View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9684_low_11 (Length: 367)

Name: NF9684_low_11
Description: NF9684
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9684_low_11
NF9684_low_11
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (20-332)||(9257424-9257736)
chr1 (20-327)||(9299979-9300286)
chr1 (20-330)||(9466649-9466959)
chr1 (20-325)||(9364284-9364589)
chr1 (20-325)||(9337425-9337730)
chr1 (20-332)||(9242455-9242767)
chr1 (20-333)||(8926830-8927143)
chr1 (20-330)||(8939259-8939569)
chr1 (19-333)||(8962183-8962497)
chr1 (181-327)||(9377603-9377749)
chr1 (185-327)||(9236488-9236630)
chr1 (38-147)||(9437702-9437811)
chr1 (50-153)||(10992814-10992917)
chr1 (38-147)||(9420619-9420728)
chr1 (73-153)||(11026270-11026350)
chr1 (73-153)||(11040973-11041053)
chr1 (41-144)||(9495346-9495449)
chr1 (275-333)||(8861971-8862029)
chr1 (215-333)||(8979311-8979429)
chr1 (77-153)||(10930610-10930686)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-334)||(9171375-9171695)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (20-332)||(1486-1798)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (20-332)||(15910308-15910620)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-114)||(27696131-27696225)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 20 - 332
Target Start/End: Original strand, 9257424 - 9257736
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9257424 aaattgtcatcgatcaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaactttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 9257523  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9257524 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatcttcgttgctaggaggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgggaagaagtcatagac 9257623  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  9257624 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagccaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccatagttcccacttcatttatgaactccttc 9257723  T
Q  320 ccatctccctctg 332  Q
    |||||||| ||||    
T  9257724 ccatctccttctg 9257736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 20 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 9300286 - 9299979
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9300286 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactctattccattggctatgccta 9300187  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  9300186 gagcaatttgttgcaacttatcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggagaaatgaatttctgcaacgaaccacttgggaagaagtcatagac 9300087  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||     
T  9300086 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagccaagcaaacggacaacattgagatggtggattttgcccattgttcccacttcatttatgaactccttc 9299987  T
Q  320 ccatctcc 327  Q
    ||||||||    
T  9299986 ccatctcc 9299979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 20 - 330
Target Start/End: Original strand, 9466649 - 9466959
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9466649 aaattctcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcaattccattggctatgccta 9466748  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||  |||||||||| | || ||| |||  ||||||||||| ||| || |||| || |  || |||||    
T  9466749 gagcaatttgttgcagcgtgtcccatccaagaaaagcatctttgttgtttggtggagaaagaaatttctgcaaagaaccacttggaaaaagatcgtagac 9466848  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
    || | | || | ||||||||| || || |||| |||||| |||||| |||| ||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  9466849 taaaccgcggtaaaatccatcagcgcagaagccaagcaaacggacaacattaagatgatggatttttcccatagttcccacttcatttatgaactcctta 9466948  T
Q  320 ccatctccctc 330  Q
    |||||||||||    
T  9466949 ccatctccctc 9466959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 20 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 9364589 - 9364284
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||    
T  9364589 aaattgtcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgccta 9364490  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||| || | |  ||| |||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||    
T  9364489 gagcaattttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgctgttcgcgggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgaaaaaaagtcatagac 9364390  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
    || ||||||| |||| ||||| || || |||| |||||| || ||  ||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||     
T  9364389 taaagcacgacgaaaaccatctgcgcagaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttc 9364290  T
Q  320 ccatct 325  Q
    ||||||    
T  9364289 ccatct 9364284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 20 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 9337730 - 9337425
