View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9682_low_3 (Length: 620)

Name: NF9682_low_3
Description: NF9682
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9682_low_3
NF9682_low_3
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-605)||(17807371-17807975)
chr7 (1-604)||(17776679-17777281)
chr7 (317-605)||(17821591-17821879)
chr7 (17-203)||(17821162-17821348)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 605
Target Start/End: Original strand, 17807371 - 17807975
Alignment:
Q  1 tgtggtggctaaagacgggagtggcaagttcaagactgttgttgaggctgttgcatctgcacctaacaaaggtacggcaaggtatgttatctatgtgaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17807371 tgtggtggctaaagacgggagtggcaagttcaagactgttgctgaggctgttgcatctgcacctaacaaaggtacggcaaggtatgttatctacgtgaaa 17807470  T
Q  101 aagggaatctacaaagagaatgtagaaatcgctagttcaaagacgaacgtgatgctcgtgggtgacggtatggatgcaacgataatcacaggcagcttaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17807471 aagggaatctacaaagagaatgtagaaatcgctagttcaaagacgaacgtgatgctcttgggtgacggtatggatgcaacgataatcacaggcagcttaa 17807570  T
Q  201 attacgatgatggaacaggcaccttccaaactgcaactgttggtatgaattttttcccttgtaagtatttaccatttcaatttttctatgacattgattt 300  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17807571 attacgttgatggaacaggcaccttccaaactgcaactgttggtatgagttttttcccttgtcagtatttaccgtttcaatttttctatgacattgattt 17807670  T
Q  301 tgattcgtatataatttggttttgtagctgctgttggggatgggtttatagctcaggacattggattccaaaacacggctggtccacagaagcatcaggc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17807671 tgattcgtatataatttggttttgtagctgctgttggggattggtttatagctcaggacattggattccaaaacacggcaggtccacagaagcatcaggc 17807770  T
Q  401 agttgctctgcgcgtcggctctgatcgatctgtcattaaccgttgcaaaattgatgcatttcaagacactctatacgcacacaccaaccggcaattttac 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17807771 agttgctctgcgcgtcggctctgatcgatctgtcattaaccgttgcaaaattgatgcatttcaagacactctatacgcacacaccaaccgacaattttac 17807870  T
Q  501 cgtgactccttcattaccggtaccattgactttatctttggagacgcagctgttgtgttgcagaagtgcaaactcgtggcccgaaagcccatggccaacc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17807871 cgtgactccttcattaccggtaccattgactttatctttggagacgcagctgttgtgttgcagaagtgcaaactcgtggcccgaaagcccatggccaacc 17807970  T
Q  601 aaaac 605  Q
    |||||    
T  17807971 aaaac 17807975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 604
Target Start/End: Original strand, 17776679 - 17777281
Alignment:
Q  1 tgtggtggctaaagacgggagtggcaagttcaagactgttgttgaggctgttgcatctgcacctaacaaaggtacggcaaggtatgttatctatgtgaaa 100  Q
    |||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| | | | ||||| |||||||||||  |||| |||| | ||||||||||||| |||||||||    
T  17776679 tgtggtggctcaggacggcagcggcaagttcaagactgtggctcaagctgtagcatctgcaccagacaacggtaagacaaggtatgttatatatgtgaaa 17776778  T
Q  101 aagggaatctacaaagagaatgtagaaatcgctagttcaaagacgaacgtgatgctcgtgggtgacggtatggatgcaacgataatcacaggcagcttaa 200  Q
    |||||||  |||||||||||  | ||||| |  |    |||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17776779 aagggaacatacaaagagaacattgaaattggcaagaaaaagacaaatgtgatgcttgtgggtgatggtatggatgcaacaataatcacaggcagcttaa 17776878  T
Q  201 attacgatgatggaacaggcaccttccaaactgcaactgttggtatgaattttttccc-ttgtaagtatttaccatttcaatttttctatgacat--tga 297  Q
