View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9671_low_13 (Length: 258)

Name: NF9671_low_13
Description: NF9671
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9671_low_13
NF9671_low_13
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (1-249)||(97631-97880)
chr1 (1-249)||(21141168-21141417)
chr1 (15-249)||(50343652-50343884)
chr1 (1-241)||(2365378-2365618)
chr1 (7-249)||(26875806-26876047)
chr1 (7-249)||(19156162-19156405)
chr1 (7-249)||(3732064-3732303)
chr1 (7-249)||(8473934-8474175)
chr1 (1-249)||(38127166-38127421)
chr1 (15-207)||(470321-470513)
chr1 (73-249)||(13639706-13639882)
chr1 (185-249)||(47656196-47656260)
chr1 (135-192)||(25147569-25147625)
[»] chr4 (20 HSPs)
chr4 (1-249)||(3185775-3186021)
chr4 (1-249)||(3184097-3184346)
chr4 (1-249)||(50023226-50023476)
chr4 (1-249)||(50030344-50030594)
chr4 (7-249)||(6181473-6181715)
chr4 (15-249)||(50193633-50193868)
chr4 (7-249)||(49090569-49090810)
chr4 (10-249)||(44679758-44679997)
chr4 (7-249)||(31421846-31422087)
chr4 (29-249)||(9892951-9893168)
chr4 (15-249)||(49165191-49165423)
chr4 (1-249)||(30704168-30704413)
chr4 (7-184)||(41800694-41800871)
chr4 (59-234)||(55279941-55280119)
chr4 (137-234)||(41933321-41933418)
chr4 (186-249)||(41798678-41798741)
chr4 (163-249)||(11050206-11050292)
chr4 (28-98)||(11051244-11051313)
chr4 (38-115)||(47383689-47383766)
chr4 (215-249)||(3185567-3185601)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (15-249)||(17567747-17567981)
chr3 (1-249)||(20350788-20351034)
chr3 (15-249)||(41612525-41612757)
chr3 (15-249)||(42903873-42904107)
chr3 (7-249)||(54386272-54386513)
chr3 (7-249)||(29009008-29009249)
chr3 (7-249)||(46701708-46701949)
chr3 (15-249)||(2274597-2274834)
chr3 (7-249)||(34045524-34045766)
chr3 (7-249)||(49144145-49144387)
chr3 (15-249)||(46389115-46389351)
chr3 (9-234)||(2967623-2967848)
chr3 (15-249)||(52391079-52391312)
chr3 (10-249)||(16611225-16611467)
chr3 (10-249)||(22047786-22048028)
chr3 (45-249)||(50480467-50480670)
chr3 (18-203)||(36127566-36127752)
chr3 (189-249)||(36127766-36127826)
chr3 (137-211)||(4172084-4172158)
chr3 (152-211)||(4178097-4178156)
chr3 (50-115)||(4171993-4172058)
chr3 (53-115)||(4178002-4178064)
chr3 (135-192)||(31045333-31045390)
[»] chr2 (15 HSPs)
chr2 (10-249)||(45284323-45284562)
chr2 (10-249)||(45291686-45291925)
chr2 (10-249)||(29401287-29401527)
chr2 (1-249)||(36656033-36656281)
chr2 (7-249)||(20938046-20938286)
chr2 (7-249)||(3940412-3940653)
chr2 (7-249)||(5352112-5352355)
chr2 (7-249)||(15831275-15831518)
chr2 (7-249)||(30496630-30496873)
chr2 (7-249)||(43539421-43539661)
chr2 (15-249)||(43978677-43978910)
chr2 (10-249)||(10828708-10828952)
chr2 (10-182)||(45290784-45290956)
chr2 (137-249)||(25515492-25515604)
chr2 (138-190)||(31367308-31367360)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (1-248)||(5541224-5541473)
chr7 (7-249)||(45257134-45257378)
chr7 (15-249)||(9371069-9371303)
chr7 (7-249)||(35610099-35610340)
chr7 (1-223)||(16674913-16675137)
chr7 (1-223)||(17649281-17649505)
chr7 (7-249)||(41880636-41880880)
chr7 (7-249)||(17465404-17465647)
chr7 (7-249)||(17587567-17587810)
chr7 (29-249)||(48403525-48403747)
chr7 (19-249)||(41734323-41734553)
chr7 (130-249)||(46740230-46740350)
chr7 (137-249)||(556329-556441)
chr7 (15-115)||(10175599-10175699)
chr7 (16-67)||(46740386-46740437)
chr7 (176-208)||(16675141-16675173)
chr7 (176-208)||(17649509-17649541)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (1-249)||(20857421-20857675)
chr8 (7-249)||(1052672-1052914)
chr8 (7-249)||(23022004-23022246)
chr8 (15-249)||(26659602-26659836)
chr8 (1-245)||(34371553-34371800)
chr8 (15-249)||(25210-25444)
chr8 (15-249)||(22510696-22510930)
chr8 (10-229)||(2416294-2416514)
chr8 (29-249)||(5677241-5677460)
chr8 (137-249)||(35551943-35552055)
chr8 (137-249)||(45128027-45128139)
chr8 (28-115)||(24249652-24249739)
chr8 (137-192)||(24249761-24249816)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (7-249)||(11688263-11688505)
chr6 (7-249)||(30829335-30829576)
chr6 (19-249)||(6201308-6201538)
chr6 (9-249)||(27616865-27617105)
chr6 (1-240)||(26423125-26423374)
chr6 (130-249)||(3501440-3501559)
chr6 (73-249)||(22301395-22301570)
chr6 (137-249)||(24722206-24722318)
chr6 (1-115)||(3501293-3501407)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (7-249)||(30705284-30705526)
chr5 (7-249)||(27673336-27673579)
chr5 (9-249)||(19040800-19041040)
chr5 (130-249)||(5197244-5197363)
chr5 (53-110)||(5197168-5197221)
chr5 (137-192)||(20422217-20422272)
[»] scaffold0877 (1 HSPs)
scaffold0877 (64-249)||(4337-4523)
[»] scaffold0238 (1 HSPs)
scaffold0238 (137-249)||(18616-18728)
[»] scaffold0494 (1 HSPs)
scaffold0494 (7-56)||(11329-11378)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 97880 - 97631
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  97880 caaaatcaaccaagttctccaatttccttttttgagcaaaaccaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 97781  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnn-aaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttat 199  Q
    |||||||||| ||||               ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  97780 tgttagtttgggtagttttttttttattttaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttat 97681  T
Q  200 aattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  97680 aattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 97631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 21141168 - 21141417
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21141168 caaaaccaaccaacttctccaatttcgttttttgagcaaaatcaagatcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 21141267  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaa-atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttat 199  Q
    |||||||||| ||||              |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21141268 tgttagtttgtgtaggttttttgttttttaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttat 21141367  T
Q  200 aattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21141368 aattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 21141417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 50343884 - 50343652
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  50343884 ttctcccatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcaattttaatcataatgttagtttgtgta 50343785  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  50343784 ggtttttaaaaaa--aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtactga 50343687  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50343686 ctttgattgatgattgaatgatgttagagtataat 50343652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 2365378 - 2365618
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2365378 caaaatcattcaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataa 2365477  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttata 200  Q
    |||||||||| ||||              ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  2365478 tgttagtttgggtaggttttttttaaaaaaaaaaaggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttata 2365577  T
Q  201 attgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttag 241  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  2365578 attgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttag 2365618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 26875806 - 26876047
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26875806 catccaaattctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 26875905  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  26875906 tttgggtaggttttttaaaaaa-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 26876004  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26876005 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 26876047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 19156162 - 19156405
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19156162 catccaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgaatcatctccatttaatcacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttag 19156261  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaa-atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattga 205  Q
    |||| ||||              |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  19156262 tttgggtaggtttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 19156361  T
Q  206 atgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19156362 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 19156405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 3732303 - 3732064
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3732303 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 3732204  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  3732203 tttgggtag---tttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 3732107  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3732106 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 3732064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 8473934 - 8474175
