View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9701_low_7 (Length: 311)

Name: NF9701_low_7
Description: NF9701
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9701_low_7
NF9701_low_7
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (43-297)||(30434714-30434968)
chr5 (37-301)||(30339476-30339740)
chr5 (36-301)||(30482292-30482557)
chr5 (43-301)||(29871074-29871332)
chr5 (37-301)||(30748531-30748795)
chr5 (37-297)||(30398957-30399217)
chr5 (38-301)||(30243324-30243587)
chr5 (43-301)||(30059245-30059503)
chr5 (38-301)||(30678120-30678386)
chr5 (27-301)||(29852187-29852461)
chr5 (38-217)||(4380630-4380809)
chr5 (20-300)||(30205399-30205679)
chr5 (38-165)||(30714386-30714513)
chr5 (43-300)||(29709866-29710123)
chr5 (38-201)||(30474363-30474526)
chr5 (59-292)||(30203047-30203280)
chr5 (132-203)||(30429934-30430005)
chr5 (132-200)||(30396157-30396225)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (43-301)||(26706220-26706478)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (38-298)||(20297555-20297818)
chr4 (247-300)||(20303720-20303773)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (59-268)||(7098336-7098545)
chr1 (43-159)||(7582685-7582801)
chr1 (242-300)||(7582884-7582942)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 1e-96; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 43 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 30434968 - 30434714
Alignment:
Q  43 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccatgtctt 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  | ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  30434968 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccatgtctt 30434869  T
Q  143 ccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagtaggggtg 242  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||| ||| ||||    
T  30434868 ccatctcttaaagacctcggtgtcgatggacgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaatagtggtg 30434769  T
Q  243 aaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 297  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30434768 aaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 30434714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 37 - 301
Target Start/End: Original strand, 30339476 - 30339740
Alignment:
Q  37 cctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgcca 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    | ||||||||||||| |||||||    
T  30339476 cctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaacttgacaatctcctattgccctaaaattggactgcca 30339575  T
Q  137 tgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagta 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||| | ||  |     
T  30339576 tgtcttccatctcttaaagacctctatgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttatcttatatg 30339675  T
Q  237 ggggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339676 aaggtgaaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30339740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 36 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 30482557 - 30482292
Alignment:
Q  36 acctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgcc 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||    | |||| |||| ||| ||||||    
T  30482557 acctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttcttacttggaaatctcatattgccataaacttggactgcc 30482458  T
Q  136 atgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagt 235  Q
    || ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||      
T  30482457 atctcttccatctcttgaaggcctctatgtggatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaatg 30482358  T
Q  236 aggggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  30482357 gagggtgaaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaatatctg 30482292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 43 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 29871332 - 29871074
Alignment:
Q  43 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccatgtctt 142  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||   | ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  29871332 aaacatagagggtttattgaaagttgaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatttggaaatgccctaaaattggactgccatgtctt 29871233  T
Q  143 ccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagtaggggtg 242  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||||   ||||    
T  29871232 ccatctcttaaagacctcgttgccgatccatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttttgtggtcttactcagcttgccctaagtgacggtg 29871133  T
Q  243 aaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29871132 aaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttctatctctg 29871074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 37 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 30748795 - 30748531
Alignment:
Q  37 cctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgcca 136  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||  ||| |||||| || ||| |||||||    
T  30748795 cctaccaaacatagagggattattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctgggattgccctgaacttggactgcca 30748696  T
Q  137 tgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagta 236  Q
    ||||||||||||||||||  |||| || |    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||| ||    
T  30748695 tgtcttccatctcttaaatccctccatttatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaccctaaata 30748596  T
Q  237 ggggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30748595 gtggtgaaggaataacatccttaccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30748531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 37 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 30399217 - 30398957
Alignment:
Q  37 cctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgcca 136  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||  |  ||||||||| ||| | |||||    
T  30399217 cctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctgagttgagaatcacagcttgccctaaacttggagtgcca 30399118  T
Q  137 tgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagta 236  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| |||||  |     
T  30399117 tgtcttccatctcttaaatccctctatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactgagctttccctagatt 30399018  T
Q  237 ggggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 297  Q
      |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30399017 acggtagaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatc 30398957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 38 - 301
Target Start/End: Original strand, 30243324 - 30243587
Alignment:
Q  38 ctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccat 137  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  | ||||||||||| ||| ||||||||    
