View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9621_high_3 (Length: 498)

Name: NF9621_high_3
Description: NF9621
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9621_high_3
NF9621_high_3
[»] chr3 (34 HSPs)
chr3 (1-481)||(10034445-10034925)
chr3 (1-481)||(9841300-9841780)
chr3 (1-481)||(10519927-10520407)
chr3 (1-481)||(10129367-10129844)
chr3 (1-481)||(10263143-10263623)
chr3 (1-481)||(10360948-10361428)
chr3 (1-481)||(10431188-10431668)
chr3 (1-481)||(10665908-10666388)
chr3 (1-479)||(10372989-10373467)
chr3 (1-479)||(9852183-9852661)
chr3 (1-481)||(10091236-10091710)
chr3 (1-481)||(10198118-10198592)
chr3 (1-482)||(10503023-10503504)
chr3 (1-481)||(11771676-11772156)
chr3 (1-481)||(11779129-11779609)
chr3 (1-319)||(9980070-9980388)
chr3 (1-339)||(10583097-10583435)
chr3 (164-481)||(10531103-10531420)
chr3 (215-481)||(13852822-13853088)
chr3 (215-481)||(10679902-10680167)
chr3 (4-137)||(10192882-10193015)
chr3 (4-137)||(10085962-10086095)
chr3 (235-452)||(10192652-10192863)
chr3 (1-143)||(10531561-10531703)
chr3 (235-452)||(10085732-10085943)
chr3 (1-143)||(10680359-10680501)
chr3 (1-110)||(13852590-13852699)
chr3 (440-481)||(10583053-10583094)
chr3 (1-124)||(13163782-13163905)
chr3 (1-124)||(13173830-13173953)
chr3 (1-124)||(13346909-13347032)
chr3 (1-47)||(10892194-10892240)
chr3 (1-29)||(11128164-11128192)
chr3 (1-29)||(11157155-11157183)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (1-481)||(54749-55229)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-475)||(26909336-26909810)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-481)||(11487471-11487951)
chr8 (219-472)||(44955024-44955277)
chr8 (1-90)||(44954806-44954896)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-266)||(17850070-17850338)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (1-124)||(143083-143206)
scaffold0002 (1-124)||(133035-133158)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 34)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10034925 - 10034445
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034925 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcatcgaaatccctgatatatagatacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 10034826  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10034825 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaatactcaagttggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggctttgttctt 10034726  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034725 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 10034626  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10034625 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggattcgatatgaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctga 10034526  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||    |||   ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034525 aatataaatggaaaccagactcctacaattccatatctgaagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 10034445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 9841780 - 9841300
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9841780 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatccctgatatttagagacacaagggagatgggtagcaacgactcctt 9841681  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  |||  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || |  |||  |||| ||    
T  9841680 catcaaggtgttaaatatatcatcacccttatcaattcgcaagtaggaaagtgccgtcaaatattggtgaccccattccgtaaccggcggtgctgttttt 9841581  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    ||||  ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9841580 tgggtagaaatagcaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacatttcaagagctgtga 9841481  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||    
T  9841480 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggattcgattataagtgattcgaggctcgacgacagaggtgaagacctttctga 9841381  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9841380 aatataaatggaatctagactcctacaatcaagtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgggaaggatgt 9841300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10520407 - 10519927
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10520407 gagaggagaggtgacgaagcccttttccatcaaaggacttcatttcagagagatccctgatagttagagtcacaagggagatgggtagcaatgactcctt 10520308  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||| ||    
T  10520307 catcaaggtgttaaatatatcatcaccctttacaatacccaagtcggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttt 10520208  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    ||||  |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  10520207 tgggtagaaatcttaattgattgcaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctacacaatctagagtcaacctttcaagagctgtga 10520108  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10520107 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcaggggatatgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctga 10520008  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| ||||||||||||||||||| || |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10520007 aatataaatggaatccagactcctgcactcacatatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgt 10519927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10129844 - 10129367
