaaagaatgagggtggcctagacat-aagagacctcatcagatgaatgacgcttttcttacgaagatgctttggaatgttataacca 432  Q
    |||||||||||||| || | | |||||||| ||| ||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| | || || |    
26084777 atttgttgtcttcccaaaattaagggtggcttaggcattaagagacctcaccatatgaatgacgcttttctaatgaagatgttttggaatttgatcacaa 26084876  T
433 aacttgatgacctttggtgcaagattctttatagtaagtgtgggagtaataaagatcttagagtaaccatagattctcaattatatgattctcctttgtg 532  Q
    |||  ||||||||||||   ||| |||| | | |||||| ||| || || || ||   ||| ||||||||| ||||||||   ||| |||||||  | ||    
26084877 aaccagatgacctttggcataaggttctctgtggtaagtatggaaggaacaacgacaatagggtaaccataaattctcaaccttataattctccactatg 26084976  T
533 gaaagctttaacaggtatctgggatcaatttc 564  Q
    |||||||||| || |||| || ||||||||||    
26084977 gaaagctttagcatgtatttgagatcaatttc 26085008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 814 - 857
Target Start/End: Original strand, 25661726 - 25661769
Alignment:
814 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatg 857  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
25661726 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatg 25661769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 814 - 857
Target Start/End: Original strand, 25668131 - 25668174
Alignment:
814 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatg 857  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
25668131 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatg 25668174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 814 - 857
Target Start/End: Original strand, 25674536 - 25674579
Alignment:
814 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatg 857  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
25674536 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatg 25674579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 814 - 857
Target Start/End: Original strand, 25681210 - 25681253
Alignment:
814 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatg 857  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
25681210 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatg 25681253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 814 - 857
Target Start/End: Original strand, 25689514 - 25689557
Alignment:
814 gggaggaaccaacactagggatttcacaattcaacgtgcctatg 857  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||    
25689514 gggaggaaccaacactaggaaattcacaattcaaagtgcctatg 25689557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University