View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9705_low_6 (Length: 461)

Name: NF9705_low_6
Description: NF9705
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9705_low_6
NF9705_low_6
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (19-452)||(53302133-53302567)
chr4 (259-452)||(47064141-47064335)
chr4 (19-71)||(53302572-53302624)
chr4 (19-63)||(53302663-53302707)
chr4 (19-68)||(47964938-47964987)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (19-452)||(30268807-30269241)
chr2 (25-404)||(31331993-31332374)
chr2 (25-404)||(31338722-31339104)
chr2 (87-344)||(31481789-31482044)
chr2 (19-68)||(30269249-30269298)
chr2 (27-71)||(30269303-30269347)
chr2 (27-71)||(31331946-31331990)
chr2 (27-71)||(31338675-31338719)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (25-452)||(4682970-4683399)
chr7 (24-274)||(1528123-1528369)
chr7 (198-297)||(27137464-27137563)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (25-449)||(7403972-7404397)
chr3 (28-155)||(36086937-36087064)
chr3 (111-155)||(16456650-16456694)
chr3 (373-429)||(44142067-44142123)
chr3 (27-71)||(7403925-7403969)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (25-452)||(25640760-25641188)
chr8 (45-377)||(27813686-27814017)
chr8 (24-63)||(4756144-4756183)
chr8 (49-134)||(4756122-4756207)
chr8 (24-59)||(39195518-39195553)
chr8 (93-147)||(4743905-4743959)
chr8 (27-59)||(4743944-4743976)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (26-303)||(30824856-30825133)
chr6 (27-71)||(30825137-30825181)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (25-216)||(7413011-7413202)
chr5 (31-215)||(5076027-5076211)
chr5 (25-195)||(37190419-37190589)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (60-261)||(47694191-47694392)
chr1 (24-117)||(47799539-47799632)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 391; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 391; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 53302567 - 53302133
Alignment:
Q  19 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaatttta 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53302567 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacaatgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaatttta 53302468  T
Q  119 tttacttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  53302467 tttacttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgttttttgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcagaatgcga 53302368  T
Q  219 ttatgcgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagttt 318  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53302367 ttatgtgtaaattttagattcgatcttaactaaaattgtggaaacttagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagttt 53302268  T
Q  319 cccgtcacgcacaaccaaactattgc-gcttcagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggt 417  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  53302267 cccgtcacgcacaaccaaagtattgctgcttcagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctataatagtgcaaaagcagacttaaaggt 53302168  T
Q  418 atcctttctgtttgccctgatggtatgatgtccat 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53302167 atcctttctgtttgccctgatggtatgatgtccat 53302133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 259 - 452
Target Start/End: Original strand, 47064141 - 47064335
Alignment:
Q  259 gaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccgtcacgcacaaccaaactattgc-gcttcagctccga 357  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47064141 gaaacttagggttaaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccgtcacgcacaaccaaactattgctgcttcagctccga 47064240  T
Q  358 cagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcctttctgtttgccctgatggtatgatgtccat 452  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47064241 cagtgggtggctattagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcctttctatttgccctgatggtatgatgtccat 47064335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 53302624 - 53302572
Alignment:
Q  19 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatg 71  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  53302624 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcagactttatg 53302572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 53302707 - 53302663
Alignment:
Q  19 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaa 63  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53302707 aatgctacaatgcctgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaa 53302663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 47964987 - 47964938
Alignment:
Q  19 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaaccttt 68  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  47964987 aatgatacactgcatgttttctgtttgataaaatgcttcaaccaaacttt 47964938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 30269241 - 30268807
Alignment:
Q  19 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaatttta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30269241 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatctacctttatggtacaatgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaatttta 30269142  T
Q  119 tttacttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcga 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30269141 tttacttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcga 30269042  T
Q  219 ttatgcgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagttt 318  Q
    |||| ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30269041 ttatccgtaaattttagattcgactttaactaaaattttggaaacttagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagttt 30268942  T
Q  319 cccgtcacgcacaaccaaactattgc-gcttcagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggt 417  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30268941 cccgtcacacacaaccaaactattgctgcttcagctccgacagtgggtggctattagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggt 30268842  T
Q  418 atcctttctgtttgccctgatggtatgatgtccat 452  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30268841 atcctttctatttgccctgatggtatgatgtccat 30268807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 404
Target Start/End: Original strand, 31331993 - 31332374
Alignment:
Q  25 acaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31331993 acaatgcctgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 31332092  T
Q  125 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctctt-aaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31332093 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaaatgtttttcgattctgcaaaatgaacagaattgtttgttcggaatgcgattatg 31332192  T
Q  224 cgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccgt 323  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  31332193 tgtaaattttagattcgatcttaactaaaatgttggaaacttaggattgaagaaatggatattagttcctcaatgatacagaagtcggtctgtttcccgt 31332292  T
Q  324 cacgcacaaccaaactattgc-gcttcagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaag 404  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31332293 cacgcacaaccaaactattgctgctttagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaag 31332374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 25 - 404
Target Start/End: Original strand, 31338722 - 31339104
Alignment:
Q  25 acaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaaccttt-atggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttac 123  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31338722 acaatgcctgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaaccttttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttac 31338821  T
Q  124 ttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaa-tgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31338822 ttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaaatgtttttcgattctgcaaaatgaacagaattgtttgttcggaatgcgattat 31338921  T
Q  223 gcgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccg 322  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  31338922 gtgtaaattttagattcgatcttaactaaaatgttggaaacttaggattgaagaaatggatattagttcctcaatgatacagaagtcggtctgtttcccg 31339021  T
Q  323 tcacgcacaaccaaactattgc-gcttcagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaag 404  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31339022 tcacgcacaaccaaactattgctgctttagctccgactgtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaag 31339104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 87 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 31482044 - 31481789
Alignment:
Q  87 tttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgc 186  Q
    ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||  |||||||  | |||||  ||| |||| |||    
T  31482044 tttgtttgataaaatgcttaagccaaattttatttacttctctaatc--agtaatgtgattcttctgcccctatgcttgttaaatgcatttggattctgc 31481947  T
Q  187 aaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatgcgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatatt 286  Q
    |||| |||  |  ||||||||| |||||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31481946 aaaacgaatggcattgtttgtttggaatgcgattatctgaaaattctagattcgatcttaactaaattgttggaaacttagggttgaagaaatggatatt 31481847  T
Q  287 agttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccgtcacgcacaaccaaactattgc 344  Q
     ||| || |||| |||||||| || |||| ||||| ||| ||| ||||||| ||||||    
T  31481846 ggtttcttgatggtacagaagccgatcaggttcccatcatgcagaaccaaaatattgc 31481789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 30269298 - 30269249
Alignment:
Q  19 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaaccttt 68  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30269298 aatgctacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaaacttt 30269249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 30269347 - 30269303
Alignment:
Q  27 aatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatg 71  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  30269347 aatgcttgttttgtgtttgataaaatgctgcaaccaaactttatg 30269303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 71
Target Start/End: Original strand, 31331946 - 31331990
Alignment:
Q  27 aatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatg 71  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  31331946 aatgcttgttttgtgtttgataaaatgctgcaaccaaactttatg 31331990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 71
Target Start/End: Original strand, 31338675 - 31338719
Alignment:
Q  27 aatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatg 71  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  31338675 aatgcttgttttgtgtttgataaaatgctgcaaccaaactttatg 31338719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 452
Target Start/End: Original strand, 4682970 - 4683399
Alignment:
Q  25 acaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4682970 acaatgcctgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 4683069  T
Q  125 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctctt-aaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  4683070 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaaatgtttttcgattctgcaaaatgaacagaattgtttcttcggaatgcgattatg 4683169  T
Q  224 cgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccgt 323  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4683170 tgtaaattttagattcgatcttaactaaaatgttggaaacttaggattgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagccggtcagtttcccgt 4683269  T
Q  324 cacgcacaaccaaactattgc-gcttcagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcct 422  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4683270 cacgcacaaccaaactattgctgctttagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcct 4683369  T
Q  423 ttctgtttgccctgatggtatgatgtccat 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4683370 ttctgtttgccctgatggtatgatgtccat 4683399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 274
Target Start/End: Original strand, 1528123 - 1528369
Alignment:
Q  24 tacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttac 123  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||  ||||||||| | |||||  |   | | ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1528123 tacaatgcttgttttttgtttgataaaaaacttcaaccaaaatttatggtagaatgcttgcttactttttgataaaatgcttcaaccaaattttatttac 1528222  T
Q  124 ttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatg 223  Q
    |||| |||||| |  |||| ||||    | || || ||||| |  || || ||| |||| ||||||| ||| | | |||||||||| |||||| ||||||    
