View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9697_high_2 (Length: 531)

Name: NF9697_high_2
Description: NF9697
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9697_high_2
NF9697_high_2
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (1-513)||(48957783-48958295)
chr4 (4-416)||(48965065-48965477)
chr4 (8-387)||(48912380-48912759)
chr4 (4-420)||(48961023-48961441)
chr4 (8-208)||(48974062-48974262)
chr4 (286-429)||(48967181-48967324)
chr4 (54-210)||(48951185-48951341)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-420)||(12641509-12641928)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (4-420)||(13448095-13448511)
chr2 (4-420)||(13454566-13454982)
chr2 (4-420)||(13439932-13440348)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (4-388)||(6542-6926)
scaffold0536 (4-221)||(10524-10741)
scaffold0536 (61-210)||(1541-1690)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (4-398)||(12590203-12590594)
chr6 (4-459)||(12483498-12483953)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (4-407)||(12540430-12540833)
chr5 (16-398)||(28385088-28385470)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (4-452)||(3417558-3418006)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 48958295 - 48957783
Alignment:
Q  1 aaaggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  48958295 aaaggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccactgtgg 48958196  T
Q  101 aggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtgga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  48958195 aggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactaatgtgcgaggaattggggtgga 48958096  T
Q  201 ggtcggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggt 300  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48958095 ggttggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggt 48957996  T
Q  301 ggtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  48957995 ggtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacgagctgttcaagaaggtggatcatctcataacaatttgttgt 48957896  T
Q  401 ctttgattgatgatcttaaacaaatgagaaattgcaagacacttgattaattcaaatacccaccactgtcttagtttttctaaattatttctcattatat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48957895 ctttgattgatgatcttaaacaaatgagaaactgcaagacacttgattaattcaaatacccaccactgtcttagtttttctaaattatttctcattatat 48957796  T
Q  501 gtcacgcaaaagt 513  Q
    |||||||||||||    
T  48957795 gtcacgcaaaagt 48957783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 48965477 - 48965065
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    |||||||| |||||||| ||||| || || ||| ||||||||||||||   || |||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||  |||||||    
T  48965477 ggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctgattctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggagg 48965378  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    ||||| | ||||||||||| ||||| || |||||    |||||||||||||||||||| || ||  ||||||| || |||||||| || || ||||| ||    
T  48965377 ctgttggtgcgggggttccgatgattacatggccttcacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagt 48965278  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
     ||||||||||| |||||| | |  |||||||| || | | ||||| | |||||||  ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  48965277 tggtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaagaaagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaggagattgatggacagtggt 48965178  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgtctt 403  Q
    |||||||||||| |||| | |   |||||||||||||| ||||||||||||| || |||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | |    
T  48965177 gatgaagctgagaaaattagaagtcgtgctcaagagtttggagaaaaggctagacgagccattcaagaaggtggctcgtctcataagaatttgttagcct 48965078  T
Q  404 tgattgatgatct 416  Q
    |||||||||||||    
T  48965077 tgattgatgatct 48965065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 8 - 387
Target Start/End: Original strand, 48912380 - 48912759
Alignment:
Q  8 tgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggaggctgt 107  Q
    |||| |||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||    
T  48912380 tgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagt 48912479  T
Q  108 tagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggtcggt 207  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||  | ||||  || || |||||||||||||||    
T  48912480 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacagttttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggt 48912579  T
Q  208 gcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtgatg 307  Q
    ||||| || ||| |   ||  ||| ||| ||| | | ||||| | ||  | |  |||| ||| || |||| ||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  48912580 gcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatg 48912679  T
Q  308 aagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcat 387  Q
