View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9623_low_2 (Length: 732)

Name: NF9623_low_2
Description: NF9623
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9623_low_2
NF9623_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-726)||(23165336-23166053)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 23166053 - 23165336
Alignment:
Q  18 agtggacagttaacaaagtaagaagattattgcaaacaaaatagagttattcatttgattagatatgaccacttaatgttgcaataggttctaacataaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23166053 agtggacagttaacaaagtaagaagattattgcaaacaaaatagagttattcatttgattagatatgaccacttaatgttgcaataggttctaacataaa 23165954  T
Q  118 gatagaaatgagagaaa----ataaacataccaaaacaagcattgaagaaaaatgatatatttatgtaaaccatcattatgaagcaatattgaatcttaa 213  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23165953 gatagaaatgagagaaagaaaataaacataccaaaacaaacattgaagaaaaatgatatatttatgtaaaccatcattatggagcaatattgaatcttaa 23165854  T
Q  214 ttcactatcaatggacatttctggtataagaaatgaaaaagatgtatagttttatccaagttaaaaccacttttaatgtgaacggtcacttatatctgat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23165853 ttcactatcaatggacatttctggtataagaaatgaaaaagatgtatagttttatccaagttaaaaccacttttaatttgaacggtcacttatatctgat 23165754  T
Q  314 tggtataagaggcactctggtaattttgtgattattctcatagtcaaaataggatgacttcagagttttttctacaaatagatg-----ttgttgtgcag 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||     
T  23165753 tggtataagaggcactctggtaattatgtgattattctcatagtcaaaataggatgacttcagagttttttctacaaatagatgaattgttgttgtgcac 23165654  T
Q  409 aacaaaaatcagtagacagatagggtaagtacctgttcaacacttaaacgatcaagtcatttttggtcttaaaataatagtataggacaatggatgtaac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23165653 aacaaaaatcagtagacagatagggtaagtacctgttcaacacttaaacaatcaagtcatttttggtcttaaaataatagtatagaacaatggatgtaac 23165554  T
Q  509 tatgagagcatataagtcctccgtatatagatgacagattgaacctagtgacatcgtggtcattttcagctgaactccactatctgtatgacatggtagg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165553 tatgagagcatataagtcctccgtatatagatgacagattgaacctagtgacatcgtggtcattttcggctgaactccactatctgtatgacatggtagg 23165454  T
Q  609 gctggaagatgtaactagaatatagggatgtgcatgaaaggaatgacttctgaggggaatatcacagaacattttagaggaacgtttacaaatagtgcaa 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23165453 gctggaagatgtaactagaatatagggatgtgcatgaaaggaatgacttctgaggggaatatcacagaacgttttagaggaacgtttacaaatagtgcaa 23165354  T
Q  709 ggtatgtttctgtgctgc 726  Q
    ||||||||||||||||||    
T  23165353 ggtatgtttctgtgctgc 23165336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University