    ||| |   |||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| || |  ||||||||||||||   || |    |||||  |||    
T  17776879 atttcatcgatggaacaaccaccttcaaaagtgcaactgttggtatgtattttttccccttctctgtatttaccatttccgattct----gacatagtga 17776974  T
Q  298 ttttgattcgtatataatttggttttgtagctgctgttggggatgggtttatagctcaggacattggattccaaaacacggctggtccacagaagcatca 397  Q
    |||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || || ||||||||||| ||    
T  17776975 tttttattgatgtataatttggttttgtagctgctgttggagatgggtttatagctcaggacattaggttccaaaacacagcaggcccacagaagcacca 17777074  T
Q  398 ggcagttgctctgcgcgtcggctctgatcgatctgtcattaaccgttgcaaaattgatgcatttcaagacactctatacgcacacaccaaccggcaattt 497  Q
    |||||||||||| || |||||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||    
T  17777075 ggcagttgctcttcgtgtcggcgctgatcaatccgtcatcaaccgctgcaaaattgatgcatttcaagacactctctatgcacactccaaccgacaattt 17777174  T
Q  498 taccgtgactccttcattaccggtaccattgactttatctttggagacgcagctgttgtgttgcagaagtgcaaactcgtggcccgaaagcccatggcca 597  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  17777175 taccgtgactcatacattaccggtaccgttgactttatctttggaaacgcagctgttgttttccagaagagcaaacttgcggcccgaaaacccatggcca 17777274  T
Q  598 accaaaa 604  Q
    |||||||    
T  17777275 accaaaa 17777281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 317 - 605
Target Start/End: Original strand, 17821591 - 17821879
Alignment:
Q  317 tggttttgtagctgctgttggggatgggtttatagctcaggacattggattccaaaacacggctggtccacagaagcatcaggcagttgctctgcgcgtc 416  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || || ||| | |||||||| | ||| ||  ||   ||||| |||||||| ||||| || |||    
T  17821591 tggttttgcagctgcggttggggatgggtttatagcacaagatatttggttccaaaatatggcaggcgcagcaaagcaccaggcagtggctctccgtgtc 17821690  T
Q  417 ggctctgatcgatctgtcattaaccgttgcaaaattgatgcatttcaagacactctatacgcacacaccaaccggcaattttaccgtgactccttcatta 516  Q
    |||||||| | ||||||||| |||||||||   ||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||    
T  17821691 ggctctgaccaatctgtcatcaaccgttgccgcattgacgcctttcaagacactctttacgcacactccaaccggcagttttaccgtgactctgtcatta 17821790  T
Q  517 ccggtaccattgactttatctttggagacgcagctgttgtgttgcagaagtgcaaactcgtggcccgaaagcccatggccaaccaaaac 605  Q
    | |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||  | |||||||| || ||||||||||||||||||    
T  17821791 caggtaccattgacttcatctttggaaatgcagctgttgtgttccagaagtgcaagttggtggcccgtaaacccatggccaaccaaaac 17821879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 203
Target Start/End: Original strand, 17821162 - 17821348
Alignment:
Q  17 gggagtggcaagttcaagactgttgttgaggctgttgcatctgcacctaacaaaggtacggcaaggtatgttatctatgtgaaaaagggaatctacaaag 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||| |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  17821162 gggagtggcaagttcaagactgtggctgaggctgtggcatctgcacctgacaacggtaagacaaagtatgttatctatgtgaaaaagggaacatacaaag 17821261  T
Q  117 agaatgtagaaatcgctagttcaaagacgaacgtgatgctcgtgggtgacggtatggatgcaacgataatcacaggcagcttaaatt 203  Q
    |||| |||||||| | |     ||| || || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||    
T  17821262 agaacgtagaaattggttcgaaaaaaacaaatgtgatgctcgttggtgatggaatggatgcaacaataatcacaggaaacttaaatt 17821348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University