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8473934 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 8474033  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  8474034 tttgggtag-gttttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 8474132  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8474133 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 8474175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 38127421 - 38127166
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38127421 caaaaccatccaactcctccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 38127322  T
Q  101 tgttagtttgagtag-------nnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgta 193  Q
    ||||||||||  |||                     |||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  38127321 tgttagtttgtttaggtttttttttttaaaaaaaaaaaaaatggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaatttgatgattgcatgta 38127222  T
Q  194 gtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38127221 ttttatagttgaatgttgttgctttaattgatgtttgaatgatgttagagtataat 38127166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 207
Target Start/End: Original strand, 470321 - 470513
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  470321 ttctccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaattacaagtaagtatcttgattcatttgtaatcataatgttagtttgggta 470420  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaat 207  Q
    |              ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  470421 ggttttttttaaaataaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaat 470513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 73 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 13639882 - 13639706
Alignment:
Q  73 aagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattg 172  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13639882 aagtatcttgactcattttttatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattg 13639783  T
Q  173 aatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13639782 aattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 13639706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 185 - 249
Target Start/End: Original strand, 47656196 - 47656260
Alignment:
Q  185 ttgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  47656196 ttgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatgtttgaatgatgttagagtataat 47656260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 135 - 192
Target Start/End: Original strand, 25147569 - 25147625
Alignment:
Q  135 tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgt 192  Q
    ||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  25147569 tggtagtttgcatctggttagtgttgatgtaggaattgaa-ctttgatgattgcatgt 25147625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 20)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 3186021 - 3185775
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3186021 caaaatcaaccaagttctccaatttccttttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatctttactcatttttaatcataa 3185922  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttata 200  Q
    |||||||||| ||||              ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3185921 tgttagtttgggtagtttttttaaaaa--aaaaatggtagttttcatgtgtttatggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttata 3185824  T
Q  201 attgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3185823 attgaatgtagtgactttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 3185775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 3184097 - 3184346
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  3184097 caaaatcaaccaagttctccaatttcctttttt-agcaaattcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatttttactcatttttaatcataa 3184195  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaa--atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttta 198  Q
    |||||||||| ||||              ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3184196 tgttagtttgggtagtttttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttta 3184295  T
Q  199 taattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3184296 taattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 3184346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 50023476 - 50023226
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50023476 caaaaccaaccaacttctccaatttcgatttttgagcgaaatcaagtgcataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 50023377  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaa--tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttta 198  Q
    |||||||||| ||||              |||||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50023376 tgttagtttgtgtaggttttttttttttaaaaaaaatggtagtttttatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttta 50023277  T
Q  199 taattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50023276 taattgaatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 50023226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 50030594 - 50030344
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50030594 caaaaccaaccaacttctccaatttcgatttttgagcgaaatcaagtgcataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 50030495  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaa--tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttta 198  Q
    |||||||||| ||||              |||||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50030494 tgttagtttgtgtaggttttttttttttaaaaaaaatggtagtttttatgtggttagggctgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttta 50030395  T
Q  199 taattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50030394 taattgaatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 50030344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 6181715 - 6181473
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6181715 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 6181616  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  6181615 tttgggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 6181516  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6181515 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 6181473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Original strand, 50193633 - 50193868
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  50193633 ttctcccatctcaatttttgagcaaaatcaagtacataatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 50193732  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaa-atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtg 213  Q
    |              |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  50193733 ggttttttttataaaaaaaaatggtagttttcatggggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtaatttataattgaatgtagtt 50193832  T
Q  214 gctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  50193833 gctttaattgatgattgaataatgttagagtataat 50193868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 49090569 - 49090810
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49090569 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 49090668  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  49090669 tttgggtag-gtttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 49090767  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  49090768 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttatggtataat 49090810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 44679997 - 44679758
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44679997 ccaacttctccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 44679898  T
Q  110 gagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgt 209  Q
    | ||||              ||||    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44679897 gggtaggttttttttaaaaaaaaatatatagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgatttttttatgattgcatgtagttcataattgaatgt 44679798  T
Q  210 agtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44679797 agttgctttgattgatgattgaatgatgttagagtataat 44679758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 31421846 - 31422087
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31421846 catccaatttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaattaaatatcttgactcatttttaatcataatgttag 31421945  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  31421946 tttgggtagtttttttttttta-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 31422044  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    || ||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31422045 tgcagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 31422087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 9893168 - 9892951
Alignment:
Q  29 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnn 128  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                 
T  9893168 tttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttaa-- 9893071  T
