View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9619_low_2 (Length: 536)

Name: NF9619_low_2
Description: NF9619
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9619_low_2
NF9619_low_2
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (102-521)||(2949303-2949722)
chr8 (16-518)||(2923217-2923719)
chr8 (52-521)||(3009686-3010155)
chr8 (16-521)||(37798071-37798576)
chr8 (109-521)||(2932657-2933087)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-521)||(28026771-28027273)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (109-521)||(4913797-4914193)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (29-521)||(1503995-1504487)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 102 - 521
Target Start/End: Original strand, 2949303 - 2949722
Alignment:
Q  102 tcctatgacaagtgttttgaatgcatctaaaaatgctgatggaacacagtcaagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgat 201  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||| ||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||     
T  2949303 tcctgtgacaagtgttttgaatgcatctataaaagctgatggaacatattcaagtatccctttattccacttatcatccaagagaattgtctcccttgac 2949402  T
Q  202 gaggcaaggacaaaatctgcttgaataatgaatggaaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttgtgaa 301  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2949403 gaggcaagaacaaaatctgcctgaattatgaatggaaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttgtgaa 2949502  T
Q  302 gcctctcctggtgagggaaggccaatgtcacaacacactcttccacacccattctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaacttttgcttcca 401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2949503 gcctctcctggtgagggaaggccaatgtcacaacacactcttccacacccattctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaacttttgcttcca 2949602  T
Q  402 catgtagtagctgcattcctgttcgtcattattgttttcccccgcagataaatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctccttgtctcaaagttg 501  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2949603 tatgtagtagctgcattcctgttcgtcattattgttttcccccgcagataaatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctacttgtctcaaagttg 2949702  T
Q  502 atctcgcttgaaatagatac 521  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2949703 atctcgcttgaaatagatac 2949722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 16 - 518
Target Start/End: Original strand, 2923217 - 2923719
Alignment:
Q  16 acataattaaacttctcaaatgtagaactttcaaagggaaggaacttgaacatactagccaaactagatactggagcttgaactgttcctatgacaagtg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2923217 acataattaaacttctcaaatgtagaactttcaatgggaaggaacttgaacatactagccaaactagatactggagcttgaactgatcctatgacaagtg 2923316  T
Q  116 ttttgaatgcatctaaaaatgctgatggaacacagtcaagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaaggacaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2923317 ttttgaatgcatctaaaaatgctgatggaacacagtcaagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaaggacaaa 2923416  T
Q  216 atctgcttgaataatgaatggaaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttgtgaagcctctcctggtga 315  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||||||| |||| ||  |  | ||||| |||||||| | |    
T  2923417 atctgcttgaataatgaaaggaaaattagtgaccatccctgtaggaagaaaggcatagacccctggtgagcttttgcctctatgaagtctctcctgatta 2923516  T
Q  316 gggaaggccaatgtcacaacacactcttccacacccattctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaacttttgcttccacatgtagtagctgc 415  Q
    |||||||| | ||||||||| || ||||||||| |  |||||||||| ||  | || ||   | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2923517 gggaaggctagtgtcacaacccattcttccacatctgttctcctttcgaccgcattttctggcctgaccggaaacttttgcttccacatgtagtagctgc 2923616  T
Q  416 attcctgttcgtcattattgttttcccccgcagataaatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctccttgtctcaaagttgatctcgcttgaaat 515  Q
    ||||||  ||  ||| | | |||||  | ||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||| | || ||| | ||||| ||||| ||||||||    
T  2923617 attccttctcagcatcactattttcttctgcagagagatggattgtgtaggattcagcattcatgttttttctagtcacgaagttaatctcacttgaaat 2923716  T
Q  516 aga 518  Q
    |||    
T  2923717 aga 2923719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 52 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 3010155 - 3009686
Alignment:
Q  52 ggaaggaacttgaacatactagccaaactagatactggagcttgaactgttcctatgacaagtgttttgaatgcatctaaaaatgctgatggaacacagt 151  Q
    ||||||||||||||||||  || ||| || |||| |||||||| | | |  ||  | |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| | |    
T  3010155 ggaaggaacttgaacatataaggcaagctggatagtggagcttcatcagaaccagtcacaagtgttttgaatgcatctataaaagctaatggaacatatt 3010056  T
Q  152 caagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaaggacaaaatctgcttgaataatgaatggaaaattagtgaccat 251  Q
    |||| || ||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3010055 caagaatcccttgattccacttatcatcaaagagaattgtctcccttgacgaggcaagaacaaaatctgcttgaattatgaatggaaaattagtgaccat 3009956  T
