View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9708_high_2 (Length: 325)

Name: NF9708_high_2
Description: NF9708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9708_high_2
NF9708_high_2
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (19-320)||(12039872-12040173)
chr5 (20-320)||(11828952-11829252)
chr5 (19-311)||(11901149-11901429)
chr5 (19-320)||(11861083-11861378)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 278; Significance: 1e-155; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 19 - 320
Target Start/End: Original strand, 12039872 - 12040173
Alignment:
Q  19 agttggtgggaaactgagatatgggataatgatagaccatgtttcagttgcatttccaaactaaatgtccaatattgccccatgttagcttgcatgccac 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12039872 agttggtgggaaactgagatatgggataatgatagaccatctttcagttgcatttccaaactaaatgtccaatattgccccaagttagcttgcatgccac 12039971  T
Q  119 tatatcctaatcttgatgatgagctcgttctggtggagtcaaacgtaaggtcaatgagggatacaatgcattatgctgacagtaccgaatgcactgaaaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12039972 tatatcctaatcttgatgatgagctcgttctggtggagtcaaacgtaaggtcaatgagggatacaatgcattatgctgacagtaccgaaagcactgaaaa 12040071  T
Q  219 ttctaattcaaaaacacaacccttctccaaattgaagtccatggtaattgagcgtattgaccaatctccaccgaagagatggcttaaaaacttcatctca 318  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12040072 ttctaattcacaatcacaacccttctccaaattgaagtccatggtaattgagcgtattgaccaatctccaccgaagagatggcttaaaaacttcatttca 12040171  T
Q  319 ct 320  Q
    ||    
T  12040172 ct 12040173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Original strand, 11828952 - 11829252
Alignment:
Q  20 gttggtgggaaactgagatatgggataatgatagaccatgtttcagttgcatttccaaactaaatgtccaatattgccccatgttagcttgcatgccact 119  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| ||||||| || ||    |||||||||||||  ||    
T  11828952 gttggtgggaaaatgacatatgggacaatgatagaccatctttcagttgcatttcaaagctaaatatccaatactgtcctcaattagcttgcatgctgct 11829051  T
Q  120 atatcctaatcttgatgatgagctcgttctggtggagtcaaacgtaaggtcaatgagggatacaatgcattatgctgacagtaccgaatgcactgaaaat 219  Q
     |||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||      
T  11829052 ctatcccggtcttgatgatgagctcgttctggtggagtcgaacgtaagatcaatgagggatacaatgcattatgctgacagtactgaaagcactgaaaca 11829151  T
Q  220 tctaattcaaaaacacaacccttctccaaattgaagtccatggtaattgagcgtattgaccaatctccaccgaagagatggcttaaaaacttcatctcac 319  Q
    |||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  11829152 tctagttcacaatcacaacccttctcgaaattgaagtccatggtaattgagcgcattgaccaatctccaccagagagttggcttaaaaacttcatttcac 11829251  T
Q  320 t 320  Q
    |    
T  11829252 t 11829252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 19 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 11901429 - 11901149
Alignment:
Q  19 agttggtgggaaactgagatatgggataatgatagaccatgtttcagttgcatttccaaactaaatgtccaatattgccccatgttagcttgcatgccac 118  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||| || |  |||||||||||||| |    
T  11901429 agttggtgggaaaatgagatttggggtaatgatagaccatatttcagttgcatttcaaaactaaacatccaatgttgtcctaaattagcttgcatgcctc 11901330  T
Q  119 tatatcctaatcttgatgatgagctcgttctggtggagtcaaacgtaaggtcaatgagggatacaatgcattatgctgacagtaccgaatgcactgaaaa 218  Q
    ||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||  |||   |||   |     
T  11901329 tatatcctggtcttgatgatgagcttgttcttgtggagtcgaacgtaagatcaatgagggatacaatgcatcatgctgatggtagtgaa---act---ac 11901236  T
Q  219 ttctaattcaaaaacacaacccttctccaaattgaagtccatggtaattgagcgtattgaccaatctccaccgaagagatggcttaaaaactt 311  Q
    | |||| ||||      ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||| ||||||||||||||    
T  11901235 tactaagtcaa------aacccttttccaaattgaaatcaatggtaattgagcgtattgagcaaactccaccagagaggtggcttaaaaactt 11901149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 19 - 320
Target Start/End: Original strand, 11861083 - 11861378
Alignment:
Q  19 agttggtgggaaactgagatatgggataatgatagaccatgtttcagttgcatttccaaactaaatgtccaatattgccccatgttagcttgcatgccac 118  Q
    |||||||||||||  || ||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||||||||| ||   |||||||| ||||||||    
T  11861083 agttggtgggaaaaagacatacgggaaaatgatagaccatctttcagttgcatttcaaagctaaatatccaatattgtcctcagttagcttccatgccac 11861182  T
Q  119 tatatcctaatcttgatgatgagctcgttctggtggagtcaaacgtaaggtcaatgagggatacaatgcattatgctgacagtaccgaatgcactgaaaa 218  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||  ||||||| |||||||||| | || ||||    | | |||  ||   |||     
T  11861183 tatatcccggtcttgatgatgagctcgttgtggtggagtcgagcgtaatatcaatgaaggatacaatgaagtacgctg---ctcctgaaatca---aaac 11861276  T
Q  219 ttctaattcaaaaacacaacccttctccaaattgaagtccatggtaattgagcgtattgaccaatctccaccgaagagatggcttaaaaacttcatctca 318  Q
    |||||||||| ||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| |||    
T  11861277 ttctaattcacaattgaaacccttctccaaattgaagtccatggtagttgagcgcatcgaccattctccaccagaaagatggctcaaaaacttcatttca 11861376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University