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129844 gagagaagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcatcgaaatccctgatatatagatacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 10129745  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||   ||||| || ||||||| ||| ||||||||||| || ||||  |||  |||||||    
T  10129744 catcaaggtgttaactatatcatcaccctttccaatactcaatcttgaaagagcggtcaaatcttgaagaccccattctgtcacaggcggtgctgttctt 10129645  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    | |||    |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129644 ttggactgtatctcaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 10129545  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||| ||||   ||||||||||||||||  ||||||||    
T  10129544 gcatgtcaatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatatgatataaagtgatttgagg---gacgaccgaggtgaagacctttctga 10129448  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10129447 aatataaatggaatccagactcctacaattatgtatggtaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 10129367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10263623 - 10263143
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  || |   ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10263623 gagaggagaggtgttgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatcaaagacacgtagatacaaaagggagatgggtagcaatgactcctt 10263524  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||| ||||| ||    
T  10263523 catcaaggtgttaaatatatcatcacccttttgaatagtcaagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgttgttttt 10263424  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    ||||  ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||    
T  10263423 tgggtagaaatctcaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcagaaaatgacaactctgcacatgttagaaacaacctttcaagagcggtga 10263324  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  10263323 gcatttccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatttgatagtaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctaa 10263224  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| | || ||||  |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10263223 aatataaatggaatccagacttctacacttatatatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgt 10263143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 10360948 - 10361428
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10360948 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatgatggatttccagagacacaagggagacgggtagcaatgactcctt 10361047  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||   ||  |||||||    
T  10361048 catcaaggtgttaactatatcatcaccctttccaatacccaagttggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattctgtcacaggcagtgctgttctt 10361147  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    | |||    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || | |||| |||||| ||||||||| |  |    
T  10361148 ttggactgtatcataattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaacgacaactctggccaatctagagtcaaccgttcaagagcggcaa 10361247  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10361248 gcgtgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatatgattataagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctga 10361347  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10361348 aatataaatggaatccagactcctacaatcacgtatggtaagtgttcggagcgcagggaaaccatcgagtggaaaggatgt 10361428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 10431188 - 10431668
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10431188 gagaggagaggtgtcgcagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatcagtgatatatagatacacaagggagatgggtagcaacgactcctt 10431287  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||  || |||||    
T  10431288 catcaaggtgttaaatatatcatcacccttttgaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggagttattctt 10431387  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
     | ||||||| |  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||| | || |||| |||||||||| ||||    
T  10431388 cgagatgaaaaccaaattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacagcttttgacatttcatatgcaacttttcaagagcggtga 10431487  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10431488 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaataatgggatctgatataaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaagacctttctga 10431587  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||| |  ||||  ||||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10431588 aatataaatggaatccagacttctgcaattaaatatgtcaagtaattggagggcagggaaaccatcgagtggaaaggatgt 10431668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10666388 - 10665908
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  |    |||| |  |||     |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  10666388 gagaggagaggtgtagaagcccatttccattaaaggacttcaaattgcagagagctctgaacgttagagacacaagggatatgggtagcaacgactcctt 10666289  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  ||  || |||||    