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||    
T  9337730 aaattgtcatctaacaagacattatgaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaataccatttgctatgccta 9337631  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  ||||||| || | |  ||| |||||||||||||||||||| ||||||  || |||||||||||    
T  9337630 gagcaattttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgctgttcgcgggagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgaaaaaaagtcatagac 9337531  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
    || ||||||| |||| ||||| || || ||||  ||||| || ||  ||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||     
T  9337530 taaagcacgacgaaaaccatctgcgcagaagccgagcaaacgaacgacattgagatggtgaattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttc 9337431  T
Q  320 ccatct 325  Q
    ||||||    
T  9337430 ccatct 9337425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 332
Target Start/End: Original strand, 9242455 - 9242767
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||    
T  9242455 aaattgtcatctaacaagacattattaggattgatgtcaaagtgtagaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattggctataccta 9242554  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||  |||||||||| | || | | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  9242555 gagcaattttttgcaacttatcccatccaaggaaatcatctttgttgtttggggaagaaatgaatttctgcaacgaaccatttgggaaaaagtcatagac 9242654  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
    || ||||||  |||||||||| || ||  ||| |||||| || ||  |||| ||||| || || || ||||  |||||||||||||||||||| |||||     
T  9242655 taaagcacggcgaaatccatccgcgcagtagccaagcaaacgaacgacatttagatgatgaatcttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttc 9242754  T
Q  320 ccatctccctctg 332  Q
    |||||| ||||||    
T  9242755 ccatcttcctctg 9242767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 20 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 8927143 - 8926830
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||||||||| | |||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  8927143 aaattgtcatctaacaagacattgtggggattgatatcaaagtgaagaattctatgatcacaaccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgccta 8927044  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||  ||| ||||||   || | | ||||||| || ||||||||| |||| ||||| |||||||| ||    
T  8927043 gagcaatttgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttgtcgggtgaagaaatgaagttttgcaacgaaccattcgggaaaaagtcataaac 8926944  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| || ||| |||| | ||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||  |     
T  8926943 cagagcacgataaaatccatcggcacaaaagccaagcaaccgaacaacattaacatgatggatttttcccatagttcccacctcatttatgaactcactc 8926844  T
Q  320 ccatctccctctgt 333  Q
    ||||||||||||||    
T  8926843 ccatctccctctgt 8926830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 8939569 - 8939259
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||||||||| |  || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |    
T  8939569 aaattgtcatctaataatacattatgtggattgatatcgaagtgaagaattctatgatcacagccttggtgaagatactcaatcccattggcaatgccaa 8939470  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    ||||||||||||||||   |||||| |||||||||  ||| ||||||  ||| | | ||||||| || ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||    
T  8939469 gagcaatttgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttgtcaggtgaagaaatgaaattttgcaatgaaccatttgggaaaaagtcataaac 8939370  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
     | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||| | ||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  |     
T  8939369 caaagcacgataaaatccatcggcacaaaagccaagcaaccggacaacattaacatgatgaatttttcccatagttcccacttcatttatgaactctctc 8939270  T
Q  320 ccatctccctc 330  Q
    |||||||||||    
T  8939269 ccatctccctc 8939259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 19 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 8962497 - 8962183
Alignment:
Q  19 aaaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgcct 118  Q
    |||||||||||| | |||||  || || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  8962497 aaaattgtcatctaacaagatattgtgcggattgatatcaaaatgaagaattctttgatcacagccctggtgaagatactcaattccattggcaatgcct 8962398  T
Q  119 agagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcataga 218  Q
    |||||||| ||||||||   |||||| |||||||||  ||| ||||||  ||| | | ||||||| || ||||||||| |||| ||||| |||||||| |    
T  8962397 agagcaatctgttgcaataagtcccaaccaaggaaaacatccttgttgtcaggtgaagaaatgaaattttgcaacgaaccattagggaaaaagtcataaa 8962298  T
Q  219 ctagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactcctt 318  Q
    | | |||||||| ||||||||| || ||||||| ||| || |||||| |||| | ||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||  |    