Q  252 ctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttgtgaagcctctcctggtgagggaaggccaatgtcacaacacactcttccacaccc 351  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3009955 ctctgtaggaagaaatgcataaacccctggtaagctcttatccttgtctagcctctcctgttgtgggaaggccaatgtcacaacacactcttccacaccc 3009856  T
Q  352 attctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaacttttgcttccacatgtagtagctgcattcctgttcgtcattattgttttcccccgcagata 451  Q
     ||||||||||||| || || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||  ||  || |  |||| |||| |||||    
T  3009855 cttctcctttccaccacattttccagcttgacaggaaacttttgcttccacatgtagtaactgcactcctttttatccctactactttctcccgtagata 3009756  T
Q  452 aatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctccttgtctcaaagttgatctcgcttgaaatagatac 521  Q
     |||||||||||| || | ||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3009755 gatggattgtgtatgacttagcattcatgtttttccttgtcacaaagttaatctcgcttgaaatagatac 3009686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 16 - 521
Target Start/End: Original strand, 37798071 - 37798576
Alignment:
Q  16 acataattaaacttctcaaatgtagaactttcaaagggaaggaacttgaacatactagccaaactagatactggagcttgaactgttcctatgacaagtg 115  Q
    |||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| | | |||||  |||||||    
T  37798071 acatgattaaacttctcaaatggcgaactttcaatgggaaggaacttgaacatacgagccaaacttgataccggagcttgatcggatcctacaacaagtg 37798170  T
Q  116 ttttgaatgcatctaaaaatgctgatggaacacagtcaagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaaggacaaa 215  Q
    ||||||||| ||| | ||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37798171 ttttgaatgtatccataaaggccgatggaacacattcaagtatcccttggttccatttattatccaagagaattgtctccctagatgaggcaaggacaaa 37798270  T
Q  216 atctgcttgaataatgaatggaaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttgtgaagcctctcctggtga 315  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||| ||| || | |||||||||||||| |      
T  37798271 atctgcttgaataatgaaagggaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcatagacccctggtgagcttttacccctatgaagcctctcctgattt 37798370  T
Q  316 gggaaggccaatgtcacaacacactcttccacacccattctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaacttttgcttccacatgtagtagctgc 415  Q
    |||||||||| ||||||||| || ||||| ||| |  |||||||||| || || || ||  || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37798371 gggaaggccagtgtcacaacccattcttcaacatctgttctcctttcaaccacattttctgacctgaccggaaatttttgcttccacatgtagtagctgc 37798470  T
Q  416 attcctgttcgtcattattgttttcccccgcagataaatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctccttgtctcaaagttgatctcgcttgaaat 515  Q
    | || |  ||  ||||| | |||||| | ||||| | ||| | ||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||| | ||||| || |||||||||||    
T  37798471 actctttctcagcattactattttcctctgcagagagatgcagtgtgtaagactcagcattcatgtttttcctcgtcacgaagtttatttcgcttgaaat 37798570  T
Q  516 agatac 521  Q
    ||||||    
T  37798571 agatac 37798576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 109 - 521
Target Start/End: Original strand, 2932657 - 2933087
Alignment:
Q  109 acaagtgttttgaatgcatctaaaaatgctgatggaacacagtcaagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| |||| || ||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  2932657 acaagtgttttgaatgcatctacaaaggctgatggaacatattcaagtatcccttgattccacttatcattcaatagaattgtttcccttgacgaggcaa 2932756  T
Q  209 ggacaaaatctgcttgaataatgaatggaaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttg----------- 297  Q
    | ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||| || ||||               
T  2932757 gaacaaaatctgcttgaattatgaagggaaagttagtaaccatctctgtaggaagaaatgcataaacccctggagagctctgatgcttgcgaagcttctt 2932856  T
Q  298 -------tgaagcctctcctggtgagggaaggccaatgtcacaacacactcttccacacccattctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaac 390  Q
           ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| || || | ||||||||||||||||    
T  2932857 aatcttctgaagcctctcctgacgtgggaaggccaatgtcacaacacactcttccacatcctttctcctttccaccacattttgcaacttgacaggaaac 2932956  T
Q  391 ttttgcttccacatgtagtagctgcattcctgttcgtcattattgttttcccccgcagataaatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctccttg 490  Q
    ||||| ||||||||||| |||| ||||| || ||||||| || | |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2932957 ttttgtttccacatgtaatagcagcatttcttttcgtcactactcttttcccctgcagatagattgattgtgtaagattcagcatccatgtttttccttg 2933056  T
Q  491 tctcaaagttgatctcgcttgaaatagatac 521  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||    
T  2933057 tcacaaagtcgatctcgcttgaaatagatac 2933087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 521
Target Start/End: Original strand, 28026771 - 28027273
Alignment:
Q  19 taattaaacttctcaaatgtagaactttcaaagggaaggaacttgaacatactagccaaactagatactggagcttgaactgttcctatgacaagtgttt 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | | |||||  ||||||||||    
T  28026771 taattaaacttctcaaatggagaactttcaatgggaaggaacttgaacatacgagccaaactggatactggagcttgatcagatcctacaacaagtgttt 28026870  T