T  10666288 catcaaggtgttaaatatatcatcacccttttcaatactcaagtaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggagttattctt 10666189  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    || |||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  10666188 tgagatgaaatcacaattgtttgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactgtgcacatcttagaatcaacttttcaagagcagtga 10666089  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||| ||  ||||||||||||| |    
T  10666088 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatcacaagttcttcgagtctcgacgactgacatgaaggactttctaa 10665989  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10665988 aatacaaatggaaaccagactcctacaattctgtatccaaagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 10665908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 479
Target Start/End: Original strand, 10372989 - 10373467
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||   |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10372989 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagataattgatacgtagatgcacaagggagatgggtagcaacgactcctt 10373088  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||  |||  ||||    || || ||||| | || |||||||||||||||||| || |  ||| || |||||    
T  10373089 catcaaggtgttaactatatcatcatcctttctaatactcaagcttgacagagctgttagatcttggagaccccattccgtaaccggcggtgttattctt 10373188  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
     | |||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   | | |||||||||||||||| ||||    
T  10373189 cgagatgaaatccaaattgattgtaatttgagaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctcgacatcccaaactcaacctttcaagagcggtga 10373288  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373289 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaagcatgggagaagatctgaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 10373388  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggat 479  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  10373389 aatacaaatggaatccagattcctacaattcagtatcataagtgtttggaggacagggaaaccatcaagtggaaaggat 10373467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 9852661 - 9852183
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9852661 gagagaagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagaaccatgatatttagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 9852562  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||| ||    
T  9852561 catcaaggtgttaaatatatcatcaccctttacaatccacaatgatgaaagagctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttt 9852462  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    | ||  ||||||  ||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||| | || |||   ||||||||| ||||    
T  9852461 ttggtagaaatcacaattgttcttaatttgggaggtagacaaactccttcagaaaatgacaacttttggcatttcatatgcaaatcttcaagagcggtga 9852362  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||| |||||| ||||||||||||||||  |||||| |    
T  9852361 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaattatgggatttgatccgaagtgattggaggcttgacgaccgaggtgaagacctttctaa 9852262  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggat 479  Q
    |||| |||||||||||||||| || |||||||  |||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  9852261 aatataaatggaatccagacttctccaatcatcaatgtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcgagtggaaaggat 9852183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10091710 - 10091236
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||         ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  10091710 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatcttatagagatc---------cagagacacaagggagatgggtagcaacgactccgt 10091620  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    || |||| |||||||||||||| |  ||| || |||  |||||  |||||| |  || | || |||||||||||||||||| || |  ||| || || ||    
T  10091619 caccaagttgttaactatatcacctgcctctttaatcatcaattcggaaagagtggttagatcttggagaccccattccgtaaccggcggtgttattttt 10091520  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgc---acattttagattcaacctttcaagagctg 297  Q
    | |||  ||||   |||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||||| |||  |||| | ||||| || |    
T  10091519 ttggaaaaaataacaatcttttgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaacactcctcgacatttcagaaacaacttctcaagggcgg 10091420  T
Q  298 tgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttc 397  Q
    |||||  || ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||   ||||    
T  10091419 tgagcgagttcatctgaagcttgactttaaacaattcaattgaatcatgggatctgatctcaagatattggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttc 10091320  T
Q  398 tgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    | ||| |  ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10091319 taaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 10091236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10198592 - 10198118
