View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9628_low_38 (Length: 245)

Name: NF9628_low_38
Description: NF9628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9628_low_38
NF9628_low_38
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (17-230)||(1505522-1505735)
chr5 (22-230)||(1492718-1492926)
chr5 (23-227)||(1482744-1482948)
chr5 (23-227)||(1478550-1478754)
chr5 (43-230)||(1487241-1487428)
chr5 (46-221)||(1499814-1499989)
chr5 (61-224)||(1509712-1509865)
chr5 (67-143)||(1496087-1496163)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (23-230)||(46706352-46706559)
chr7 (24-230)||(5310949-5311155)
chr7 (17-230)||(5289061-5289274)
chr7 (24-230)||(5315663-5315869)
chr7 (24-230)||(5284860-5285066)
chr7 (24-230)||(5303048-5303254)
chr7 (172-230)||(32530372-32530430)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-230)||(44133324-44133537)
chr1 (17-230)||(44141746-44141959)
chr1 (17-230)||(44129119-44129332)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (23-227)||(24163157-24163361)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (61-227)||(37858731-37858897)
chr3 (67-209)||(37862775-37862917)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (70-230)||(35251409-35251569)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Original strand, 1505522 - 1505735
Alignment:
Q  17 acatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttaga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1505522 acatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggccctgcaattttaga 1505621  T
Q  117 tcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505622 tcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgttt 1505721  T
Q  217 atcttagatgaaat 230  Q
    ||||||||||||||    
T  1505722 atcttagatgaaat 1505735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 230
Target Start/End: Original strand, 1492718 - 1492926
Alignment:
Q  22 aataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaag 121  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1492718 aataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattttagaccaag 1492817  T
Q  122 tagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatctt 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1492818 tagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatgagagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatctt 1492917  T
Q  222 agatgaaat 230  Q
     ||||||||    
T  1492918 ggatgaaat 1492926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 227
Target Start/End: Original strand, 1482744 - 1482948
Alignment:
Q  23 ataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagt 122  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||    ||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||| |||||| | ||||||||    
T  1482744 ataaagcattgatcgatgctttccaaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagt 1482843  T
Q  123 agagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatctta 222  Q
     || |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1482844 tgaacaaaagttaggcttaaaacctgaaaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattgtttatctta 1482943  T
Q  223 gatga 227  Q
    |||||    
T  1482944 gatga 1482948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 227
Target Start/End: Original strand, 1478550 - 1478754
Alignment:
Q  23 ataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagt 122  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||    | ||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||| |||||    
T  1478550 ataaagcattggtcgaggctttccaaccattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcacccaggtggacccgcaattctagaccaagt 1478649  T
Q  123 agagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatctta 222  Q
     ||  ||||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||     
T  1478650 tgaagaaaagttaggcttaaaacctgaaaaaatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagcgcatgtgtattgttcatcttg 1478749  T
Q  223 gatga 227  Q
    |||||    
T  1478750 gatga 1478754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 43 - 230
Target Start/End: Original strand, 1487241 - 1487428
Alignment:
Q  43 ttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaa 142  Q
    ||||||||||||||  | ||||| |||||  |||| || |||||||  ||||| || |||||||||||||| || || || || ||||||||||| || |    
T  1487241 ttccaaccattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattgtccacccaggcggacctgcaattttggaccatgttgaacaaaagttagctttga 1487340  T
Q  143 agcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaat 230  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||    
T  1487341 aaccggaaaagatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcttgtgtattgtttatattggatgaaat 1487428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 46 - 221
Target Start/End: Original strand, 1499814 - 1499989
Alignment:
Q  46 caaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagc 145  Q
    |||||||||||| | ||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||| ||      
T  1499814 caaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagttaggcttgaaag 1499913  T
Q  146 ctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatctt 221  Q
    |||||||| |||  | |  ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| |||||    
T  1499914 ctgaaaagttgagggtcgttagggaagtgcttagtgaatatggtaatatgtctagtgcatctgtattgttcatctt 1499989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 61 - 224
Target Start/End: Original strand, 1509712 - 1509865
Alignment:
Q  61 tctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaag 160  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| | |||| | |||||| | || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  1509712 tctgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattgaccaagttgagcaaaaattagccttaaaacctgaaa-gatgaagg 1509810  T
Q  161 ccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttaga 224  Q
    | | |         |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  1509811 caatt---------cttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttaga 1509865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 143
Target Start/End: Original strand, 1496087 - 1496163
Alignment:
Q  67 tacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaa 143  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  1496087 tacaacccaatcttctggattgctcatccgagtggacctgcaattatagatcaagttgagcacaagttaggcttaaa 1496163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 23 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 46706559 - 46706352
Alignment:
Q  23 ataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagt 122  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46706559 ataaagcattagttgaggctttccaaccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagt 46706460  T
Q  123 agagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatctta 222  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46706459 agagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgagagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatctta 46706360  T
Q  223 gatgaaat 230  Q
    ||||||||    
T  46706359 gatgaaat 46706352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 24 - 230
Target Start/End: Original strand, 5310949 - 5311155
Alignment:
Q  24 taaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagta 123  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  5310949 taaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagta 5311048  T
Q  124 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5311049 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 5311148  T
Q  224 atgaaat 230  Q
    |||||||    
T  5311149 atgaaat 5311155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 5289274 - 5289061
Alignment:
Q  17 acatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttaga 116  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||| | ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  5289274 acatcactaaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctaga 5289175  T
