View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9661A_high_13 (Length: 371)

Name: NF9661A_high_13
Description: NF9661A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9661A_high_13
NF9661A_high_13
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (7-366)||(21792010-21792369)
chr7 (21-361)||(21788233-21788573)
chr7 (21-366)||(21681649-21681994)
chr7 (24-366)||(15713622-15713964)
chr7 (24-292)||(21623266-21623534)
chr7 (21-366)||(21646742-21647091)
chr7 (22-366)||(21807970-21808314)
chr7 (21-366)||(21689412-21689757)
chr7 (21-366)||(21785405-21785750)
chr7 (21-366)||(21652068-21652413)
chr7 (21-366)||(21628124-21628469)
chr7 (21-363)||(21992175-21992526)
chr7 (24-366)||(21704642-21704984)
chr7 (24-366)||(21664097-21664442)
chr7 (22-364)||(21714184-21714526)
chr7 (21-364)||(21725897-21726240)
chr7 (21-364)||(21771962-21772305)
chr7 (21-292)||(21764135-21764406)
chr7 (24-365)||(21745532-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (20-150)||(25588-25718)
scaffold0182 (203-364)||(25311-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (27-101)||(18192049-18192123)
chr1 (217-330)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 7 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21792369 - 21792010
Alignment:
Q  7 caaaatgcttccaattctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagaga 106  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21792369 caaaatgcttccatttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccgtcaagaga 21792270  T
Q  107 cttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtg 206  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  21792269 cttgcgggttaaagttaaaacatcatcgctaaaacgatccttcagcgtatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttcagaatgctttcagtt 21792170  T
Q  207 tttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcgggg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  21792169 tttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatctgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaaccttggga 21792070  T
Q  307 tgtaatacttctcaaaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792069 tgtaatgcttctcaaaattttctctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 21792010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 21 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 21788573 - 21788233
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21788573 ttctctaagatatacaacaaagaacatccatccacgaacaacatccacgacagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagacttgccagttaaag 21788474  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   |||||  | ||||||||| ||||||||     
T  21788473 ttaaaacatcgtcgccaaaatgacccttcagttcatcaatgttatctgcaatctttttgtgcagatcctctggaatgtgtccagtgttttcgatgtattt 21788374  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  || |||||||||| |||||||  || |  ||| | || | ||||| |||||||    
T  21788373 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcaaatttgtgttgtcatgatggataggacctaccgacaacaacttgggcgagtaatgcttctca 21788274  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtat 361  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21788273 aagttttttctatttctgagatactctgccaccctttgtat 21788233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 21 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21681994 - 21681649
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  21681994 ttctccaagatatgtagcaaagaacatccatccacgaacaacatccatgataacttttcttcaaggctatgatagccttcaagagactcgccggttaaag 21681895  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  21681894 ttaaaacatcgtcgctaaaatggcccttcaattcatcaatgttatcagcaatttttttgtatagatccttttgaatgcttccagtgtttttgatgtattt 21681795  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||| |||||| || || |    
T  21681794 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactttagatctgtattgccatgatggataggacctattgacacaaacttggggctgtaatgctcctta 21681695  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    || ||| |||| ||| ||| ||||  || |||||||||||||||||    
T  21681694 aattttgttctatttttgacataccgtggcaccctttgtatctttg 21681649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 24 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 15713964 - 15713622
Alignment:
Q  24 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 123  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  15713964 tccaagatatgcagcaaagagcatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttctaggctaccaaatccttgaagtgactttccggttaaagtta 15713865  T
Q  124 aaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgc 223  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |   |||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  15713864 aaacatcgtcactaaaatgacacttcagttcatcaatgttatcagcaatctttttgtgcagttcctctagaatgcttccagtgtttttgatgtattttgc 15713765  T
Q  224 tgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaaaa 323  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||| || |||||||||| || |||||||| || ||| | || | ||||| | ||||| ||    
T  15713764 cgcccacataagcttgtacttctcccctgactttagatttgtattgtcatgatggatagggcctattgaaaccaacttaggtgcgtaatgcatctcataa 15713665  T
Q  324 ttttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    ||||| || |||||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  15713664 tttttactttttctgagatagcctggcaccctttgtatctttg 15713622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 24 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 21623534 - 21623266
Alignment:
Q  24 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 123  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21623534 tccatgatatgcagcaaagaacatccatccacgaacaacatccacgacagcttttctttaatgctaccaaagccttcaagagactttccggttaaagtta 21623435  T
Q  124 aaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgc 223  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||   ||   |||||||||||||||| |||    
T  21623434 aaacatcgtcactaaaatgacccttcagttcatcaatattatcagcaatcttgttgtgcatatccttctgaacttttctggtgtttttgatgtattttgc 21623335  T
