View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9639_low_2 (Length: 607)

Name: NF9639_low_2
Description: NF9639
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9639_low_2
NF9639_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-591)||(54948989-54949579)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (41-591)||(26355932-26356476)
chr2 (34-591)||(26347945-26348496)
chr2 (8-535)||(26332686-26333207)
chr2 (1-560)||(26338000-26338553)
chr2 (119-163)||(26324868-26324912)
chr2 (113-165)||(28315286-28315338)
chr2 (206-279)||(28315382-28315455)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 54949579 - 54948989
Alignment:
Q  1 ttttgttggaaaatcaatattgctagtatcattttggaattcaagttgagaggaatcaacccatgaacctgtcttatgatgtgagaaatagactttccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54949579 ttttgttggaaaatcaatattgctagtatcattttggaattcaagttgagaggaatcaacccatgaacctgtcttatgatgtgagaaatagactttccat 54949480  T
Q  101 aatttaccatccaaattacttacccttaatgtcacatgctcccagtcaccaacatgttcacctattctctctaatttaatatttataaaccctattttta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54949479 aatttaccatccaaattacttacccttaatgtcacatgctcccagtcaccaacatgttcacctattctctctaatttaatatttataaaccctattttta 54949380  T
Q  201 accttccaggtccattgaaagggtaaaaagtccacattgcaaaatcagtgaaggttcctccaaacattggcttaacatgtacataagattccgcactttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  54949379 accttccaggtccattgaaagggtaaaaagtccacattgcaaaatcagtgaaggttcctccaaacattggcttcacatgtacataagattccgcactttg 54949280  T
Q  301 taaattaccttgctttaccctatctttatttgcatgatcagctggtaggtctatccaataggcgcggtcatgtttaggattaggaccctgaggaaggtta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54949279 taaattaccttgctttaccctatctttatttgcatgatcagctggtaggtctatccaataggcgcggtcatgtttaggattaggaccctgaggaaggtta 54949180  T
Q  401 gtaccattttgtgctattggtctaggatttgactcatcacctttcttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattgactgatgaaggtaagtatt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54949179 gtaccattttgtgctattggtctaggatttgactcatgacctttcttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattgactgatgaaggtaagtatt 54949080  T
Q  501 tttcatcaggatgtaggtatagaaatggagagtaaactttgagtattgctttaatttgttgtagattaggcatgatctttgaaatggaatt 591  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54949079 tttcatcaggatgtaggtatacaaatggagagtaaactttgagtattgctttaatttgttgtagattaggcatgatctttgaaatggaatt 54948989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 41 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 26356476 - 26355932
Alignment:
Q  41 tcaagttgagaggaatcaacccatgaacctgtcttatgatgtgagaaatagactttccataatttaccatccaaattacttacccttaatgtcacatgct 140  Q
    ||||| ||||| ||||||| ||||  |||| |  |||| ||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26356476 tcaagctgagaagaatcaatccattcacctttactatgttgtgagaaatataaatgccataatttaccatccaaattacttacccttaatgtcacatgct 26356377  T
Q  141 cccagtcaccaacatgttcacctattctctctaatttaatatttataaaccctatttttaaccttccaggtccattgaaagggtaaaaagtccacattgc 240  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||   | ||||   ||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  26356376 cccaatcaccaatatgttcacctattttccctaatttaacatttataaacttcacttttgctcttcctggtccattaaaagggtaaaaaatccacatggc 26356277  T
Q  241 aaaatcagtgaaggttcctccaaacattggcttaacatgtacataagattccgcactttgtaaattaccttgctttaccctatctttatttgcatgatca 340  Q
    || ||| |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||| ||||| ||||||| ||||    
T  26356276 aatatctgtgaaggttcctccaagcattggtttcacatgtacataagattctgcactttgtaaatttcctttttttaccctctctttgtttgcatcatca 26356177  T
Q  341 gctggtaggtctatccaataggcgcggtcatgtttaggattaggaccctgaggaaggttagtaccattttgtgctattggtctaggatttgactcatcac 440  Q
    | ||||||||| | |||||||   |  ||||  |||||||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||    
T  26356176 gatggtaggtcaagccaatagataccatcattgttaggat------cctgaggaaggttaataccattttgtgctattggaacaggatttgactcttcac 26356083  T