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||         ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  10198592 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatcttatagagatc---------cagagacacaagggagatgggtagcaacgactccgt 10198502  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    || |||| |||||||||||||| |  ||| || |||  |||||  |||||| |  || | || |||||||||||||||||| || |  ||| || || ||    
T  10198501 caccaagttgttaactatatcacctgcctctttaatcatcaattcggaaagagtggttagatcttggagaccccattccgtaaccggcggtgttattttt 10198402  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgc---acattttagattcaacctttcaagagctg 297  Q
    | |||  ||||   |||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |   |||||| |||  |||| | ||||| || |    
T  10198401 ttggaaaaaataacaatcttttgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaacagtcctcgacatttcagaaacaacttctcaagggcgg 10198302  T
Q  298 tgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttc 397  Q
    |||||  || ||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||   ||||    
T  10198301 tgagcgcgttcatctgaagcttgactttaaacaattcaattgaatcatgggatctgatctcaagatattggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttc 10198202  T
Q  398 tgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    | ||| |  ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10198201 taaaacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 10198118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 10503504 - 10503023
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||  ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10503504 gagaggagatttgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcatagagatcactgatatatagagatgcaagggagatgggaagcaacgactcctt 10503405  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||   | ||||| ||| |   ||||| || |||| || ||  |||||||||| | ||| ||  | | ||||||||    
T  10503404 catcaaggtgttaaatatatcatcacctgctccaattttcagtcttgaaagagcggtcagatcttcaagaccccatttcattataggagttgttgttctt 10503305  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    |||||  ||||   ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||   ||| |  |  | ||||  ||||||||| ||||    
T  10503304 tgggaccaaatatcaattgattgtaatttgggaggaagacaaactccttcacaaaatgataactcctgacaatccaagtccaactcttcaagagccgtga 10503205  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    || ||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||  ||| | |||||||| |||||||||  |  |  || ||||||||| | |    
T  10503204 gcgtgttcatctgaagcttgacttcaaatgattcaactgaatcatgggattggatatgaagtgattggaggctcgaatattggtgtaaaggactttttaa 10503105  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtt 482  Q
    | || |||||||||||| | ||||||| | |   ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10503104 agtaaaaatggaatccaaattcctacagttactaatgttaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgtt 10503023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 11772156 - 11771676
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||  |||   |||||||||||| || |||||  |||| ||    
T  11772156 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaagacttcatttcatagagatcaatgatagacaggtccacaagggagataggcagcaacaactcttt 11772057  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||| | ||||||| |||| | ||| ||||   ||||   ||||| |  ||    | ||||||||||||||| || || | |||| ||||| ||    
T  11772056 catcaaggtggtgactatattatcatcatttccaataaccaatttcgaaagagtggtttggttttggagaccccattctgtaactggtggtgttgttatt 11771957  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    |||||  || ||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || |    || |||  |||| | |||||||| || |    
T  11771956 tgggaaaaactcacaattgattgtaagttgggaggtagacaaactccttcacaaaatgaaaacactccttgattcagaaacaacttctcaagagcggtaa 11771857  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    ||  || ||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||   ||||| |    
T  11771856 gcgagttcatccgaagcttgactttaaacaattcaattgaatcatgggatctgatctcaagatattggaggctcgaggaccgaggtgaagacatttctaa 11771757  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    || |  ||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11771756 aacattaatggaatccagactactacaaccatctatggtaagtgatttgagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 11771676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 11779129 - 11779609
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||  |||   |||||||||||| ||||||||  | |||||    
T  11779129 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcgaaggacttcatttcatagagatcaatgatagacaggtccacaagggagataggtagcaacaaatcctt 11779228  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||| | ||||||| |||| | ||| ||||   || |   ||||| |  ||    | ||||||||||||||| || || | |||| ||||| ||    
T  11779229 catcaaggtggtgactatattatcatcatttccaataaccagttctgaaagagtggtttggttttggagaccccattctgtaactggtggtgttgttatt 11779328  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    |||||  || ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||| || |    || |||  |||| | |||||||| ||||    
T  11779329 tgggaaaaactcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaactctttcacaaaatgaaaacactccttgattcagaaacaacttctcaagagcagtga 11779428  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    ||  || ||||  ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||   |  ||||||||||||| ||||||||||  ||||| |    
