View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9661_low_8 (Length: 431)

Name: NF9661_low_8
Description: NF9661
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9661_low_8
NF9661_low_8
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (19-421)||(21791967-21792369)
chr7 (33-415)||(21681612-21681994)
chr7 (33-398)||(21788208-21788573)
chr7 (36-421)||(15713579-15713964)
chr7 (33-421)||(21689369-21689757)
chr7 (33-418)||(21646702-21647091)
chr7 (36-404)||(21623160-21623534)
chr7 (34-405)||(21807970-21808341)
chr7 (33-380)||(21785403-21785750)
chr7 (33-398)||(21652048-21652413)
chr7 (33-380)||(21628122-21628469)
chr7 (33-375)||(21992175-21992526)
chr7 (36-395)||(21664080-21664442)
chr7 (36-380)||(21704640-21704984)
chr7 (34-398)||(21714162-21714526)
chr7 (33-395)||(21771943-21772305)
chr7 (33-386)||(21725887-21726240)
chr7 (33-304)||(21764135-21764406)
chr7 (36-377)||(21745532-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (32-162)||(25588-25718)
scaffold0182 (215-398)||(25289-25472)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (39-113)||(18192049-18192123)
chr1 (229-342)||(18192233-18192346)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 21792369 - 21791967
Alignment:
Q  19 caaaatgcttccaattctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagaga 118  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21792369 caaaatgcttccatttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaatatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccgtcaagaga 21792270  T
Q  119 cttgccggttaaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtg 218  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  21792269 cttgcgggttaaagttaaaacatcatcgctaaaacgatccttcagcgtatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttcagaatgctttcagtt 21792170  T
Q  219 tttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcgggg 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  21792169 tttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatctgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaaccttggga 21792070  T
Q  319 tgtaatacttctcaaaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgttggatttgtatctatgtacct 418  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21792069 tgtaatgcttctcaaaattttctctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgttggatttgtatctatgtacct 21791970  T
Q  419 ttg 421  Q
    |||    
T  21791969 ttg 21791967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 33 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 21681994 - 21681612
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  21681994 ttctccaagatatgtagcaaagaacatccatccacgaacaacatccatgataacttttcttcaaggctatgatagccttcaagagactcgccggttaaag 21681895  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||     
T  21681894 ttaaaacatcgtcgctaaaatggcccttcaattcatcaatgttatcagcaatttttttgtatagatccttttgaatgcttccagtgtttttgatgtattt 21681795  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||| |||||| || || |    
T  21681794 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactttagatctgtattgccatgatggataggacctattgacacaaacttggggctgtaatgctcctta 21681695  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgttggatttgtatctatgta 415  Q
    || ||| |||| ||| ||| ||||  || |||||||||||||||||||  |||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  21681694 aattttgttctatttttgacataccgtggcaccctttgtatctttggtcgtgaattttggggtgtttgatttgtatctatgta 21681612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 33 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 21788573 - 21788208
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21788573 ttctctaagatatacaacaaagaacatccatccacgaacaacatccacgacagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagacttgccagttaaag 21788474  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |   |||||  | ||||||||| ||||||||     
T  21788473 ttaaaacatcgtcgccaaaatgacccttcagttcatcaatgttatctgcaatctttttgtgcagatcctctggaatgtgtccagtgttttcgatgtattt 21788374  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  || |||||||||| |||||||  || |  ||| | || | ||||| |||||||    
T  21788373 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcaaatttgtgttgtcatgatggataggacctaccgacaacaacttgggcgagtaatgcttctca 21788274  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgtt 398  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||  |||| || ||||||||    
T  21788273 aagttttttctatttctgagatactctgccaccctttgtattttcggtcgtgaattttggggtgtt 21788208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 36 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 15713964 - 15713579
Alignment:
Q  36 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 135  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  15713964 tccaagatatgcagcaaagagcatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttctaggctaccaaatccttgaagtgactttccggttaaagtta 15713865  T
Q  136 aaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgc 235  Q
    ||||||| || |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |   |||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  15713864 aaacatcgtcactaaaatgacacttcagttcatcaatgttatcagcaatctttttgtgcagttcctctagaatgcttccagtgtttttgatgtattttgc 15713765  T
