View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9657_low_2 (Length: 557)

Name: NF9657_low_2
Description: NF9657
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9657_low_2
NF9657_low_2
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (59-548)||(36404354-36404845)
chr4 (45-548)||(36397421-36397924)
chr4 (137-548)||(36369063-36369474)
chr4 (50-548)||(36425834-36426332)
chr4 (123-548)||(36373682-36374107)
chr4 (119-548)||(36411668-36412097)
chr4 (119-548)||(36416999-36417428)
chr4 (42-548)||(36387641-36388148)
chr4 (125-548)||(36433691-36434114)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 59 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36404845 - 36404354
Alignment:
Q  59 acaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactc 158  Q
    |||||| |||||||||| |||||  || |||||  | |||||||||||| |||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||||||||  || ||| |    
T  36404845 acaagtccaaataagtttaaactatacataagtgctgtcaaatttagaa-gaaaaaaacagtaggaggggatatcttacctagttcaactttatcgacgc 36404747  T
Q  159 gtaaaaataaatcttggccttgatcgcta---actttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagc 255  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||   | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  36404746 gtaaaaataaatcttggccttgatcactactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccactaccaccattcctcacatcagc 36404647  T
Q  256 aactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccagatatatcagcaact 355  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404646 aactgcataggcagtacaagagcaatttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccagatatatcagcaact 36404547  T
Q  356 ttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcataccaat 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36404546 ttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcataccaat 36404447  T
Q  456 cacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactttttgatccacaggttc 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  36404446 cacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactgtttgatccacatgttc 36404354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 45 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36397924 - 36397421
Alignment:
Q  45 gctgataagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttc 144  Q
    |||||||||||| ||||||| || | ||||| ||||| ||| |||||  | ||||||||||||  ||||| |  ||||| |||||||||||||| |||||    
T  36397924 gctgataagaagaaacaagtccagagaagtttaaactacacataagtggtgtcaaatttagaagaaaaaaaacagtaggagggaatatcttaccaagttc 36397825  T
Q  145 aactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattc 244  Q
    ||||  || ||| || ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  36397824 aactttatcgacgcgcaaatataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccactaccaccattc 36397725  T
Q  245 ctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccagata 344  Q
    |||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  36397724 ctcacatcggctactgcataggaagtacaggagcagtttctcaagcattctttctcacattcatccaaactcaaaccatctatggtaactgccccagata 36397625  T
Q  345 tatcagcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctact 444  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36397624 tatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttcgccattcccacagacagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctact 36397525  T
Q  445 ctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactttttgatccacag 544  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||     
T  36397524 ctcataccaatcgcttggaaattttggttcaaaaccaagtaaacacgtgcacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactgtttgatccacac 36397425  T
Q  545 gttc 548  Q
    ||||    
T  36397424 gttc 36397421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 137 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36369474 - 36369063
Alignment:
Q  137 cctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 236  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369474 cctagttcaattgcattgacgcgtaaaaataaatcctggccttgatcgctaagtttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 36369375  T
Q  237 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgc 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||    
T  36369374 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgc 36369275  T
Q  337 tccagatatatcagcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgaccca 436  Q
      ||||| |||| | ||||||||  || |||||||| | |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36369274 cacagatgtatcgggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgaccca 36369175  T
Q  437 tctctactctcataccaatcacgtggaaa-ttttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattacttttt 535  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  36369174 tctcta-tctcataccaatcacgtggaaatttttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcttcaaagttaaaaaggtcacaattactgttt 36369076  T
Q  536 gatccacaggttc 548  Q
    |||||||||||||    
T  36369075 gatccacaggttc 36369063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 50 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36426332 - 36425834
Alignment:
Q  50 taagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctagttcaactg 149  Q
    ||||||| ||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||  | |||||||||| | ||||||    | ||| ||||| ||||||||||||||||||     
T  36426332 taagaagaaacaagtccaaagaagtttaaactacacataagtggtgtcaaatttagcaagaaaaaaccagcaggagggaaaatcttacctagttcaactt 36426233  T
Q  150 cattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccaccattcctcac 249  Q
     |  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  36426232 tagcgacgcgtaaaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccacttccaccattcttcac 36426133  T
Q  250 atcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccagatatatca 349  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   |||  | |||    
T  36426132 gtcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttca 36426033  T
Q  350 gcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatctctactctcat 449  Q
    | |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || || |||||||||| ||||||||    
T  36426032 ggaacttttacgcttacaactttgataaacccttctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacatccacctgacccatctcgactctcat 36425933  T
Q  450 accaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactttttgatccacaggttc 548  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  36425932 accaatctcgtggaaattttggttcgaaaccaagtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaagggtcacaattactatttgatccacatgttc 36425834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 123 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36374107 - 36373682
Alignment:
Q  123 gggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgc 222  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  36374107 ggggaaataccttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgc 36374008  T
