View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9653_low_4 (Length: 756)

Name: NF9653_low_4
Description: NF9653
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9653_low_4
NF9653_low_4
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (20-739)||(28288566-28289285)
chr8 (20-672)||(28264451-28265103)
chr8 (28-739)||(28294274-28294985)
chr8 (30-731)||(28304478-28305179)
chr8 (20-738)||(28278702-28279420)
chr8 (294-376)||(28342037-28342119)
chr8 (123-192)||(43363692-43363761)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 739
Target Start/End: Complemental strand, 28289285 - 28288566
Alignment:
Q  20 gctagccttacctgtacttatatattcgggagccaaatagcctaaggttccggcaaccactgttgtttggggtccaatctcatggtccattagtttagcc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28289285 gctagccttacctgtacttatatattctggagccaaatagcctaaggttccggcaaccactgttgtttggggtccaatctcatgatccattagtttagcc 28289186  T
Q  120 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28289185 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatctagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 28289086  T
Q  220 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28289085 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 28288986  T
Q  320 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcact 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  28288985 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttgtcatggcaccatcctaagagcttcacaagattcctatgtctcagctggctaataactttaact 28288886  T
Q  420 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctc 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  28288885 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcgaaaaagtaacctttataaacagctc 28288786  T
Q  520 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28288785 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagccaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttgaag 28288686  T
Q  620 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccact 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28288685 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttcctttttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccact 28288586  T
Q  720 cccataactacaatcccaca 739  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  28288585 cccataactacaatcccaca 28288566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 672
Target Start/End: Original strand, 28264451 - 28265103
Alignment:
Q  20 gctagccttacctgtacttatatattcgggagccaaatagcctaaggttccggcaaccactgttgtttggggtccaatctcatggtccattagtttagcc 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28264451 gctagtcttacctgtacttatatattccggagccatatagcctaaggttccggcaaccactgttgtttggggtccaatctcatggtccattagcttagcc 28264550  T
Q  120 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28264551 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatctagcataacattacttgatttaatatccctatgtaccacacacctctcccattcttcatgta 28264650  T
Q  220 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 319  Q
    ||||||| || ||| | ||||| ||||| |||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  28264651 gataaagcacaccagaggccaagccaagtgctattttgtgccttacaatccaaggaagaggtgtccttttaccaaataaatgagaatcaagactaccatt 28264750  T
Q  320 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcact 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  |||||||||||||| | ||||||||| || ||||||||||| |||    
T  28264751 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttatcatggcaccatcccagaagcttcacaagatttctatgtctcagttgactaataactttaact 28264850  T
Q  420 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctc 519  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||    
T  28264851 tcagttacatactctttctttccttgtcttgaccctctggatattttcttcacagcaacttgtaaatctaaatcagcaaagtaacctttaaaaactgctc 28264950  T
Q  520 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 619  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |  | ||| |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28264951 caaaaccaccttgacccaactttctatccttagaaaagttattggttgccaactcaagttctttgtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 28265050  T
Q  620 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttc 672  Q
    ||||||||||||||   | |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  28265051 gtcatcattcattgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttttcacttc 28265103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 739
Target Start/End: Original strand, 28294274 - 28294985
Alignment:
Q  28 tacctgtacttatatattcgggagccaaatagcctaaggttccggcaaccactgttgtttggggtccaatctcatggtccattagtttagccaacccaaa 127  Q
    ||||||| || | |||||| ||||| | |||||| || |||||||| | | | |||||||| || ||||  |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  28294274 tacctgtgctcacatattccggagctagatagccaaatgttccggccagcccagttgtttgcggcccaagttcatggtccattaacttagccaacccaaa 28294373  T
Q  128 gtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgtagataaagt 227  Q
     ||||||||||| ||||||||||| || || | |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28294374 atcaccaagcttgacattgaaacttgagtctaacataacattacttgatttaatatccctatgaaccacacacctctcccattcttcatgtagataaagc 28294473  T
Q  228 accccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatttggcatga 327  Q
    |  ||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28294474 aaaccagaagccaatccaagagctattttgtgccttacaccccaagaaagaggtgttcttttaccaaataaatgagaatcaagactaccatttggcatga 28294573  T
Q  328 actcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcacttcagttac 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||    
T  28294574 actcataaacaagtagaaactcacctttgtcatggcaccaacccaaaagcttcacaagattcctatgtctcagttgactaatgactttaacttcagttac 28294673  T
Q  428 atactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctccaaaacca 527  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||  ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28294674 atactctttctttccttgtcttgatcctcttgatattttcttcacagcaacttgtaaatctaaatcagcaaagtaacctttataaacagctccaaaacca 28294773  T
Q  528 ccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcat 627  Q
    |||||||| || |||||||| |  |  || |||||||| || ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28294774 ccttgacccaactttctatccttagagaagttattggttgccaaatcaagttctttgtaggtgaaccttcttggccctgctcctctttcaagatcatcat 28294873  T