    |||||||| |||||| ||| | ||||| |||||| || || || |||| ||| ||  || |||||||||| || ||||||    
T  48912680 aagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctcat 48912759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 4 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 48961441 - 48961023
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactc--cattgtgga 101  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  || |||||||  |||||||| |||||||||||||||||  ||   | ||    
T  48961441 ggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatgatcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactctccaccattga 48961342  T
Q  102 ggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggag 201  Q
    ||||| ||| || ||| | |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||  | ||     
T  48961341 ggctggtagtgcagggatcccaatgataacatggcccgtacatggagaacaattctacaacgagaagttgataactgatgtgcggggtattggaattgaa 48961242  T
Q  202 gtcggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtg 301  Q
    || ||||||||||| ||||||||  | ||| |||| |||| | | ||| |  | |  ||||||| |||||| ||||| ||||  | ||| ||||||||||    
T  48961241 gttggtgcaacagaatggtgtgtggatggtattgaagagagaaataaggtgatcaacaaagataatatagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtg 48961142  T
Q  302 gtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgtc 401  Q
    |||||||||| || || || | || |||||||| |||||| || || ||||||| |  ||||||||||| ||| || || |||||||| ||||||||| |    
T  48961141 gtgatgaagccgaagatataagacggcgtgctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttcaagtaggcggctcatctcataataatttgttggc 48961042  T
Q  402 tttgattgatgatcttaaa 420  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  48961041 tttaattgatgatcttaaa 48961023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 48974262 - 48974062
Alignment:
Q  8 tgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggaggctgt 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| |  |||||  |||  | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||    
T  48974262 tgatcataagggggtgggccccacaagtggtgattttaggccaccctgctatcggtgcattcttgacacattgcgggtggaactccaccgtggaagccgt 48974163  T
Q  108 tagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggtcggt 207  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| || || || |||||||| |||    
T  48974162 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccagtgcatgacgaacaattctacaacgagaagttgataactcaggtgcggggtattggtgtggaggttggt 48974063  T
Q  208 g 208  Q
    |    
T  48974062 g 48974062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 286 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 48967324 - 48967181
Alignment:
Q  286 agattgatggacggtggtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctc 385  Q
    ||||||||||||  ||  |||||||||||| | |||| ||| ||||||| ||| || |||||||||||||||| |||  ||||||||||||| | ||||     
T  48967324 agattgatggacaatgacgatgaagctgagaagatcagacaacgtgctcgagactttggagaaaaggctacacgagcacttcaagaaggtggcttgtctt 48967225  T
Q  386 ataacaatttgttgtctttgattgatgatcttaaacaaatgaga 429  Q
    |||| |||||  |  ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  48967224 ataataatttacttgctttgattgatgatcttaaaagaatgaga 48967181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 48951341 - 48951185
Alignment:
Q  54 tgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggaggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaa 153  Q
    |||||| || || ||| |||||||||| |||||||||||  |   ||||||| |||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||     
T  48951341 tgccgttggcgcgtttttgacacattgtgggtggaactctgtgacggaggctattagtgtaggggttccgatgatcacgtggccggtgcatagtgatcag 48951242  T
Q  154 ttctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggtcggtgca 210  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||||| || || || ||||| || ||||||    
T  48951241 ttctacaatgagaagctcataactcatgtgcgtgggataggagtggaagtaggtgca 48951185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 420
Target Start/End: Original strand, 12641509 - 12641928
Alignment:
Q  1 aaaggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtgg 100  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||| | ||||||  ||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| | || |    
T  12641509 aaaggttttatcattagggagtgggccccacaagtaatgattttaagccacgctgctgtgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactccttggtag 12641608  T
Q  101 aggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtgga 200  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| | || ||||||||    
T  12641609 aggctgttagtgcagggattccaatgatcacgtggccagtgcaaggagaacagttctataatgagaagctgataactgttgtgcgaaggattggggtgga 12641708  T
Q  201 ggtcggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggt 300  Q
    ||| |||||||||||||||| |||| | |||| | | |  ||| ||||  | ||||||| | |||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |    