Q  117 tcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgttt 216  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289174 tcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgttt 5289075  T
Q  217 atcttagatgaaat 230  Q
    ||||||||||||||    
T  5289074 atcttagatgaaat 5289061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 24 - 230
Target Start/End: Original strand, 5315663 - 5315869
Alignment:
Q  24 taaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagta 123  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||     
T  5315663 taaagcattggttgaggctttcgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtg 5315762  T
Q  124 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5315763 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcgtgtgttttgtttatcttag 5315862  T
Q  224 atgaaat 230  Q
    |||||||    
T  5315863 atgaaat 5315869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 24 - 230
Target Start/End: Original strand, 5284860 - 5285066
Alignment:
Q  24 taaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagta 123  Q
    ||||||||||||||| |||||  | ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  5284860 taaagcattggttgaggcttttgagccattgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagta 5284959  T
Q  124 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5284960 gagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgaatgcaaccagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttgg 5285059  T
Q  224 atgaaat 230  Q
    |||||||    
T  5285060 atgaaat 5285066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 24 - 230
Target Start/End: Original strand, 5303048 - 5303254
Alignment:
Q  24 taaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagta 123  Q
    ||||||||||||||| |||||  | ||| | ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  5303048 taaagcattggttgacgcttttgagccactgggaatttctgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagta 5303147  T
Q  124 gagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 223  Q
    |||||||||||| | || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5303148 gagcaaaagttatcattgaagcctgaaaagatgaatgcaactagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttag 5303247  T
Q  224 atgaaat 230  Q
    |||||||    
T  5303248 atgaaat 5303254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 172 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 32530430 - 32530372
Alignment:
Q  172 gtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaat 230  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  32530430 gtgcttagtgaatatggaaatatgtcgagtgcttgtgttttgtttattttggatgaaat 32530372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 170; Significance: 2e-91; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Original strand, 44133324 - 44133537
Alignment:
Q  17 acatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttaga 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44133324 acatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctaga 44133423  T
Q  117 tcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgttt 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44133424 tcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgttt 44133523  T
Q  217 atcttagatgaaat 230  Q
    ||||||||||||||    
T  44133524 atcttagatgaaat 44133537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Original strand, 44141746 - 44141959
Alignment:
Q  17 acatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttaga 116  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44141746 acatcaataaagcattggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctaga 44141845  T
Q  117 tcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgttt 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44141846 tcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgttt 44141945  T
Q  217 atcttagatgaaat 230  Q
    ||||||||||||||    
T  44141946 atcttagatgaaat 44141959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Original strand, 44129119 - 44129332
Alignment:
Q  17 acatcaataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttaga 116  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44129119 acatcaataaagctttggttgaggctttcgaaccattaggaatttctgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctaga 44129218  T
Q  117 tcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgttt 216  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44129219 tcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagccaccagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcttgtgttttgttt 44129318  T
Q  217 atcttagatgaaat 230  Q
    ||||||||||||||    
T  44129319 atcttagatgaaat 44129332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 23 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 24163361 - 24163157
Alignment:
Q  23 ataaagcattggttgatgctttccaaccattaggagtttctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagt 122  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||||||||||  | ||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||  || |    
T  24163361 ataaagcattgtttgaggcattccaaccattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgcaattctagacaaaat 24163262  T
Q  123 agagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatctta 222  Q
     ||| ||||||||||||| || |||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||||    
T  24163261 tgaggaaaagttagccttgaaacctgaaaagatgagtgccactagaaaaatgcttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattattcatctta 24163162  T
Q  223 gatga 227  Q
    |||||    
T  24163161 gatga 24163157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 40; Significance: 0.00000000000009; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 61 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 37858897 - 37858731
Alignment:
Q  61 tctgactacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagtaga-gcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaa 159  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| | || ||||| || || ||| | ||| |||||||| || || ||| ||    
T  37858897 tctgattacaattccatcttttggatcgcacaccctggtggaccagcaattctggaccaagtggaagccaaattaagc-ttaaagccagagaaaatgcaa 37858799  T
Q  160 gccactagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatga 227  Q
    |||||| || | |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || || ||||| |||||    
T  37858798 gccactcgacatgtgcttagcgagtatggtaacatgtcaagtgcatgtgtgttattcatcttggatga 37858731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 37862917 - 37862775
Alignment:
Q  67 tacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccacta 166  Q
    ||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||| |||||| | || ||||| || |  || |||| ||||||||| || || ||| ||||||||     
T  37862917 tacaattccatcttttggatcgcgcacccaggtggaccagcaattcttgaccaagttgaactcaaattaggcttaaagccagagaaaatgcaagccactc 37862818  T
Q  167 gagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgt 209  Q
    || | || ||||| |||||||| || ||||||||||| |||||    
T  37862817 gacatgtacttagcgaatatggtaacatgtcaagtgcgtgtgt 37862775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 70 - 230
Target Start/End: Original strand, 35251409 - 35251569
Alignment:
Q  70 aactcaatcttctggattgcacaccctggtggacctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccactagag 169  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| || ||| | || ||||| ||| | ||||||| ||| |||||||||||  || |||||||| ||     
T  35251409 aactcaatcttttggattgctcacacgggtggaccagcgattcttgaccaagttgaggacaagttaggcttgaagcctgaaaaattggaagccactcgaa 35251508  T
Q  170 aagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaat 230  Q
    | ||| | |||   ||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||    
T  35251509 atgtgttgagtagttatgggaacatgtcaagtgcttgtgtgttgttcattttagatgaaat 35251569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University