T  1528223 ttctttaatctaactaatgcgatt----ttcacctttgctcgttgaaagtgtttggattatgcaaaacgaatataattgtttgttcagaatgcaattatg 1528318  T
Q  224 cgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaa 274  Q
     |||| || |||| ||| ||||||||||| | || ||||| ||||||||||    
T  1528319 tgtaatttatagattcggtcttaactaaattgttagaaacttagggttgaa 1528369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 198 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 27137563 - 27137464
Alignment:
Q  198 atttgtttgttcggaatgcgattatgcgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgat 297  Q
    ||||||||||| ||| ||| |||| | || |||| |||| ||||||||||  ||| | |||||||| | || |||||||||||||||||  |||||||||    
T  27137563 atttgtttgtttggattgcaattaggtgtgaattatagattcgatcttaagaaaattgttggaaactttggattgaagaaatggatattgattcctcgat 27137464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 449
Target Start/End: Original strand, 7403972 - 7404397
Alignment:
Q  25 acaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 124  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  7403972 acaatgcctgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaatattatttact 7404071  T
Q  125 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatgc 224  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  7404072 cctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattctgcaaaatgaacagaattgtttgttcggaatgcgattatgt 7404171  T
Q  225 gtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccgtc 324  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7404172 gtaaattttagattcgatcttaactaaaatgttggaaacttaggattgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagccggtcagtttcccgtc 7404271  T
Q  325 acgcacaaccaaactattgc-gcttcagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcctt 423  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7404272 acgcacaaccaaactattgctgctttagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcctt 7404371  T
Q  424 tctgtttgccctgatggtatgatgtc 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  7404372 tctgtttgccctgatggtatgatgtc 7404397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 36087064 - 36086937
Alignment:
Q  28 atgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaaccttt-atggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttc 126  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| | | |  | | ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||     
T  36087064 atgcttgctttgtgtttgataaaatgcttcaaccaaacttttatggtacaattcatgttttatgtttgataaaatgcttcaaccaaattttgtttactt- 36086966  T
Q  127 tctaatctcagaaatgtgattctcctgca 155  Q
    ||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  36086965 tctaatctcagtaatctgattcttctgca 36086937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 155
Target Start/End: Original strand, 16456650 - 16456694
Alignment:
Q  111 aaattttatttacttctctaatctcagaaatgtgattctcctgca 155  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  16456650 aaattttatttacttctctaatcttagtaatgtgattctcctgca 16456694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 373 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 44142123 - 44142067
Alignment:
Q  373 agagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcctttctgtt 429  Q
    ||||||||||| | || |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44142123 agagctattagcagcccgtaaaagggcaaaagcagacttaaaggtatcctttatgtt 44142067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 71
Target Start/End: Original strand, 7403925 - 7403969
Alignment:
Q  27 aatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatg 71  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  7403925 aatgcttgttttgtgtttgataaaatgctgcaaccaaactttatg 7403969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 25641188 - 25640760
Alignment:
Q  25 acaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 124  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25641188 acaatgcctgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 25641089  T
Q  125 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatgc 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||     
T  25641088 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattctgcaaaatgaacagaattgtttgttcggaatgcgattatgt 25640989  T
Q  225 gtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccgtc 324  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  25640988 gtaaattttagattagatcttaactaaaatgttggaaacttaggattgaagaaatggatattagttcctcaatgatacagaagccggacagtttcccgtc 25640889  T
Q  325 acgcacaaccaaactattgc-gcttcagctccgacagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcctt 423  Q
    |||||||||||||||||| | |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25640888 acgcacaaccaaactattactgctttagctctgaaagtgggtggctatcagagctattagaaacctgtaatagtgcaaaagcagacttaaaggtatcctt 25640789  T
Q  424 tctgtttgccctgatggtatgatgtccat 452  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25640788 tctgtttgccctgatggtatgatgtccat 25640760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 45 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 27814017 - 27813686
Alignment:
Q  45 gataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttctctaatctcagaaatgtg 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27814017 gataaaatgcttcaatcaacctttatggtacaatgcttgatttttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttctctaatctcagcaatgtg 27813918  T
Q  145 attctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatgcgtaaattttagagtcgatct 244  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  27813917 attctcctgcatctatgctctttaaatgtgtttcgattctgcaaaacgaacggatttgtttgttcagaatgcgattatgtgtaaa-tttagattcgatct 27813819  T
Q  245 taactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgatacagaagtcggtcagtttcccgtcacgcacaaccaaactattgc 344  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||| | | || ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27813818 taactaaattgttggaaacttagggttgaagaaatggatatttgtttctcgatggtacaaatgccgatcagttttccgtcacgcacaaccaaactattgc 27813719  T
Q  345 -gcttcagctccgacagtgggtggctatcagagc 377  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27813718 tgcttcagctccgacagt-ggtggctatcagagc 27813686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 63
