View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9641_low_3 (Length: 485)

Name: NF9641_low_3
Description: NF9641
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9641_low_3
NF9641_low_3
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (19-468)||(16498-16947)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (19-468)||(18858025-18858474)
chr4 (19-468)||(9226590-9227039)
chr4 (19-468)||(16626182-16626630)
chr4 (19-468)||(5145357-5145806)
chr4 (196-450)||(4567590-4567841)
chr4 (192-468)||(15314549-15314823)
chr4 (195-450)||(47564964-47565216)
chr4 (204-468)||(36769823-36770084)
chr4 (348-448)||(16634744-16634844)
chr4 (195-318)||(16634856-16634976)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (19-468)||(10686453-10686902)
chr8 (19-468)||(35742838-35743287)
chr8 (20-468)||(18867859-18868307)
chr8 (19-475)||(26298831-26299278)
chr8 (18-120)||(26400887-26400989)
chr8 (195-468)||(28892997-28893267)
chr8 (195-468)||(4814904-4815174)
chr8 (195-450)||(16754938-16755190)
chr8 (205-450)||(25682563-25682805)
chr8 (195-468)||(28330128-28330398)
chr8 (195-450)||(21039682-21039933)
chr8 (195-450)||(15946914-15947166)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (19-468)||(24263512-24263961)
chr7 (19-468)||(16882376-16882825)
chr7 (19-468)||(21986369-21986818)
chr7 (19-468)||(18411106-18411555)
chr7 (19-468)||(9187334-9187783)
chr7 (19-376)||(24272181-24272538)
chr7 (19-332)||(21642139-21642449)
chr7 (327-468)||(21643794-21643935)
chr7 (195-468)||(3322466-3322736)
chr7 (195-468)||(25407647-25407917)
chr7 (195-468)||(44012209-44012478)
chr7 (197-468)||(7072284-7072552)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (19-468)||(31399181-31399630)
chr5 (19-468)||(33788805-33789254)
chr5 (19-468)||(43594570-43595019)
chr5 (19-468)||(43627364-43627813)
chr5 (19-468)||(27447272-27447721)
chr5 (19-468)||(37558791-37559231)
chr5 (19-468)||(28835751-28836199)
chr5 (19-468)||(24557773-24558222)
chr5 (19-468)||(24598805-24599254)
chr5 (19-309)||(28805070-28805360)
chr5 (195-468)||(25447720-25447991)
chr5 (416-453)||(29103928-29103965)
chr5 (416-453)||(29267741-29267778)
chr5 (236-344)||(31301980-31302088)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (19-468)||(19346727-19347176)
chr2 (19-410)||(39485468-39485849)
chr2 (188-468)||(25393504-25393784)
chr2 (20-312)||(31058408-31058700)
chr2 (19-301)||(39485198-39485468)
chr2 (134-458)||(31133776-31134100)
chr2 (195-468)||(2738438-2738708)
chr2 (195-468)||(22714912-22715182)
chr2 (195-468)||(39684480-39684750)
chr2 (195-450)||(17934335-17934587)
chr2 (195-468)||(20052439-20052708)
chr2 (300-450)||(45569641-45569791)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (19-468)||(33333265-33333714)
chr6 (19-468)||(14739761-14740210)
chr6 (19-460)||(24433517-24433958)
chr6 (195-468)||(35203741-35204011)
chr6 (195-450)||(25943920-25944172)
chr6 (195-450)||(13880990-13881242)
chr6 (192-448)||(17692527-17692783)
chr6 (195-250)||(22348653-22348708)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (19-468)||(8514543-8514992)
chr3 (19-468)||(32477789-32478238)
chr3 (19-467)||(2674410-2674858)
chr3 (19-436)||(22170529-22170946)
chr3 (19-468)||(1308320-1308769)
chr3 (19-468)||(3325727-3326164)
chr3 (150-333)||(18144876-18145059)
chr3 (195-468)||(16459697-16459967)
chr3 (195-450)||(10610451-10610703)
chr3 (195-468)||(6305544-6305814)
chr3 (195-468)||(54190741-54191011)
chr3 (195-450)||(10096484-10096736)
chr3 (197-467)||(22623659-22623926)
chr3 (195-468)||(10899242-10899512)
chr3 (195-450)||(10203370-10203622)
chr3 (195-450)||(29911631-29911883)
chr3 (195-450)||(47880566-47880818)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (19-468)||(41395700-41396137)
chr1 (19-341)||(19369001-19369323)
chr1 (195-468)||(9523961-9524231)
chr1 (195-450)||(2396933-2397185)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (63-468)||(1-406)
scaffold0006 (19-468)||(8113-8562)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (265-468)||(34705-34908)
scaffold0078 (20-226)||(34489-34697)
[»] scaffold0209 (1 HSPs)
scaffold0209 (195-468)||(822-1092)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (195-468)||(18559-18829)


Alignment Details
Target: scaffold0197 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 16947 - 16498
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16947 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 16848  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16847 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 16748  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16747 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 16648  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16647 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 16548  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16547 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 16498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 18858025 - 18858474
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18858025 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctac 18858124  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858125 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 18858224  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858225 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 18858324  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18858325 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 18858424  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18858425 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 18858474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 9227039 - 9226590
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9227039 ccgtaatggtccttctttctctatctctagccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 9226940  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  9226939 atctttttcttcttcatttggaagctccacctcaaattgagttttctccaccatagtttccggtacttgggtctctaggtctttacacttcatccccata 9226840  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226839 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 9226740  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9226739 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 9226640  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9226639 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 9226590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 16626630 - 16626182
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16626630 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaagagataatcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgttgaagcttcatcttctac 16626531  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  16626530 atcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttcctccaccattgtttacagtactagagtctctaggtcttt-cacttcatccccata 16626432  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  16626431 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaactcgtaacccttcagaccttccggataac 16626332  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  16626331 caatgaagatacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctcagaaaaccttcaaagaagagtaatctgccgg 16626232  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16626231 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 16626182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 5145357 - 5145806
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5145357 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaagagagaatcaggatccactaccggttgagttccacttgtatctgatgtcgaagcttcatcttctac 5145456  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  5145457 atcatcttcttcttcacttggaagctccacctcaaactgagtttcctccaccattgtttccggtaccaaagtctctaggtctttacacttcatccctata 5145556  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  5145557 cgggtctcatcaaaggtaatatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttctggataac 5145656  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
     ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  5145657 gaataaagacacatttcaaagctctagtctcaagcttgtctttcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccgg 5145756  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  5145757 tttcccattccatacttccataggtgtcttgaagtctattgtcgttgatg 5145806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 196 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 4567841 - 4567590
Alignment:
Q  196 ggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgta 295  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   ||||    
T  4567841 ggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgta 4567745  T
Q  296 ccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacc 395  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||||||     
T  4567744 acctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaact 4567645  T
Q  396 ttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
    ||||||   ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4567644 ttcaaattagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttga 4567590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 192 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 15314823 - 15314549
Alignment:
Q  192 tctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaact 291  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||       
T  15314823 tctaggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaaaaataacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtc 15314727  T