Q  236 tgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaaaa 335  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||||| || |||||||||| || |||||||| || ||| | || | ||||| | ||||| ||    
T  15713764 cgcccacataagcttgtacttctcccctgactttagatttgtattgtcatgatggatagggcctattgaaaccaacttaggtgcgtaatgcatctcataa 15713665  T
Q  336 ttttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgttggatttgtatctatgtacctttg 421  Q
    ||||| || |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | ||||||| |||||| |||||    
T  15713664 tttttactttttctgagatagcctggcaccctttgtatctttggtcgtgaactttggggtgtttgctttgtatttatgtaactttg 15713579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 33 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 21689757 - 21689369
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    |||||||||||||  | |||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||||||| ||||| || ||||| || |    
T  21689757 ttctccaagatataaagcaaagagcatccatccaccaacaacatccacgatagcttttcttcaagactatcaaagccttcgagagaatttccggtcaatg 21689658  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    |||||||||| ||   ||||||||||||||| | ||||||||||||  |||| |||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  21689657 ttaaaacatcgtcatcaaaatgacccttcagtttatcaatgttatcaacaatgtttttgtgtagatccctctgaatgcttccagtgtttttgatgtattt 21689558  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | || ||||||||||||| |||||| |||| |  ||||||||||| |||| |||||||    
T  21689557 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactttagagatttattgccatgatggataggaccttttgacatcaacctcggggtctaatgcttctca 21689458  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgttggatttgtatctatgtacctttg 421  Q
    || |||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21689457 aatttttctctatttctgagatactcttgcaccctttgtatctttggtcgtgaactttcgggtgttggatttgtatctatgtacctttg 21689369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 33 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 21647091 - 21646702
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccat----ccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggtt 128  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||    |||||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||     
T  21647091 ttctctaagatatgcagcaaagaacatccatatatccacgaacaatatccacgacaacttttcttcaaggctacggaagcctttaagagacttgccggtc 21646992  T
Q  129 aaagttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgt 228  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||| ||| ||| | |||||||||||||    
T  21646991 aaagttaaaacgtcgtcgctaaaatgacccttcagttcatcaatgttatctacaatctttttgtgtagatccttcttaattcttcccgtgtttttgatgt 21646892  T
Q  229 attctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatactt 328  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||| | || |||||||||| ||||||||||| || ||| | |||||||||| ||     
T  21646891 attttgctgcccacataagcttgtatttctctcctatcttcagctttggattgtcatgatggataggacctattgacaccaacttgggggtgtaatgctc 21646792  T
Q  329 ctcaaaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgttggatttgtatctatgtacct 418  Q
    |||||| ||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||| || |||||||| ||| | |||||||||||||    
T  21646791 ctcaaattttgttctatttctgagatactgtggcaccctttgtatctttggtcgtgaattttggggtgtttgatctatatctatgtacct 21646702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 36 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 21623534 - 21623160
Alignment:
Q  36 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 135  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21623534 tccatgatatgcagcaaagaacatccatccacgaacaacatccacgacagcttttctttaatgctaccaaagccttcaagagactttccggttaaagtta 21623435  T
Q  136 aaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgc 235  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||   ||   |||||||||||||||| |||    
T  21623434 aaacatcgtcactaaaatgacccttcagttcatcaatattatcagcaatcttgttgtgcatatccttctgaacttttctggtgtttttgatgtattttgc 21623335  T
Q  236 tgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaaaa 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||| | || | ||||| |||  |||||    
T  21623334 tgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcagatttgtattgccatgatggataggacctattgacaccaacttgggtgagtaatgcttggcaaaa 21623235  T
Q  336 ttttttctctt------tctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgttggattt 404  Q
       ||||| ||      || || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||||    
T  21623234 aaatttctatttccgaatccgacatactctgccaccctttgtatctttggtcgtgaactttcgggtgttggattt 21623160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 34 - 405
Target Start/End: Original strand, 21807970 - 21808341
Alignment:
Q  34 tctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagt 133  Q
    ||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21807970 tctccaagatataaagcaaagagcatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagactggccggttaaagt 21808069  T
Q  134 taaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattct 233  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |   ||||     |  ||||||  |||||||      
