View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9612_low_10 (Length: 505)

Name: NF9612_low_10
Description: NF9612
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9612_low_10
NF9612_low_10
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (15-500)||(2450982-2451467)
chr6 (27-500)||(2671966-2672442)
chr6 (19-500)||(2640798-2641282)
chr6 (32-500)||(2568596-2569067)
chr6 (14-500)||(2440257-2440746)
chr6 (34-500)||(2596157-2596626)
chr6 (27-500)||(2592203-2592679)
chr6 (14-500)||(2623747-2624236)
chr6 (284-354)||(3431209-3431279)
chr6 (291-347)||(29329570-29329626)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (132-412)||(17870107-17870387)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (286-347)||(5766109-5766170)
chr2 (286-347)||(5823502-5823563)
chr2 (254-347)||(5832005-5832098)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (287-328)||(39157724-39157765)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 474; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 2451467 - 2450982
Alignment:
Q  15 tcagcaattgtattgggtggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaa 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2451467 tcagcaattgtattgggtggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaa 2451368  T
Q  115 taacactacccttatccaaaacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataaccctttc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2451367 taacactacccttatccaaaacaacaatcatatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgttcttccaatcataaccctttc 2451268  T
Q  215 taaagcatcttgcactaacttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctatt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2451267 taaagcatcttgcactaacttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctatt 2451168  T
Q  315 gcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttg 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2451167 gcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttg 2451068  T
Q  415 cagccttagctgcatctataatctcactctcatcaaccttatcatatgccccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2451067 cagccttagctgcatctataatctcactctcatcaaccttatcatatgctccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 2450982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 500
Target Start/End: Original strand, 2671966 - 2672442
Alignment:
Q  27 ttgggtggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacactaccct 126  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  2671966 ttggttggtcttctttgtagacttaccaaagagtaataagctccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaacaacacttccct 2672065  T
Q  127 tatccaaaacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataaccctttctaaagcatcttg 226  Q
    | || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2672066 tgtctaaaacagcaatcaaatcgcaattttgtatagtactcaacctatgtgctacaaccacacttgtccttccaaccataaccctttctaaagcatcttg 2672165  T
Q  227 cactaacttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgc 326  Q
     ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  2672166 gactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgt 2672265  T
Q  327 ttttgaccaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttgcagccttagctg 426  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||    
T  2672266 ttttgaccaccactaagttgaactcctctgtcaccacacaaagtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcatttgaagcctttgatg 2672365  T
Q  427 catctataatctcactctcatcaacc---ttatcatatgccccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 500  Q
    | ||||||||||||||||||||||||   | |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  2672366 cctctataatctcactctcatcaaccgtatcatcataagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaac 2672442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 500
Target Start/End: Original strand, 2640798 - 2641282
Alignment:
Q  19 caattgtattgggtggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataac 118  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  2640798 caattgtattggttggtcttctttgtagacttactaaagagtaataaactccacttggtcccaaagacaacaaagatgaatgtgttcctttttcaacaac 2640897  T
Q  119 actacccttatccaaaacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataaccctttctaaa 218  Q
    | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  2640898 aatccccttatccaaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgcgacaactacacttgtccttccaaccataactctttctaaa 2640997  T
Q  219 gcatcttgcactaacttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaa 318  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2640998 gcatcttgcactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagtaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaa 2641097  T
Q  319 tcctttgcttttgaccaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttgcagc 418  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2641098 tcctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttgtaagcttgatatgaaatcatgagcatttgcagc 2641197  T
Q  419 cttagctgcatctataatctcactctcatcaacctt---atcatatgccccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 500  Q
    ||| | ||| |  |||||||||||||||||||| ||   |||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2641198 ctttgatgcctgaataatctcactctcatcaactttatcatcataggctccgtatgcaatattttcccttatggtaccaccaaac 2641282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 500
Target Start/End: Original strand, 2568596 - 2569067
Alignment:
Q  32 tggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacactacccttatcc 131  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||  |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||    
T  2568596 tggtcttctttgcagacttaccaaagagtaataagcaccacttggcccttttgacaataaatttgaatgtgttcctttctcaacaacaatgcccttatcc 2568695  T
Q  132 aaaacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataaccctttctaaagcatcttgcacta 231  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2568696 aaaacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgccacaaccacacttgtccttccaaccataaccctttctaaagcatcttggacta 2568795  T
Q  232 acttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttg 331  Q
    | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  2568796 atttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttg 2568895  T
Q  332 accaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttgcagccttagctgcatct 431  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||    
T  2568896 accaccactaagttgaactcctctatcaccacacaatgtatcataaccatcttttaagcttgatataaaatcatgagcacttgcagcctttgatgcctct 2568995  T
Q  432 ataatctcactctcatcaaccttatca---tatgccccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 500  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||   || || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  2568996 ataatttcactctcatcaaccttatcatcgtaagctccatatgcaatattttcccttatggtaccactaaac 2569067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 2440746 - 2440257
Alignment:
Q  14 atcagcaattgtattgggtggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctca 113  Q
    |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2440746 atcagcaattatattgtttggtcttctttgtagacttaccaaagagtaatatgctccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctca 2440647  T
Q  114 ataacactacccttatccaaaacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataacccttt 213  Q
    | |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||    
T  2440646 acaacaattcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttgaatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgacctttt 2440547  T
Q  214 ctaaagcatcttgcactaacttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctat 313  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2440546 ctaaagcatcttggactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctat 2440447  T
Q  314 tgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcattt 413  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  2440446 tgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcgtgagcattt 2440347  T
Q  414 gcagccttagctgcatctataatctcactctcatcaacctt---atcatatgccccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 500  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||    
T  2440346 gcagcctttgatgcctctataatctcactctcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttctcttatggtaccaccaaac 2440257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 34 - 500
Target Start/End: Original strand, 2596157 - 2596626
Alignment:
Q  34 gtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacactacccttatccaa 133  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  2596157 gtcttctttgtagacttaccaaagagtaataaactccacttggtcccaaagataacaaagacgaatgtgttcctttctcaacaacaattcccttatccaa 2596256  T
Q  134 aacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataaccctttctaaagcatcttgcactaac 233  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||     
T  2596257 gacagcaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgtgccacaaccacacttgtccttccaaccataaccctttctaaagtatcttggactaat 2596356  T
Q  234 ttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttgac 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  2596357 ttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgtttttgac 2596456  T
Q  334 caccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttgcagccttagctgcatctat 433  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||    
T  2596457 caccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcgtgagcatttgcagcctttgatgcctctat 2596556  T
Q  434 aatctcactctcatcaacctt---atcatatgccccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 500  Q
    |||||||||||||||||| ||   ||||||||| |||||| ||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  2596557 aatctcactctcatcaactttatcatcatatgctccatatacaatattttcttttatggtaccaccaaac 2596626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 27 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 2592679 - 2592203
Alignment:
Q  27 ttgggtggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacactaccct 126  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2592679 ttggttggtcttatttttagacttatcaaagagtaatatgctccacttggccctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctcaataacacttccct 2592580  T
Q  127 tatccaaaacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataaccctttctaaagcatcttg 226  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||    
T  2592579 tatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgaccttttctaaagcatcttg 2592480  T
Q  227 cactaacttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgc 326  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  2592479 gactaatttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctctggattcttcaatatagctctagctattgcaattctttgt 2592380  T
Q  327 ttttgaccaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatttgcagccttagctg 426  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    
