View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9696_2D_low_6 (Length: 407)

Name: NF9696_2D_low_6
Description: NF9696_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9696_2D_low_6
NF9696_2D_low_6
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (5-407)||(51303083-51303484)
chr4 (2-397)||(5204065-5204459)
chr4 (119-384)||(38224309-38224574)
chr4 (111-395)||(10470208-10470492)
chr4 (114-396)||(38945495-38945778)
chr4 (122-309)||(10484180-10484367)
chr4 (309-395)||(40789046-40789132)
chr4 (355-395)||(10484134-10484174)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (165-395)||(35061035-35061265)
chr2 (236-292)||(43111904-43111960)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (208-396)||(1928969-1929157)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 5 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 51303484 - 51303083
Alignment:
Q  5 cttatgtgtttgggtggtgaattttggtctttacatcttctgacttgtaacataaaaatttgattgaaagcattgcaatcagcctttctccttcttcttc 104  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  51303484 cttatgtgtttgggtggtgaatcttggtctttacatcgtctgacttgtaacataaaaatttgattgaaagcattgtaatcagcctttctccttcttcttt 51303385  T
Q  105 ttctgttgttacaactaacaggtacatcagatggaacgataacaatttttcaggtgctattcttaatgtgggtggaagttgtcatggttctccaatcaaa 204  Q
    | |||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||    
T  51303384 tgctgtt---acaactaacaggtacatcagatggaaagataacaatttttcaggtgctattcttaatgtggatggaagttgtcttggttctccaattaaa 51303288  T
Q  205 accgggtttggtggagtcttgcgtactgatgcaggtatattccttttgtgcttctctagttgcattccaggctcatatgacatcttgccaggtgagattt 304  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  51303287 accgggtttggtggagtcttgcgtgctgatgcaggtatattccttttgtgcttctttagttgcattccaggttcatatgacatcttgctaggtgagattt 51303188  T
Q  305 ttgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaacct--tatatgatcc 402  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  51303187 ttgttatctatcacgggttgatcatggcaaaggatttgggatatgtcgaccttgtttgatattctgattatcttgcttgcatcaaccttgtatatgaccc 51303088  T
Q  403 catta 407  Q
    |||||    
T  51303087 catta 51303083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 2 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 5204459 - 5204065
Alignment:
Q  2 aaccttatgtgtttgggtggtgaattttggtctttacatcttctgacttgtaacat-aaaaatttgattgaaagcattgcaatcagcctttctccttctt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||| ||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||| |  ||| |   |||    
T  5204459 aaccttatgtgtttgggtggtgaaacttggtctttacatcgcctggcttgtaagatcaaaaattcgattgaaagcattgtaatcaactattcac---ctt 5204363  T
Q  101 cttcttctgttgttacaactaacaggtacatcagatgg-aacgataacaatttttcaggtgctattcttaatgtgggtggaagttgtcatggttctccaa 199  Q
    || |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |    
T  5204362 ctgcttctgcttttacaactaacaggtacattagatggaaataataacaatttttcaggtgctattcttaatgtggatggaagttgccacggttctccta 5204263  T
Q  200 tcaaaaccgggtttggtggagtcttgcgtactgatgcaggtatattccttttgtgcttctctagttgcattccaggctcatatgacatcttgccaggtga 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  5204262 tcaaaaccgggtttggtggagtcttgcgtactcatgcaggtatattcctttcaggcttctctagttggattccaggttcagatgacatcttgctaggtga 5204163  T
Q  300 gatttttgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttatat 397  Q
      ||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5204162 tctttctgctatctatcacgggctgatcatggcaaaggatttgggatatgcagaactttcttgctattctgattctcttgcttgcatcaaccttatat 5204065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 119 - 384
Target Start/End: Original strand, 38224309 - 38224574
Alignment:
Q  119 ctaacaggtacatcagatggaacgataacaatttttcaggtgctattcttaatgtgggtggaagttgtcatggttctccaatcaaaaccgggtttggtgg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||   |||| || | |||  | ||||||||    
T  38224309 ctaacaggtacatcagatggaataataataatatttcgggtgctattcttaatgtggatggtagttagcatgacactcctattagaacttgatttggtgg 38224408  T
Q  219 agtcttgcgtactgatgcaggtatattccttttgtgcttctctagttgcattccaggctcatatgacatcttgccaggtgagatttttgctatctatcac 318  Q
    ||||||||| | |||  ||||||||||| ||  | | |||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||     |||| ||| |  ||||||||||    
T  38224409 agtcttgcgcaatgactcaggtatattcattgcgggtttctctggtttcattccaggatcatttgacatcttgttgactgagctttctattatctatcac 38224508  T
Q  319 gagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgc 384  Q
     |  |||||||||  ||||||||||| ||| |  | ||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  38224509 aatctgatcatggagaaggatttgggttatacaaagcttgtttgctactctgattatcttgtttgc 38224574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 111 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 10470492 - 10470208
Alignment:
Q  111 tgttacaactaacaggtacatcagatggaacgataacaatttttcaggtgctattcttaatgtgggtggaagttgtcatggttctccaatcaaaaccggg 210  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||| |||||||||||||| ||  || | ||||||| ||||  | | || ||||    
T  10470492 tgttacgactgacaggtacatcagatggaacaataataattttacaagtgttattcttaatgtggatgatagctctcatggtactcctgttagaaacggg 10470393  T
Q  211 tttggtggagtcttgcgtactgatgcaggtatattccttttgtgcttctctagttgcattccaggctcatatgacatcttgccaggtgagatttttgcta 310  Q
    |||||| | |||||| ||| ||| |||| | |||| |||  | |||||||  |||  |||||||| ||| || ||| | |   ||||||| ||| |||||    