Q  129 naaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgat 228  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  9893070 -aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgat 9892972  T
Q  229 tgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  9892971 tgaatgatgttagggtataat 9892951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Original strand, 49165191 - 49165423
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  49165191 ttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttta-tcataatgttagtttgggta 49165289  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              |||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49165290 ggttttttttaaaa-aaaattggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 49165388  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  49165389 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 49165423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 30704168 - 30704413
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30704168 caaaaccatccaactcctccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 30704267  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttata 200  Q
    |||||||||| ||||              ||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||  || |||||||||||||| ||||||    
T  30704268 tgttagtttgtgtag---gttttttaaaaaaaaaaggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaattcgatgattgcatgtattttata 30704364  T
Q  201 attgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     ||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30704365 gttgaacgttgttgctttaattgatgtttgaatgatgttagagtataat 30704413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 41800871 - 41800694
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41800871 catccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaactaagtatgttgactcatttttaatcataatgttag 41800772  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatga 184  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41800771 tttgggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatga 41800694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 59 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 55280119 - 55279941
Alignment:
Q  59 atttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaa---tggtagttttcatgtgtttag 155  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||              |||||   ||||||||  |||||| |||     
T  55280119 atttaatcacaagtaagtagtttgactgatttttaatcataatgttagtttgtgtaggtttttttttttataaaaaatttggtagttcgcatgtggttaa 55280020  T
Q  156 ggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatg 234  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| |||||||    
T  55280019 ggttgatgtaggaattgacattttgatgattgtatgtagtttataaatgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatg 55279941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 41933418 - 41933321
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatg 234  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| |||||||    
T  41933418 gtagtttgcatgtggatagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatg 41933321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 186 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 41798741 - 41798678
Alignment:
Q  186 tgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41798741 tgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 41798678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 163 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 11050292 - 11050206
Alignment:
Q  163 gtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  11050292 gtaggatttaaaattttgatgattgcatgtaatttataatttaatgtagttgttttaatttatgtttgaatgatgttagagtataat 11050206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 28 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 11051313 - 11051244
Alignment:
Q  28 atttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcat 98  Q
    ||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11051313 attttggagcaaaat-aagttaatcatctccatttaatcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcat 11051244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 38 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 47383766 - 47383689
Alignment:
Q  38 aaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtag 115  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  || ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  47383766 aaaatcaagtgaatcatctccattttatcacaagtaagtagttttacttatttttaattataatgttagtttgtgtag 47383689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 215 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 3185601 - 3185567
Alignment:
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3185601 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 3185567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 17567981 - 17567747
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17567981 ttctcccatttcaatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 17567882  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  17567881 gtttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtta 17567782  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17567781 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 17567747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 20350788 - 20351034
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20350788 caaaaccaaccaacttatccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 20350887  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttata 200  Q
    |||||||||  ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20350888 tgttagtttatgtaggttttttttaaa--aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttata 20350985  T
Q  201 attgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20350986 attgaatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 20351034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Original strand, 41612525 - 41612757
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  41612525 ttctcccatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgta 41612624  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||      
T  41612625 ggttttttaaaaa--aaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtaggaattgaatttttgataattgcatgtagtttataattgaatgtagtta 41612722  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41612723 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 41612757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 42904107 - 42903873
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42904107 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 42904008  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42904007 ggtttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgatttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 42903908  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42903907 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 42903873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 54386272 - 54386513
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54386272 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 54386371  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  54386372 tttgggtag-gttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 54386470  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54386471 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 54386513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 29009008 - 29009249
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||    
T  29009008 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgaatcattgtttatcataatgttag 29009107  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  29009108 tttgggtaggttttttttaaaa-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 29009206  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29009207 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 29009249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 46701949 - 46701708
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46701949 catccaacttctccaaatttgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctctatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 46701850  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||||||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  46701849 tttgagtaggttttttttttaa-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 46701751  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46701750 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 46701708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 2274834 - 2274597
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  2274834 ttctccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataacgttagtttgggta 2274735  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaa---tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtag 211  Q