T  11779429 gcgagttcatccgaagcttgactttaaacaattcaattaaatcatgggatctgatttcaagatgtcggaggctcgacgactgaggtgaaggtgtttctaa 11779528  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||  || |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||    
T  11779529 aatataaatggaatccagactcctacaatcacttaagtcaagtgtttggagcacagggaaaccatcaagtgggaaggatgt 11779609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 9980388 - 9980070
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9980388 gagaggagaggtgtcgcagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatcacagatacgtagatgcacaagggagatgggtagcaatgactcctt 9980289  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||   | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||| ||    
T  9980288 catcaaggtgttaaatatatcatcaccctttacaattctcaagtcgaaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttt 9980189  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    | ||  ||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||| | || |||  ||||||| || | ||    
T  9980188 ttggtagaaatcacaattgattgtaatttgagaggtagacaaactccttcagaaaatgacaacttttggcatttcatatgcaaattttcaagggcggaga 9980089  T
Q  301 gcatgtccatcttaagctt 319  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  9980088 gcatttccatcttaagctt 9980070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 10583435 - 10583097
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    |||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10583435 gagaggagaggtgtcgcagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagattccagatatatagatacacaagggagatgggtagcaacgactcctt 10583336  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||  || |    ||||| ||||| | || || ||||||||||||||| || |  |||  |||| ||    
T  10583335 catcaaggtgttaaatatatcatcatcctttccaatactccagcttgaaagagctgttagatctttgagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttt 10583236  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    ||||   |||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||| | || |||  |||||||||| ||||    
T  10583235 tgggtaaaaatcacaattgatcgtaatttgagaggtagacaaactccttcagaaaatgacaacttttggcatttcatatgcaaattttcaagagcggtga 10583136  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattg 339  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10583135 gcatttccatcttaaacttgacttcaaataattcaattg 10583097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 164 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10531420 - 10531103
Alignment:
Q  164 ttggagaccccattccgttacagatggttttgttctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaac 263  Q
    ||||||||||||||| |||||||  ||  ||| ||||||| | || |||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  10531420 ttggagaccccattctgttacaggcggcgttgctctttggaaagatatcacaattgattgtaatttgggaggtagacaaattccttcacaaaataacaac 10531321  T
Q  264 tctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtg 363  Q
    || | ||| | |||| ||||   ||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||| |||| | |||||    
T  10531320 tcgggacaatctagagtcaattgttcaagagcagtgagcgtgtccatccgaagcttgactttaagcaatccaattgaatcatgggatttgattttaagtg 10531221  T
Q  364 attcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaacc 463  Q
    ||  |||||| || |||||| ||| |||||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||  |   |||  |||| || |||| |||||||||||    
T  10531220 atcggaggcttgatgaccgacgtggaggactttctgaaataaaaaccgaatccatactcctacaaaaacaaatgtaaagtattcggagtgcagggaaacc 10531121  T
Q  464 atcaagtggaaaggatgt 481  Q
    ||||||| | ||||||||    
T  10531120 atcaagttggaaggatgt 10531103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 215 - 481
Target Start/End: Original strand, 13852822 - 13853088
Alignment:
Q  215 aattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatctta 314  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |  | ||||| ||||||||| || ||| ||||||||  |    
T  13852822 aattgattgtaatttaggaggtagacaaactccttcacaaaatgacaactctcgacattccaagtccaaccgttcaagagcggtaagcgtgtccatccga 13852921  T
Q  315 agcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaat 414  Q
    ||||| |||| || | || ||||||| ||||||||| ||||  |||||| || ||| || ||||  |||  || |||||||||| |||||  ||||||||    
T  13852922 agcttcactttaagtgatccaattgagtcatgggatttgattacaagtgtttggagtcttgacggtcgacttggaggactttctaaaatattaatggaat 13853021  T
Q  415 ccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    ||||| ||||||| |||  |||   |||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  13853022 ccagattcctacactcacttatccgaagtctttggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgt 13853088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 215 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10680167 - 10679902
Alignment:
Q  215 aattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatctta 314  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| | |||| || |   ||||||||| |||||| ||||||||  |    
T  10680167 aattgattgtaatttgggaggtagacaaactccttcacaaa-taacaactctggacaatctagagtctattgttcaagagcagtgagcgtgtccatccga 10680069  T
Q  315 agcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaat 414  Q
    |||||||||| ||  | | ||||||||||||| ||| |||| | |||||||| ||||||  ||||  || |||| ||||||||||||||| |||  ||||    