Q  119 tgaatgcatctaaaaatgctgatggaacacagtcaagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaaggacaaaatc 218  Q
    |||||||||| | ||| |||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28026871 tgaatgcatccataaaggctattggaacacattcaagtatcccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaagcaaggacaaaatc 28026970  T
Q  219 tgcttgaataatgaatggaaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttgtgaagcctctcctggtgaggg 318  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||| ||| |||| ||| || |||||||||||||||| |  ||     
T  28026971 ggcttgaataatgaaaggaaaattagtgaccatctctgtaggcagaaatgcatagacccccggtgagcttttacccctgtgaagcctctcctgatttggc 28027070  T
Q  319 aaggccaatgtcacaacacactcttccacacccattctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaacttttgcttccacatgtagtagctgcatt 418  Q
    ||||| | ||||||||| || ||||||||| |  |||| ||||| || ||  | ||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28027071 aaggcgagtgtcacaacccattcttccacatctgttcttctttcgaccacactttctgacctgaccggaaacttttgcttccacatgtagtagctgcatt 28027170  T
Q  419 cctgttcgtcattattgttttcccccgcagataaatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctccttgtctcaaagttgatctcgcttgaaataga 518  Q
    |||  || | |||| | |||||| | || || | ||  | ||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  28027171 ccttctcattattactattttcctctgcggagagatatagtgtgtaagactcagcattcatgtttttccttgtcacgaagttaatctcgcttgaaataga 28027270  T
Q  519 tac 521  Q
    |||    
T  28027271 tac 28027273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 180; Significance: 6e-97; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 109 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 4914193 - 4913797
Alignment:
Q  109 acaagtgttttgaatgcatctaaaaatgctgatggaacacagtcaagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaa 208  Q
    ||||||||| ||||||| || | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4914193 acaagtgttctgaatgcttccataaaagctgatggaacgcattcaagtatcccttgattccacttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaa 4914094  T
Q  209 ggacaaaatctgcttgaataatgaatggaaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttgtgaagcctctc 308  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||                ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4914093 ggacaaaatcagcttgaattatgaaaggaaaattagtgaccat----------------gcataaacccctggtaagctcttattcttgtgaagcctctc 4914010  T
Q  309 ctggtgagggaaggccaatgtcacaacacactcttccacacccattctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaacttttgcttccacatgtag 408  Q
     || || |||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4914009 ttgatgtgggaagaccaacgtcacaacacagtcttccacgcccattctcctttccaccacattttccaacttgacaggaaacttttgctttcacatgtag 4913910  T
Q  409 tagctgcattcctgttcgtcattattgttttcccccgcagataaatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctccttgtctcaaagttgatctcgc 508  Q
    ||||||||| | | ||| ||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||| |  ||| | || |||| |||||||    
T  4913909 tagctgcatactttttcatcattaccattttcccccgcagataaatggatagtgtaagactcagcattcaagtttttttttgccgcagagttaatctcgc 4913810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 29 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 1504487 - 1503995
Alignment:
Q  29 tctcaaatgtagaactttcaaagggaaggaacttgaacatactagccaaactagatactggagcttgaactgttcctatgacaagtgttttgaatgcatc 128  Q
    ||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||| | ||| ||| || ||| ||||||||| | ||| ||||  || ||||||||||||||||||    
T  1504487 tctcaaaaggagaactttcaattggaaggaacttgaacaaattaggcaagctggatgctggagcttcatctgatcctgcgagaagtgttttgaatgcatc 1504388  T
Q  129 taaaaatgctgatggaacacagtcaagtattccttggttccatttattatccaagagaattgtctcccttgatgaggcaaggacaaaatctgcttgaata 228  Q
    || ||| ||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||     
T  1504387 tataaaagctgacggaacatattcaagtatcccttgattccacttattatccaacataattgtctcccttgatgaagcaaggaaaaaatctgcctgaatt 1504288  T
Q  229 atgaatggaaaattagtgaccatctctgtaggaagaaatgcgaaaacccctggtaagctcttatccttgtgaagcctctcctggtgagggaaggccaatg 328  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||| ||| ||||  || ||| |||||||||||| |  ||||| |||||||    
T  1504287 atgaaaggaaaattagtgaccatttctgtaggaagaaatgcatagacccctggcaaggtctttcccctgtaaagcctctcctgatttgggaatgccaatg 1504188  T
Q  329 tcacaacacactcttccacacccattctcctttccacaacgttctccaacttgacaggaaacttttgcttccacatgtagtagctgcattcctgttcgtc 428  Q
    ||||||| ||||| || ||| || || | ||||| || |  || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   || |    
T  1504187 tcacaacccactcctcgacatccttttttctttcgactaaattttccaacctgaccggaaacttttgcttccacatgtagtagctgcattccttcccggc 1504088  T
Q  429 attattgttttcccccgcagataaatggattgtgtaagattcagcatccatgtttctccttgtctcaaagttgatctcgcttgaaatagatac 521  Q
     | | | |||||| | || || | ||||| ||||||||| |||||||  |||||| |||| ||| |||| || ||||||||||||||||||||    
T  1504087 ttcactattttcctcggcggagagatggagtgtgtaagactcagcattaatgtttttcctagtcacaaaattaatctcgcttgaaatagatac 1503995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University