T  21808070 taaaacatcgtcgccaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctagaataaagccgctgttttctatgtatttc 21808169  T
Q  234 gctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaa 333  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||||||||| |||||||||||||| ||| | || | ||||| ||||||||    
T  21808170 gcagaccacataagcttgtacttctctcctaacttcagatttatatttccatgatggataggacctattgataccaacttgggtgagtaatgcttctcaa 21808269  T
Q  334 aattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgttggatttg 405  Q
     |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| || ||||| || ||||||    
T  21808270 gatttgttctatttctgagatactcagccaccctttgtatctttggtcgtgaattttggggtatttgatttg 21808341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 33 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 21785750 - 21785403
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  21785750 ttctccaagatatgtagcaaagaacatccatccacaaacaacatccacgacagcttttcttcaaggctaccaaagtcttcaagagactggccggttaaag 21785651  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||     || |||   |  | || | || |||||     
T  21785650 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagttcattaatgttatcggcaatctttttgtgtagatcgcgtggattgcggcctatattctcgaggtattt 21785551  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| | || |||||||||| ||||||||||| || ||| | || | ||||| |||||||    
T  21785550 tgcggcccacataagcttgtacttctctcctgtcttcagatttggattgtcatgatggataggacctattgacactaacttgggtgagtaatgcttctca 21785451  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggt 380  Q
    || ||||| || ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||    
T  21785450 aagtttttcctatttcttagatactcttgcaccctttgtatctttggt 21785403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 33 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 21652413 - 21652048
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21652413 ttctccaagatatgcagcaacgaacatccatccacgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctatcaaagccttcaagagacttgccagttaaag 21652314  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||  |||| |   ||||     |  ||||||  |||||||     
T  21652313 ttaaaacatcgtcgctaaaatgaccctttagttcgttaattttatcggcaatctttttgtgtcgatcctctagaataaagccgttgttttctatgtattt 21652214  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||   | || ||||||| || |||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||||    
T  21652213 tgctgcccacataagcttatactcctctcctggtttcatatttgtattgtcatgatggataggacctattgaaacaaacttgggggtgtaatgtttctca 21652114  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgtt 398  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||| || ||||||||    
T  21652113 aaattgtttctatttctgagatactgtggcaccctttgtatctttggtcgtgaattttggggtgtt 21652048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 33 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 21628469 - 21628122
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    |||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||| |||||| || || ||||||     
T  21628469 ttctccaagatataaagcaaagagcatccatccacgaacaacatccacgacagcttttcttcaaggcatccaaagccttgaagagagtttcccgttaaat 21628370  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || |   ||||   | || ||||||  |||||||     
T  21628369 ttaaaacatcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatcagcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccaatgttttctatgtattt 21628270  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || | |||||||||| ||    
T  21628269 tgatgcccacacaagcttgtacttctctcctatgttcagatttgtactgccatgatggataggacctattgacacaaacttgggtgagtaatacttccca 21628170  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggt 380  Q
    |||| |||| | ||||||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  21628169 aaatcttttttatttctgagatgatcggccaccctttgtatctttggt 21628122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 33 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 21992526 - 21992175
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | |||||    
T  21992526 ttctctaagatatacaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggcttccaaagccttcaagagactttccagctaaag 21992427  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||||     || |   | | |  |||| ||||||||     
T  21992426 ttaaaacatcgtcactaaaatgacccttcagttcatcaatgttatcgataatctttttgtgtagatcgcatggattaagtcctgcattttcgatgtattt 21992327  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagat---------ttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaa 323  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||         ||||| ||||||||||||| ||||||||||| || ||  | || | |||     
T  21992326 tgctgcccacgtaagcttgtacttctctcctaacttcagatttgcattgcttgtattgccatgatggataggacctattgacaccaatttgggtgagtag 21992227  T
Q  324 tacttctcaaaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatct 375  Q
    | ||||||||| | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21992226 tgcttctcaaagtcttttctatttttgagatactctgccaccctttgtatct 21992175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 36 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 21664442 - 21664080
Alignment:
Q  36 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 135  Q