Q  292 tgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaa 391  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||  ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| | | | || |||||||||||    
T  15314726 tgtaacctttcacaccttcaggataactcatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagaaaacgctaaagctccgaa 15314627  T
Q  392 aaccttcaaagaggagtaatcc-gccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||| |||||    ||||| |||  ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  15314626 aactttcaagttagagtagtcctaccggtctcccactccaaacatccataggtgtcttgagatctatcccggttgatg 15314549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 47565216 - 47564964
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |  | | |||||||| ||   | |||||  |||||||  ||||    
T  47565216 aggtctttgcacttcattcacatgcgggtctcatcaaaagtaacatctctacttataataaattttgatccttca---ggttccatcttccacagtttgt 47565120  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  |   ||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  47565119 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctagcatgagcaaatgctaaagctccaaaaac 47565020  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     ||||||   ||||| || | |||| |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  47565019 tttcaaattagagtagtctgtcggtctcccactccaaacgtccataggtgtcttga 47564964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 204 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 36770084 - 36769823
Alignment:
Q  204 cacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttca 303  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||  ||||| || ||||    
T  36770084 cacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtttgtaacctttca 36769988  T
Q  304 caccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaaga 403  Q
    ||||||| | |||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  |||||  |||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| ||||| ||||||      
T  36769987 caccttcagaataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtatgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaactttcaaatt 36769888  T
Q  404 ggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     ||||| |   ||||| |||||||||| || | ||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  36769887 agagtagtttcccggtctcccactccaaacattcataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 36769823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 16634844 - 16634744
Alignment:
Q  348 tcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtct 447  Q
    ||||| ||||| || |||| ||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||   ||||| |  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  16634844 tcaagtttgtcctgtttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaactttcaaattagagtagtttgccggtctcccactccaaacctccataggtgtct 16634745  T
Q  448 t 448  Q
    |    
T  16634744 t 16634744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 195 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 16634976 - 16634856
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | ||||||||   |||| |||||  |||||||  ||||    
T  16634976 aggtctttgcacttcatccccatacgggcctcatcaaaagtaacatccatgcttataataaattttgatcct---ctaggttccatcttccacagtttgt 16634880  T
Q  295 accccttcacaccttccggataac 318  Q
    | || ||||||||||| |||||||    
T  16634879 aacctttcacaccttcaggataac 16634856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 10686902 - 10686453
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10686902 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctac 10686803  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686802 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 10686703  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10686702 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 10686603  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10686602 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 10686503  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10686502 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 10686453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 35742838 - 35743287
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35742838 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 35742937  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35742938 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatt 35743037  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  35743038 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataac 35743137  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743138 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 35743237  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35743238 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 35743287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 18868307 - 18867859
Alignment:
Q  20 cgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctaca 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  18868307 cgtaatggtccttctctctctatctctagccaagagatactccggatccactactggttgagttccacttgtatctgatgttgaagcttcatcttctaca 18868208  T
Q  120 tcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatcc 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18868207 tcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatac 18868108  T
Q  220 gggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18868107 gggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataacc 18868008  T
Q  320 aatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  18868007 aatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacattcaaagaggagtaatctgccggt 18867908  T
Q  420 ttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18867907 ttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 18867859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 475
Target Start/End: Original strand, 26298831 - 26299278
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||          
T  26298831 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaagagataatccggatccactaccggttgtgttccacttgtattcgatgttgaagcttcatc------ 26298924  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26298925 ---ttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttatccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccata 26299021  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26299022 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 26299121  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  26299122 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccgg 26299221  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatgtccatct 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  26299222 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatggccatct 26299278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 26400989 - 26400887
Alignment:
Q  18 accgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttcta 117  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26400989 accgtaatggtcctcctttctctatctctagccaaaagataatcaggatccactactggttgagttccacttgtattcgatgtcgaagcttcatcttcta 26400890  T
Q  118 cat 120  Q
    |||    
T  26400889 cat 26400887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 28893267 - 28892997
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   |||    
T  28893267 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctgt 28893171  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  28893170 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 28893071  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28893070 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28892997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Original strand, 4814904 - 4815174
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  4814904 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 4815000  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | |  ||||||| ||| ||    
T  4815001 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgttaaagctctgaagac 4815100  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  4815101 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 4815174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Original strand, 16754938 - 16755190
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  16754938 aggtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttattataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 16755034  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  16755035 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 16755134  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16755135 tttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 16755190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 205 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 25682805 - 25682563
Alignment:
Q  205 acttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcac 304  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | || || |||||    
T  25682805 acttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctataacctttcac 25682709  T
Q  305 accttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagag 404  Q
    ||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| |||| |||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| || |||||        
T  25682708 accttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctttagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagactttcaagtta 25682609  T
Q  405 gagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25682608 gagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25682563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 28330398 - 28330128