T  30243324 ctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctagtttggatatctggaaatgccctaaacttggactgccat 30243423  T
Q  138 gtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagtag 237  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||  |||| |      
T  30243424 gtcttccatctcttaaagacctctttgtatgggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttaaactaattca 30243523  T
Q  238 gggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
     |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30243524 cggtttcggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30243587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 43 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 30059503 - 30059245
Alignment:
Q  43 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccatgtctt 142  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||   ||||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  30059503 aaacatagagggtttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttggatatctctgaatgccgtaaacttggactgccatgtctt 30059404  T
Q  143 ccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagtaggggtg 242  Q
    ||||||||||||  ||||  |||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | |||  | ||| | ||||||    
T  30059403 ccatctcttaaatccctcactgtatcggaatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagcttttcgtaaatgggggtg 30059304  T
Q  243 aaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30059303 aaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30059245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 38 - 301
Target Start/End: Original strand, 30678120 - 30678386
Alignment:
Q  38 ctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaa-tgccctaaa---attgaactg 133  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   ||| ||||| |||||||||    ||| ||||    
T  30678120 ctaccaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaggttggatatc-tggaattgccctaaactgcttggactg 30678218  T
Q  134 ccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaa 233  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| |  |    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||| |||||     
T  30678219 ccatgtcttccatctcttaaagaactcgagatatggggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttactcagctttccctat 30678318  T
Q  234 gtaggggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
     ||  |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30678319 ataacggtttcggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 30678386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 27 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 29852461 - 29852187
Alignment:
Q  27 tattacaagacctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaat 126  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    | |||||| || |    
T  29852461 tattacaacgcctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagagggaagatatttccttgtctttctaatttgaaaatctcatattgccctgaact 29852362  T
Q  127 tgaactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatctt 226  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||   ||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  | |||    
T  29852361 tggactgccatgtcttccatctctgaaactgctccatgtattgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctaccttccgtggtcttacaaagctt 29852262  T
Q  227 accctaagtaggggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
       |||  |   |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29852261 tggctacatgacggtttcagaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 29852187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 38 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 4380809 - 4380630
Alignment:
Q  38 ctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccat 137  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||   |||  | | ||||||||| ||| ||||||||    
T  4380809 ctaccaaacataaaggggttattgaaagtggaaagaggggagttgtttccttgtctttctaacttggatatctagaattgccctaaacttggactgccat 4380710  T
Q  138 gtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtctt 217  Q
    ||| ||||||||||||| |||||  ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4380709 gtcatccatctcttaaacacctcgttgttgagggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacctttcgtggtctt 4380630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 30205679 - 30205399
Alignment:
Q  20 gtactcgtattacaagacctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgcc 119  Q
    |||||| ||||| ||  ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| || |||      ||||    
T  30205679 gtactcatattagaaatcctaccaaacttagaagggttattgaaagtggaaagaggtgagatgtttccttgtctttctcgtttaaccatctccttttgcc 30205580  T
Q  120 ctaaaattgaactgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttac 219  Q
    ||||| ||| |||||||||||||  |||||||||| ||||  ||||    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||     
T  30205579 ctaaacttggactgccatgtcttgtatctcttaaaaacctagatgtattgggatgtaacaatgagttgctgaggtcaatctctagcttttgtggtcttaa 30205480  T
Q  220 tgatcttaccctaagtaggggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 300  Q
        ||||||||   | | ||| || |||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  30205479 cagccttaccctcgctggaggtaaaagaataacatccttcccggacgggatgttcaaaaaccttacttgtcttcaagctct 30205399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 38 - 165
Target Start/End: Original strand, 30714386 - 30714513
Alignment:
Q  38 ctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatc-atggaatgccctaaaattgaactgcca 136  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  |||| || |  ||||||||| ||| |||||||    
T  30714386 ctacgaaacatagtggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttctctttctaaattggtaatcgattg-ttgccctaaacttggactgcca 30714484  T
Q  137 tgtcttccatctcttaaagacctctatgt 165  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30714485 tgtcttccatctcttaaagacctctatgt 30714513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 43 - 300
Target Start/End: Original strand, 29709866 - 29710123
Alignment:
Q  43 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccatgtctt 142  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| |||       | | ||||| |||||||| ||||||||    
T  29709866 aaacttagaggggttagtgaatgtggaaagagaggaggtgtttccttgtccttctattttgaaaattgccctcttcactaaacttgaactgtcatgtctt 29709965  T
Q  143 ccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagtaggggtg 242  Q
    || ||||||| ||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |   ||||||||||  | ||||||||   | | |||     
T  29709966 ccgtctcttatagacctcgatgtttcgggatgtaacaatgagttactgagatcaatctctacctcatgtggtcttaccaaacttacccttgatggaggta 29710065  T
Q  243 aaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 300  Q
    |  || |||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||| | ||||||| ||||    