    ||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21664442 tccaagatataaagcaaagagcatccatccacgaacaatatccacgacagcttttcttcaaggcttccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 21664343  T
Q  136 aa---acatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    ||   |||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||   |||||||||||| |||||     || ||  |   || ||||  |||||||     
T  21664342 aaattacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcgatgttatcaaaaatctttttgtgtagatcccgtggattgagtcttgtattttcaatgtattt 21664243  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |  ||| | || | |||||||||||||    
T  21664242 tgctgcccacataagcttgtacttccctcctaacttcagatctgtattgccatgatggataggacctattgacaggaacttgggtgagtaatacttctca 21664143  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggt 395  Q
    || |||||||| ||||||||||  | || |||||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  21664142 aagttttttctgtttctgagattgtgtggcaccctttgtatctttggtcgtgaactttggggt 21664080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 36 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 21704984 - 21704640
Alignment:
Q  36 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 135  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| || ||||   ||||||||| |||||| || ||||||| |||||    
T  21704984 tccaagatatggagcaaagaacatccatccatgaacaatatccacgacagcttttcatcaaggcactcaaagccttgaagagagtttccggttagagtta 21704885  T
Q  136 aaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgc 235  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || || |   ||||   | | |||||||  ||||||| |||    
T  21704884 aaacatcatcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatctgcaatctttttgtgtagttcctctggaataagtccggtgttttctatgtattttgc 21704785  T
Q  236 tgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaaaa 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||||||| |||||||| || || ||| | || | ||||| || ||||||     
T  21704784 tgcccacataagcttgtacttctctcctaacttcagagttggattgtcatgatggataggacctatcgacactaacttgggtgagtaatgctgctcaaag 21704685  T
Q  336 ttttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggt 380  Q
    ||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  21704684 ttttttctacttctgagatactcttgcaccctttgtatctttggt 21704640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 34 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 21714526 - 21714162
Alignment:
Q  34 tctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagt 133  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   | |||| |||     
T  21714526 tctccaagatatgaagcaaagaacatccatccacgaacaacatccacgatagcttttcttcaaggctaccaaagccttcaagagaccaactggttgaagc 21714427  T
Q  134 taaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattct 233  Q
    ||||||||| | |  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  |   |||||||  ||||||| |    
T  21714426 taaaacatcgttgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatctgcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtctggtgttttctatgtatttt 21714327  T
Q  234 gctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaa 333  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||  || |||||||| | || |||||||||| ||||||| ||| |||||| | || | ||||| ||||||||    
T  21714326 gctgcccacataagtttgtacttctctcctttcttcagatttggattgtcatgatggataggacctaatgacacaaacttgggtgagtaatgcttctcaa 21714227  T
Q  334 aattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgtt 398  Q
    ||||| |||| ||||||| |   ||  |||||||||||||||| |||  |||| || ||||||||    
T  21714226 aatttgttctatttctgaaacggtcaaccaccctttgtatcttcggtcgtgaattttggggtgtt 21714162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 33 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 21772305 - 21771943
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||   | |||| |||    
T  21772305 ttctccaagatatacagcaaagaacatccatccacgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaag 21772206  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  | |  | ||||  |||||||     
T  21772205 ttaaaacatcatcgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtatccgttattttctatgtattt 21772106  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||  |   |||||| || ||||||||||| ||| || | || | ||||| |||||||    
T  21772105 tgctgcccacataagtttgtacttctctgctaatatcagatttgtgttatgatgatgaataggacctattgacacacacttgggtgagtaatgcttctca 21772006  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggt 395  Q
    || |||||||| ||||||||| ||| |  ||||||||||||||| ||| ||||| || |||||    
T  21772005 aagttttttctatttctgagagactttagcaccctttgtatcttcggtcttgaattttggggt 21771943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 33 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 21726240 - 21725887
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||   | |||| |||    
T  21726240 ttctccaagatatacagcaaagaacatccatccacgaacaacatccacgacagcttttcttcaaggctacgaaagcctgcaagagaccatctggttgaag 21726141  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
     ||||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |   |||||  | | |||||||  |||||||     
