View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9650_low_21 (Length: 268)

Name: NF9650_low_21
Description: NF9650
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9650_low_21
NF9650_low_21
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (6-251)||(9161630-9161875)
chr1 (6-252)||(9155717-9155963)
chr1 (6-251)||(9218539-9218784)
chr1 (6-251)||(9118577-9118822)
chr1 (6-251)||(9170456-9170701)
chr1 (6-251)||(9200023-9200268)
chr1 (22-251)||(9229424-9229653)
chr1 (24-252)||(1868607-1868835)
chr1 (38-252)||(1857023-1857237)
chr1 (40-251)||(1815808-1816019)
chr1 (38-252)||(1843012-1843226)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (64-161)||(40602159-40602256)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 6 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9161875 - 9161630
Alignment:
Q  6 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgac 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9161875 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttagatgac 9161776  T
Q  106 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttag 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9161775 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggttacttag 9161676  T
Q  206 atccggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgt 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9161675 atccggagtatatgcaaacacatcaactaacagagaaaagtgatgt 9161630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 6 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 9155963 - 9155717
Alignment:
Q  6 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgac 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  9155963 agcagcagagacagccggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaataccgattatccatagagatgtcaaaagtaccaacattctcttggatgac 9155864  T
Q  106 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttag 205  Q
    |||||||  || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  9155863 aattacacagcgaaagtttccgattttggagcttcgaggttagttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggttcaaggaactcttggatacctag 9155764  T
Q  206 atccggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgtc 252  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  9155763 atccagagtatatgcaaactcatcaattaaccgagaaaagtgatgtc 9155717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9218784 - 9218539
Alignment:
Q  6 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgac 105  Q
    ||||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9218784 agcagcagagacagctggtgctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgac 9218685  T
Q  106 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttag 205  Q
    ||||||| |||||||||||| || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9218684 aattacactgcaaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaaccgagatagcgacaatggtacaaggaactcttggatacttag 9218585  T
Q  206 atccggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgt 251  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  9218584 atccagagtatatgcaaacacatcaattaaccgaaaaaagtgatgt 9218539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 251
Target Start/End: Original strand, 9118577 - 9118822
Alignment:
Q  6 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgac 105  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9118577 agcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcatttccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgac 9118676  T
Q  106 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttag 205  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  9118677 aattacactgcaaaagtttccgatttcggagcttccaaattggttccacttgatcaaaccgagatagcaacagtggtacaaggaacacttggatacttag 9118776  T
Q  206 atccggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgt 251  Q
    | || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  9118777 acccagagtacatgcaaacgcatcaattaaccgagaaaagtgatgt 9118822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9170701 - 9170456
Alignment:
Q  6 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgac 105  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9170701 agcagcagagacagctggagctttatcgtatctacattcatctgcatcaattccaattatccatagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgac 9170602  T
Q  106 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttag 205  Q
    ||||||| ||| |||||||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9170601 aattacactgccaaagtttccgacttcggagcttcaagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttag 9170502  T
Q  206 atccggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgt 251  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||    
T  9170501 atcccgagtatatgcaaacacataaattaaccgaaaaaagtgatgt 9170456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 6 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9200268 - 9200023
Alignment:
Q  6 agcagcagagacagccggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgac 105  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9200268 agcagcggagacagctggagctttatcatatctacattcagctgcatcaattccaattatccacagagatgttaagagtaccaacattctcttggatgac 9200169  T
