View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9630_low_4 (Length: 346)

Name: NF9630_low_4
Description: NF9630
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9630_low_4
NF9630_low_4
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-336)||(6838350-6838685)
chr3 (1-336)||(8471806-8472141)
chr3 (130-325)||(4388397-4388592)
chr3 (132-297)||(5250545-5250710)
chr3 (79-279)||(6448288-6448488)
chr3 (130-269)||(8568464-8568603)
chr3 (132-279)||(8590105-8590252)
chr3 (130-279)||(8455028-8455177)
chr3 (79-279)||(6947592-6947792)
chr3 (130-328)||(5268430-5268628)
chr3 (130-279)||(6553944-6554093)
chr3 (166-279)||(6259592-6259705)
chr3 (130-275)||(6736364-6736509)
chr3 (19-279)||(5298994-5299254)
chr3 (172-239)||(6266135-6266202)
chr3 (172-279)||(13270094-13270201)
chr3 (172-258)||(6142727-6142813)
chr3 (177-279)||(6721569-6721671)
chr3 (172-272)||(6590841-6590941)
chr3 (80-279)||(7750348-7750550)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (126-336)||(6572747-6572957)
[»] scaffold0425 (1 HSPs)
scaffold0425 (130-279)||(6983-7132)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (156-230)||(35139943-35140017)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 6838685 - 6838350
Alignment:
Q  1 caactttcctcattcagtttccagacatcatccacaacaagtagatagttcttgcttgttaatattttttgtacttgctgttggagtagatccaagtctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |||||||    
T  6838685 caactttcctcattcagtttccagacatcatccacaacaagtagatagttcttggctgttaatattttttgtagttgccgttggagtagttctaagtctt 6838586  T
Q  101 cactattttcagcagaaccaaatttcctaagaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaactt 200  Q
    | |||||| | |||||| |||| |||| ||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  6838585 cgctatttgctgcagaatcaaacttcccaatgattattttggtaagtccaataacatcaaaatacttagatacatggacccaagctttaatctcaaactt 6838486  T
Q  201 ctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattg 300  Q
    ||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  6838485 ctcttgtattctgcaatcattgtagacaagctgagcaagggtggtctttcccatcccacccaaaccaactatgctgatagttgatacttggttgccattg 6838386  T
Q  301 tccttgtctgacagcaaatagttgattatttcttct 336  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  6838385 tccttgtaagacagcaaatagttaattatttcttct 6838350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 336
Target Start/End: Original strand, 8471806 - 8472141
Alignment:
Q  1 caactttcctcattcagtttccagacatcatccacaacaagtagatagttcttgcttgttaatattttttgtacttgctgttggagtagatccaagtctt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||| | |||| ||||||||| |||||||||||    
T  8471806 caactttcctcattcagtttccagacatcatccacaacaagtagatagttcttgcccattaatatttcttgcagttgccgttggagtatatccaagtctt 8471905  T
Q  101 cactattttcagcagaaccaaatttcctaagaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaactt 200  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||     
T  8471906 cactatttgcagaagaatcaaattttctaagaattattttggtaagtgcaataacatcaaaatactcagatacatggacccaaactttaagttcaaactg 8472005  T
Q  201 ctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattg 300  Q
    ||  |  |||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  8472006 cttgtccatcctctggtcattgtagacaagctgagcaagggtggtcttccccatcccaggcaaacccactatgctgatagttgatacttggttgccattg 8472105  T
Q  301 tccttgtctgacagcaaatagttgattatttcttct 336  Q
    || ||||  || |||||||| ||||||| |||||||    
T  8472106 tcgttgtaagaaagcaaatacttgattaattcttct 8472141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 130 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 4388592 - 4388397
Alignment:
Q  130 agaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaa 229  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||   || || || | ||||||||||||||||| ||| | |||||  ||||||||||||||||| ||||    
T  4388592 agaattgctttggtaagtccaacaacatcaaaagtttctgaaacgtagacccaagctttaagttcaaaatgctctttcatcctgcggtcattgtacacaa 4388493  T
Q  230 gctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttga 325  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||| |||||| |||||  ||||  |||| ||||| ||| ||||||    
T  4388492 gctgagcaagagtggtcttacccattccaccgagacccactatgctgattattggtacttggttgccgctgtctatgtcagacagtaaaaagttga 4388397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 132 - 297
Target Start/End: Original strand, 5250545 - 5250710
Alignment:
Q  132 aattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagc 231  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||   || || |||| ||||||||||||||||| ||| | ||| || |||||| |||| |||||  |||||    
T  5250545 aattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagtttctgaaacatagacccaagctttaagttcaaaatgctcctgcatcctgtggtcgttgtacgcaagc 5250644  T
Q  232 tgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgcca 297  Q
    || ||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||||    
T  5250645 tgagcaagagtggtcttacccattccaccgagacccactatgctgattattggtacatgattgcca 5250710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 79 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 6448488 - 6448288
Alignment:
Q  79 tgttggagtagatccaagtcttcactattttcagcagaaccaaatttcctaagaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatgga 178  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || | | | ||||  ||||  | | || ||||||||||| ||||||| |||||||||||| || || |||| ||    
T  6448488 tgttggagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgactttaggattgctttggtgagtccaacaacatcaaaatattctgaaacataga 6448389  T
Q  179 cccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgat 278  Q
    |||||| |||||||| ||| | ||| | |||| ||  || |||||| |||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6448388 cccaagatttaagttcaaaatgctcctttatcatgttgtgattgtacacaagcttagcaaaagtggtcttacccatcccacccagacccactatgctgat 6448289  T
