View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9707_high_6 (Length: 376)

Name: NF9707_high_6
Description: NF9707
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9707_high_6
NF9707_high_6
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-368)||(19499398-19499748)
chr2 (17-336)||(21577039-21577357)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (17-362)||(23248804-23249148)
chr1 (17-295)||(9913494-9913776)
chr1 (17-295)||(30778896-30779179)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (17-336)||(17005375-17005694)
chr4 (18-368)||(30241115-30241456)
chr4 (249-295)||(2301641-2301687)
chr4 (221-262)||(8513418-8513459)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (17-336)||(15210438-15210759)
chr3 (17-336)||(15217307-15217631)
chr3 (17-295)||(15722165-15722448)
chr3 (17-295)||(15249686-15249965)
chr3 (17-336)||(36884399-36884732)
chr3 (36-336)||(4174006-4174315)
chr3 (17-156)||(8750030-8750169)
chr3 (229-309)||(8749900-8749979)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-321)||(3053573-3053883)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (17-336)||(13944273-13944596)
chr7 (209-362)||(36253574-36253726)
chr7 (272-336)||(5212689-5212753)
chr7 (245-313)||(17213713-17213781)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (17-362)||(24253639-24253969)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 17 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 19499748 - 19499398
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||      
T  19499748 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttatgcgacacctatgcaagatcaaccaaatgatgttggtgaagtctctaatat 19499649  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttcttttcttt 216  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  19499648 aaacaatgatgataattttggagttgattgataagtttggcccaactgattttctgttgttctactgttttgtggttgctgctgccagtttcttttcttt 19499549  T
Q  217 tttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgtc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  19499548 tttgatgaattatgtgtttgactgccgttgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacgtgtttaccttgtt 19499449  T
Q  317 ttttttggcaatttactttttgagggcagttgttgtctcccctatctctgct 368  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  19499448 ttttttggctatttactttttgaggacagttgttgtc-cccctatccctgct 19499398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 17 - 336
Target Start/End: Original strand, 21577039 - 21577357
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21577039 caactttatttgaaaagttgaatatgcaattacctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 21577138  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttcttttcttt 216  Q
    ||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||  || |||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||| || |||    
T  21577139 aaataatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaacttattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctgccagtttctctttttt 21577238  T
Q  217 tttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgtc 316  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21577239 tttaatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgt- 21577337  T
Q  317 ttttttggcaatttactttt 336  Q
    ||||||||| |||| |||||    
T  21577338 ttttttggctatttcctttt 21577357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Original strand, 23248804 - 23249148
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23248804 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 23248903  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttcttttcttt 216  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||| | |||| ||||| || ||||| || |||    
T  23248904 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactggttttctgttgtttaactgttttcttgttgttgctgccaatttctctt-ttt 23249002  T
Q  217 tttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgtc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  23249003 tttgatgaattatgtgtttgactgctgctatcttgtatttggctttgtcaagggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgtt 23249102  T
Q  317 ttttttggcaatttactttttgagggcagttgttgtctcccctatc 362  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  23249103 tttttttgctatttactttttgagggcagttgttggctcccctatc 23249148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 295
Target Start/End: Original strand, 9913494 - 9913776
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9913494 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 9913593  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc----tttt 212  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||    ||||    
T  9913594 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctaccagtttctctgtttt 9913693  T
Q  213 cttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 295  Q
     |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9913694 tttttttgatgaattatgtgtttgactactactgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 9913776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 295
Target Start/End: Original strand, 30778896 - 30779179
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30778896 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 30778995  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc-----ttt 211  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||     |||    
T  30778996 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctaccagtttccctgtttt 30779095  T
Q  212 tcttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 295  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30779096 ttttttttgatgaattatgtgtttgactactactgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 30779179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 336
Target Start/End: Original strand, 17005375 - 17005694
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17005375 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 17005474  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttcttttcttt 216  Q
    ||||||||||||||||||| || || | |||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||  || |||    
T  17005475 aaacaatgatgataattttggatttcaatgataagtttggcccaactggttttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctgccagtttcactttttt 17005574  T
Q  217 tttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgtc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  17005575 tttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttggctttgtcatgggagttcctttgggttggagttatgtttgcaaacctgtttaccttgtt 17005674  T