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  28330398 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcattaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 28330302  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  28330301 aacctttcacacctttaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 28330202  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  28330201 tttcaagttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 28330128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 21039933 - 21039682
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||| ||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||  ||||    
T  21039933 aggtctttgcacttcatccccatgcggatcttatcaaaagtaacatacctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtttgt 21039837  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||    
T  21039836 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaag-ttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaac 21039738  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  21039737 attcaagttagagtagtctaccggtctcccactacaaacctccataggtgtcttga 21039682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 15947166 - 15946914
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||| ||| |||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||     ||  |  ||| |||||||||    
T  15947166 aggtttttgcacttcatactcatacgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctccatg---ttttatcttcaacaacttgt 15947070  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || |||||||||||  |||||||||| || ||||| |||| | ||||||  ||||| ||||| || |||| | | ||| |||| ||||||||||||||    
T  15947069 aacctttcacaccttcaagataaccaataaaaacacacttcacaactctagcatcaagtttgtcatgtttgacacgtgcaaatgctaaagctccgaaaac 15946970  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| || | | || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  15946969 tttcaagttagagtagtctggcagtctcccactccaaacatccataggtgtcttga 15946914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 24263961 - 24263512
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24263961 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctac 24263862  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263861 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 24263762  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24263761 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 24263662  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24263661 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 24263562  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24263561 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 24263512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 16882376 - 16882825
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16882376 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctac 16882475  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16882476 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatc 16882575  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16882576 tgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataac 16882675  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16882676 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 16882775  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16882776 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 16882825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 21986369 - 21986818
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986369 ccgtaatggtccttctttctctatctctagccaatacatactcaggatccactatcggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 21986468  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21986469 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 21986568  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  21986569 cgagtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccagataac 21986668  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||     
T  21986669 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagcttcgaaaaccttcaaagatgagtagtctgccga 21986768  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21986769 tttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattgccgttgatg 21986818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 18411106 - 18411555
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  18411106 ccgtaatggtccttctttctctatctctagccaagagataatccggatccactacgggttgagttccacttgtatccaatgtcgaagcttcatcttctac 18411205  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  18411206 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaattgagttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccata 18411305  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18411306 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 18411405  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  18411406 aaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgtcaaagctccaaaaaccttcaaagaagagtaatctgccgg 18411505  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  18411506 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatcccagttgatg 18411555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 9187783 - 9187334
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| | ||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9187783 ccgtaatggtccttctttctctatctctagtcaagagataatccggatccactaccggttgagttccacttgtatccgacgtcgaagcttcatcttctac 9187684  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  9187683 atcttcttcttcttcatttggaagctctacctcaaactgagttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttactcttcatccccata 9187584  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9187583 cgggtctcatcaaaggtaacatccatactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacagcttgtaacccttcacaccttccggataac 9187484  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |  |||||    
T  9187483 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaaagatgagtagtttgccgg 9187384  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9187383 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 9187334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 24272538 - 24272181
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | | ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24272538 ccgtaatggtcctcctttctctatctttagccaagagataatcaagatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 24272439  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  24272438 atcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccattgtttccggtacttaagtctttaggtctttacacttcatccccata 24272339  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24272338 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttaatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataac 24272239  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcata 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24272238 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaatcttgtcttgcttgatatgcgcata 24272181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 19 - 332
Target Start/End: Original strand, 21642139 - 21642449
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| || |||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  21642139 ccgtaatggtccttctttctctatctctagccaagagataatccggattcactaccggttgagtttcatttgtatc-gatgttgaagcttcatcttctac 21642237  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  21642238 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccat--tttccggtactaaagtctctaggtctttacacatcatccccata 21642335  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21642336 cgggtctcatcgaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccaatagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 21642435  T
Q  319 caatgaagacacat 332  Q
    ||||||||||||||    
T  21642436 caatgaagacacat 21642449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 327 - 468
Target Start/End: Original strand, 21643794 - 21643935
Alignment:
Q  327 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccac 426  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21643794 acacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatcagccggtttcccac 21643893  T
Q  427 tccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21643894 tccatacctccataggtgtcttgaagtctatacccgttgatg 21643935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Original strand, 3322466 - 3322736
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  3322466 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 3322562  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||  |||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  3322563 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcaccgctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagac 3322662  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  3322663 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 3322736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 25407917 - 25407647
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||   |||| |||||  |||||||   | |    
T  25407917 aggtctttgcacttcatccccatgtgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataatttttgatcct---ctaggttccatcttccacagtctat 25407821  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  25407820 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 25407721  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| ||  || || |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25407720 tttcaagttagagtagtctacccgtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25407647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Original strand, 44012209 - 44012478