T  12641709 ggtgggtgcaacagagtggtctgtacatggttataaaggaaaagagaaagtggtgagtagacatagtatagagaaagctgtgaggagattgatggacgat 12641808  T
Q  301 ggtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgt 400  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||||||||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||     
T  12641809 ggtgatgaagctaaggaaatcagacaacgtgctcaagagtttgggaaaaaggctacacatgctgttgaagaaggcgggtcgtctcataacaatttgttgg 12641908  T
Q  401 ctttgattgatgatcttaaa 420  Q
    |||||||| | |||||||||    
T  12641909 ctttgattaacgatcttaaa 12641928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 4 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13448511 - 13448095
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||  ||||||||  ||| ||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||| |  || ||||    
T  13448511 ggtttgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaaccgtagagg 13448412  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||  |  | |||||||| || || || ||    
T  13448411 ctgttagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaatgagaaactgataacacaattccgaggaattggagttgaagt 13448312  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
    |||||||||||| ||||||   |  ||| | | ||||| | ||||| | ||||| | |||||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  13448311 cggtgcaacagaatggtgtacgagtggtgtcgcggagagaaagaagttagtgagcagagatagcatagagaaggctgtaaggagattgatggacggtggt 13448212  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgtctt 403  Q
    |||||||||||  | ||||  |  ||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||    
T  13448211 gatgaagctgaaaatatcaggctacgtgctcgagagtttggagaaaaagctatacaagctattcaagaaggtggctcgtcttataataatttgttggctt 13448112  T
Q  404 tgattgatgatcttaaa 420  Q
    ||||||| || ||||||    
T  13448111 tgattgacgaacttaaa 13448095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 4 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13454982 - 13454566
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||  |||| |||  ||| ||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||| || || ||||    
T  13454982 ggtttgatcattaggggttgggccccacaagttaagatattgagtcaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaatcgtagagg 13454883  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||  | || |||||||| ||  | || ||    
T  13454882 ctgttagcatgggagttccaatgataacgtggccagtccatggagatcaattctacaacgagaaactaataacacaagttcgaggaattggaattgaagt 13454783  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
    |||||||||||| ||||||  ||  ||| ||| ||||| | ||||| | ||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  13454782 cggtgcaacagaatggtgtacaagtggtgttgcggagagagagaagttggtgagcaaagatagcatagagaaggctgtgaggagattgatgggcggtggt 13454683  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgtctt 403  Q
    ||||||||| |  | ||||     ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || ||| |||| ||||||||| |||    
T  13454682 gatgaagctaaaaatatcagggtacgtgctcgagagtttggagaaaaggctacacaagctattcaaaaaggtggctcatcttataataatttgttggctt 13454583  T
Q  404 tgattgatgatcttaaa 420  Q
    |||||||||| ||||||    
T  13454582 tgattgatgaacttaaa 13454566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 9e-62
Query Start/End: Original strand, 4 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 13440348 - 13439932
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||  ||||||||  ||| ||||| | ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| |||     
T  13440348 ggtttgatcattaagggttgggccccacaagttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaattgtagagt 13440249  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||  || ||||  |  | |||||||| || ||||| ||    
T  13440248 ctgttagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatggagatcaattctacaacgagaaactggtaacacaatttcgaggaattggagtggaagt 13440149  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
    ||||||||| || ||||||   || ||| ||| ||||| | ||||| | ||||| |  ||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||   ||||    
T  13440148 cggtgcaacggaatggtgtaagaatggtgttgcggagagagagaagttggtgagcagggataacatagagaaggctgtgaggagattgatggagaatggt 13440049  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgtctt 403  Q
    ||||||||| |  | || |  |  | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| |||    
T  13440048 gatgaagctaaaaatatgaggctacttgctcaagagtttggagaaaaggctacacaagctattcaagaaggtggctcgtcttataataatttgttggctt 13439949  T
Q  404 tgattgatgatcttaaa 420  Q
    | ||||| || ||||||    
T  13439948 taattgaagaacttaaa 13439932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 4 - 388
Target Start/End: Original strand, 6542 - 6926
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    |||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||  ||  ||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||    