Q  317 ttttttggcaatttactttt 336  Q
    |||||| || |||| |||||    
T  17005675 tttttttgctatttcctttt 17005694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 18 - 368
Target Start/End: Original strand, 30241115 - 30241456
Alignment:
Q  18 aactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  30241115 aactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaaaactctaatgga 30241214  T
Q  118 aacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttcttttctttt 217  Q
    ||||||||||||||||||      ||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| ||  |||    
T  30241215 aacaatgatgataatttt------gat-gataagtttggcccaactggttttctgttgttctactgttttgtggttgttgttgccagtttctctt--ttt 30241305  T
Q  218 ttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttg-tc 316  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  30241306 ttgatgaattatgtgtttgactactgctgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgttt 30241405  T
Q  317 ttttttggcaatttactttttgagggcagttgttgtctcccctatctctgct 368  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  30241406 ttttttggctatttacttttt-agggcagttgttgtctcccatatccctgct 30241456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 249 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 2301687 - 2301641
Alignment:
Q  249 ttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 295  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2301687 ttgtatttggctttgtcatgggagttcctttttgttggagttatgtt 2301641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 221 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 8513459 - 8513418
Alignment:
Q  221 atgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgacttt 262  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||    
T  8513459 atgaattatgtgtttgattgttgttgtcttgtatttgacttt 8513418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 231; Significance: 1e-127; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 17 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 15210759 - 15210438
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15210759 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 15210660  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc--ttttct 214  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| |||||  ||| ||  |||| |    
T  15210659 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctgcaagtctctttttttt 15210560  T
Q  215 tttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttg 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  15210559 tttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttctaaacctgtttaccttg 15210460  T
Q  315 tcttttttggcaatttactttt 336  Q
    | ||||||||| |||| |||||    
T  15210459 ttttttttggctatttcctttt 15210438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 17 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 15217631 - 15217307
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15217631 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 15217532  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc-----ttt 211  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| |||||  ||||||     |||    
T  15217531 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctgcaagtttctctttttt 15217432  T
Q  212 tcttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttacc 311  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15217431 ttttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttctaaacctgtttacc 15217332  T
Q  312 ttgtcttttttggcaatttactttt 336  Q
    |||| ||||||||| |||| |||||    
T  15217331 ttgttttttttggctatttcctttt 15217307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 295
Target Start/End: Original strand, 15722165 - 15722448
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15722165 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 15722264  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc-----ttt 211  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||     |||    
T  15722265 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctaccagtttccctgtttt 15722364  T
Q  212 tcttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 295  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15722365 ttttttttgatgaattatgtgtttgactactactgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 15722448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 17 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 15249965 - 15249686
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  15249965 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 15249866  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc----tttt 212  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||    ||||    
T  15249865 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctaccagtttctctgtttt 15249766  T
Q  213 cttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 295  Q
     ||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15249765 tttttttgatgaattatgtgtttga---ctactgtcttgtatttggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtt 15249686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 17 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 36884732 - 36884399
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36884732 caactttatttgaaaagttgaatatgctattgcctccaaactttgcttgtgtgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 36884633  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc-------- 208  Q
    ||| ||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||            
T  36884632 aaataatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctgccagtttctctttttt 36884533  T
Q  209 ---ttttcttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatt----tgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaa 301  Q
       |||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36884532 tatttttttatttttatgaattatgtgtttgactgttgctgtcttgtatttggctggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaag 36884433  T
Q  302 cctgtttaccttgtcttttttggcaatttactttt 336  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  36884432 cctgtttaccttgt-ttttttggctattttctttt 36884399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 36 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 4174315 - 4174006
Alignment:
Q  36 gaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatggaaacaatgatgataatttt 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  4174315 gaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgtgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgaaaacaatgatgatattttt 4174216  T
Q  136 agagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc------ttttcttttttgatgaattat 229  Q
     || |||| |||||||||||| ||||||| || | |||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||      |||| |||||| ||||| |||    
T  4174215 ggatttgaatgataagtttggcccaactgattttttgttgttcaactgttttgtggttgttgctgccagtttctctgttttttttttttttatgaaatat 4174116  T
Q  230 gtgtttgactgctgctgtcttgtatt----tgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgtcttttttggc 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  4174115 gtgtttgactgctgctgtcttgtatttggctggctttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctatttaccttgt-ttttttggc 4174017  T
Q  326 aatttactttt 336  Q
     |||| |||||    
T  4174016 tatttcctttt 4174006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 8750169 - 8750030
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  8750169 caactttatttgaaaagttgaatatgccaatgccttaaaactttgcttgtgtgacacctatgcaagatgaaccaaatgatatttgtgaaacctctaatgg 8750070  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttgg 156  Q
    |||||||| |||||| ||| || ||||||||| |||||||    
T  8750069 aaacaatgttgataactttggatttgattgatgagtttgg 8750030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 229 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 8749979 - 8749900
Alignment:
Q  229 tgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgttta 309  Q
    ||||||||| || || ||||||||||||  ||||||  ||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  8749979 tgtgtttgattgttgttgtcttgtatttt-ctttgtattggaatttccatttggttggagttatctttccaaacctcttta 8749900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 17 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 3053883 - 3053573
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3053883 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttagtgaagcctctaatgg 3053784  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc------tt 210  Q
    ||||||||||||||||||| || || | |||||||||||| | |||||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||      ||    
T  3053783 aaacaatgatgataattttggatttcaatgataagtttggcctaactggttttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctgccagtttcactttttt 3053684  T
Q  211 ttcttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttac 310  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  3053683 tttttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttggcttcgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttgcaaacctatttac 3053584  T
Q  311 cttgtcttttt 321  Q
    ||||| |||||    
T  3053583 cttgttttttt 3053573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 17 - 336
Target Start/End: Original strand, 13944273 - 13944596
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13944273 caactttctttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaactttgcatgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatga 13944372  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttc---ttttc 213  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || |||||||||| |||||||| |||||| ||||  |||||||   ||||     
T  13944373 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctgttgttcaactgttttgtggttgttgctaccagtttctcttttta 13944472  T
Q  214 ttt--tttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttacc 311  Q
    |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13944473 ttttattttatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttggctttgtcatgggagttacttttggttggagttatgtttccaaacatgtttacc 13944572  T
Q  312 ttgtcttttttggcaatttactttt 336  Q
    || | ||||||||| |||| |||||    
T  13944573 tt-ttttttttggctatttcctttt 13944596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 209 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 36253726 - 36253574
Alignment:
Q  209 ttttcttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgttt 308  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  36253726 tttttttttttgaagaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttggctttgtcatgggtgttccttttggtttgagttatgtttctgaacctgttt 36253627  T
Q  309 accttgtcttttttggcaatttactttttgagggcagttgttgtctcccctatc 362  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36253626 accttgt-ttttttggatatttactttttgagggcagttgttgtctcccttatc 36253574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 272 - 336
Target Start/End: Original strand, 5212689 - 5212753
Alignment:
Q  272 gttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttaccttgtcttttttggcaatttactttt 336  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  5212689 gttccttttggttggagttatgttaccaaacctgtttaccttgttttttttggctatttcctttt 5212753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 245 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 17213781 - 17213713
Alignment:
Q  245 tgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttacctt 313  Q
    ||||||||||||  ||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  17213781 tgtcttgtattttgctttgtcttggaatttccttttggttggagttatctttccaaacctctttacctt 17213713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 17 - 362
Target Start/End: Original strand, 24253639 - 24253969
Alignment:
Q  17 caactttatttgaaaagttgaatatgtcattgcctccaaactttgcttgtgcgacacctatgcaagatgaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24253639 caactttatttgaaaagttgaatatgccattgcctccaaaattttcttgtgcgacacttatgcaagataaaccaaatgatgttggtgaagcctctaatgg 24253738  T
Q  117 aaacaatgatgataattttagagttgattgataagtttggtccaactggttctctgttgttctactgttttatggttgctgctgtcagtttct---tttc 213  Q
    ||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||||| || ||||                  |||| ||||| ||||||||   |||     
T  24253739 aaacaatgatgataattttggatttgaatgataagtttggcccaactgattttctg------------------gttgttgctgccagtttctctgtttt 24253820  T
Q  214 ttttttgatgaattatgtgtttgactgctgctgtcttgtatttgactttgtcatgggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttacctt 313  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24253821 tttttttatgaattatgtgtttgactgctgctatcttgtatttggctttgtcaagggagttccttttggttggagttatgtttccaaacctgtttacctt 24253920  T
Q  314 gtcttttttggcaatttactttttgagggcagttgttgtctcccctatc 362  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24253921 ggtttttttggctatttactttttgagggcagttgttggctcccctatc 24253969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University