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||| |   || |||||  |||||||  ||||    
T  44012209 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccttc---aggttccatcttccacagtttgt 44012305  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||| ||| |||| |||||||| |||||    
T  44012306 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcctgtctgacatgagcaaatgctaaagctcc-aaaac 44012404  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     ||||||   ||||| || |||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||||| || |||||||    
T  44012405 tttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctctataagtgtcttcaaatctatccctgttgatg 44012478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 197 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 7072552 - 7072284
Alignment:
Q  197 gtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtac 296  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||| |||   | |||||  |||||||   | ||     
T  7072552 gtctttgcacttcatctccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccacca---ggttccatcttccacagtctataa 7072456  T
Q  297 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 396  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| | ||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| |||| ||||||||||| || |    
T  7072455 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacaactctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagactt 7072356  T
Q  397 tcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  7072355 tcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 7072284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 31399630 - 31399181
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399630 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 31399531  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31399530 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatc 31399431  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31399430 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataac 31399331  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31399330 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaattcgccgg 31399231  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31399230 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 31399181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 33788805 - 33789254
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788805 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 33788904  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33788905 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 33789004  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  33789005 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttatatcccttcacaccttccggataac 33789104  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33789105 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccgg 33789204  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33789205 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 33789254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 43594570 - 43595019
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594570 ccgtaatggtcattctttctctatctctagccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 43594669  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  43594670 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttgcacttcatccccata 43594769  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43594770 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 43594869  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43594870 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 43594969  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43594970 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 43595019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 43627364 - 43627813
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627364 ccgtaatggtcattctttctctatctctagccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 43627463  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  43627464 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttgcacttcatccccata 43627563  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43627564 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 43627663  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43627664 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 43627763  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  43627764 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 43627813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 27447272 - 27447721
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27447272 ccgtaatggtccttctttctctatctctagccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccactagtatccgatgttgaagcttcatcttctac 27447371  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  27447372 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcctcata 27447471  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27447472 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaaggctcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 27447571  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27447572 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 27447671  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27447672 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 27447721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 37559231 - 37558791
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||      
T  37559231 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatacttaggatccaccaccggttgagttccacttgtatccgatatcgaagcttcatcttct-- 37559134  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
           |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559133 -------tcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 37559041  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37559040 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcacgactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 37558941  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37558940 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccaccgg 37558841  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  37558840 tttcccactccatacctccataagtgtcttgaagtctatccccgttgatg 37558791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 28835751 - 28836199
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28835751 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaaaagataatcaggatccactaccggttgagtttcacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 28835850  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28835851 atcatttttttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttcctccaccattgttttcggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccata 28835950  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  28835951 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttctcaccttccggataac 28836050  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||||    
T  28836051 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatacgcatatg-caaagctccgaaaaccatcaaagatgagtaatctaccgg 28836149  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  28836150 tttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcatgttgatg 28836199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 24558222 - 24557773
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  24558222 ccgtaatggtcctcctttctctatctctatccaaaagataatcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttcttc 24558123  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24558122 atcatctttatcttcatttggaagctccacctcaaaatgattttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccata 24558023  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24558022 cgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataac 24557923  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  24557922 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccgg 24557823  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24557822 tttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattcccgttgatg 24557773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 24599254 - 24598805
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  24599254 ccgtaatggtcctcctttctctatctctatccaaaagataatcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttcttc 24599155  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||| ||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24599154 atcatctttatcttcatttggaagctccacctcaaaatgattttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccata 24599055  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    || ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24599054 cgagtctcatcaaaggtaacgtccctgctaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataac 24598955  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  24598954 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccaaaaaccttcaatgatgagtaatctgccgg 24598855  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24598854 tttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtttattcccgttgatg 24598805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 19 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 28805360 - 28805070