    |              |||||   |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  2274734 ggttttttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgcag 2274635  T
Q  212 tggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2274634 ttgctttaattgatgattgaatgatgttagaatataat 2274597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 34045524 - 34045766
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  34045524 catccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatattgactcatttttaatcataatgttag 34045623  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  34045624 tttgggtaggtatttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaa 34045723  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34045724 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 34045766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 49144387 - 49144145
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49144387 catccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatattgactcatttttaatcataatgttag 49144288  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49144287 tttgggtaggtatttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaa 49144188  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  49144187 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 49144145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Original strand, 46389115 - 46389351
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  46389115 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 46389214  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaa--atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagt 212  Q
    |              ||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  46389215 ggttttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagt 46389314  T
Q  213 ggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46389315 tggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 46389351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 2967848 - 2967623
Alignment:
Q  9 tccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 108  Q
    ||||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2967848 tccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtt 2967749  T
Q  109 tgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 208  Q
    || ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2967748 tgggtaggtttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 2967649  T
Q  209 tagtggctttaattgatgattgaatg 234  Q
    |||| | |||||||||||||||||||    
T  2967648 tagttggtttaattgatgattgaatg 2967623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 52391312 - 52391079
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||| ||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||    
T  52391312 ttcttcaatttcaaattttcagcaaaatcaagtgcatcatttccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttgtaatcataatgttagcttgggta 52391213  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52391212 ggtttttttttaaa-aaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 52391114  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52391113 ttttaattgatgattgaatgatgttagtgtataat 52391079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Original strand, 16611225 - 16611467
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16611225 ccaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttcaatcataatgttagttt 16611324  T
Q  110 gagtag---nnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |  |||                 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  16611325 ggataggttttttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtcggaattgaattttttatgattgcaagtagtttataattgaa 16611424  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  16611425 tgtagttgttttaatcgatgattgaataatgttagaatataat 16611467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 22048028 - 22047786
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  22048028 ccaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttcaatcataatgttagttt 22047929  T
Q  110 gagtag---nnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |  |||                 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  22047928 ggataggttttttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtcggaattgaattttttatgattgcaagtagtttataattgaa 22047829  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  22047828 tgtagttgttttaatcgatgattgaataatgttagaatataat 22047786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 45 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 50480670 - 50480467
Alignment:
Q  45 agtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagtttt 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||              |||||||||||||||    
T  50480670 agtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtattttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggttttttttttaa-aaaaatggtagtttt 50480572  T
Q  145 catgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagt 244  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  50480571 catgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggt 50480472  T
Q  245 ataat 249  Q
    |||||    
T  50480471 ataat 50480467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 18 - 203
Target Start/End: Original strand, 36127566 - 36127752
Alignment:
Q  18 tccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta-gn 116  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| ||| |     
T  36127566 tccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgattaatttgtaatcataatgttagtttgggtaggg 36127665  T
Q  117 nnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataatt 203  Q
                 ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  36127666 tttttttttttaaaaaaatggtagttttgatgtggttagggttgatataggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataatt 36127752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 189 - 249
Target Start/End: Original strand, 36127766 - 36127826
Alignment:
Q  189 atgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36127766 atgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatgattaaatgatgttagagtataat 36127826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 137 - 211
Target Start/End: Original strand, 4172084 - 4172158
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtag 211  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4172084 gtagtttgcatgttgttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtag 4172158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 152 - 211
Target Start/End: Original strand, 4178097 - 4178156
Alignment:
Q  152 ttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtag 211  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4178097 ttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcatgtagtttataaatgaatgtag 4178156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 50 - 115
Target Start/End: Original strand, 4171993 - 4172058
Alignment:
Q  50 atcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtag 115  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4171993 atcatctccattttatcacaagtaagtaggtttactaatttttaatcataatgttagtttgtgtag 4172058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 115
Target Start/End: Original strand, 4178002 - 4178064
Alignment:
Q  53 atctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtag 115  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  || | | ||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  4178002 atctccattttatcacaagtaagtaggtttaataatttttaatcataatgtcagtttgtgtag 4178064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 135 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 31045390 - 31045333
Alignment:
Q  135 tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgt 192  Q
    ||||||||| |||||| |||||||| ||| | |||||||  |||||||||||||||||    
T  31045390 tggtagtttgcatgtggttagggtttatgaatgaattgacattttgatgattgcatgt 31045333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 6e-89; HSPs: 15)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Original strand, 45284323 - 45284562
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45284323 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 45284422  T
Q  110 gagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgt 209  Q
    | ||||              ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45284423 gtgtaggtgattttttttttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgt 45284522  T
Q  210 agtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45284523 agttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 45284562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Original strand, 45291686 - 45291925
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45291686 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 45291785  T
Q  110 gagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgt 209  Q
    | ||||              ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45291786 gtgtaggtgattttttttttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgt 45291885  T