T  8962297 ccaaagcacgataaaatccatcagcgcaaaagccaagtaaccggacaacattaacatgatggatttttcccatagttcctacttcatttatgaactctct 8962198  T
Q  319 tccatctccctctgt 333  Q
     |||||||| |||||    
T  8962197 cccatctccttctgt 8962183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 181 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 9377749 - 9377603
Alignment:
Q  181 gaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagactagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtgg 280  Q
    |||||| ||||||||  ||||||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| || |  |||||||| ||| |||||| ||| ||     
T  9377749 gaatttttgcaacgacccatttggaaagaaatcatagacaagagcacggtggaatccatcagcacagaatccgagcaagcgaacaacattgaaatgatga 9377650  T
Q  281 attttacccacagttcccacttcatttatgaactcctttccatctcc 327  Q
    ||||| |||| |||||  |||||||| ||||| || |||||||||||    
T  9377649 atttttcccatagttcggacttcattgatgaaatcgtttccatctcc 9377603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 185 - 327
Target Start/End: Original strand, 9236488 - 9236630
Alignment:
Q  185 ttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagactagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattt 284  Q
    |||||||| ||  |||| || ||||| |||||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |  || ||||| ||| |||||| ||| || ||||    
T  9236488 ttctgcaaggagccattcggaaagaaatcatagacaagagcacggtggaatccatcagcacaaaatccgagtaagcgaacaacattgacatgatgaattt 9236587  T
Q  285 tacccacagttcccacttcatttatgaactcctttccatctcc 327  Q
    | |||| |||||| ||||| || ||||| || |||||||||||    
T  9236588 ttcccatagttccgacttcgttgatgaaatcgtttccatctcc 9236630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 147
Target Start/End: Original strand, 9437702 - 9437811
Alignment:
Q  38 acgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaact 137  Q
    |||||||| ||||| || || ||||||||||||   ||||||||||    |||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  9437702 acgttatggggattaatatcgaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaagagcaatttgttgtagct 9437801  T
Q  138 tgtcccatcc 147  Q
    | ||||||||    
T  9437802 tctcccatcc 9437811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 50 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 10992917 - 10992814
Alignment:
Q  50 ttgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatccaa 149  Q
    ||||| ||||| ||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||| | ||| || ||||| |||| ||||||||  |||||||| | ||| ||||    
T  10992917 ttgatatcaaaatgaaggatgcgttgatcacaaccttgatgaagatactcaactcctttagctatacctaaagcaatttcatgcaactttttccaaccaa 10992818  T
Q  150 ggaa 153  Q
    ||||    
T  10992817 ggaa 10992814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 38 - 147
Target Start/End: Original strand, 9420619 - 9420728
Alignment:
Q  38 acgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaact 137  Q
    |||||||  ||||| || || ||||||||||||   ||||||||||    |||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| | ||    
T  9420619 acgttatagggattaatatcgaagtgaagaatttgctgatcacaactcatgtgaagatactcaatacctttggctatgccaagagcaatttgttgtagct 9420718  T
Q  138 tgtcccatcc 147  Q
    | ||||||||    
T  9420719 tctcccatcc 9420728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 11026350 - 11026270
Alignment:
Q  73 ttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaa 153  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||||  |||||||| | ||| ||||||||    
T  11026350 ttgatcacaaccttgatgaagatattcaattcctttagctattcctaaagcaatttcgtgcaactttttccagccaaggaa 11026270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 11041053 - 11040973
Alignment:
Q  73 ttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaa 153  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| |||| ||||||||  |||||||| | ||| ||||||||    
T  11041053 ttgatcacaaccttgatgaagatattcaattcctttagctattcctaaagcaatttcgtgcaactttttccagccaaggaa 11040973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 41 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 9495449 - 9495346
Alignment:
Q  41 ttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttgt 140  Q
    |||||||| || || ||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||||| ||| ||||| |    
T  9495449 ttatgaggttttatatcaaagtgaagtatcctctggtcacatccttgatgaagatactcaattcctttcgctattccaagcgcaatttcttgtaacttct 9495350  T
Q  141 ccca 144  Q
    ||||    
T  9495349 ccca 9495346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 275 - 333
Target Start/End: Original strand, 8861971 - 8862029
Alignment:
Q  275 tggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactcctttccatctccctctgt 333  Q
    ||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||    
T  8861971 tggtggattttgcccataattcccacttcattgatgaactctttcccttctccctctgt 8862029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 215 - 333