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805360 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 28805261  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28805260 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcctcatc 28805161  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28805160 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagatttcaatttccacaacttgtaccccttcacacctt 28805070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 25447991 - 25447720
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||| ||   | |||||  |||||||   | |    
T  25447991 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatccttca---ggttccatcttccacagtctat 25447895  T
Q  295 accccttcacaccttcc-ggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaa 393  Q
    | || |||||||||| | |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || |||||||||||||    
T  25447894 aacctttcacacctttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaa 25447795  T
Q  394 ccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    | |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  25447794 ctttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 25447720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 416 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 29103965 - 29103928
Alignment:
Q  416 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 453  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29103965 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29103928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 416 - 453
Target Start/End: Original strand, 29267741 - 29267778
Alignment:
Q  416 cggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagt 453  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  29267741 cggtttcccacttcatacctccataggtctcttgaagt 29267778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 236 - 344
Target Start/End: Original strand, 31301980 - 31302088
Alignment:
Q  236 aacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttc 335  Q
    ||||||||||||||| | |||||  ||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||| || | || ||| ||  ||||||| |  ||||||||||||    
T  31301980 aacatccctacttataatgactcccgatactccaccagattcccacttccacatcttgtaaccatgcagaccctctagataacccagtaagacacatttc 31302079  T
Q  336 aaagctcta 344  Q
    | |||||||    
T  31302080 acagctcta 31302088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 19346727 - 19347176
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346727 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 19346826  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19346827 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 19346926  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  19346927 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaattttcacaacttatatcccttcacaccttccggataac 19347026  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347027 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 19347126  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19347127 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 19347176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 19 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 39485849 - 39485468
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39485849 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaagagataatcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 39485750  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||| |||     
T  39485749 atcatcttcttcttcatttcgaagctccatctcaaactgagtttcctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttgcacttcatcctcata 39485650  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||| ||||||          ||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39485649 cggttctcat----------atctctattaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataac 39485560  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaa 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39485559 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaa 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 188 - 468
Target Start/End: Original strand, 25393504 - 25393784
Alignment:
Q  188 agtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccac 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25393504 agtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccac 25393603  T
Q  288 aacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctc 387  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25393604 aacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgtgcatatgccaaagctc 25393703  T
Q  388 cgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25393704 cgtaaaccttcaaagatgagtaatctgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 25393784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 31058408 - 31058700
Alignment:
Q  20 cgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctaca 119  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31058408 cgtaatggtcctcctttctctatctctagccaaaagataatcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctaca 31058507  T
Q  120 tcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatcc 219  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| | | ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31058508 tcatctttttcttcatttggaagctccacctcaaattgagtttcctccaccattgtttctgatgctaaagtctctaggtctttacacttcatccccatac 31058607  T
Q  220 gggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccg 312  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058608 gggtctcatcaaaggtaacatacctactaatcaagacttttgaccctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccg 31058700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 301
Target Start/End: Original strand, 39485198 - 39485468
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  39485198 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaagagataatcaggatccactaccagttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatctt---- 39485293  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
            ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||     
T  39485294 --------cttcttcatttggaagctccacctcaaattgagttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcattcccata 39485385  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtacccctt 301  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39485386 catgtctcatcaaaggtaacatctctactaatcaagatttttgatccttcactagattccaatttccacaacttgtaaccctt 39485468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 134 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 31134100 - 31133776
Alignment:
Q  134 atttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaag 233  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||| ||| ||  | ||||  ||  || ||||||||||||||||  |||| |||| ||| ||||||||||||||     
T  31134100 atttggaagctccgcctcaaattgagtttcctctacacttgtttgtggctctagagtctctaggtcttttaactttatcctcatacgggtctcatcaaaa 31134001  T
Q  234 gtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 333  Q
    ||||| ||| | |||||||   ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||  || |||||||||||||||| |||||    
T  31134000 gtaacgtccttgcttatcatcgctcttgatcctcatatagattccaatttccacaacttgtaactgtgcacacgctctggataaccaatgaagaaacatt 31133901  T
Q  334 tcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatac 433  Q
    ||| | ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||  ||| || |||||  |||||| ||||||||  ||||| ||  |||  ||||||||| || |    
T  31133900 tcacaactccagcatcaagcttgtcttacttgatatgcagatacgctaaagcctcgaaaatcttcaaagttgagtagtcttccgacttcccactctatgc 31133801  T
Q  434 ctccataggtgtcttgaagtctatt 458  Q
    ||  || |||||||| |||||||||    
T  31133800 ctttattggtgtcttaaagtctatt 31133776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 2738708 - 2738438
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  2738708 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 2738612  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||| ||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  2738611 aacctttctcaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 2738512  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| || |||| | |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  2738511 tttcaagttagagtagtctgccgatctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 2738438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Original strand, 22714912 - 22715182
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  22714912 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 22715008  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| | | | || ||||||||||||||    
T  22715009 aacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgaatgacatgagaaaacgctaaagctccgaaaac 22715108  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  22715109 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 22715182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 39684750 - 39684480
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  39684750 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 39684654  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  39684653 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 39684554  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  39684553 tttcaagttagagtagtcttccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 39684480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 17934587 - 17934335
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| ||   |||| |||||  |||||||   |||    
T  17934587 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattct---ctaggttccatcttccacagtctgt 17934491  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |  |||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||    