Q  210 agtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45291886 agttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 45291925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 29401527 - 29401287
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29401527 ccaacttctccaatttcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 29401428  T
Q  110 gagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaa-tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 208  Q
    | ||||              ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29401427 gtgtaggtttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatatggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattgaatg 29401328  T
Q  209 tagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29401327 tagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 29401287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 36656281 - 36656033
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36656281 caaaaccaaccaacttctcaaatttcgatttttgaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaattataa 36656182  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttata 200  Q
    |||||||||| ||||              ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36656181 tgttagtttgtgtaggttttttttataaaaaaaaaggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatatttgatgattgcatgtagtttata 36656082  T
Q  201 attgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36656081 attgaatgtagtgactttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 36656033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 20938046 - 20938286
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20938046 catccaacttctccaaattctatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 20938145  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  20938146 tttgggtaggtttttttaaaa--aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 20938243  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20938244 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 20938286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 3940653 - 3940412
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3940653 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 3940554  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3940553 tttgggtaggttttttttttaa-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaa 3940455  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3940454 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 3940412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 5352112 - 5352355
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5352112 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 5352211  T
Q  107 tttgagta-gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattga 205  Q
    |||| ||| |              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  5352212 tttgggtaggtttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 5352311  T
Q  206 atgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5352312 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 5352355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 15831275 - 15831518
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15831275 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttag 15831374  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaa-atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattga 205  Q
    |||| ||||              |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  15831375 tttgggtaggttttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 15831474  T
Q  206 atgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15831475 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 15831518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 30496873 - 30496630
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30496873 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 30496774  T
Q  107 tttgagta-gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattga 205  Q
    |||| ||| |              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  30496773 tttgggtaggtttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 30496674  T
Q  206 atgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30496673 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 30496630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 43539661 - 43539421
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43539661 catccaacttcttcaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 43539562  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  43539561 tttgggtaggtttttttttaa--aaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 43539464  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43539463 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 43539421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Original strand, 43978677 - 43978910
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43978677 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 43978776  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43978777 gttttttttttaaa-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaatttttgatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 43978875  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43978876 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 43978910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 10828952 - 10828708
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10828952 ccaacttctccaatttcgatttttcagcaaaattaagtgcatcatcttcgtttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 10828853  T
Q  110 gagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaa----tggtagttttcatgtgt--ttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataatt 203  Q
    | ||||              |||||    ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  10828852 gggtaggttttttttttataaaaaaaaaatggtagttttcatatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcatgtagtttataa-t 10828754  T
Q  204 gaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10828753 gaatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 10828708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 10 - 182
Target Start/End: Original strand, 45290784 - 45290956
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45290784 ccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaaatgcatcatctcaatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 45290883  T
Q  110 gagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgat 182  Q
    | ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45290884 gtgtaggtgattttttttttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgat 45290956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 137 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 25515604 - 25515492
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgat 236  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  25515604 gtagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttagttgatgtttgaatgat 25515505  T
Q  237 gttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||    
T  25515504 gttagagtataat 25515492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 138 - 190
Target Start/End: Original strand, 31367308 - 31367360
Alignment:
Q  138 tagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcat 190  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  31367308 tagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgatattttgatgattgcat 31367360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 5541473 - 5541224
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5541473 caaaaccaaccaagttctccaatttcgttttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 5541374  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnn---aaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttt 197  Q
    |||||||||| ||||                 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  5541373 tgttagtttgtgtaggttttttttttaattttaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttt-gatgatttcatgtagttt 5541275  T
Q  198 ataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataa 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5541274 ataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataa 5541224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 45257134 - 45257378
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45257134 catccaacttctccaatttcgaattttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 45257233  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaa--atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattg 204  Q
    |||| ||||              ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||    
T  45257234 tttgggtaggtttttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcttgtagtttataactg 45257333  T