T  10680068 agcttgactttaagcagtccaattgaatcatgtgatttgattttaagtgattggaggcttaacgattgatgtgatggactttctgaaataaaaactgaat 10679969  T
Q  415 ccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    ||| ||||||||||  |   |||  |||| || |||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  10679968 ccatactcctacaaaaacaaatgtaaagtattcggagtgcagggaaaccatcaagttggaaggatgt 10679902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 10193015 - 10192882
Alignment:
Q  4 aggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactccttcat 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| || |     
T  10193015 aggagaggtgttgaagcccatttccatcaaaggacttcatgttatagagatcaccaatattcagagacacaagggagatgggtagcaacggctcttttac 10192916  T
Q  104 caaggtgttaactatatcatcacccttttcaatt 137  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  10192915 caaggtgttaactatatcaccatccttttcaatt 10192882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 10086095 - 10085962
Alignment:
Q  4 aggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactccttcat 103  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||   |||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||| || |     
T  10086095 aggagaggtgttgaagcccatttccatcaaaggacttcatgttatagagatcaccaatattcagagacacaagggagatggttagcaacggctcttttac 10085996  T
Q  104 caaggtgttaactatatcatcacccttttcaatt 137  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  10085995 caaggtgttaactatatcaccatccttttcaatt 10085962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 235 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 10192863 - 10192652
Alignment:
Q  235 gtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattc 334  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || | |  | ||  ||||||||| |||||| |      |||||||||||||| ||| ||| |    
T  10192863 gtaggcaaactccttcacaaaatgacaactctccacaattcaaagcccactgttcaagagcagtgagcgt------cttaagcttgactttaaacaatcc 10192770  T
Q  335 aattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgt 434  Q
    |||||  | ||||||| |||| | |||||| | |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| ||    
T  10192769 aattgctttatgggatttgattttaagtgactggaggcttgacgaccgacatgaaggactttctaaaataaaaatggaatccaaacacctacaatcacgt 10192670  T
Q  435 atgataagtgtttggagc 452  Q
    |||  |||||||||||||    
T  10192669 atgtcaagtgtttggagc 10192652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 10531703 - 10531561
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||  ||||| |   |||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  10531703 gagaggagaggtgtcgaagtccatttccttcaaatgactttatttcagagagatgaccaatagatagagacacaagggagatgggaagcaatgactcgtt 10531604  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaat 143  Q
    || || ||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  10531603 cagcacggtgttaactatatcatcaaccgttccaactgtcaat 10531561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 235 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 10085943 - 10085732
Alignment:
Q  235 gtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattc 334  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  | | |  | ||  ||||||||| |||||      | ||||||||||||||| ||| ||| |    
T  10085943 gtaggcaaactccttcacaaaatgacaactctccacaagtcaaagcccactgttcaagagcagtgag------cgtcttaagcttgactttaaacaatcc 10085850  T
Q  335 aattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccagactcctacaatcatgt 434  Q
    |||||  | ||||||| |||| | |||||  | |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||||| ||    
T  10085849 aattgctttatgggatttgattttaagtggctggaggcttgacgaccgacatgaaggactttctaaaataaaaatggaatccaaacacctacaatcacgt 10085750  T
Q  435 atgataagtgtttggagc 452  Q
    |||  |||||||||||||    
T  10085749 atgtcaagtgtttggagc 10085732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 10680501 - 10680359
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| ||||||  ||||| |   |||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  10680501 gagaggagaggtgtcgaagtccatttccttcaagtgactttatttcagagagatgaccaatagatagagacacaagggagatgggaagcaatgactcgtt 10680402  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaat 143  Q
    || || ||||||||||||||||||| || || ||| |||||||    
T  10680401 cagcacggtgttaactatatcatcaaccgttccaactgtcaat 10680359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 110
Target Start/End: Original strand, 13852590 - 13852699
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||  ||||     ||||  |||||||| |||||||||||||| |||   ||||||    
T  13852590 gagaggagagatgtcgaagcccatttccatcgaaagacttcatttcagagagactgccgataaacagagacaaaagggagatgggtatcaacagctcctt 13852689  T
Q  101 catcaaggtg 110  Q
    ||||||||||    
T  13852690 catcaaggtg 13852699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 440 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 10583094 - 10583053
Alignment:
Q  440 aagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10583094 aagtgttcggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 10583053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 13163905 - 13163782
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||  ||||| |   |||| || ||||||||| || || || |||||   ||||||    
