View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9704_low_24 (Length: 285)

Name: NF9704_low_24
Description: NF9704
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9704_low_24
NF9704_low_24
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (1-285)||(37712815-37713099)
chr5 (1-285)||(37825086-37825370)
chr5 (1-285)||(37641069-37641353)
chr5 (1-285)||(37595521-37595805)
chr5 (1-285)||(37534297-37534581)
chr5 (2-285)||(37399506-37399789)
chr5 (4-285)||(37436895-37437176)
chr5 (1-285)||(37697984-37698268)
chr5 (1-285)||(37391640-37391924)
chr5 (1-284)||(37381015-37381298)
chr5 (1-285)||(37703859-37704143)
chr5 (1-285)||(37429948-37430232)
chr5 (1-285)||(37411994-37412277)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-285)||(14554223-14554507)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (2-285)||(16841555-16841838)
chr4 (4-285)||(24216422-24216703)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 37712815 - 37713099
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712815 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 37712914  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712915 taaatctccaacaccaataggcattgaagaccaagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 37713014  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37713015 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37713099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 37825086 - 37825370
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37825086 tgctgagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcac 37825185  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37825186 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 37825285  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37825286 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37825370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 37641069 - 37641353
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37641069 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacattttgatagatttagatgtgtgagtttcac 37641168  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37641169 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaattattaaaagccaagttgagttggtgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 37641268  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37641269 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37641353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 37595521 - 37595805
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37595521 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatatgatagatttagatgtgtgagtttcac 37595620  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37595621 taaatctccaacaccaataggcattgaagactcagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 37595720  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37595721 tgtaattcacctttaagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37595805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 37534297 - 37534581
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  37534297 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtcagagtatgatagatttagatgtgtgagtttcac 37534396  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37534397 taaatctccaacaccaataggtattgaagaccaagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 37534496  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37534497 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37534581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 2 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 37399789 - 37399506
Alignment:
Q  2 gctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcact 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  37399789 gctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggttacaatatgatgtatttagatgtgtgagtttcact 37399690  T
Q  102 aaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggat 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  37399689 aaatctccaacaccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagccaaattaagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatgatgctattgggat 37399590  T
Q  202 gtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37399589 gtaattcaccttttagtttgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37399506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 4 - 285
Target Start/End: Original strand, 37436895 - 37437176
Alignment:
Q  4 taagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaa 103  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  37436895 taagatcaagggatactaattttgacaaatgagagattttggaaggaatattaccactgaggtcacagtatgataggtttagatgtgtgagtttcactaa 37436994  T
Q  104 atctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgt 203  Q
    ||| | || ||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37436995 atcactaataccaataggtattgaagactcagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgt 37437094  T
Q  204 aattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37437095 aattcacctttcagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37437176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 37697984 - 37698268
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697984 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccattgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 37698083  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  37698084 taaatctccgacaccaataggtattgaagaccaagaaaaattattaaaagccaaattaagttgttgaaggcgtctaagctggaagatagtgctattggga 37698183  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||   ||||| |||||||||||||||||||    
T  37698184 tgtaattcacctttcaaattgttgcaactgaggtccaaaccaatcacgtaatccgactcagtgtcacacgtgacaccatcccact 37698268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 37391924 - 37391640
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  37391924 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggagggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatatgtgagattcac 37391825  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    |||||| |||| ||||| | ||| |||||||  | |||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  37391824 taaatcaccaataccaacatgcaatgaagacccaaaaaaaaaatttaaagacaagttgagttgttgaaggtgtctaagctgaaagatagtgctattggga 37391725  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    ||||| ||||| || | |||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37391724 tgtaaatcaccattcaaattgttgcaactgaggtctagttcaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37391640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 37381298 - 37381015