T  17934490 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacatatctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgggcaaatgctaaagctccgaagac 17934391  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17934390 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 17934335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Original strand, 20052439 - 20052708
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  ||||||    |||    
T  20052439 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacggtctgt 20052535  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||| ||||||    
T  20052536 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctc-gaaaac 20052634  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  20052635 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 20052708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 300 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 45569791 - 45569641
Alignment:
Q  300 ttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttca 399  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| || ||||    
T  45569791 ttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgatatgggcaaacgctaaagctccgaagactttca 45569692  T
Q  400 aagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
    |    ||||| || |||||| | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  45569691 agttagagtagtctgccggtcttccactccaaacctccataggtgtcttga 45569641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 418; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 418; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 33333714 - 33333265
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33333714 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctac 33333615  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333614 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 33333515  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  33333514 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttcctgataac 33333415  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33333414 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 33333315  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  33333314 tttcccactccatacctccataggtatcttgaagtctattcccgttgatg 33333265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 14740210 - 14739761
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14740210 ccgtaatggtccttctttctctatctctagccaataggtactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcgtcatcttctac 14740111  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  14740110 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctttaggtctttacacttcatccccata 14740011  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14740010 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 14739911  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14739910 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 14739811  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14739810 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 14739761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 24433958 - 24433517
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||| | |  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  |    
T  24433958 ccgtaatggtcctcctttctctatctcttccaagaagataatcaggatccactaccagttgagttccacttgtattcgatgttgaagcttcatcttcctc 24433859  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
     || | ||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||   ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  24433858 gtcatttttctcttcatgtggaagctccacctcaaattgagtttcctccacccatgtttccggtactaaagtctctaggtctttagacttcatccccata 24433759  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  24433758 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattcaaatttacacaacttgtaacccttcacaccttccagataac 24433659  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||   || ||    
T  24433658 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtattgattgatatgcgcatatgtcaaaactccgaaaaccttcaaagatgagtaaattgctgg 24433559  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcc 460  Q
    |||||| ||||||   || ||||| |||||||||||||||||    
T  24433558 tttcccgctccatttttcaataggcgtcttgaagtctattcc 24433517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Original strand, 35203741 - 35204011
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  35203741 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 35203837  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  35203838 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 35203937  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  35203938 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 35204011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 25944172 - 25943920
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  25944172 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 25944076  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||  ||||| |||||| |  | | ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  25944075 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacatttcacagctctagcatcaagtttgtctagtctcacatgagcaaatgctaaagctccgaaaac 25943976  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25943975 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 25943920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 13881242 - 13880990
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  13881242 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 13881146  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  13881145 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 13881046  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13881045 tttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 13880990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 192 - 448
Target Start/End: Original strand, 17692527 - 17692783
Alignment:
Q  192 tctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacat---ccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccaca 288  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||   |||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||    
T  17692527 tctaggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatcccccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccaca 17692623  T
Q  289 acttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctcc 388  Q
    || |||| || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| |||||||   ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||| ||    
T  17692624 acctgtaacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctaacatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagcccc 17692723  T
Q  389 gaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtctt 448  Q
    |||||| |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  17692724 gaaaactttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccatatgtgtctt 17692783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 250
Target Start/End: Original strand, 22348653 - 22348708
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttat 250  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  22348653 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttat 22348708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 8514543 - 8514992
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8514543 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctac 8514642  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8514643 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatc 8514742  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8514743 cgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataac 8514842  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8514843 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 8514942  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8514943 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 8514992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 32477789 - 32478238
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  32477789 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctac 32477888  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32477889 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttctctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatc 32477988  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  32477989 cgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaacttgtatcccttcacaccttccggataac 32478088  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32478089 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 32478188  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32478189 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 32478238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 2674858 - 2674410
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674858 ccgtaatggtccttctttctctatctcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 2674759  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  2674758 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaagtctttacacttcatccccatt 2674659  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  2674658 cgggtctcatcgaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcttccactagattccaatttccacaactcttatcccttcacaccttccggataac 2674559  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2674558 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 2674459  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgat 467  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  2674458 tttcccactccatacctccataggtgtctagaagtttattctcgttgat 2674410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 22170946 - 22170529