T  13163905 gagaggataggtgtcggagtccatttccatcaaaggattttatttcacagagattagaaatatacaaagacacaagtgaaattggcagcaaccgctcctt 13163806  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatc 124  Q
    || |||||||||||| ||||||||    
T  13163805 cagcaaggtgttaacaatatcatc 13163782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 13173953 - 13173830
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||| || ||||||  ||||| |   |||| || ||||||||| || || || |||||   ||||||    
T  13173953 gagaggataggtgtcggagtccatttccatcaatggattttatttcacagagattagaaatatacaaagacacaagtgaaattggcagcaaccgctcctt 13173854  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatc 124  Q
    || |||||||||||| ||||||||    
T  13173853 cagcaaggtgttaacaatatcatc 13173830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 13347032 - 13346909
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| |  ||||||  ||||| |   ||||||| ||||||||| || || || |||||   ||||||    
T  13347032 gagaggataggtgtccgagtccatttccatcaaaggattgtatttcacagagattagaaatatccaaagacacaagtgaaattggcagcaaccgctcctt 13346933  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatc 124  Q
    || |||||||||||| ||||||||    
T  13346932 cagcaaggtgttaacaatatcatc 13346909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 47
Target Start/End: Complemental strand, 10892240 - 10892194
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttca 47  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||    
T  10892240 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccacctaagcatttcatttca 10892194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 29
Target Start/End: Original strand, 11128164 - 11128192
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttcca 29  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11128164 gagaggagaggtgtcgaagcccatttcca 11128192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 29
Target Start/End: Original strand, 11157155 - 11157183
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttcca 29  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  11157155 gagaggagaggtgtcgaagcccatttcca 11157183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Original strand, 54749 - 55229
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||   |||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54749 gagaggagaggtgtcgcagcccatttccatcaaaggacttcatttcagagagatcacagatacgtagatgcacaagggagatgggtagcaatgactcctt 54848  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||   ||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||  |||| ||    
T  54849 catcaaggtgttaaatatatcatcaccctttacaatacacaaaaaaaaaagagctgtcaaatattggagaccccattccgtaaccggcggtgctgttttt 54948  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    | ||  ||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||| | || |||  ||||||| || | ||    
T  54949 ttggtagaaatcacaattgattgtaatttgagaggtagacaaactccttcagaaaatgacaacttttggcatttcatatgcaaattttcaagggcggaga 55048  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55049 gcatttccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaataacaggattcgattataagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 55148  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||   |  ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  55149 aatacaaatggaaaccagactcctacatctacttatgtcaagtgtttggagggcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 55229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 26909810 - 26909336
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| |  ||||| ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  26909810 gagaggagaggcgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcatagagatccatgatttgtagagaaacaagggagatgggtagcaacaactcctt 26909711  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| | |||||| ||||| ||  || ||||||   ||||| |  || | || |||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||| ||    
T  26909710 catcaaggtgttaaatgtatcatgaccctctttgatagtcaattctgaaagagtggttagatcttggagacaccattccgtaacagacggtgttgttatt 26909611  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    || ||  |||    |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |  |||| ||||  ||||||| ||||||    
T  26909610 tgagaccaaaggtcaattgattgtaagttgggaggtagacaaacaccttcacaaaatgacaactctcgacagtccagatacaactgttcaagatctgtga 26909511  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    || ||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||| |||| |||| |||||||| |||||||    
T  26909510 gcgtgtccatccgaagcttcactttaaataattcaattgaatcatgggatttgattttaagtgattcaaggcttgacggccgatgtgaaggagtttctga 26909411  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaa 475  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||| |  ||  ||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  26909410 aatataaatggaatccacactcctacaatcgtaaattttaagactttggagagcagggaaaccatcaagcggaaa 26909336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 157; Significance: 3e-83; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 11487951 - 11487471