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  37381298 tgctgagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggagggaatattaccaccgagggaacagtgtgatagatttagatgtgtgagattcac 37381199  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    ||||||  ||| || || | ||| | |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  37381198 taaatcatcaatactaacatgcaataaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagattgtgctattggga 37381099  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccac 284  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37381098 tgtaattcaccattcagattgctgcaactgaggtccagaccaatcacatgatctgacatggagtcgcacgtgacaccatcccac 37381015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 37703859 - 37704143
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||| ||||  ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  37703859 tgctaagatcaagtgatattaattttgacaaatgagagattgtggagggagtattacccttgaggtgacaaaatgataaatttagatgtgtgagattcac 37703958  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||||| ||     
T  37703959 taaatcgccaataccaataggcattgaagatccagaaaaatgattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgtagattgtgctattaggt 37704058  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37704059 tgtaattcacctttcagattgttgcaactgagatccaaaccaatcacgtgatcagacacggtgtcgcacgtgacaccatcccact 37704143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 37429948 - 37430232
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | |      ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37429948 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaggaaatattaccactaatgccggtgtttgatagatttagatgtgtgagcttcac 37430047  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    || ||| |||| ||||  | |||  ||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  37430048 tagatcaccaataccagcatgcaccgaagacccgaaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagttgaaagatggtgctattggcc 37430147  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
      ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37430148 gctaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccagaccaatcacataatcgtacatgatgtcgcacgtgacaccatcccact 37430232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 37412277 - 37411994
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||    |   ||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  37412277 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaagtgagagattgtggaaggaatattacaaatgattccagtgtttgataaattaagatgtgtgagattcac 37412178  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
     ||||| | || | ||  | |||  ||||||    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |  ||||| ||||||||| ||    
T  37412177 caaatcactaatatcatcatgcaccgaagacctgaaaaaatcattaaaagcca-gttgagtcgttgaaggtgtttaagtttgaagatagtgctattgaga 37412079  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||  | | |||||||||| ||||||||| |||||    
T  37412078 tgtaattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgatccaaaacggtgtcgcacatgacaccataccact 37411994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 285
Target Start/End: Original strand, 14554223 - 14554507
Alignment:
Q  1 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||    
T  14554223 tgctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactaaggtaacaattggatatatttagatgcatgagtttcac 14554322  T
Q  101 taaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattggga 200  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||||||  | ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||    
T  14554323 taaatcgccaataccaagaggcattgaagacccaaaaatatcattaaaagctaggttgagttgttgaaggtgtctaagctggaagatagtgctattagga 14554422  T
Q  201 tgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14554423 tgtaattcaccattcaaattgttgcaactaaggtctagttcaatcacgtgacctgatatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 14554507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 152; Significance: 2e-80; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 16841838 - 16841555
Alignment:
Q  2 gctaagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcact 101  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| | |||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||  ||||||    
T  16841838 gctaagatcaagagatactaattttgacaaatgagagattgtggagtgaatgtcaccattgaggtcacagtatgatagatttagatgtgtgatattcact 16841739  T
Q  102 aaatctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggat 201  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| | ||| |||||||||||||    
T  16841738 aaatcgctaataccaataggcattgaagacccagaaaaattattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtcttaactggaggatagtgctattgggat 16841639  T
Q  202 gtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    ||||| |||||||||||||||||||    
T  16841638 gtaattcacctttcaaattgttgcaactgaggtccaaaccaaccacgtaatctgattcagtgtcacacgtgacaccatcccact 16841555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 4 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 24216703 - 24216422
Alignment:
Q  4 taagatcaagtgatactaattttgacaaatgagagattgtggaaggaatattaccactgaggtaacaatttgatagatttagatgtgtgagtttcactaa 103  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||  |||||| |||||||| |||||| |||||||     
T  24216703 taagatcaagtgacactagttttgacaactgagagattgtggagggaatattaccagtaaggtaacagcttgataaatttagatatgtgagattcactag 24216604  T
Q  104 atctccaacaccaataggcattgaagacaaagaaaaatcattaaaagccaagttgagttgttgaaggtgtttaagctgaaagatggtgctattgggatgt 203  Q
    ||| ||||  |||| | ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||| ||| ||||||    
T  24216603 atcaccaatcccaacatgcattgaagaccaagaaaaattattaaaggccaagttgagttgttgaaggtgtctaagcttgaagatagtgcaatttggatgt 24216504  T
Q  204 aattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgatctgacatggtgtcgcacgtgacaccatcccact 285  Q
    || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||| | ||||| ||| |||| ||||||||||    
T  24216503 aactcacctttcagattgttgcaactaaggtccagaccaatcacgtaatttgacctagtgtcacacatgaccccatcccact 24216422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University