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170946 ccgtaatggtccttctttctctatcttttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 22170847  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22170846 atcttcttcttcttaatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccata 22170747  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22170746 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 22170647  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  22170646 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgccgg 22170547  T
Q  419 tttcccactccatacctc 436  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22170546 tttcccactccatacctc 22170529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 1308320 - 1308769
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1308320 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaagagataatccggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgttgaagcttcatcttctac 1308419  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1308420 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccata 1308519  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1308520 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 1308619  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  1308620 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaagagtaatctgccgg 1308719  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1308720 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 1308769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 3326164 - 3325727
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| ||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||        
T  3326164 ccgtaatggtcctcctttctttatctctagctaaaagatagtcaggatccactaccggttgagttccacttgtatctgatgttgaagcttcatctt---- 3326069  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
           ||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3326068 -------tct-cttcatttggaagctccacctcaaattgagttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccata 3325977  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3325976 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattccaattttcacaacttgtaacccttcacaccttccggataac 3325877  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |  |    
T  3325876 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcatgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatcttctag 3325777  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3325776 tttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 3325727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 150 - 333
Target Start/End: Original strand, 18144876 - 18145059
Alignment:
Q  150 tcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctactta 249  Q
    ||||||| ||||| |||| || | |||| |||| ||  ||||||||| |||||||||||||| | ||| || || |||||||||||||| ||||||||||    
T  18144876 tcaaactaagtttcctcctcccttgttttcggtgctaaagtctctagatctttacacttcattctcatacgtgtatcatcaaaggtaacgtccctactta 18144975  T
Q  250 tcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 333  Q
    |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18144976 tcaagacatttgatcctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatt 18145059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 16459967 - 16459697
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  16459967 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttatgataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 16459871  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || |||||||||||  ||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||||| | || ||||||||||||||    
T  16459870 aacctttcacaccttcaagataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcatgacatgcgcaaacgctaaagctccgaaaac 16459771  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||| || |||||||    
T  16459770 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtgttgagatctatccctgttgatg 16459697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Original strand, 10610451 - 10610703
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  10610451 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 10610547  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  10610548 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 10610647  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10610648 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10610703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 6305814 - 6305544
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  6305814 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 6305718  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  6305717 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 6305618  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  6305617 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 6305544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 54191011 - 54190741
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   |||    
T  54191011 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctgt 54190915  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  54190914 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaac 54190815  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     || ||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  54190814 ttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 54190741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Original strand, 10096484 - 10096736
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10096484 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 10096580  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  10096581 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 10096680  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10096681 tttcaagttagagtagtctgccggtgtcccactccaaacctccataggtgtcttga 10096736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 197 - 467
Target Start/End: Original strand, 22623659 - 22623926
Alignment:
Q  197 gtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtac 296  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   ||||     
T  22623659 gtctttgcacttcatccccattcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttattataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgtaa 22623755  T
Q  297 cccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaacct 396  Q
    || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || |||||||||||||| |    
T  22623756 cctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcatagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaaaactt 22623855  T
Q  397 tcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgat 467  Q
    ||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| | |||||||||||| ||||  ||||| || ||||||    
T  22623856 tcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaaactccataggtgttttgagatctatccctgttgat 22623926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 10899512 - 10899242
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  10899512 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 10899416  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||| ||| ||| |||| ||||||| ||||||    
T  10899415 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgtctgacatgagcaaatgctaaagctctgaaaac 10899316  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     || ||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  10899315 ttttaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 10899242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Original strand, 10203370 - 10203622
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||| |  | | ||||| |||||   | |||||  |||||||   | |    
T  10203370 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgtttataataaattttgattctcca---ggttccatcttccacagtctat 10203466  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  10203467 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 10203566  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10203567 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 10203622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Original strand, 29911631 - 29911883
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  29911631 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 29911727  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| |     
T  29911728 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgagcaaacgctaaagctccgaagat 29911827  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29911828 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttga 29911883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Original strand, 47880566 - 47880818
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  ||||| |   |||    
T  47880566 aggtctttatacttcatcttcatgcgggtctcatcaaaagtaacatccttgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccatagtctgt 47880662  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| ||||| || ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  ||| ||  ||| |||| |||||||| |||||    
T  47880663 aacctttcacaccttcaggatatcccatgaaaatacacttcacagctctagaatcaagtttgtcctgtctgacataagcaaatgctaaagctccaaaaac 47880762  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     ||||||   ||||| || |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47880763 tttcaaattagagtagtctgccggtctcccactccaaacctacataggtgtcttga 47880818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 41395700 - 41396137