Target Start/End: Complemental strand, 4756183 - 4756144
Alignment:
Q  24 tacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaa 63  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4756183 tacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaa 4756144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 4756207 - 4756122
Alignment:
Q  49 aaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttctctaatct 134  Q
    |||||||| || ||| |||||||||||| |||||  | | ||| ||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||    
T  4756207 aaatgctttaaacaatctttatggtacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaaatttgatttacttctctaatct 4756122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 39195553 - 39195518
Alignment:
Q  24 tacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaa 59  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39195553 tacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaa 39195518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 4743959 - 4743905
Alignment:
Q  93 tgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttctctaatctcagaaatgtgatt 147  Q
    |||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4743959 tgatgaaatgcttcaaccagattgtatttacttctctaatctcagtaatgtgatt 4743905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 4743976 - 4743944
Alignment:
Q  27 aatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaa 59  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4743976 aatgcttgttttctgtttgatgaaatgcttcaa 4743944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 26 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 30825133 - 30824856
Alignment:
Q  26 caatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttactt 125  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||     
T  30825133 caatgcttgtattctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacaatgcttgatttttgtctgatcaaatgagtgaaccaaattttatttacta 30825034  T
Q  126 ctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatgcg 225  Q
     ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30825033 atctaatctcatcaatgtgattctcctgcatctatgctctttaaatgtgtttcgattttgcaaaacgaacggatttgtttgttcggaatgcgattatgtg 30824934  T
Q  226 taaattttagagtcgatcttaactaaaattttggaaacatagggttgaagaaatggatattagttcctcgatgataca 303  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  30824933 taaattttagattcgatcttaactaaattgttggaaacttagggttgaagaaatggatatttgttcctcgatggtaca 30824856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 30825181 - 30825137
Alignment:
Q  27 aatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatg 71  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  30825181 aatgcttgttttgtgtttgataaaatgctgcaaccaaactttatg 30825137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 25 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 7413202 - 7413011
Alignment:
Q  25 acaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 124  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7413202 acaatgcttgttttgtgtttgataaaatgcctcaatcaacctttatggtacaatgcttgatttttgtttgataaaatgcttgaaccaaattttttttact 7413103  T
Q  125 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgc 216  Q
    |||| ||| |  | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||    
T  7413102 tctcgaatatttgtaatgtgattctccagcatctatgctctttaaatgtgtttcaattctgcaaaacgaacggaattgtttgttcggaatgc 7413011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 215
Target Start/End: Original strand, 5076027 - 5076211
Alignment:
Q  31 cttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttctcta 130  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  5076027 cttgttttgtgtttgataaaatgcctcaatcaacctttatggtacaatgcttgatttttgtttgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttctcaa 5076126  T
Q  131 atctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatg 215  Q
    |  || | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  5076127 aaatctgtaatgtgattctccagcatctatgctctttaaatgtgtttcaattctgcaaaacgaacagaattatttgttcggaatg 5076211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 25 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 37190589 - 37190419
Alignment:
Q  25 acaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttact 124  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  37190589 acaatgcttgttttgtgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacaatgcttgatttttgtttgataaaatgtttgaactaaattttatttact 37190490  T
Q  125 tctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatctatgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaac 195  Q
    |||| ||| || | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||| ||||    
T  37190489 tctcgaatatctgtaatgtgattctccagcatctatgctctttaaatgtgtttcaattctgcaaaacgaac 37190419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 60 - 261
Target Start/End: Original strand, 47694191 - 47694392
Alignment:
Q  60 tcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaattttatttacttctctaatctcagaaatgtgattctcctgcatcta 159  Q
    |||| |||||||||||| ||| |  | | ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | || || |||    
T  47694191 tcaaactttatggtacaatgcatcttttgtgtttgataaaatgcttcgaccaaattttatttacttctctaatctccgtaatgtgattattctacaccta 47694290  T
Q  160 tgctcttaaaatgtttttcgattttgcaaaatgaacagatttgtttgttcggaatgcgattatgcgtaaattttagagtcgatcttaactaaaattttgg 259  Q
    || || |  || || ||| | || |||| ||||||| || ||||||||| | |||||||||||| |  |||| |||| ||||||||||||||| | ||||    
T  47694291 tgttcattcaaggtgtttggtttctgcacaatgaacggaattgtttgtttgtaatgcgattatgtggtaattctagattcgatcttaactaaattattgg 47694390  T
Q  260 aa 261  Q
    ||    
T  47694391 aa 47694392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 117
Target Start/End: Original strand, 47799539 - 47799632
Alignment:
Q  24 tacaatgcttgttttctgtttgataaaatgcttcaatcaacctttatggtacagtgcttaatgtttgtctgataaaatgcttgaaccaaatttt 117  Q
    |||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||||| ||||| |||||  | | ||| |||| |||||||| |||||| ||||    
T  47799539 tacaattcttgttttatgtttgatcaaatgcttcaaccaaaatttatcgtacaatgcttgctttctgtttgatcaaatgcttcaaccaattttt 47799632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University