Q  205 aatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45257334 aatgtagttgctttaattgataattgaatgatgttagagtataat 45257378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 9371303 - 9371069
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9371303 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 9371204  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9371203 ggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 9371104  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9371103 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 9371069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 35610340 - 35610099
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  35610340 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgaatcatttttagtcataatgttag 35610241  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  35610240 tttgggtaggtttttttttaaa-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 35610142  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35610141 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 35610099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 16674913 - 16675137
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16674913 caaaaccaaccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgacttatttttaatcataa 16675012  T
Q  101 tgttagtttgagtag--nnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttta 198  Q
    |||||||||| ||||                ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  16675013 tgttagtttgtgtagattttttttttataaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattggacttttgatgattgcatgtagttta 16675112  T
Q  199 taattgaatgtagtggctttaattg 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  16675113 taattgaatgtagttgctttaattg 16675137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 17649281 - 17649505
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  17649281 caaaaccaaccaacttctccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgacttatttttaatcataa 17649380  T
Q  101 tgttagtttgagtag--nnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttta 198  Q
    |||||||||| ||||                ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  17649381 tgttagtttgtgtagattttttttttataaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattggacttttgatgattgcatgtagttta 17649480  T
Q  199 taattgaatgtagtggctttaattg 223  Q
    |||||||||||||| ||||||||||    
T  17649481 taattgaatgtagttgctttaattg 17649505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 41880636 - 41880880
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  41880636 catccaacttcttcaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttag 41880735  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtag--gaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattg 204  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  41880736 tttgggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatgtagctgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattg 41880835  T
Q  205 aatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  41880836 aatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 41880880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 17465647 - 17465404
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| ||||||||  ||  ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17465647 catccaacttctccaaaatcgttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttatcataatgttag 17465548  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaa-tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattga 205  Q
    |||| ||||              ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  17465547 tttgggtaggttttttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 17465448  T
Q  206 atgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17465447 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 17465404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 17587567 - 17587810
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| ||||||||  ||  ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17587567 catccaacttctccaaaatcgttttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttatcataatgttag 17587666  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaa-atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattga 205  Q
    |||| ||||              |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  17587667 tttgggtaggttttttttttttaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 17587766  T
Q  206 atgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17587767 atgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 17587810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Original strand, 48403525 - 48403747
Alignment:
Q  29 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttta--atcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnn 126  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||               
T  48403525 tttttcagcaaaatcaagtttatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattttttttatcataatgttagtttgggtagatttttttttt 48403624  T
Q  127 nnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatg 226  Q
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  48403625 aaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatg 48403724  T
Q  227 attgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  48403725 attgaatgatgttagggtataat 48403747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 249
Target Start/End: Original strand, 41734323 - 41734553
Alignment:
Q  19 ccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnn 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       
T  41734323 ccaatttcgatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtagttt 41734422  T
Q  119 nnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggcttt 218  Q
               |||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||||    
T  41734423 ttttaagagaaaaaaatggtagtttgcacgtggttagggttgatgttggaattgaaaatttgatgattgcatgtattttatagttgaatgttgttgcttt 41734522  T
Q  219 aattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||| || ||||| |||| ||||||||    
T  41734523 aattgatgtttcaatgacgttatagtataat 41734553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 130 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 46740350 - 46740230
Alignment:
Q  130 aaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttg-atgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgat 228  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  46740350 aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgat 46740251  T
Q  229 tgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  46740250 tgaatgatgttagagtataat 46740230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 137 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 556441 - 556329
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgat 236  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  556441 gtagttttcatgtggttaaggtttatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatatagttgctttaattgatgattggatgat 556342  T
Q  237 gttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||    
T  556341 gttagagtataat 556329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 15 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 10175699 - 10175599
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10175699 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 10175600  T
Q  115 g 115  Q
    |    
T  10175599 g 10175599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 46740437 - 46740386
Alignment:
Q  16 tctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatca 67  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  46740437 tctccaattttaatttttcagcaaaatcaagtgcattatctccatttaatca 46740386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 208
Target Start/End: Original strand, 16675141 - 16675173
Alignment:
Q  176 ttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16675141 ttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 16675173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 176 - 208
Target Start/End: Original strand, 17649509 - 17649541
Alignment:
Q  176 ttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17649509 ttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 17649541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 150; Significance: 2e-79; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Original strand, 20857421 - 20857675
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||| || |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20857421 caaaaccaaccaaattctccaatttcgatttttgagcaaaaacaagtgcatcatctctatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 20857520  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnn------aaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtag 194  Q
    |||||||||| ||||                    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20857521 tgttagtttgtgtaggtttttttttttttttataaaaaaatggtagttttcatgtggttaaggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtag 20857620  T