Q  224 tgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattga 292  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  21623334 tgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcagatttgtattgccatgatggataggacctattga 21623266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 21 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21647091 - 21646742
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccat----ccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggtt 116  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||    |||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||     
T  21647091 ttctctaagatatgcagcaaagaacatccatatatccacgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctacggaagcctttaagagacttgccggtc 21646992  T
Q  117 aaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgt 216  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||    
T  21646991 aaagttaaaacgtcgtcgctaaaatgacccttcagttcatcaatgttatctacaatctttttgtgtagatccttcttaattcttcccgtgtttttgatgt 21646892  T
Q  217 attctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatactt 316  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||| | || |||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||||| ||     
T  21646891 attttgctgcccacataagcttgtatttctctcctatcttcagctttggattgtcatgatggataggacctattgacaccaacttgggggtgtaatgctc 21646792  T
Q  317 ctcaaaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21646791 ctcaaattttgttctatttctgagatactgtggcaccctttgtatctttg 21646742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 22 - 366
Target Start/End: Original strand, 21807970 - 21808314
Alignment:
Q  22 tctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagt 121  Q
    ||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21807970 tctccaagatataaagcaaagagcatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagactggccggttaaagt 21808069  T
Q  122 taaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattct 221  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |   ||||     |  ||||||  |||||||      
T  21808070 taaaacatcgtcgccaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctagaataaagccgctgttttctatgtatttc 21808169  T
Q  222 gctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaa 321  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||| ||| | || | ||||| ||||||||    
T  21808170 gcagaccacataagcttgtacttctctcctaacttcagatttatatttccatgatggataggacctattgataccaacttgggtgagtaatgcttctcaa 21808269  T
Q  322 aattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
     |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21808270 gatttgttctatttctgagatactcagccaccctttgtatctttg 21808314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 21 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21689757 - 21689412
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    |||||||||||||  | |||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||| ||||| || ||||| || |    
T  21689757 ttctccaagatataaagcaaagagcatccatccaccaacaacatccacgatagcttttcttcaagactatcaaagccttcgagagaatttccggtcaatg 21689658  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    |||||||||| ||   ||||||||||||||| | ||||||||||||  |||| |||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  21689657 ttaaaacatcgtcatcaaaatgacccttcagtttatcaatgttatcaacaatgtttttgtgtagatccctctgaatgcttccagtgtttttgatgtattt 21689558  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | || ||||||||||||| |||||| |||| |  ||||||||||| |||| |||||||    
T  21689557 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactttagagatttattgccatgatggataggaccttttgacatcaacctcggggtctaatgcttctca 21689458  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    || |||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  21689457 aatttttctctatttctgagatactcttgcaccctttgtatctttg 21689412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 21 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21785750 - 21785405
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  21785750 ttctccaagatatgtagcaaagaacatccatccacaaacaacatccacgacagcttttcttcaaggctaccaaagtcttcaagagactggccggttaaag 21785651  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||     || |||   |  | || | || |||||     
T  21785650 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagttcattaatgttatcggcaatctttttgtgtagatcgcgtggattgcggcctatattctcgaggtattt 21785551  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| | || |||||||||| ||||||||||| || ||| | || | ||||| |||||||    
T  21785550 tgcggcccacataagcttgtacttctctcctgtcttcagatttggattgtcatgatggataggacctattgacactaacttgggtgagtaatgcttctca 21785451  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    || ||||| || ||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  21785450 aagtttttcctatttcttagatactcttgcaccctttgtatctttg 21785405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 21 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21652413 - 21652068
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21652413 ttctccaagatatgcagcaacgaacatccatccacgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctatcaaagccttcaagagacttgccagttaaag 21652314  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||  |||| |   ||||     |  ||||||  |||||||     
T  21652313 ttaaaacatcgtcgctaaaatgaccctttagttcgttaattttatcggcaatctttttgtgtcgatcctctagaataaagccgttgttttctatgtattt 21652214  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||   | || ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||||    
T  21652213 tgctgcccacataagcttatactcctctcctggtttcatatttgtattgtcatgatggataggacctattgaaacaaacttgggggtgtaatgtttctca 21652114  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  21652113 aaattgtttctatttctgagatactgtggcaccctttgtatctttg 21652068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 21 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21628469 - 21628124
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    |||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| || || ||||||     