Target Start/End: Original strand, 8979311 - 8979429
Alignment:
Q  215 tagactagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaact 314  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||| || ||||| |||| |||||| || ||| ||||||  ||||||||||| |||| | ||||||||||  | |||||||    
T  8979311 tagacaagaacacgatgaattccctctgcacagaagccaagcaatcgaacaacattgatgtggtggatttttcccataattcccacttcgctaatgaact 8979410  T
Q  315 cctttccatctccctctgt 333  Q
    | || || ||||| |||||    
T  8979411 ctttcccgtctccttctgt 8979429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 77 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 10930686 - 10930610
Alignment:
Q  77 tcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgcctagagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaa 153  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | ||| || ||||| |||| ||||||||  |||||||| | ||| ||||||||    
T  10930686 tcacaaccttgatgaagatactcaactcctttagctatacctaaagcaatttcatgcaactttttccaaccaaggaa 10930610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 20 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 9171695 - 9171375
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9171695 aaattgtcatctagtaagacgttatgaggattaatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgcagatactcaattccattggctattccta 9171596  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttg--ttgctaggaggac----aaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  ||     | |    |||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||    
T  9171595 gagcaatttgttgcaacttgtcccatctaaggaaactatctttgtctccctcttctgtcattgaaatgaatttctgcaaagaaccatttgggaaaaaatc 9171496  T
Q  214 atagactagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaac 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  9171495 atagactagagcacgatgaaatccatcggcgcaaaagccaagcaaacggacaacatttagatggtggattttgcccatagttcccacttcatttatgaac 9171396  T
Q  314 tcctttccatctccctctgtg 334  Q
    ||||| |||||||||||||||    
T  9171395 tccttcccatctccctctgtg 9171375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 149; Significance: 1e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 1798 - 1486
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||    
T  1798 aaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgccta 1699  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||| |  |  || | ||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||| ||    
T  1698 gagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcaggtgagatatgaatttctgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaac 1599  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
    || ||||||| |||| ||||| || ||||||| |||||| || ||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||     
T  1598 taaagcacgacgaaaaccatctgcgcaaaagccaagcaaacgaacgacattgagatggtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttc 1499  T
Q  320 ccatctccctctg 332  Q
    |||||||||||||    
T  1498 ccatctccctctg 1486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 20 - 332
Target Start/End: Original strand, 15910308 - 15910620
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctatgccta 119  Q
    ||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||    
T  15910308 aaattgtcatctagcaagatattatgaggattgatgtcaaagtgtaaaattctttgatcacaaccttggtggagatactcaatgccattagctatgccta 15910407  T
Q  120 gagcaatttgttgcaacttgtcccatccaaggaaactatctttgttgctaggaggacaaatgaatttctgcaacgaatcatttgggaagaagtcatagac 219  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||| | ||  || | |||||||| || |||||| ||||||| || |||||||| ||    
T  15910408 gagcaatttgttgcaatttatcccatccaaggaaatcatctttgttgttcgggtgagatatgaatttttgtaacgaaccatttggaaaaaagtcataaac 15910507  T
Q  220 tagagcacgatgaaatccatcggcacaaaagcaaagcaagcggacagcattgagatggtggattttacccacagttcccacttcatttatgaactccttt 319  Q
    || |||||||||||| ||||| |  |||||||  ||||| || ||  ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||     
T  15910508 taaagcacgatgaaaaccatctgagcaaaagccgagcaaacgaacgacattgagatggtggattttgcccatggttcccacttcatttatgaattccttc 15910607  T
Q  320 ccatctccctctg 332  Q
    |||||||||||||    
T  15910608 ccatctccctctg 15910620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 20 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 27696225 - 27696131
Alignment:
Q  20 aaattgtcatcgatcaagacgttatgaggattgatgtcaaagtgaagaattctttgatcacaaccttggtgaagatactcgattccattggctat 114  Q
    |||||||| || | ||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||| || |||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||    
T  27696225 aaattgtcgtctagcaatacgttatgaggtttgatatcaaaatggagaattcgtttatcacaaccttgatgaagatactcaattcccttcgctat 27696131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University