T  21726140 ctaaaacatcgtcgtcaaaatgacccttcagttcatcaatgttatcagcaatctttttgtgtagatcctctggaatgtgtccggtgttttctatgtattt 21726041  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctca 332  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||   |||||||||  |   |||||| || ||||||||||| ||| || | || | ||||| |||||||    
T  21726040 tgctgcccacataagtttgtactactctgctaatatcagatttgtgttctgatgatgaataggacctattgacacacacttgggtgagtaatgcttctca 21725941  T
Q  333 aaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaa 386  Q
    || |||||||| ||||||||| ||| |  ||||||||||||||| ||| |||||    
T  21725940 aagttttttctatttctgagagactttagcaccctttgtatcttcggtcttgaa 21725887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 33 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 21764406 - 21764135
Alignment:
Q  33 ttctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaag 132  Q
    |||||||||| ||  | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| || |||||||    
T  21764406 ttctccaagagataaagcaaagagcatccatccacgaacaacatccacgacaacttttcttcaaggctatgaaagccttcaagagactttccagttaaag 21764307  T
Q  133 ttaaaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattc 232  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| ||| || || |   || |   | | |||||||  ||||||||    
T  21764306 ttaaaacatcatcgctaaaacgacccttcagttcatcgatgttatcagcaatcttttggtgtagttcctctggattaagtgcggtgttttctatgtattc 21764207  T
Q  233 tgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattga 304  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||| |||||||||| |||||||||||    
T  21764206 tgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatctgatctgtcatgatggataggacctattga 21764135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 36 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 21745873 - 21745532
Alignment:
Q  36 tccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaagtta 135  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||| |||||| || || ||||||||||    
T  21745873 tccaagatatggagcaaagaacatccatctacgaataacatccacgacagcttttcttcaaggcattcaaagccttgaagagaatttccagttaaagtta 21745774  T
Q  136 aaacatcatcgctaaaatgacccttcagatcatcaatgttatcggcaatctttttgtgcagatctttctgaatgctttcagtgtttttgatgtattctgc 235  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |   || ||    | || || | || ||||| |||    
T  21745773 aaacatcgtcgctaaaacgacccttcagttcatcaatgttatcaacaatctttttgtgcagatcgtgtggattgtggcctgtattctcgaggtattttgc 21745674  T
Q  236 tgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatacttctcaaaa 335  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||  ||  ||||||| | || |||||||||| ||||||| ||| || ||| | || | ||||| ||||||||||    
T  21745673 tgcccacataagcttatactcttctcctgtctttagatttggattgtcatgatggataggacctaatgacaccaacttgggtgagtaatgcttctcaaaa 21745574  T
Q  336 ttttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatcttt 377  Q
    ||| |||| ||| ||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  21745573 tttgttctatttatgagatggtctaccaccctttgtatcttt 21745532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 25718 - 25588
Alignment:
Q  32 attctccaagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttcaagagacttgccggttaaa 131  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  25718 attctccaagatatgtagcaaagaacatccatccacgaacaacatcaacgacagcttttcttcaagggtaccaaagccttcaagagactttttagttaaa 25619  T
Q  132 gttaaaacatcatcgctaaaatgacccttca 162  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25618 gttaaaacatcctcgctaaaatgacccttca 25588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 215 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 25472 - 25289
Alignment:
Q  215 agtgtttttgatgtattctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctc 314  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| ||||||||||| || ||| |     
T  25472 agtgttttctatgtattctgctgcccacttaagcttgtacttctctcctaacttcagatttttattgtcatgatggataggacctattgacaccaacttg 25373  T
Q  315 ggggtgtaatacttctcaaaattttttctctttctgagatactctgccaccctttgtatctttggttttgaacttgggggtgtt 398  Q
    ||  |||| ||||||   ||||||  | |||||||| | || | |||||||||||||||||| |||  |||| || ||||||||    
T  25372 ggtttgtagtacttcctcaaatttggtatctttctgcggtaatatgccaccctttgtatcttgggtggtgaattttggggtgtt 25289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 113
Target Start/End: Original strand, 18192049 - 18192123
Alignment:
Q  39 aagatatgcaacaaagaacatccatccacgaacaacatccatgacagcttttcttcgaggctaccaaagccttca 113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | | || |||||||||||    
T  18192049 aagatacgcaacaaagaacatccatccacaaacaacatccatgatagcttttcttccaagttatcaaagccttca 18192123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 229 - 342
Target Start/End: Original strand, 18192233 - 18192346
Alignment:
Q  229 attctgctgcccacataagcttgtacttctctcctaactccagatttgtactgccatgatggatgggacctattgatacaaacctcggggtgtaatactt 328  Q
    ||| ||||||||||   |||||||||||||||| |||||||| |||||  |  ||||||||||| ||||| |||||||| ||  | || | ||||| |||    
T  18192233 attttgctgcccactgtagcttgtacttctctcataactccaaatttgggcgaccatgatggataggacccattgataccaatttgggcgagtaatgctt 18192332  T
Q  329 ctcaaaattttttc 342  Q
    |||||||| |||||    
T  18192333 ctcaaaatcttttc 18192346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University