Q  195 tttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20857621 tttataattgaatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 20857675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 1052672 - 1052914
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1052672 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 1052771  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  1052772 tttgggtaggtttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtaagaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 1052871  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1052872 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 1052914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 23022246 - 23022004
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  23022246 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtattttgattcatttttaatcataatgttag 23022147  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  23022146 tttgggtaggttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgacttttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 23022047  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  23022046 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 23022004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Original strand, 26659602 - 26659836
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26659602 ttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 26659701  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  26659702 ggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 26659801  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26659802 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 26659836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 34371800 - 34371553
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34371800 caaaatcaagcaagttctccaatttcgttttttaagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 34371701  T
Q  101 tgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaa---tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagttt 197  Q
    |||||||||| ||||              |||||   |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  34371700 tgttagtttgggtaggttttttttataaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatttaggaattgaattttttatgagtgcatgtagttt 34371601  T
Q  198 ataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagta 245  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34371600 ataattgaatgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagagta 34371553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 25444 - 25210
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  25444 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggta 25345  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  25344 ggttttttttaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 25245  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25244 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 25210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 249
Target Start/End: Original strand, 22510696 - 22510930
Alignment:
Q  15 ttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagta 114  Q
    |||||||| ||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  22510696 ttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataacgttagtttgggta 22510795  T
Q  115 gnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtgg 214  Q
    |              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22510796 ggtttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttg 22510895  T
Q  215 ctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22510896 gtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 22510930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 229
Target Start/End: Original strand, 2416294 - 2416514
Alignment:
Q  10 ccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagttt 109  Q
    |||| |||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  2416294 ccaacttctccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcattgtttatcataatgttagttt 2416393  T
Q  110 gagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaa-atggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 208  Q
    | ||||              |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2416394 gggtaggtttttttaaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 2416493  T
Q  209 tagtggctttaattgatgatt 229  Q
    |||| | ||||||||||||||    
T  2416494 tagttggtttaattgatgatt 2416514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 29 - 249
Target Start/End: Original strand, 5677241 - 5677460
Alignment:
Q  29 tttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnn 128  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||                 
T  5677241 ttttttagcaaaatcaagtgaatcatctccatttaattacaagtaagtaccttgattcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggttttttttaaat 5677340  T
Q  129 naaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgat 228  Q
     |||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||   |||| ||| ||||||||| |    
T  5677341 -aaaattggtagtctgcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttgtaaatgacaatagttgctataattgatgtt 5677439  T
Q  229 tgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| ||||||||||||||    
T  5677440 tgaatggtgttagagtataat 5677460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 137 - 249
Target Start/End: Original strand, 35551943 - 35552055
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgat 236  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||    
T  35551943 gtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttattattgcatgtagtttataattgaatgtagttgttttaattgatgtttgaatgat 35552042  T
Q  237 gttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||    
T  35552043 gttagagtataat 35552055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 137 - 249
Target Start/End: Original strand, 45128027 - 45128139
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgat 236  Q
    ||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||    
T  45128027 gtagtttgcatgtggttatggttgatgtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtcgttgctttaattgatgtttgaatgat 45128126  T
Q  237 gttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||    
T  45128127 gttagagtataat 45128139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 28 - 115
Target Start/End: Original strand, 24249652 - 24249739
Alignment:
Q  28 atttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtag 115  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  24249652 attttggagcaaaatcaagttaatcatatccatttaatcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcatgatgttagtttgtgtag 24249739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 192
Target Start/End: Original strand, 24249761 - 24249816
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgt 192  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||    
T  24249761 gtagtttgcatgtggttagggttgatataggaattgacaatttgatgattgcatgt 24249816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 11688263 - 11688505
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11688263 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 11688362  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  11688363 tttgggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 11688462  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  11688463 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 11688505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 30829576 - 30829335
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30829576 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 30829477  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  30829476 tttgggtag-gtttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 30829378  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30829377 tgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 30829335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 19 - 249
Target Start/End: Original strand, 6201308 - 6201538
Alignment:
Q  19 ccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnn 118  Q
    |||| ||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       
T  6201308 ccaaattcgatttttcaacaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgggtaggtt 6201407  T
Q  119 nnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggcttt 218  Q
               ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  6201408 ttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttaatgtatgaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggttt 6201507  T
Q  219 aattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  6201508 aattgatgattgaatgatgttagggtataat 6201538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 9 - 249
Target Start/End: Original strand, 27616865 - 27617105
Alignment:
Q  9 tccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 108  Q