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41395700 ccgtaattgtccttctttctctatctctagccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttccac 41395799  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395800 atcttcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccatagtttctggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 41395899  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41395900 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaactaagactcttgatcctcaactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 41395999  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||| |             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  41396000 caatgaagacacatttcca------------cagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatctgcggg 41396087  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41396088 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctatccccgttgatg 41396137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 19 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 19369323 - 19369001
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369323 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaagagataatccggatccactaccggttgagtttcacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 19369224  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  19369223 atcttcatcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttttctccaccattgtttccggtactaaagtctctaggtctttacacttaatccccata 19369124  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19369123 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttgatcctccactagattctaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 19369024  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagct 341  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  19369023 caatgaagacacatttcaaagct 19369001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 9524231 - 9523961
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  9524231 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 9524135  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||| | || ||||||||||| ||    
T  9524134 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcttgcctgacatgggcaaacgctaaagctccgaagac 9524035  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  9524034 tttcaagttagagtagtctgccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 9523961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 195 - 450
Target Start/End: Original strand, 2396933 - 2397185
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | | ||||||||||   || |||||  |||||||   | |    
T  2396933 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccctgcttataataaattttgatcctcc---aggttccatcttccacagtctat 2397029  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||| ||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||| ||| ||| |||| ||||||||||||||    
T  2397030 aacctttcacactttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgcttgacatgagcaaatgctaaagctccgaaaac 2397129  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttga 450  Q
     |||||    ||||| ||  | ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  2397130 tttcaagttagagtagtctactggtctcccactccaaacctccataggtgttttga 2397185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 468
Target Start/End: Original strand, 1 - 406
Alignment:
Q  63 ggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctacatcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttt 162  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1 ggatccactaccggttgagttccaattgtatccaatgttgaagcttcatcttctacatcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagttt 100  T
Q  163 tctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttga 262  Q
     ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  101 cctccaccattgtttctggtactaaagtctctaggtctttacacttcatccccatacgggtctcatcaaaggtaacatccctactaatcaagacttttga 200  T
Q  263 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 362  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  201 tcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgc 300  T
Q  363 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccg 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  301 ttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgctttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctg 400  T
Q  463 ttgatg 468  Q
    ||||||    
T  401 ttgatg 406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 468
Target Start/End: Original strand, 8113 - 8562
Alignment:
Q  19 ccgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctac 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  8113 ccgtaatggtcctcctttctctatctctagccaagagatgatcaggatccactaccggttgagttccaattgtatccaatgttgaagcttcatcttctac 8212  T
Q  119 atcttcttcttcttcatttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatccccatc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  |||  |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  8213 atcatcttcttcttcatttggaagctccacctcaaactgagtttcctccaccattttttttggtattaaagtttctaggtctttacacttcatccccata 8312  T
Q  219 cgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8313 cgggtctcatcaaaggtaacatccctactaattaagacttttgatcctccactagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataac 8412  T
Q  319 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccgg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||     
T  8413 caatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagatgagtaatctgccgc 8512  T
Q  419 tttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8513 tttcccactccatacttccataggtgtcttgaagtctattcctgttgatg 8562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 116; Significance: 8e-59; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 265 - 468
Target Start/End: Original strand, 34705 - 34908
Alignment:
Q  265 ctccactagattccaatttccacaacttgtaccccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgctt 364  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  34705 ctccaccagattccaatttccacaacttgtaacccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcacagctctagccttaagcttgtcttgctt 34804  T
Q  365 gatatgcgcatatgccaaagctccgaaaaccttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgtt 464  Q
    ||||||||||||||||||| ||  || |||||||| ||| |||||   |    |||||||||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||||    
T  34805 gatatgcgcatatgccaaatcttagagaaccttcatagatgagtagaacattagtttcccactccatacttccataggtatcctgaagtttattcccgtt 34904  T
Q  465 gatg 468  Q
    ||||    
T  34905 gatg 34908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 20 - 226
Target Start/End: Original strand, 34489 - 34697
Alignment:
Q  20 cgtaatggtccttctttctctatatcttgccaatagatactcaggatccactaccggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcttctaca 119  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  34489 cgtaatgg-cctcctttctctatatctagccaaaagatagtcaggatccactattggttgagttccacttgtatccgatgtcgaagcttcatcctccaca 34587  T
Q  120 tcttcttcttcttcat---ttggaagctccatctcaaactgagttttctccaccatagtttccggtacttgagtctctaggtctttacacttcatcccca 216  Q
    ||||||||||| ||||   |||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||| ||  ||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  34588 tcttcttcttcatcatcaattggaagctccacctcacacttagtttactccacccttgtttccggtgctaaagtctataggtctgtacactttatcccca 34687  T
Q  217 tccgggtctc 226  Q
    | || |||||    
T  34688 tacgtgtctc 34697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0209 (Bit Score: 68; Significance: 4e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold0209
Description:

Target: scaffold0209; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Original strand, 822 - 1092
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   |||    
T  822 aggtctttgcacttcatccccatgcgggtctcatcaaaagtaacatccttgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctgt 918  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || ||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| | ||||||||  ||||| ||||||||| | | ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  919 aacctttcacaccttcaggataacccatgaaaatacattttacagctctagcatcaagtttgtcttgcctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 1018  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     |||||    ||||| ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  1019 tttcaagttagagtagtctaccggtctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 1092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 195 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 18829 - 18559
Alignment:
Q  195 aggtctttacacttcatccccatccgggtctcatcaaaggtaacatccctacttatcaagactcttgatcctccactagattccaatttccacaacttgt 294  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| |  | | |||||||||||   | |||||  |||||||   | |    
T  18829 aggtctttgcacttcatccccatacgggtctcatcaaaagtgacatccctgcttataataaattttgatcctcca---ggttccatcttccacagtctat 18733  T
Q  295 accccttcacaccttccggataaccaatgaagacacatttcaaagctctaggctcaagcttgtcttgcttgatatgcgcatatgccaaagctccgaaaac 394  Q
    | || |||||| |||| |||||||| ||||| | ||| |||| ||||||||  ||||| ||||| ||  | | ||| ||| | || ||||||||||||||    
T  18732 aacctttcacagcttcaggataacccatgaaaatacacttcacagctctagcatcaagtttgtcctgtctaacatgggcaaacgctaaagctccgaaaac 18633  T
Q  395 cttcaaagaggagtaatccgccggtttcccactccatacctccataggtgtcttgaagtctattcccgttgatg 468  Q
     ||||||   ||||| |  |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || |||||||    
T  18632 tttcaaattagagtagtttgccggcctcccactccaaacctccataggtgtcttgagatctatccctgttgatg 18559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University