Q  279 t 279  Q
    |    
T  6448288 t 6448288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 130 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 8568603 - 8568464
Alignment:
Q  130 agaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaa 229  Q
    ||||||| |||||| ||||||| |||||||||| | || || |||||||||||||||||||||| ||| | ||  | |||| || |||||||||||||||    
T  8568603 agaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctatcttgtggtcattgtagacaa 8568504  T
Q  230 gctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccac 269  Q
    |  | ||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  8568503 gtcgagcaagggtggtcttacccatcccacctagacccac 8568464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 132 - 279
Target Start/End: Original strand, 8590105 - 8590252
Alignment:
Q  132 aattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagc 231  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||| |||| |||||| |||||||| | ||| | ||||| |||| ||  ||| ||||| ||||||    
T  8590105 aattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattcagaaacatagacccatgctttaagctcaaaatgctcttctatcttgttgtcgttgtacacaagc 8590204  T
Q  232 tgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 279  Q
    |  ||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  8590205 ttagcaagggtggttttccccatccctcctaaaccgactatgctgatt 8590252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 130 - 279
Target Start/End: Original strand, 8455028 - 8455177
Alignment:
Q  130 agaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaa 229  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||| | || || |||| |||||| |||||||||| ||| | ||| | |||| ||  ||||||||| ||||    
T  8455028 agaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgctcctttatcttgttgtcattgtacacaa 8455127  T
Q  230 gctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 279  Q
    |||  ||||| ||||| || |||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  8455128 gcttagcaagggtggttttacccatccctcctaaaccgactatgctgatt 8455177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 79 - 279
Target Start/End: Original strand, 6947592 - 6947792
Alignment:
Q  79 tgttggagtagatccaagtcttcactattttcagcagaaccaaatttcctaagaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatgga 178  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| || | | | ||||  ||||  | | |||||||||||||| ||||||| |||||||||| | || || || | ||    
T  6947592 tgttggagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacgtaga 6947691  T
Q  179 cccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgat 278  Q
    |||| | |||||| | ||| | ||| | |||| ||  ||||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  6947692 cccatgttttaaggtcaaaatgctcctctatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgctgat 6947791  T
Q  279 t 279  Q
    |    
T  6947792 t 6947792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 130 - 328
Target Start/End: Original strand, 5268430 - 5268628
Alignment:
Q  130 agaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaa 229  Q
    ||||||||||| |||||||| | | ||||||||   || || |||| |||||| |||||| ||||||| ||||| |  |||||  |||||||||| || |    
T  5268430 agaattgctttagtaagtccgagaccatcaaaaatttccgaaacatagacccaggctttatgtttaaaattctccttgatcctttggtcattgtacacga 5268529  T
Q  230 gctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttgatta 328  Q
    | || ||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||| ||| || ||||| |||||  |||| ||||| ||| | |||||||    
T  5268530 gttgagcaagggtggtcttacccattccaccgagacccactatgctgattattggtacatggttgcccttgtctatgtcagacagtaaaaaattgatta 5268628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 130 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 6554093 - 6553944
Alignment:
Q  130 agaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaa 229  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| | || || |||| |||||| |||||||||| ||| | ||  | |||| ||  ||| ||||| ||||    
T  6554093 agaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaa 6553994  T
Q  230 gctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 279  Q
    |||  ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  6553993 gcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgctgatt 6553944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 166 - 279
Target Start/End: Original strand, 6259592 - 6259705
Alignment:
Q  166 tcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaac 265  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||   || ||    
T  6259592 tcagaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaagggctgtcttacccatccccgtcagac 6259691  T
Q  266 ccactatgctgatt 279  Q
    ||||||| ||||||    
T  6259692 ccactatactgatt 6259705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 130 - 275
Target Start/End: Original strand, 6736364 - 6736509
Alignment:
Q  130 agaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaa 229  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| | || || |||| |||||| |||||||||| ||| | ||  | |||| ||  ||| ||||| ||||    
T  6736364 agaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaa 6736463  T
Q  230 gctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgct 275  Q
    |||  ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  6736464 gcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgct 6736509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 279
Target Start/End: Original strand, 5298994 - 5299254
Alignment:
Q  19 ttccagacatcatccacaacaagtagatagttcttgcttgttaatattttttgtacttgctgttggagtagatccaagtcttcactattttcagcagaac 118  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | ||||| | | |  || | ||| ||||||||||||| ||||||||||| || | | | |||      
T  5298994 ttccagacatcatccaaaacaagcagatatttctttcctgttagtctctgctgcaattgatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgccgaagagt 5299093  T