T  2592379 ttttgaccaccactaagttgaactcctctatcaccacacagtgtatcataaccatcttttaagcttgatatgaaatcatgagcatttgcagcctttgatg 2592280  T
Q  427 catctataatctcactctcatcaacctta---tcatatgccccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 500  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||   |||||||  |||||||||||||| ||  | |||||||||| ||||    
T  2592279 cctctataatttcactttcatcaaccttatcatcatatgatccatatgcaatattttctttgatggtaccactaaac 2592203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 14 - 500
Target Start/End: Complemental strand, 2624236 - 2623747
Alignment:
Q  14 atcagcaattgtattgggtggtcttctttgtagacttaccatagagtaataagctccacttggtcctttagacaacaaagatgaatgtgttcctttctca 113  Q
    |||| ||||| | |||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  2624236 atcaacaattatgttggttggtcttttttgtagacttatcaaagagtaatatgctccacttggccctttagacaacaaggatgaatgtgttccattctca 2624137  T
Q  114 ataacactacccttatccaaaacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataacccttt 213  Q
    | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||    
T  2624136 acaacacttcccttatccaaaacagcaatcaaatcacagttttggatagtactcaacctatgtgctacaaccacgcttgtccttccaaccatgacctttt 2624037  T
Q  214 ctaaagcatcttgcactaacttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctat 313  Q
    ||||||  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||    
T  2624036 ctaaagtgtcttggactaatttctcagattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacatctggattctttaatatagctctagctat 2623937  T
Q  314 tgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcattt 413  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2623936 tgcaattctttgtttttgaccaccactaagttgaactcctctgtcaccacacaatgtgtcatatccatcttttaagcttgatatgaaatcatgagcattt 2623837  T
Q  414 gcagccttagctgcatctataatctcactctcatcaaccttat---catatgccccatatgcaatattctcccttatggtaccaccaaac 500  Q
    |||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||| ||   ||||||  |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  2623836 gcagcctttgatgcctctataatttcactctcatcaacctgatcaccatatgatccatatgcaatattttcttttatggtaccaccaaac 2623747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 284 - 354
Target Start/End: Original strand, 3431209 - 3431279
Alignment:
Q  284 ctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttgaactcctc 354  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||    
T  3431209 ctttggatttttcaacatagctcttgcaattgcaatcctttgcttttgtccaccagataattgaactcctc 3431279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 291 - 347
Target Start/End: Original strand, 29329570 - 29329626
Alignment:
Q  291 ttcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttga 347  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  29329570 ttcttcaatattgccctagcaattgcaattctttgcttttgccctccagaaagttga 29329626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 132 - 412
Target Start/End: Original strand, 17870107 - 17870387
Alignment:
Q  132 aaaacaacaatcaaatcacaattttgtatagtactcaacctatgagccacaaccacacttgtccttccaatcataaccctttctaaagcatcttgcacta 231  Q
    |||||| |||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||| ||| | |  || |||||||||||||    
T  17870107 aaaacagcaataacatcacaattgtgtatggtactcaacctatgtgctacaaccacactagtccttccaaccattaccttattcaatgcatcttgcacta 17870206  T
Q  232 acttctctgattgactatcaagtgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttg 331  Q
     ||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  17870207 ccttttctgaattattatcaagtgcacttgttgcttcatctagaagcaacacctttggattcttcaacatggctctagctattgctatcctttgtttttg 17870306  T
Q  332 accaccagaaagttgaactcctctatcaccacacaatgtctcataaccatattttaagcttgatataaaatcatgagcatt 412  Q
     || || |||||||| |||||| | || |||||| |||||||||| |||| ||| || ||||  || ||||||||||||||    
T  17870307 cccccctgaaagttgcactcctttgtccccacaccatgtctcatacccatctttcaaacttgcaatgaaatcatgagcatt 17870387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 286 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5766170 - 5766109
Alignment:
Q  286 ttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttga 347  Q
    |||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  5766170 ttgggttcttcaatattgccctagcaattgcaattctttgcttttgtccaccagaaagttga 5766109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 286 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 5823563 - 5823502
Alignment:
Q  286 ttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttga 347  Q
    |||||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  5823563 ttggattcttcaatatggcccttgcaattgcaattctttgcttttgtccaccagaaagttga 5823502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 254 - 347
Target Start/End: Original strand, 5832005 - 5832098
Alignment:
Q  254 tgcacttgttgcttcatccaaaagcaacacctttggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgcttttgaccaccagaaagttga 347  Q
    |||||||||||||||||| | ||| |  |  ||||| ||||||||||| || || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  5832005 tgcacttgttgcttcatcaagaagaaggatttttgggttcttcaatattgcccttgcaattgcaattctttgcttttgtccaccagaaagttga 5832098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 287 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 39157765 - 39157724
Alignment:
Q  287 tggattcttcaatatagctctagctattgcaatcctttgctt 328  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||    
T  39157765 tggattcttcaacattgctctagctattgctatcctttgctt 39157724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University