Q  223 caaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaacca 322  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  36374007 caaacagccacttccaccattactcacatcagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagacca 36373908  T
Q  323 tctatggcaactgctccagatatatcagcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacac 422  Q
     || | | ||||||  |||||||||||| ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  36373907 cctttagtaactgccacagatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacac 36373808  T
Q  423 accctcccgacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtc 522  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  36373807 accctcctgacccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaagggtc 36373708  T
Q  523 acaattactttttgatccacaggttc 548  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  36373707 acagttactgtttgatccacaggttc 36373682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 119 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36412097 - 36411668
Alignment:
Q  119 gtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgcc 218  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||   | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  36412097 gtaggagggaatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgcc 36411998  T
Q  219 atgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaa 318  Q
    | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  36411997 acgtcaaacatccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaa 36411898  T
Q  319 accatctatggcaactgctccagatatatcagcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttcctt 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||    
T  36411897 accatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttctt 36411798  T
Q  419 acacaccctcccgacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaag 518  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||    
T  36411797 acacatcctcccaacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaag 36411698  T
Q  519 ggtcacaattactttttgatccacaggttc 548  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  36411697 ggtcacaattactgtttggtccacatgttc 36411668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 119 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36417428 - 36416999
Alignment:
Q  119 gtaggggggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgcc 218  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||   | ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  36417428 gtaggagggaatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgcc 36417329  T
Q  219 atgccaaacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaa 318  Q
    | | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  36417328 acgtcaaacatccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaa 36417229  T
Q  319 accatctatggcaactgctccagatatatcagcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttcctt 418  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| | || |||    
T  36417228 accatctatggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttctt 36417129  T
Q  419 acacaccctcccgacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaag 518  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| ||||    
T  36417128 acacatcctcccaacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaag 36417029  T
Q  519 ggtcacaattactttttgatccacaggttc 548  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  36417028 ggtcacaattactgtttggtccacatgttc 36416999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 42 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36388148 - 36387641
Alignment:
Q  42 ttggctgataagaagcaacaagttcaaataagttcaaactgcacctaagttatatcaaatttagaacgaaaaacatggtaggggggaatatcttacctag 141  Q
    ||||||||||||||| |  ||||  ||||||||||||||| ||||| | |    |||| ||| ||| ||||||||   |||| | | |||||||||||||    
T  36388148 ttggctgataagaagaagaaagtataaataagttcaaactacaccttaatggcgtcaactttggaaagaaaaacacaataggagtgtatatcttacctag 36388049  T
Q  142 ttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttccacca 241  Q
    ||||| |  || ||| |||| |||||||||||||||||||||  ||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36388048 ttcaattttatcgacgcgtagaaataaatcttggccttgatcattaagtttttgaatgtctattaaatccccatgccatgccaaacatccacttccacca 36387949  T
Q  242 ttcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatggcaactgctccag 341  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||  |||    
T  36387948 ttcctcacatcagcaattgaataggcagtacaagaacagttttgcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacttttagcaactgccacag 36387849  T
Q  342 atatatcagcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcccgacccatc-tc 440  Q
    || |||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  36387848 atgtatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgtcccatcttc 36387749  T
Q  441 tactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcacaattactttttgatcc 540  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  36387748 tattctgataccaatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaagggtcacaattaccatttgatcc 36387649  T
Q  541 acaggttc 548  Q
    ||| ||||    
T  36387648 acatgttc 36387641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 125 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 36434114 - 36433691
Alignment:
Q  125 gggaatatcttacctagttcaactgcattgactcgtaaaaataaatcttggccttgatcgctaactttctgaacgtccattaaatccccatgccatgcca 224  Q
    |||||| |||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  36434114 gggaatttcttacctagttcaactttatcgacacgtaaaaataaatcttggccttgatcgcttactttttgaatgtccattaaatcaccatgccatgcca 36434015  T
Q  225 aacaaccacttccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatc 324  Q
    |||| || ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  36434014 aacacccgcttccaccattgctcacattatcaactgcataggctgtacaagaacagtttctgaagcattctttttcacattcttccaaactcaaaccacc 36433915  T
Q  325 tatggcaactgctccagatatatcagcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacac 424  Q
    | |||||  |||    ||| |||||| ||||||||  || |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  36433914 tttggcatttgccatcgatgtatcaggaactttcaagctgacaattttgataaacccttctccattcccacaaacagatgaaccgttcttccttacacac 36433815  T
Q  425 cctcccgacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaagggtcac 524  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | |||| |||| |||||||||||| |||||||||  || || |||||  ||||||| | ||||||||    
T  36433814 cctcctgacccatctccactctcataccaatcgcctggagatttgggttcaaaaccaggtaaacaagcacatttgaagtccgcaaagttcatagggtcac 36433715  T
Q  525 aattactttttgatccacaggttc 548  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||    
T  36433714 aattactgtttgatccacatgttc 36433691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University