Q  119 caaatttcctaagaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtc 218  Q
     ||||  ||  | |||||||||||||||||||| ||||| ||||   || || |||| |||||| ||||| |||| |||||  |  |||||| ||  ||     
T  5299094 gaaatgaccgtaaaattgctttggtaagtccaacaacattaaaagtttccgaaacatagacccaggcttttagttcaaactgtttctgtatcatgttgtt 5299193  T
Q  219 attgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 279  Q
    |||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  5299194 attgtacacaagttgagcaagggtggtttttcccattccacctagacccactatgctgatt 5299254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 239
Target Start/End: Original strand, 6266135 - 6266202
Alignment:
Q  172 acatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaag 239  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||||| |||||    
T  6266135 acatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaag 6266202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 13270201 - 13270094
Alignment:
Q  172 acatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccacta 271  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| ||||||||   || ||||||||    
T  13270201 acatagacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgagcaagggctgtcttacccatccccatcagacccacta 13270102  T
Q  272 tgctgatt 279  Q
    | ||||||    
T  13270101 tactgatt 13270094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 172 - 258
Target Start/End: Original strand, 6142727 - 6142813
Alignment:
Q  172 acatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatccca 258  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| | ||| ||||||||| |||||||||| | || ||| ||||| || ||||| || ||||||    
T  6142727 acatggacccaagcattaagttcaaattgctcctgtatcctgtggtcattgtaaataaactgcgcaagggttgtcttacctatccca 6142813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 177 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 6721671 - 6721569
Alignment:
Q  177 gacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctg 276  Q
    ||||||||||||||||| | | | |||   ||||||| |||||||||| |||||||| ||||| || ||||| || ||||||  || ||||||||| |||    
T  6721671 gacccaagctttaagttcatattgctccactatcctgtggtcattgtaaacaagctgggcaagggttgtcttacctatcccaatcagacccactatactg 6721572  T
Q  277 att 279  Q
    |||    
T  6721571 att 6721569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 6590941 - 6590841
Alignment:
Q  172 acatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccacta 271  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| | |||  ||||| || |||| ||||| |||||| | ||||| || ||||| |||||||||  || ||||||||    
T  6590941 acatagacccaagctttaagttcaaattgctccagtatcttgtggtccttgtaaacaagccgggcaagggttgtcttacccatcccaatcatacccacta 6590842  T
Q  272 t 272  Q
    |    
T  6590841 t 6590841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 80 - 279
Target Start/End: Original strand, 7750348 - 7750550
Alignment:
Q  80 gttggagtagatccaagtcttcactat---tttcagcagaaccaaatttcctaagaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatg 176  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||   |||| | ||||  ||||| ||| |||||||||| ||| ||   || || ||||||| | || || ||||     
T  7750348 gttggagtatttccatgtcttcactatacgtttctgaagaatgaaattccctgagaattgcttgggtgagatgaacaagatcaaaagattctgaaacata 7750447  T
Q  177 gacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctg 276  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||| |||||| || |||| ||||| |||||  | ||||  || ||||| |||||||||  || ||||||||| |||    
T  7750448 gacccaagctttaagttcaaattgctcatgtatcttgtggtcgttgtaaacaagtcgggcaatggttgtcttacccatcccaatcacacccactatactg 7750547  T
Q  277 att 279  Q
    |||    
T  7750548 att 7750550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 126 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 6572957 - 6572747
Alignment:
Q  126 cctaagaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtag 225  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||| | |||||||  | |  || |||||||||||||||||||| | |||||  |  |  |||||  |||||||||||    
T  6572957 cctaagaattgttttggtgagtccaacagcatcaaatgattttgagacatggacccaagctttaaggtcaaactgtttctccatcctctggtcattgtag 6572858  T
Q  226 acaagctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattgttgatacttgcttgccattgtccttgtctgacagcaaatagttga 325  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||| |||| ||| ||||||| |||||    
T  6572857 acaagctgagcaagggtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgattattgatacttggttgtcgttgtctttgtatgaaagcaaatggttga 6572758  T
Q  326 ttatttcttct 336  Q
    |||||||||||    
T  6572757 ttatttcttct 6572747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 130 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 7132 - 6983
Alignment:
Q  130 agaattgctttggtaagtccaataacatcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaa 229  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| | || || |||| |||||| |||||||||| ||| | ||  | |||| ||  ||| ||||| ||||    
T  7132 agaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtctttgtacacaa 7033  T
Q  230 gctgtgcaagtgtggtcttccccatcccacccaaacccactatgctgatt 279  Q
    |||  ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  7032 gcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgctgatt 6983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 156 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 35140017 - 35139943
Alignment:
Q  156 atcaaaatactcagatacatggacccaagctttaagtttaaacttctcttgtatcctgcggtcattgtagacaag 230  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||  |||||||||| |||||    
T  35140017 atcaaaagattcagaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcatgtatcctatggtcattgtaaacaag 35139943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University