T  21628469 ttctccaagatataaagcaaagagcatccatccacgaacaacatccacgacagcttttcttcaaggcatccaaagccttgaagagagtttcccgttaaat 21628370  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || |   ||||   | || ||||||  |||||||     
T  21628369 ttaaaacatcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatcagcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccaatgttttctatgtattt 21628270  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || | |||||||||| ||    
T  21628269 tgatgcccacacaagcttgtacttctctcctatgttcagatttgtactgccatgatggataggacctattgacacaaacttgggtgagtaatacttccca 21628170  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    |||| |||| | ||||||||||  || |||||||||||||||||||    
T  21628169 aaatcttttttatttctgagatgatcggccaccctttgtatctttg 21628124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 363
Target Start/End: Complemental strand, 21992526 - 21992175
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||    
T  21992526 ttctctaagatatacaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagactttccagctaaag 21992427  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||     || |   | | |  |||| ||||||||     
T  21992426 ttaaaacatcgtcactaaaatgacccttcagttcatcaatgttatcgataatctttttgtgtagatcgcatggattaagtcctgcattttcgatgtattt 21992327  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagat---------ttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaa 311  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||         ||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||  | || | |||     
T  21992326 tgctgcccacgtaagcttgtacttctctcctaacttcagatttgcattgcttgtattgccatgatggataggacctattgacaccaatttgggtgagtag 21992227  T
Q  312 tacttctcaaaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatct 363  Q
    | ||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21992226 tgcttctcaaagtcttttctatttttgagatactctgccaccctttgtatct 21992175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 24 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21704984 - 21704642
Alignment:
Q  24 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 123  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || ||||   ||||||||| |||||| || ||||||| |||||    
T  21704984 tccaagatatggagcaaagaacatccatccatgaacaatatccacgacagcttttcatcaaggcactcaaagccttgaagagagtttccggttagagtta 21704885  T
Q  124 aaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgc 223  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || |   ||||   | | |||||||  ||||||| |||    
T  21704884 aaacatcatcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatctgcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccggtgttttctatgtattttgc 21704785  T
Q  224 tgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaaaa 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||||||| |||||||| || || ||| | || | ||||| || ||||||     
T  21704784 tgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcagagttggattgtcatgatggataggacctatcgacactaacttgggtgagtaatgctgctcaaag 21704685  T
Q  324 ttttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    ||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  21704684 ttttttctacttctgagatactcttgcaccctttgtatctttg 21704642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 136; E-Value: 7e-71
Query Start/End: Original strand, 24 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 21664442 - 21664097
Alignment:
Q  24 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 123  Q
    ||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21664442 tccaagatataaagcaaagagcatccatccacgaacaatatccacgacagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 21664343  T
Q  124 aa---acatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    ||   |||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||   |||||||||||| |||||     || ||  |   || ||||  |||||||     
T  21664342 aaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaaaaatctttttgtgtagatcccgtggattgagtcttgtattttcaatgtattt 21664243  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |  ||| | || | |||||||||||||    
T  21664242 tgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtattgccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaatacttctca 21664143  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttg 366  Q
    || |||||||| ||||||||||  | || |||||||||||||||||    
T  21664142 aagttttttctgtttctgagattgtgtggcaccctttgtatctttg 21664097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 22 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 21714526 - 21714184
Alignment:
Q  22 tctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagt 121  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||| |||     
T  21714526 tctccaagatatgaagcaaagaacatccatccacgaacaacatccacgatagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagaccaactggttgaagc 21714427  T
Q  122 taaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattct 221  Q
    ||||||||| | |  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  |   |||||||  ||||||| |    
T  21714426 taaaacatcgttgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatctgcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtctggtgttttctatgtatttt 21714327  T
Q  222 gctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaa 321  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||  || |||||||| | || |||||||||| ||||||| ||| |||||| | || | ||||| ||||||||    
T  21714326 gctgcccacataagtttgtacttctctcctttcttcagatttggattgtcatgatggataggacctaatgacacaaacttgggtgagtaatgcttctcaa 21714227  T
Q  322 aattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctt 364  Q
    ||||| |||| ||||||| |   ||  ||||||||||||||||    
T  21714226 aatttgttctatttctgaaacggtcaaccaccctttgtatctt 21714184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 21726240 - 21725897
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||   | |||| |||    
T  21726240 ttctccaagatatacagcaaagaacatccatccacgaacaacatccacgacagcttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaag 21726141  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