Q  106 aattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttag 205  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9200168 aattacaccgcaaaagtttctgactttggagcttccagattggttccacttgatcaaacagagatagcaacaatggtgcaaggaacacttggatacttag 9200069  T
Q  206 atccggagtatatgcaaacacatcaattaacagagaaaagtgatgt 251  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  9200068 atcccgagtatatgcaaacacatcaactaaccgagaaaagtgatgt 9200023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9229653 - 9229424
Alignment:
Q  22 ggagctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaag 121  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  9229653 ggagctttatcatatctacattcatctgcatccttaccaattatccatagagatgtcaaaagtgccaacattctcttggatgacaattacactgcaaaag 9229554  T
Q  122 tttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgca 221  Q
    | ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||   |||||| ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||    
T  9229553 tgtctgattttggtgcttcaagattggttccacttgatcatactatgatagccactgtggtacaaggaactcttggctatttagatccagaatatatgca 9229454  T
Q  222 aacacatcaattaacagagaaaagtgatgt 251  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  9229453 aacacaccaactaacagagaaaagtgatgt 9229424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 24 - 252
Target Start/End: Original strand, 1868607 - 1868835
Alignment:
Q  24 agctttatcgtatttacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtt 123  Q
    |||||| || ||| ||||||||| ||| |||||||| || || ||||||||||| || |||   |||||||||||||||   |   |||  || |||||     
T  1868607 agctttgtcatatctacattcatatgcctcaatacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacaccgccaaagta 1868706  T
Q  124 tctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgcaaa 223  Q
    || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  1868707 tcggattttggagcttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaa 1868806  T
Q  224 cacatcaattaacagagaaaagtgatgtc 252  Q
    ||  ||||||||| || ||||||||||||    
T  1868807 caagtcaattaactgaaaaaagtgatgtc 1868835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 38 - 252
Target Start/End: Original strand, 1857023 - 1857237
Alignment:
Q  38 tacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagc 137  Q
    ||||||||| ||| |||| ||| || || ||||||||||| || |||   ||||||||||||||||  |   |||  || ||||| || |||||||||||    
T  1857023 tacattcatatgcctcaacacccatcatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatggaaccaacaccgccaaagtgtcggattttggagc 1857122  T
Q  138 ttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgcaaacacatcaattaaca 237  Q
    ||| || |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||     
T  1857123 ttcaagattggttccacttgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaattaact 1857222  T
Q  238 gagaaaagtgatgtc 252  Q
    || ||||||||||||    
T  1857223 gaaaaaagtgatgtc 1857237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 40 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 1816019 - 1815808
Alignment:
Q  40 cattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagctt 139  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||  |   |||  || ||||| || ||||||||||| |    
T  1816019 cattcagctgcctcaatacccattatccatagagatgtcaagagtgctaacattctcttagatggaaccaacaccgctaaagtgtcagattttggagcat 1815920  T
Q  140 cgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgcaaacacatcaattaacaga 239  Q
    | |||||| |||||||||||||||| ||  |||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||   |||||||| ||    
T  1815919 caaggttgattccacttgatcaaactgaagtagccacaatggtgcaaggaactattggctacttggatccagagtatatgcaaacaagccaattaactga 1815820  T
Q  240 gaaaagtgatgt 251  Q
    ||||||||||||    
T  1815819 gaaaagtgatgt 1815808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 38 - 252
Target Start/End: Original strand, 1843012 - 1843226
Alignment:
Q  38 tacattcatctgcatcaatacctattattcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagc 137  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || || ||||||||||| || |||   |||||||||||||||   |   |||  || ||||| || |||||||||||    
T  1843012 tacattcatatgcctcaataccaataatccatagagatgtcaagagtgataacattctcttagatagaaccaacacagccaaagtatcagattttggagc 1843111  T
Q  138 ttcgaggttggttccacttgatcaaaccgagatagcaacaatggtacaaggaactcttggatacttagatccggagtatatgcaaacacatcaattaaca 237  Q
    ||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||     
T  1843112 ttcaagattggttccaattgatcaaactgaaatagccacaatggtgcaaggaactattggctacttagatccagagtatatgcaaacaagtcaattaact 1843211  T
Q  238 gagaaaagtgatgtc 252  Q
    || ||||||||||||    
T  1843212 gaaaaaagtgatgtc 1843226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 64 - 161
Target Start/End: Original strand, 40602159 - 40602256
Alignment:
Q  64 attcatagagatgttaaaagtaccaacattctcttagatgacaattacaatgcaaaagtttctgattttggagcttcgaggttggttccacttgatca 161  Q
    |||||||||||| | |||  ||| ||||| ||| |||||| ||||  || |||||| |||||||||||||||||||| | | | ||||| ||||||||    
T  40602159 attcatagagatataaaatctacaaacatcctcctagatggcaatctcattgcaaaggtttctgattttggagcttcaaagattgttcctcttgatca 40602256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University