View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9691_low_1 (Length: 876)

Name: NF9691_low_1
Description: NF9691
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9691_low_1
NF9691_low_1
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (17-862)||(10849961-10850806)
chr8 (17-862)||(10881392-10882240)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 790; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 790; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 10850806 - 10849961
Alignment:
Q  17 aaataatggtaacgattgtagtgttaaagagcgtaacttattaaactcaaccttattaaaatttgcttgcccttccttaacaacaatctcctccaaagaa 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10850806 aaataatggtaacgattgtagtgttaaagagcgtagcttattaaactcaaccttattaaaatttgcttgcccttccttaacaacaatctcctccaaagaa 10850707  T
Q  117 tcacattcagaaacatcaatggtttctagactagcaagaaatttaaccatgtaaaaggagaagagagtcttcatctgggtacacatcttgaccttgatgg 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10850706 tcacattcagaaacatcaattgtttctagactagcaagaaatttaaccatgtaaaaggagaagagagtcttcatctgggtacacatcttgaccttgatgg 10850607  T
Q  217 tttttaatttggcaaatgaggcatctgtaactggagtataacacagcatctttatcttcctcagtttgtagaggcatagagattccaaattgagaaaaac 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10850606 tttttaatttggcaaatgaggcatctgtaactggagtataacacagcatctttatcttcctcagtttgtagaggcatagagattccaaattgagaaaaac 10850507  T
Q  317 attctgaggattgagcagctctatggagttaacaatatattcaatgccattgttatttatgatggataaatgtttgagatctggaaatccattcaaattc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  10850506 attctgaggattgagcagctctatggacttaacaatatattcaatgccattgttatttatgatggataaatttttaagatctggaaatccatccaaattc 10850407  T
Q  417 aactcgtaaaatgcattttgaacaccatttagctctcccaacaacaaattttcaactctttcaaacaacaactttatccctttctgagcgtgaatgtcag 516  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10850406 aactcataaaaaacattttgaacaccatttagctctcccaacaacaaattttcaactcctttaaacaacaactttatccctttctgagcgtgaatgtcag 10850307  T
Q  517 tgccgtctgttagcaatgccaaagatcttaatgctttgtacttatttggcatcctgaaatctccaactgaaagcatcttgaagtctccaatcacaatttt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10850306 tgccgtctgttagcaatgccaaagatcttaatgctttgtacttatttggcatcctgaaatctccaactgaaagcatcttgaagtctccaatcacaatttt 10850207  T
Q  617 gtaatcagttaacctgtcaaagaacaagtccctaggcaaaactgcagcactcgggatgcataagtctacaaccctcaattggtgtaaatgttttaactga 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10850206 gtaatcagttaacctgtcaaagaacaagtccctaggcaaaactgcagcactcgggattcataagtctacaaccctcaattggtgtaaatgttttaactga 10850107  T
Q  717 gaaagaaatgaaatttgactttggtttggctctccatcgaccaccactttgatcaagctctttcttatatacaactcttctaaacatgtcaaccttgata 816  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10850106 gaaagaaatgaaatttgactttggtttggctctccatcaaccaccactttgatcaagctctttcttatatacaactcttctaaacatgtcaaccttgata 10850007  T
Q  817 taaaattaggcgaaacccccttcattatggaacagtcactgatgtc 862  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10850006 taaaattaggtgaaacccccttcattatggaacagtcactgatgtc 10849961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 667; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 862
Target Start/End: Complemental strand, 10882240 - 10881392
Alignment:
Q  17 aaataatggtaacgattgtagtgttaaagagcgtaacttattaaactcaaccttattaaaatttgcttgcccttccttaacaacaatctcctccaaagaa 116  Q
    |||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||  ||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  10882240 aaatgatggtaacgattatagtgtcaaagagcgtagcttatgaaactcaaccttattaaaatcttcttttccttccttagcaacaatctccttcaaagaa 10882141  T
Q  117 tcacattcagaaacatcaatggtttctagactagcaagaaatttaaccatgtaaaaggagaagagagtcttcatctgggtacacatcttgaccttgatgg 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10882140 tcacattcagaaacatcaattgtttctagactagcaagaaatttaaccatgtaaaaggagaagagagtcttcatctgggtacacatcttgaccttgatgg 10882041  T
Q  217 tttttaatttggcaaatgaggcatctgtaactggagtataacacagcatctttatcttcctcagtttgtagaggcatagagattccaaattgagaaaaac 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10882040 tttttaatttggcaaatgaggcatctgtaactggagtataacacagcatctttatcttcctcagtttgtagaggcatagagattccaaattgagaaaaac 10881941  T
Q  317 attctgaggattgagcagctctatggagttaacaatatattcaatgccattgttatttatgatggataaatgtttgagatctggaaatccattcaaattc 416  Q
    |||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||    
T  10881940 attctgaggattgagcagttcaatcgagttaacgatatattcaatgccattgttatttatgatggataaatttttaagatctggaaatccatccaaattc 10881841  T
Q  417 aactcgtaaaatgcattttgaacaccatttagctctcccaacaacaaattttcaactctttcaaacaacaactttatccctttctgagcgtgaatgtcag 516  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10881840 aactcataaaaaacattttgaacaccatttagctctcccaacaacaaattttcaactcctttaaacaacaactttatccctttctgagagtgaatgtcag 10881741  T
Q  517 tgccgtctgtta---gcaatgccaaagatcttaatgctttgtacttatttggcatcctgaaatctccaactgaaagcatcttgaagtctccaatcacaat 613  Q
    |||||||| |||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10881740 tgccgtctattagctgcaatgccaaagatcttaatgttttgtacttatttggcatcctgaaatctccaactgaaagcatcttgaagtctccaatcacaat 10881641  T
Q  614 tttgtaatcagttaacctgtcaaagaacaagtccctaggcaaaactgcagcactcgggatgcataagtctacaaccctcaattggtgtaaatgttttaac 713  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10881640 tttgtaatcagttaacctgtcaaagaacaagtccctaggcaaaactgcagcactcgggatacataagtctacaaccctcaattggtgtaaatgttttaac 10881541  T
Q  714 tgagaaagaaatgaaatttgactttggtttggctctccatcgaccaccactttgatcaagctctttcttatatacaactcttctaaacatgtcaaccttg 813  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  10881540 tgagaaagaaatgtaatttgactttggtttggttctccatctaccaccactttgatcaagctctttcttatatacaactcttctaaacaagtcaggcttg 10881441  T
Q  814 atataaaattaggcgaaacccccttcattatggaacagtcactgatgtc 862  Q
    |||||||| |||| | |||| ||||| ||||| ||||||  ||||||||    
T  10881440 atataaaactaggtggaaccaccttcgttatgaaacagttgctgatgtc 10881392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University