T  10470392 tttggtcgggtcttgtgtaatgacgcagatttatttcttgcgggcttctccggttttattccaggttcagattacaccctattaggtgagctttctgcta 10470293  T
Q  311 tctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttat 395  Q
     || ||||| | |||||||||| || |||||| | |||||  | |||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  10470292 cctgtcacgggctgatcatggctaaagatttgagttatgcaaaacttgcttgctattctgattctcttgcttgcgtcaaccttat 10470208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 114 - 396
Target Start/End: Original strand, 38945495 - 38945778
Alignment:
Q  114 tacaactaacaggtacatcagatggaacgataacaatttttcaggtgctattcttaatgtgggtggaagttgtcatggttctccaatcaaaaccgggttt 213  Q
    |||| |||||| |||| ||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||   |||  || | ||||| ||||    
T  38945495 tacagctaacaagtacgtcagatggaataataataatatttcaggtgctattcttaatgtggatggtagttgccatgacactcatattagaaccgagttt 38945594  T
Q  214 ggtggagtcttgcgtactga-tgcaggtatattccttttgtgcttctctagttgcattccaggctcatatgacatcttgccaggtgagatttttgctatc 312  Q
    |||||||||||||||| ||| |   ||||||||| ||  | | ||||||  || ||||||||| |||| ||||||||||   |  ||| ||| ||||||     
T  38945595 ggtggagtcttgcgtaatgactaagggtatattcattgcgagtttctctgatttcattccaggatcatttgacatcttgttggccgagctttctgctatt 38945694  T
Q  313 tatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttata 396  Q
    |||||||   |||||||||| ||||||||||| ||| |  | ||||||||||| || |||| ||||| |||||| || ||||||    
T  38945695 tatcacggtctgatcatggcgaaggatttgggttatacatagcttgtttgctactcggattctcttgtttgcattaatcttata 38945778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 10484367 - 10484180
Alignment:
Q  122 acaggtacatcagatggaacgataacaatttttcaggtgctattcttaatgtgggtggaagttgtcatggttctccaatcaaaaccgggtttggtggagt 221  Q
    |||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||| || |||||||||||||| ||| || | ||||||| ||||  | | ||||| ||||||||| ||    
T  10484367 acaggtacaagagatggaacaataataattttacagatgttattcttaatgtggatggtagctatcatggtactcctgttagaaccgagtttggtggggt 10484268  T
Q  222 cttgcgtactgatgcaggtatattccttttgtgcttctctagttgcattccaggctcatatgacatcttgccaggtgagatttttgct 309  Q
    |||||||| |||  ||||| ||||||||  | |||||||  |||  |||||||| ||| |||||||| ||| ||||||| ||| ||||    
T  10484267 cttgcgtaatgacacaggtttattccttgcgggcttctccggttttattccaggttcaaatgacatcctgctaggtgagctttatgct 10484180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 309 - 395
Target Start/End: Original strand, 40789046 - 40789132
Alignment:
Q  309 tatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttat 395  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||  ||| | ||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  40789046 tatctatcatgagctgatcatgacaaaagatttggtttatccagaatttgtttgctattctgattctcttgcttgcatcaactttat 40789132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 355 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 10484174 - 10484134
Alignment:
Q  355 cttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttat 395  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  10484174 cttgcttgctattctgattctcttgcttgtatcaaccttat 10484134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 7e-25; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 165 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 35061265 - 35061035
Alignment:
Q  165 tcttaatgtgggtggaagttgtcatggttctccaatcaaaaccgggtttggtggagtcttgcgtactgatgcaggtatattccttttgtgcttctctagt 264  Q
    |||||| |||| ||| || ||||||||| ||||  | | ||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||| ||||||||    |||||||   |    
T  35061265 tcttaacgtggatggtagctgtcatggtactcctgttagaaccgggtttggtggggtcttgcgtaatgacacaggtttattccttgcaggcttctccgat 35061166  T
Q  265 tgcattccaggctcatatgacatcttgccaggtgagatttttgctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgct 364  Q
    |  |||||||| ||  |||| ||| ||| ||||||| ||| |||||| ||||| | | | ||||||||||| |||||||| |||||  | |||| |||||    
T  35061165 tttattccaggttcggatgatatcctgctaggtgagctttctgctatatatcatgggctaatcatggcaaaagatttgggttatgcataacttgcttgct 35061066  T
Q  365 attctgattatcttgcttgcatcaaccttat 395  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35061065 attctgattctcttgcttgcatcaaccttat 35061035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 43111960 - 43111904
Alignment:
Q  236 caggtatattccttttgtgcttctctagttgcattccaggctcatatgacatcttgc 292  Q
    ||||| |||||||| ||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  43111960 caggtttattccttgtggacttctctagttttattccaggctcatatgacatcttgc 43111904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 1929157 - 1928969
Alignment:
Q  208 gggtttggtggagtcttgcgtactgatgcaggtatattccttttgtgcttctctagttgcattccaggctcatatgacatcttgccaggtgagatttttg 307  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||  || |||||||| || || |  |||||  || ||||| ||| |||| ||||||||||   |  ||| ||| ||    
T  1929157 gggtctggtggagtcttgcgtaatgactcatgtatattcattgtgggtatctctgatttcattctaggatcatttgacatcttgttggccgagctttctg 1929058  T
Q  308 ctatctatcacgagttgatcatggcaaaggatttgggatatgccgaccttgtttgctattctgattatcttgcttgcatcaaccttata 396  Q
    |||||||||| |   |||||||||  ||||||||| | ||| | || ||||||||||| ||||||| ||||| |||||| || ||||||    
T  1929057 ctatctatcatggtctgatcatggagaaggatttgagttatacagagcttgtttgctactctgattctcttgtttgcattaatcttata 1928969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University