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||  | | ||  || ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  11487951 gagaggagaggtatcgaagcccacttccatcatagggcttcattttgtagcgacaatcgatagtcagagacacaagggagatgggtagcaacgactgctt 11487852  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatggttttgttctt 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  | |||| |||||    ||||| || |||| || || ||||||||||||||| ||||  ||  ||| ||||    
T  11487851 catcaaggtgttaagtatatcatcacccactccaatagtcaaccgtgaaagagcggtcagatctttgagaccccattccgtaacaggcggcgttgatctt 11487752  T
Q  201 tgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtga 300  Q
    |  ||  |||||  |||||||| |||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||| || |||  |||   ||||||||| ||||    
T  11487751 tccgacaaaatctcaattgattctaatttgggaggtagagaaacatcttcacaaaatgacaactctggacaattcagagacaaaacttcaagagcagtga 11487652  T
Q  301 gcatgtccatcttaagcttgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctga 400  Q
    |||||||||||  ||| ||||||| || | || ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||  |||||| ||||||| |  ||||||||||||| |    
T  11487651 gcatgtccatccgaagtttgacttgaagtgatccaattgagtcatgggatttgatttcaagagatcggaggcttgacgaccaacatgaaggactttctaa 11487552  T
Q  401 aatacaaatggaatccagactcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 481  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||   | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11487551 aataaaaatggaatccagacacctacaatcatatagttttagtctttggagcgcagggaaaccatcaagtggaaaggatgt 11487471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 219 - 472
Target Start/End: Original strand, 44955024 - 44955277
Alignment:
Q  219 gattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactctgcacattttagattcaacctttcaagagctgtgagcatgtccatcttaagct 318  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||    || ||  ||   ||||  ||||||||| || ||  | ||||||  ||| |    
T  44955024 gattgtaatttgggaggtaggcaaacaccttcacaaaatgacagcttcagactttgaagtgacaactcttcaagagcagtaagtgtatccatccgaagat 44955123  T
Q  319 tgacttcaaataattcaattgaatcatgggatctgatctcaagtgattcgaggctcgacgaccgaggtgaaggactttctgaaatacaaatggaatccag 418  Q
    |||||| || | |||||||  | ||||||||| ||||   |||||||   ||||| |||| ||||||||||||||||||  ||||  |||| ||||||||    
T  44955124 tgactttaagtgattcaataaagtcatgggatgtgattgtaagtgatcaaaggcttgacggccgaggtgaaggactttccaaaatgaaaattgaatccag 44955223  T
Q  419 actcctacaatcatgtatgataagtgtttggagcgcagggaaaccatcaagtgg 472  Q
    |||||||||| ||   ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  44955224 actcctacaaccactaatgttaagtctttggagcacagggaaaccatcaagtgg 44955277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 90
Target Start/End: Original strand, 44954806 - 44954896
Alignment:
Q  1 gagaggag-aggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagca 90  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||  |||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  44954806 gagaggagtaggtgttgaagcccatttccttgaaaggacttcatttcatccagataactgatagtcagagacacaagggagatgggtagca 44954896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 59; Significance: 9e-25; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Original strand, 17850070 - 17850338
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||  | || ||||| |  ||||  ||||||||| ||||| || || ||||| ||||||||    
T  17850070 gagaggaaagatgtcgaagtccatttccatcaaaggagttcagattatagagatgacagatagtcagagacacgagggatattgggagcaacgactcctt 17850169  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatcacccttttcaattgtcaataaggaaagtgctgtcaaatattggagaccccattccgttacagatgg---ttttgtt 197  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||   ||||| | ||||| || || |    ||||||||||||||| |||||||  ||   | |||||    
T  17850170 catcaaggtgttcactatatcatcatcctttccaagactcaatgatgaaagagcagttaggccttggagaccccattctgttacaggcggggctgttgtt 17850269  T
Q  198 ctttgggatgaaatcgtaattgattgtaatttgggaagtagacaaactccttcacaaaatgacaactct 266  Q
    ||| ||||   |||   |||||||||||| |||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  17850270 cttcgggaatgaatatcaattgattgtaacttgggaggtagggaaactcctccacaaaatgacaactct 17850338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Original strand, 143083 - 143206
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||  ||||| |   |||| || ||||||||| || || || |||||   ||||||    
T  143083 gagaggataggtgtcggagtccatttccatcaaaggattttatttcacagagattagaaatatacaaagacacaagtgaaattggcagcaaccgctcctt 143182  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatc 124  Q
    || |||||||||||| ||||||||    
T  143183 cagcaaggtgttaacaatatcatc 143206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 124
Target Start/End: Original strand, 133035 - 133158
Alignment:
Q  1 gagaggagaggtgtcgaagcccatttccatcaaaggacttcatttcattgagatcattgatatccagagacacaagggagatgggtagcaatgactcctt 100  Q
    ||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||| || ||||||  ||||| |   |||| || ||||||||| || || || |||||   ||||||    
T  133035 gagaggataggtgtcggagtccatttccatcaatggattttatttcacagagattagaaatatacaaagacacaagtgaaattggcagcaaccgctcctt 133134  T
Q  101 catcaaggtgttaactatatcatc 124  Q
    || |||||||||||| ||||||||    
T  133135 cagcaaggtgttaacaatatcatc 133158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University