T  6542 ggtttgattattaggggttgggctccacaagttatgattttgagccacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgagg 6641  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  | |||||| |||| ||||||| |||    
T  6642 ctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggt 6741  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
     || ||| | |||||| ||  ||  ||| ||| ||||| | ||||| | ||| | |  |||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  6742 gggggcagctgagtggagttcaactggtattggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggt 6841  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcata 388  Q
    || ||||||||| |||||||| ||  ||||| |||||| || || ||||||| ||| || | |||||||||||| || |||||||    
T  6842 gacgaagctgagaaaatcaaaaagtatgctcgagagtttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctcata 6926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 10524 - 10741
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||| || ||| ||||||| ||||||| ||  |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||    
T  10524 ggtttgattattaagggttgggcccctcaggttatgattctaagccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattccaccgtggagg 10623  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    | ||||| || |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| || || |||| ||| ||    
T  10624 cggttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccaatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacgcaagtgcgggggattgggggggaagt 10723  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtg 221  Q
     ||||||  |||||||||    
T  10724 gggtgcagtagagtggtg 10741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 61 - 210
Target Start/End: Original strand, 1541 - 1690
Alignment:
Q  61 ggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggaggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctaca 160  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||    ||||||||||| || ||  ||||||||||||| ||||| || ||| | || |||||||| |    
T  1541 ggtgcatttttgacacattgtgggtggaactctataaccgaggctgttagtgcaggaattccaatgatcacatggccagtacatagtgatcaattctata 1640  T
Q  161 atgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggtcggtgca 210  Q
    | || | |||||||||| | ||||  || || || ||||| |||||||||    
T  1641 acgaaacgttgataactcaggtgcatgggattggagtggaagtcggtgca 1690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 4 - 398
Target Start/End: Original strand, 12590203 - 12590594
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||| || ||||| ||| | |||||||    
T  12590203 ggtttgatcattaggggttgggccccacaagtaatgattatgagccacaatgcagtgggcgcgtttatgacacattgtggatggaattccgtcgtggagg 12590302  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    | ||||| || ||  |||| |||||||| |||||  || |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||| ||    
T  12590303 cggttagtgctggaattccgatgatcacatggccattgaatggtgaacatttttacaatgagaagttgataactgatgtgcatggaattggagtggaagt 12590402  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
     ||||||||||| |||| | |  ||| | |||| ||||||   ||| | ||||||| |||||| ||| | || |||||||  ||||||||||| |||||     
T  12590403 tggtgcaacagattggtctatgtacgttattgacgagaaa---aaggtggtgagtagagatagcataaagaatgctgtgagaagattgatggatggtggc 12590499  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgtt 398  Q
      ||||||||||||||||| ||  |||  ||||||||| || ||||| |||| || |||||||||| ||||||| || ||| |||| ||||||||    
T  12590500 attgaagctgaggaaatcagacgacgtagtcaagagttaggggaaaaagctagactagctgttcaacaaggtggctcctctaataataatttgtt 12590594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 459
Target Start/End: Original strand, 12483498 - 12483953
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||| ||||||||  ||| ||||||||||||||||| || || || ||||| ||  ||||||| |    
T  12483498 ggtttaatcatcagggggtgggcaccacaggtactgattttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattctgttgtggaag 12483597  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    | ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||||||  | |||||| |||||||||| || || ||||| ||    
T  12483598 cggttagtgcagggattccaatgatcacgtggccggttcacggtgaacatttttacaatgagaaactcataactaatgtgcgagggattggtgtggaagt 12483697  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
    ||||||||||||||||||| |  | | ||||| | |||||   ||| ||||||||| ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||  | ||| |     
T  12483698 cggtgcaacagagtggtgtttgtatgattttgggaagaaa---aaggttgtgagtagagacaacatagaaaaggctgtgagaagattgataaatggtagc 12483794  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgtctt 403  Q
      ||||||  ||||||||| ||| ||||||| |||  | || |||||||||| || ||| || ||| ||||||| || ||| |||| ||||||||||| |    
T  12483795 agtgaagccaaggaaatcagacaacgtgctcgagaactgggggaaaaggctagactagccgtgcaacaaggtggctcctctaataataatttgttgtcat 12483894  T
Q  404 tgattgatgatcttaaacaaat---gagaaat-tgcaagacacttgattaattcaaatac 459  Q