T  29710066 atagagtaacatccttcctagagaggatgttcagaaaccttacctgtcttcaaactct 29710123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 30474526 - 30474363
Alignment:
Q  38 ctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccat 137  Q
    ||||||||| ||||| | || ||||||||| ||| | | || ||||| | |  ||||||||||||||| || || || ||||||||| |||   ||||||    
T  30474526 ctacgaaacttagagcgtttgttgaaagtgcaaataagagatatgttccttcttctttctaatttgaccattattgattgccctaaacttgtgttgccat 30474427  T
Q  138 gtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctc 201  Q
    | |||||||| ||||||||||||  |||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30474426 gccttccatcccttaaagacctcattgtatttggatgtaacaatgagttactgagatcaatctc 30474363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 59 - 292
Target Start/End: Complemental strand, 30203280 - 30203047
Alignment:
Q  59 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccatgtcttccatctcttaaagacc 158  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | |||   |||      | ||||||| || ||||| |||||||||||| | ||||| |||    
T  30203280 ttgaaagtggaaagagaggagatgtttccttgtctttttcaattggatatcgccttttaccctaaacttcaactgtcatgtcttccatatgttaaaaacc 30203181  T
Q  159 tctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatctt-accctaagtaggggtgaaggaataacatcct 257  Q
    | |||||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||  ||   ||||||||||   ||| ||| | || ||  ||||||||||||| ||||    
T  30203180 tttatgtaaatgaatgtaacaatgagttactgaggtcgatctctagcttctatggtcttacttcccttgaccttgag-agaagtgaaggaataacctcct 30203082  T
Q  258 tcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctctt 292  Q
    ||||| ||| |||||| | ||||||||||| ||||    
T  30203081 tcccaaaggggatgtttagaaaccttacttgtctt 30203047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 132 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 30430005 - 30429934
Alignment:
Q  132 tgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctcta 203  Q
    ||||||| ||| ||||| ||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  30430005 tgccatgcctttcatcttttaaagaactcattgtagatggatgtaacaatgagttactggagtcaatctcta 30429934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 132 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30396225 - 30396157
Alignment:
Q  132 tgccatgtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatct 200  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||| ||  | |||| ||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  30396225 tgccatctcttccatctgttaaagacctctttgcagttggacgtaactatgagtcactgatgtcaatct 30396157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 43 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 26706478 - 26706220
Alignment:
Q  43 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccatgtctt 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||  |||||||||     | ||||||||  | | |||||||||||||    
T  26706478 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggaaaggtgtttccttgtctttctcgtttgacaatatactattgccctaagctaggactgccatgtctt 26706379  T
Q  143 ccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagtaggggtg 242  Q
    ||||||||||||  |||| ||||    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||  ||  || |    
T  26706378 ccatctcttaaatccctcaatgtttcgggatgtaacaatgagttactgaggtcaatccctacctttcgtggtcttactgagcttaccctatataacggcg 26706279  T
Q  243 aaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 301  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26706278 aaggaataacatccttcccagaggggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctctg 26706220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 9e-70; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 9e-70
Query Start/End: Original strand, 38 - 298
Target Start/End: Original strand, 20297555 - 20297818
Alignment:
Q  38 ctacgaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccat 137  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    ||||||||||| ||| | ||||||    
T  20297555 ctacaaaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaagttgaaaatctccaaatgccctaaacttggaatgccat 20297654  T
Q  138 gtcttccatctcttaaagacctctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagt-- 235  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||| |||||  |      
T  20297655 gtcttccatctcttaaatccctcgatgtcgatccatgtaacaatgagttactgagatcaatctctactttccgtggtcttactcagctttccctacttga 20297754  T
Q  236 -aggggtgaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 298  Q
     || |  |||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20297755 cagtgaagaaataataacatccttcccagatgggatgttcaaaaaccttacttctcttcaatct 20297818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 247 - 300
Target Start/End: Original strand, 20303720 - 20303773
Alignment:
Q  247 aataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 300  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  20303720 aataacatccttccaaaaggggatgttcataaaccttacttgtcttcaaactct 20303773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 59 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 7098545 - 7098336
Alignment:
Q  59 ttgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccatgtcttccatctcttaaagacc 158  Q
    ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||  ||||    | ||||||||| ||||||| || |||||||||||| ||| |||||    
T  7098545 ttgaaagtggaaagagatgagacgtttccttgtctttctattttggaaatcgacaattgccctaaacttgaacttccgtgtcttccatctgttagagacc 7098446  T
Q  159 tctatgtcgatggatgtaacaatgagttactgaggtcaatctctacttttcgtggtcttactgatcttaccctaagtaggggtgaaggaataacatcctt 258  Q
    ||||||| |||| |||||| ||| || | |||| |||||||||||  |||  |||||||||    ||||||||   ||| ||||||||||||||||||||    
T  7098445 tctatgtagatgaatgtaataataagatgctgaagtcaatctctagcttttatggtcttaccacccttaccctttatagaggtgaaggaataacatcctt 7098346  T
Q  259 cccagaggag 268  Q
    |||| |||||    
T  7098345 cccaaaggag 7098336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 43 - 159
Target Start/End: Original strand, 7582685 - 7582801
Alignment:
Q  43 aaacatagaggggttattgaaagtggaaagaggggagatgtttccttgtctttctaatttgacaatcatggaatgccctaaaattgaactgccatgtctt 142  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||   | ||||||||| ||||||| || ||||||    
T  7582685 aaacttagaggggttgttgaaagtggaaaaaaaggagatgtttccttgtctttctattttgaacatcaacaattgccctaaacttgaacttccgtgtctt 7582784  T
Q  143 ccatctcttaaagacct 159  Q
    |||||| ||||||||||    
T  7582785 ccatctgttaaagacct 7582801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 242 - 300
Target Start/End: Original strand, 7582884 - 7582942
Alignment:
Q  242 gaaggaataacatccttcccagaggagatgttcaaaaaccttacttctcttcaatctct 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| ||| ||||||||    
T  7582884 gaaggaataacatccttcccaaaggagatgtttggaaaccttacttgtctccaatctct 7582942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University