Q  628 tcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccactcccataac 727  Q
    ||||||   | |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||| |||||| |||  | | | |||||||||||| |||||    
T  28294874 tcattgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttattacttctctttcttttcctccaaaataatgcgtatgctactaatgctcccactcctataac 28294973  T
Q  728 tacaatcccaca 739  Q
    || || ||||||    
T  28294974 tataaccccaca 28294985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 731
Target Start/End: Original strand, 28304478 - 28305179
Alignment:
Q  30 cctgtacttatatattcgggagccaaatagcctaaggttccggcaaccactgttgtttggggtccaatctcatggtccattagtttagccaacccaaagt 129  Q
    |||||||| | |||||| ||||| | |||||| || |||||||| | | | || ||||| || ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  28304478 cctgtactcacatattctggagctagatagccgaatgttccggccagccccgtcgtttgaggcccaagttcatggtccattaatttagccaacccaaaat 28304577  T
Q  130 caccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgtagataaagtac 229  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |     
T  28304578 caccaagcttaacattaaaacttgaatctagcataacattacttgatttaatatccctatgtaccacacacctctcccattcttcatgtagatacagcaa 28304677  T
Q  230 cccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaac 329  Q
     ||| | ||||||||||||| |||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28304678 accagaggccaatccaagagttattttgtgccttacaccccaagaaagaggtgttcttttaccaaataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaac 28304777  T
Q  330 tcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcacttcagttacat 429  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  28304778 tcataaataagtagaaactcacctttgtcatggcaccagcctaagagcttcacaagattcctatgtctcagttgactaataactttaacttcagttacat 28304877  T
Q  430 actctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctccaaaaccacc 529  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||  ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28304878 actctttctttccttgtcttgaccctctggatattttcttcacagcaacttgtaaatctaaatcagcaaagtaacctttaaaaactgctccaaaaccacc 28304977  T
Q  530 ttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattc 629  Q
    |||||| || |||||||| |  | ||| |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28304978 ttgacccaactttctatccttagaaaagttattggttgccaactcaagttctttgtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaaggtcatcattc 28305077  T
Q  630 attgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccactcccataacta 729  Q
    ||||   | |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||   |||| | |||||  | ||| |||||||||||| |||| ||    
T  28305078 attgaagtcaaatgcatagcctcttccttttgcttttcacttctctttcttttcctctttagtattacatatgctaccaatgctcccactcctataatta 28305177  T
Q  730 ca 731  Q
    ||    
T  28305178 ca 28305179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 28279420 - 28278702
Alignment:
Q  20 gctagccttacctgtacttatatattcgggagccaaatagcctaaggttccggcaaccactgttgtttggggtccaatctcatggtccattagtttagcc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| || |||| ||||||||| |||| |||||||    
T  28279420 gctagccttacctgtacttatatattctggagccaaatatcctaaggttccagcaatcactgttgtttgaggcccaagctcatggtctattaatttagcc 28279321  T
Q  120 aacccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaaccacacacctctcccattcttcatgta 219  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  28279320 aacccaaaatcaccaagcttgacattgaaactagaatctaacataacattacttgatttaatatccctatgtaccacacatttttcccattcttcatgta 28279221  T
Q  220 gataaagtaccccaaaagccaatccaagagctattttatgtcttacactccaagaaagaggtgtcctttttccgaataaatgagaatcaagactaccatt 319  Q
     |||||| || ||| | |||||| |||| |||||||| || |||| |||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||    
T  28279220 aataaagcacaccagatgccaattcaagtgctattttgtgccttagactccaagaaagaggtattcttttaccaaataaatgagaatccaggctaccgtt 28279121  T
Q  320 tggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagagcttcacaagattccgatgtctcagctggctaataactttcact 419  Q
     ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||   ||||||| ||||| |||    
T  28279120 aggcataaactcataaacaagaagaaactcacctttttcatggcaccaacctaacaacttcacaagattccggtgtctcaatgggctaatgactttaact 28279021  T
Q  420 tcagttacatactctttcttcccttgtcttgaccctcttgatattttcttcacagcaacggctaaatcttgatcaaaaaagtaacctttataaactgctc 519  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  | |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||    
T  28279020 tcagtaacatactctttcttcccttgtctagatcccttcgatattttcttcacagcaaccggtaaatctggatcaaaaaagttacctttatatacagctc 28278921  T
Q  520 caaaaccaccttgacctaattttctatcgtcggtaaatttattggtagctaaatcaagttcttggtaggtaaacctccttggccctgctcctctttcaag 619  Q
    |||| ||||||||||| || ||||||||    |  || ||||| || ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28278920 caaacccaccttgacccaactttctatccctagagaagttattagtggctaaattaagttctttgtaggtgaacctccttggccctgctcctctttcaag 28278821  T
Q  620 gtcatcattcattgttcttaaatgcatagcctcttccattttctttttacttctctttattttcctccaaagtaatgcatatattgccagtgctcccact 719  Q
     || ||||||||||   |||||  ||||||||||||| |||  ||||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||    
T  28278820 atcgtcattcattgaagttaaactcatagcctcttccttttctttttttcttctctttgtctttctccaaagtaatgcatatgctgcaattgctcccact 28278721  T
Q  720 cccataactacaatcccac 738  Q
    ||||  ||||||| |||||    
T  28278720 cccactactacaaccccac 28278702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 294 - 376
Target Start/End: Original strand, 28342037 - 28342119
Alignment:
Q  294 aataaatgagaatcaagactaccatttggcatgaactcataaacaagtagaaactcacctttctcatggcaccaacctaagag 376  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  28342037 aatagatgataatcaagacttccattaggcatgtattcataaacaagtaaaagctcacttttttcatgacaccaacctaagag 28342119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 123 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 43363761 - 43363692
Alignment:
Q  123 ccaaagtcaccaagcttaacattgaaactagaatcaagcataacattacttgatttgatatctctatgaa 192  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| | ||||  | |||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  43363761 ccaaagtcaccaagcttagcattgaaatttgaatacaacataacattacttgattttatatccctatgaa 43363692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University