     ||||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  | | |||||||  |||||||     
T  21726140 ctaaaacatcgtcgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtccggtgttttctatgtattt 21726041  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||   |||||||||  |   |||||| || ||||||||||| ||| || | || | ||||| |||||||    
T  21726040 tgctgcccacataagtttgtactactctgctaatatcagatttgtgttctgatgatgaataggacctattgacacacacttgggtgagtaatgcttctca 21725941  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctt 364  Q
    || |||||||| ||||||||| ||| |  |||||||||||||||    
T  21725940 aagttttttctatttctgagagactttagcaccctttgtatctt 21725897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 21772305 - 21771962
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||   | |||| |||    
T  21772305 ttctccaagatatacagcaaagaacatccatccacgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaag 21772206  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  | |  | ||||  |||||||     
T  21772205 ttaaaacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtatccgttattttctatgtattt 21772106  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 320  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||  |   |||||| || ||||||||||| ||| || | || | ||||| |||||||    
T  21772105 tgctgcccacataagtttgtacttctctgctaatatcagatttgtgttatgatgatgaataggacctattgacacacacttgggtgagtaatgcttctca 21772006  T
Q  321 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctt 364  Q
    || |||||||| ||||||||| ||| |  |||||||||||||||    
T  21772005 aagttttttctatttctgagagactttagcaccctttgtatctt 21771962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 21 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 21764406 - 21764135
Alignment:
Q  21 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 120  Q
    |||||||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| || |||||||    
T  21764406 ttctccaagagataaagcaaagagcatccatccacgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccagttaaag 21764307  T
Q  121 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 220  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| || || |   || |   | | |||||||  ||||||||    
T  21764306 ttaaaacatcatcgctaaaacgacccttcagttcatcgatgttatcagcaatcttttggtgtagttcctctggattaagtgcggtgttttctatgtattc 21764207  T
Q  221 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattga 292  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||| |||||||||| |||||||||||    
T  21764206 tgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatctgatctgtcatgatggataggacctattga 21764135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 24 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 21745873 - 21745532
Alignment:
Q  24 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 123  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||| |||||| || || ||||||||||    
T  21745873 tccaagatatggagcaaagaacatccatctacgaataacatccacgacagcttttcttcaaggcattcaaagccttgaagagaatttccagttaaagtta 21745774  T
Q  124 aaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgc 223  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |   || ||    | || || | || ||||| |||    
T  21745773 aaacatcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatcaacaatctttttgtgcagatcgtgtggattgtggcctgtattctcgaggtattttgc 21745674  T
Q  224 tgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaaaa 323  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||  ||  ||||||| | || |||||||||| ||||||| ||| || ||| | || | ||||| ||||||||||    
T  21745673 tgcccacataagcttatactcttctcctgtctttagatttggattgtcatgatggataggacctaatgacaccaacttgggtgagtaatgcttctcaaaa 21745574  T
Q  324 ttttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatcttt 365  Q
    ||| |||| ||| ||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  21745573 tttgttctatttatgagatggtctaccaccctttgtatcttt 21745532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 25718 - 25588
Alignment:
Q  20 attctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaa 119  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  25718 attctccaagatatgtagcaaagaacatccatccacgaacaacatcaacgacagcttttcttcaagggtaccaaagccttcaagagactttttagttaaa 25619  T
Q  120 gttaaaacatcatcgctaaaatgacccttca 150  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25618 gttaaaacatcctcgctaaaatgacccttca 25588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 203 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 25472 - 25311
Alignment:
Q  203 agtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctc 302  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| ||||||||||| || ||| |     
T  25472 agtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatttttattgtcatgatggataggacctattgacaccaacttg 25373  T
Q  303 ggggtgtaatacttctcaaaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctt 364  Q
    ||  |||| ||||||   ||||||  | |||||||| | || | ||||||||||||||||||    
T  25372 ggtttgtagtacttcctcaaatttggtatctttctgcggtaatatgccaccctttgtatctt 25311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 27 - 101
Target Start/End: Original strand, 18192049 - 18192123
Alignment:
Q  27 aagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttca 101  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | | || |||||||||||    
T  18192049 aagatacgcaacaaagaacatccatccacaaacaacatccatgatagcttttcttccaagttatcaaagccttca 18192123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 217 - 330
Target Start/End: Original strand, 18192233 - 18192346
Alignment:
Q  217 attctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatactt 316  Q
    ||| ||||||||||   |||||||||||||||| |||||||| |||||  |  ||||||||||| ||||| |||||||| ||  | || | ||||| |||    
T  18192233 attttgctgcccactgtagcttgtacttctctcataactccaaatttgggcgaccatgatggataggacccattgataccaatttgggcgagtaatgctt 18192332  T
Q  317 ctcaaaattttttc 330  Q
    |||||||| |||||    
T  18192333 ctcaaaatcttttc 18192346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University