Q  441 ctttcttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattgactgatgaaggtaagtatttttcatcaggatgtaggtatagaaatggagagtaaacttt 540  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |  |||||||||||||||||    
T  26356082 cttttttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattaaccgaggaaggtaagtattcttcatcaggatgtaagtacatcaatggagagtaaacttt 26355983  T
Q  541 gagtattgctttaatttgttgtagattaggcatgatctttgaaatggaatt 591  Q
    ||||||||| | |||||||  |||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  26355982 gagtattgcatcaatttgtactagatttggcatgattttggaaattgaatt 26355932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 34 - 591
Target Start/End: Original strand, 26347945 - 26348496
Alignment:
Q  34 ttggaattcaagttgagaggaatcaacccatgaacctgtcttatgatgtgagaaatagactttccataatttaccatccaaattacttacccttaatgtc 133  Q
    |||||| |||||||| || ||||||| |||||||||    ||||| ||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  26347945 ttggaactcaagttgggatgaatcaatccatgaaccaagattatgttgtgagaaatatacatgccataattgaccatccaaattacttacccttaatgtc 26348044  T
Q  134 acatgctcccagtcaccaacatgttcacctattctctctaatttaatatttataaaccctatttttaaccttccaggtccattgaaagggtaaaaagtcc 233  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| | |||||  ||| | | ||||   || ||||||||||| ||||||||||||  ||    
T  26348045 acgtgctcccaatcaccaacatgttcacctattttccctaatttcacatttaagaactccacttttgctctcccaggtccattaaaagggtaaaaaaccc 26348144  T
Q  234 acattgcaaaatcagtgaaggttcctccaaacattggcttaacatgtacataagattccgcactttgtaaattaccttgctttaccctatctttatttgc 333  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||| |||||||||| |||||||| ||| || || ||||| |||||    
T  26348145 acatggcaatatcagtgaatgttcctccatacattggtttcacatgtacgtatgattctgcactttgtagattacctttcttgactctctctttgtttgc 26348244  T
Q  334 atgatcagctggtaggtctatccaataggcgcggtcatgtttaggattaggaccctgaggaaggttagtaccattttgtgctattggtctaggatttgac 433  Q
    |  |||||| |||||||||||||||||||| |  |||      | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||     
T  26348245 agcatcagcaggtaggtctatccaataggcaccatca------gtattgggatcctgaggaaggttagtaccattttgtgctatgggaacaggatttgat 26348338  T
Q  434 tcatcacctttcttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattgactgatgaaggtaagtatttttcatcaggatgtaggtatagaaatggagagt 533  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  26348339 tcttcacctttcttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattaaccgaggaaggtaagtattcttcatcagaatgtaagtatagaaatggagagt 26348438  T
Q  534 aaactttgagtattgctttaatttgttgtagattaggcatgatctttgaaatggaatt 591  Q
    |||||| ||| ||||| | |||||||| |  |||||||||||| | |||||| |||||    
T  26348439 aaacttggagcattgcctcaatttgttttttattaggcatgatttgtgaaatagaatt 26348496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 8 - 535
Target Start/End: Original strand, 26332686 - 26333207
Alignment:
Q  8 ggaaaatcaatattgctagtatcattttggaattcaagttgagaggaatcaacccatgaacctgtcttatgatgtgagaaatagactttccataatttac 107  Q
    |||||||||| | ||||| ||||  |||| || ||||||||||| | |||||||||||||||    ||||| || ||||||||||| | |||||| | ||    
T  26332686 ggaaaatcaaaactgctattatccatttgaaactcaagttgagatgcatcaacccatgaaccaccattatgttgagagaaatagacatgccataactgac 26332785  T
Q  108 catccaaattacttacccttaatgtcacatgctcccagtcaccaacatgttcacctattctctctaatttaatatttataaaccctatttttaaccttcc 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |  | ||||||| ||||||||||  ||||||     || |    
T  26332786 catccaagttacttacccttaatgtcacatgctcccaatcaccaacatgttcacctacttttcccaatttaacatttataaactttattttagcttttgc 26332885  T
Q  208 aggtccattgaaagggtaaaaagtccacattgcaaaatcagtgaaggttcctccaaacattggcttaacatgtacataagattccgcactttgtaaatta 307  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||    
T  26332886 aggtccattgaaagggtaaaaaacccacatggcaatatcagtgaatgttcctccatacattggtttcacatgtacatatgattctgcactttgtagatta 26332985  T
Q  308 ccttgctttaccctatctttatttgcatgatcagctggtaggtctatccaataggcgcggtcatgtttaggattaggaccctgaggaaggttagtaccat 407  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| | |||||||| | ||||||||| |  ||||  |||||||      |||||||||||||||||||||    