    || |||||||||||||| | ||   |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  12483895 tggttgatgatcttaaa-agatggagagacatccgcaagacacttgattaattcaaatac 12483953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 4 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 12540833 - 12540430
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||  ||||||||  ||| ||||| | ||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||    
T  12540833 ggtttgatcattaggggttgggccccacaggttaagatattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtgggggaaactcaattgtagagg 12540734  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    ||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||   |||||||| || || | ||| |||||  | |||||  | || |||||||| || || || ||    
T  12540733 ctgttggtgcgggagttccaatgataacgtggccgtgtcatggagatcacttattcaacgagaaactaataacacaggtccgaggaattggagtagaagt 12540634  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
     ||||||||||| ||||||  ||| |||  || ||||| | ||||| | ||  | | |||| | ||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||    
T  12540633 aggtgcaacagaatggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggt 12540534  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgtctt 403  Q
     ||||||||||  | || | ||  ||||| | |||| | ||||| ||||||| || |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||    
T  12540533 tatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatctt 12540434  T
Q  404 tgat 407  Q
    ||||    
T  12540433 tgat 12540430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 28385470 - 28385088
Alignment:
Q  16 agggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggaggctgttagcgcgg 115  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||  ||||| ||  ||| ||||| | |||| |||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  28385470 aggggttgggccccacaagttctgatattgagcaaccctgcggtggggggatttctgacacattgcggagggaactcaattgtagaggctgttggcgcgg 28385371  T
Q  116 gggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggtcggtgcaacaga 215  Q
    | ||||||||||| ||||||||    |||| ||| || |||  ||||||||| ||||||||    || ||| |||| || ||||| || |||| ||| ||    
T  28385370 gagttccaatgataacgtggccttgtcatgcagatcacttcagcaatgagaaattgataacaacagtccgaagaattggagtggaagtaggtgtaacgga 28385271  T
Q  216 gtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtgatgaagctgag 315  Q
     ||||||  ||| |||  || ||||| | ||||| | ||||| | |||||  ||||| |||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||||     
T  28385270 atggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggtgagcagagataacatagagaaggctatgaggaaattgatggacggtggcgatgaagctgaa 28385171  T
Q  316 gaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgtt 398  Q
     | || | ||| ||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||||||||| || ||| |||| ||||||||    
T  28385170 aatatgagacaacgtgctcgagagttaggagagaaggctacacgagctgttaaagaaggtggttcctcttataataatttgtt 28385088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 81; Significance: 7e-38; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 452
Target Start/End: Original strand, 3417558 - 3418006
Alignment:
Q  4 ggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttgattctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccattgtggagg 103  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||| |||  |||  ||||||||  ||| || || | ||||||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||    
T  3417558 ggtttgatcgttaggggttgggccccacaggttcagatattgagccaccctgcggtagggggatttatgacacattgtggggggaactcatttgttgagg 3417657  T
Q  104 ctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccggtgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactgatgtgcgaggaatcggggtggaggt 203  Q
    ||||| | || || ||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||| | |||||||||  | |||||  | || |||||||| || ||||| ||    
T  3417658 ctgttggtgcaggagttccaatgataacgtggccgggtcatggagatcaattgttcaatgagaaactaataacacaagtccgaggaattggagtggaagt 3417757  T
Q  204 cggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgaggagaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggt 303  Q
     ||||||||||| ||| ||| | | ||| ||| ||||| | ||||| | ||||| | ||||   ||||| |||||  ||| ||||||||||||| || ||    
T  3417758 aggtgcaacagaatggcgtgcacatggtattggggagagaaagaagttggtgagcagagatgacatagagaaggcaatgaggagattgatggacagtagt 3417857  T
Q  304 gatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacaagctgttcaagaaggtggatcgtctcataacaatttgttgtctt 403  Q
    ||||| ||||| |  || | ||  ||||||| |||| | ||||| ||||||| || |||| ||||||||||||| || || ||| | ||||||||  |||    
T  3417858 gatgaggctgaaggtatgagactacgtgctcgagagcttggagagaaggctaaacgagctattcaagaaggtggttcctcacatcataatttgttaactt 3417957  T
Q  404 tgattgatgatcttaaacaaatgagaaattgcaagacacttgattaatt 452  Q
    |||| || || |||||| |  ||||| | |||||| |||||||||||||    
T  3417958 tgatcgacgaacttaaaaagttgagagactgcaagccacttgattaatt 3418006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University