    ||||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27616865 tccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtt 27616964  T
Q  109 tgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 208  Q
    || ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  27616965 tgggtaggttttttttttaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 27617064  T
Q  209 tagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||| | ||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  27617065 tagttggtttaattgatgattgaatggtgttagggtataat 27617105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Original strand, 26423125 - 26423374
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaa-------gtaagtatcttgactcattttta 93  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||||    
T  26423125 caaaatcaagcaagttctccaatttcattttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaattcacaagttagtatcttgactcattttta 26423224  T
Q  94 atcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnn---aaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcat 190  Q
    ||||||||||||||||| ||||                 |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26423225 atcataatgttagtttgggtagttttttttttttttttaaaaaaaagtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgattgcat 26423324  T
Q  191 gtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgtta 240  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26423325 gtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgtta 26423374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 130 - 249
Target Start/End: Original strand, 3501440 - 3501559
Alignment:
Q  130 aaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgatt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3501440 aaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgatt 3501539  T
Q  230 gaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3501540 gaatgatgttagagtataat 3501559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 73 - 249
Target Start/End: Original strand, 22301395 - 22301570
Alignment:
Q  73 aagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattg 172  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22301395 aagtatcttgactcattttttatcataatgttagtttgggtaggtttttttttaaa-aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattg 22301493  T
Q  173 aatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22301494 aattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatgtagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 22301570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 137 - 249
Target Start/End: Original strand, 24722206 - 24722318
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgat 236  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  24722206 gtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaatttttgattattgcatgtagtttataattgaatgtagtgtctttaattgatgtttgaatgat 24722305  T
Q  237 gttagagtataat 249  Q
    |||||||||||||    
T  24722306 gttagagtataat 24722318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 115
Target Start/End: Original strand, 3501293 - 3501407
Alignment:
Q  1 caaaatcatccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataa 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3501293 caaaatcaaccaagttctccaatttcattttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagcaagtatcttgactcatttttaatcataa 3501392  T
Q  101 tgttagtttgagtag 115  Q
    |||||||||| ||||    
T  3501393 tgttagtttgggtag 3501407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 30705284 - 30705526
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30705284 catccaacttctccaatttcgatttgtcagcaaaatcaaatgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttaa 30705383  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaa 206  Q
    |||| ||||              ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  30705384 tttgggtaggttttttttataaaaaaaatggtagtttttatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaa 30705483  T
Q  207 tgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30705484 tgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 30705526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 27673579 - 27673336
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 106  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27673579 catccaacttctccaattttgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttag 27673480  T
Q  107 tttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaa-tggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattga 205  Q
    |||| ||||              ||||| |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  27673479 tttgggtagggtttttttaaaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagagttgatataggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattga 27673380  T
Q  206 atgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27673379 atgtagttgctttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 27673336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 9 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 19041040 - 19040800
Alignment:
Q  9 tccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtt 108  Q
    ||||| |||||||| |||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19041040 tccaacttctccaaattcgttttttcagcaaaatcaagtgcatcatcttcatttaaacacaagtaagtatgttgactcatttttaatcataatgttagtt 19040941  T
Q  109 tgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatg 208  Q
    || ||||              ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  19040940 tgggtaggtttttttttaaaaaaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaattttttatgagtgcatgtagtttataattgaatg 19040841  T
Q  209 tagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19040840 tagttggtttaattgatgattgaatgatgttagggtataat 19040800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 130 - 249
Target Start/End: Original strand, 5197244 - 5197363
Alignment:
Q  130 aaaaatggtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgatt 229  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  5197244 aaaaatggtagttttcatgtggttagggttgatgtatgaattgaattttttatgattgcatgtagtttataattgaatgtagttactttaattgatgatt 5197343  T
Q  230 gaatgatgttagagtataat 249  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  5197344 gaatgatgttagagtataat 5197363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 110
Target Start/End: Original strand, 5197168 - 5197221
Alignment:
Q  53 atctccatttaatcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttg 110  Q
    ||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197168 atctccatttaatcacaagt----atcttgactcatttttaatcataatgttagtttg 5197221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 137 - 192
Target Start/End: Original strand, 20422217 - 20422272
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgt 192  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||    
T  20422217 gtagtttgcatgtggttagggttgatgtaggaattgacaatttgatgattggatgt 20422272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0877 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0877
Description:

Target: scaffold0877; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 64 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4523 - 4337
Alignment:
Q  64 atcacaagtaagtatcttgactcatttttaatcataatgttagtttgagtagnnnnnnnnnnnnnnaaaaat-ggtagttttcatgtgtttagggttgat 162  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||              |||||| |||||||| |||||| | |||||||||    
T  4523 atcacaagtaagtaccttgactcatttttaatcataatgttagtttgtgtaggttttttttgtttaaaaaattggtagtttgcatgtggtaagggttgat 4424  T
Q  163 gtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgatgttagagtataat 249  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4423 gtaggaattgaaattttgatgattgcatgtagattataaacgaatgtagttgttgtaattgatgtttgaatgatgttagaatataat 4337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0238 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0238
Description:

Target: scaffold0238; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 137 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 18728 - 18616
Alignment:
Q  137 gtagttttcatgtgtttagggttgatgtaggaattgaatttttgatgattgcatgtagtttataattgaatgtagtggctttaattgatgattgaatgat 236  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| ||    
T  18728 gtagttttcatgtggttagggttgatgtaggaattgaaattttgattattgcatgtagtttataattgaatgtagttgctttaattgatttttgaatcat 18629  T
Q  237 gttagagtataat 249  Q
    |||||||| ||||    
T  18628 gttagagtgtaat 18616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0494 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0494
Description:

Target: scaffold0494; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 11378 - 11329
Alignment:
Q  7 catccaagttctccaatttccatttttgagcaaaatcaagtgcatcatct 56  Q
    ||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11378 catccaacttctccaaattcgatttttcagcaaaatcaagtgcatcatct 11329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University