T  26332986 ccttgcttgaccctttctttgtttgcatcatcaacaggtaggtcaagccaataggcaccatcattgttaggat------cctgaggaaggttagtaccat 26333079  T
Q  408 tttgtgctattggtctaggatttgactcatcacctttcttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattgactgatgaaggtaagtatttttcatc 507  Q
    ||||| |||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||    
T  26333080 tttgttctattggaacaggatttgactcttcacctttcttgtatagtaacgctccattggagaaaaaccaattgacagaggaaggtaagtattcttcatc 26333179  T
Q  508 aggatgtaggtatagaaatggagagtaa 535  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||    
T  26333180 aggatgtaagtataggaatggagagtaa 26333207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 560
Target Start/End: Original strand, 26338000 - 26338553
Alignment:
Q  1 ttttgttggaaaatcaatattgctagtatcattttggaattcaagttgagaggaatcaacccatgaacctgtcttatgatgtgagaaatagactttccat 100  Q
    ||||||||||||||||| | | |||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  ||| |  || || || ||||| || || | ||||    
T  26338000 ttttgttggaaaatcaaaactactagcatcactttggaactcaagttgagatgaatcaatccatttaccagcattgtgttgagagaagtatacatgccat 26338099  T
Q  101 aatttaccatccaaattacttacccttaatgtcacatgctcccagtcaccaacatgttcacctattctctctaatttaatatttataaaccctattttta 200  Q
    |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |  | |||||||||| ||||||| ||| |||      
T  26338100 aattgaccatcgaagttacttacccttaatgtcacatgctcccaatcaccaacatgttcacctgcttttcccaatttaatatctataaactctactttag 26338199  T
Q  201 accttccaggtccattgaaagggtaaaaagtccacattgcaaaatcagtgaaggttcctccaaacattggcttaacatgtacataagattccgcactttg 300  Q
      ||||||| |||||||||||| ||||||  |||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  26338200 ctcttccagctccattgaaaggataaaaaacccacatggcaatatcagtgaatgttcctccatacattggtttcacatgtacatatgattctgcactttg 26338299  T
Q  301 taaattaccttgctttaccctatctttatttgcatgatcagctggtaggtctatccaataggcgcggtcatgtttaggattaggaccctgaggaaggtta 400  Q
    || |||||||| ||| || || ||||| ||||||| |||| |||||||||| | |||| |||  |  ||      ||  |||||| ||||||||||||||    
T  26338300 tagattacctttcttgactctctctttgtttgcattatcaactggtaggtcaagccaacaggaaccatc------agtgttaggatcctgaggaaggtta 26338393  T
Q  401 gtaccattttgtgctattggtctaggatttgactcatcacctttcttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattgactgatgaaggtaagtatt 500  Q
     |||||||||||||||||||   ||||||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  26338394 ttaccattttgtgctattggaacaggatttgattctcgacctttcttgtatagtaatgctccattggagaaaaaccaattaaccgaggaaggtaagtatt 26338493  T
Q  501 tttcatcaggatgtaggtatagaaatggagagtaaactttgagtattgctttaatttgtt 560  Q
     |||||| | ||||| |||||  |||||||  | ||||| ||||| ||| | ||||||||    
T  26338494 cttcatcggaatgtaagtataagaatggagcattaacttggagtagtgcatcaatttgtt 26338553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 119 - 163
Target Start/End: Original strand, 26324868 - 26324912
Alignment:
Q  119 cttacccttaatgtcacatgctcccagtcaccaacatgttcacct 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  26324868 cttacccttaatgtcacatgctcccagtctcccacatgttcacct 26324912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 165
Target Start/End: Original strand, 28315286 - 28315338
Alignment:
Q  113 aaattacttacccttaatgtcacatgctcccagtcaccaacatgttcacctat 165  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  28315286 aaattacttacccttaaagttacatgctcccaatcaccaatatgttcacctat 28315338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 206 - 279
Target Start/End: Original strand, 28315382 - 28315455
Alignment:
Q  206 ccaggtccattgaaagggtaaaaagtccacattgcaaaatcagtgaaggttcctccaaacattggcttaacatg 279  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| || |||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||    
T  28315382 ccaggtccattaaaagggtaaaaaatccacatggccaaatcagtaaatgttccaccaaatattggttttacatg 28315455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University