View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9714_1 (Length: 670)

Name: NF9714_1
Description: NF9714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9714_1
NF9714_1
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (331-660)||(5161241-5161570)
chr4 (355-653)||(5215092-5215390)
chr4 (345-660)||(5196937-5197252)
chr4 (348-660)||(4855517-4855829)
chr4 (348-660)||(5183541-5183853)
chr4 (348-660)||(5174199-5174511)
chr4 (348-660)||(4841011-4841323)
chr4 (1-208)||(5160946-5161153)
chr4 (1-202)||(4855963-4856164)
chr4 (1-202)||(5214750-5214951)
chr4 (1-202)||(7143092-7143293)
chr4 (1-202)||(5183187-5183389)
chr4 (1-202)||(4841466-4841667)
chr4 (1-202)||(5173852-5174053)
chr4 (352-660)||(7143408-7143716)
chr4 (1-202)||(5196593-5196794)
chr4 (2-48)||(5203489-5203535)
chr4 (126-167)||(5203556-5203597)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 331 - 660
Target Start/End: Original strand, 5161241 - 5161570
Alignment:
Q  331 atggcgaactatacttggaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatg 430  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5161241 atggcgaactacacttggaagtggagttcagaacaaagcacaatgattacttttacaaaggtaaagtcctagagaaaatgactggattggatttatcatg 5161340  T
Q  431 caataagctaacaggtatcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaatt 530  Q
    ||| |||||||||||||  |||||||||||||||||  |||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  5161341 caacaagctaacaggtactatcccttctcaaattgggcacctgcaacaagttttagccttgaacctatcacataatcacttgtcgggtcctattccaatt 5161440  T
Q  531 actttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaa 630  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  5161441 acgttttcaaatcttaccgaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgagctaacccagttgacctttttatcaa 5161540  T
Q  631 cattcaatgtgtcatacaacaacctctctg 660  Q
    | ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  5161541 ccttcaacgtgtcatacaacaacctttctg 5161570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 355 - 653
Target Start/End: Original strand, 5215092 - 5215390
Alignment:
Q  355 agttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggtatcatccc 454  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  5215092 agttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtctcatccc 5215191  T
Q  455 ttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaata 554  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5215192 ttctcaaattggtcaccttcaacaagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaata 5215291  T
Q  555 gagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaac 653  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  5215292 gagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttatcaaccttcaatgtatcatacaacaac 5215390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 345 - 660
Target Start/End: Original strand, 5196937 - 5197252
Alignment:
Q  345 ttggaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacag 444  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5196937 ttggaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacag 5197036  T
Q  445 gtatcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatct 544  Q
    || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5197037 gtgtcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatct 5197136  T
Q  545 taccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtca 644  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5197137 tacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtca 5197236  T
Q  645 tacaacaacctctctg 660  Q
    ||||||||||| ||||    
T  5197237 tacaacaacctttctg 5197252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 348 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 4855829 - 4855517
Alignment:
Q  348 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 447  Q
    |||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  4855829 gaagtggagttcagaacaaagcactatgaatacttttacaagggtaaagttctagagaatatgactggattggatttatcatggaataacctaacaggtg 4855730  T
Q  448 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 547  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855729 tcatcccttctcaaattggtcaccttcaaccagttagagccttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttac 4855630  T
Q  548 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 647  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||  || ||||||||||||||||    
T  4855629 ccaaatagaaagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatattcaatgtgtcatac 4855530  T
Q  648 aacaacctctctg 660  Q
    |||||||| ||||    
T  4855529 aacaacctttctg 4855517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 348 - 660
Target Start/End: Original strand, 5183541 - 5183853
Alignment:
Q  348 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 447  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||| | | ||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5183541 gaagtgcagtttagaacaaagcactatgattacttttacaagggtatagttctaaagatcatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtg 5183640  T
Q  448 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 547  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5183641 tcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattaaagccttgaatctatcacataattacttgtctggtcctattccaataactttttcaaaacttac 5183740  T
Q  548 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 647  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| || ||||  ||  |||||||||||||||    
T  5183741 ccaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagattccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatcttcaatgtgtcatac 5183840  T
Q  648 aacaacctctctg 660  Q
    |||||||| ||||    
T  5183841 aacaacctttctg 5183853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 348 - 660
Target Start/End: Original strand, 5174199 - 5174511
Alignment:
Q  348 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 447  Q
    |||||| ||||||||||||||||  | || |||| |||||| |||| | | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5174199 gaagtggagttcagaacaaagcacaatgaatactcttacaagggtatagttctagagaatatgactggattggatttatcatgcaataagctaacaggtg 5174298  T
Q  448 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 547  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  5174299 tcatcccttctcaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtctggtcccattccaatcactttttcaaatcttac 5174398  T
Q  548 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 647  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5174399 ccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtggtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatac 5174498  T
Q  648 aacaacctctctg 660  Q
    |||||||| ||||    
T  5174499 aacaacctttctg 5174511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 348 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 4841323 - 4841011
Alignment:
Q  348 gaagtgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggta 447  Q
    |||||| |||| |||||||||||  | || ||||||||||| |||||| | |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||     
T  4841323 gaagtggagtttagaacaaagcacaatgaatacttttacaagggtaaagttctagagattatgactggattggatttatcatgcaataatttaacaggtg 4841224  T
Q  448 tcatcccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttac 547  Q
    | |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  4841223 ttatcccttcccaaattggagacctacaacaaattagagccttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttac 4841124  T
Q  548 caaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatac 647  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||    
T  4841123 ccaaatagagagtcttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttagaaatcttcaatgtgtcatac 4841024  T
Q  648 aacaacctctctg 660  Q
    |||||||||||||    
T  4841023 aacaacctctctg 4841011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 5160946 - 5161153
Alignment:
Q  1 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| |||| ||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||    
T  5160946 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaattggattgataatctctcagagttgcgtgttcttttactaggatggaataacttggaaggagatattcc 5161045  T
Q  101 aattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgga 200  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  5161046 aattcaattgtgtcgattaaaaaagatcaacatgatggacctatcgcggaacatgttcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgacatttggt 5161145  T
Q  201 ataggaca 208  Q
    ||||||||    
T  5161146 ataggaca 5161153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 4856164 - 4855963
Alignment:
Q  1 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || || | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4856164 gggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataacctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaacttggaaggagatattcc 4856065  T
Q  101 aattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgga 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  4856064 aattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttgga 4855965  T
Q  201 at 202  Q
    ||    
T  4855964 at 4855963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 5214750 - 5214951
Alignment:
Q  1 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || || | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5214750 gggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatattcc 5214849  T
Q  101 aattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgga 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  5214850 aattcaattgtgtcggttaaaaaagatagacataatggacctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttgga 5214949  T
Q  201 at 202  Q
    ||    
T  5214950 at 5214951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 7143092 - 7143293
Alignment:
Q  1 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattcc 100  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| || || | ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7143092 gggagaacaaactttcaagtaaaattcccaactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttattaggaaggaacaatttggaaggagatattcc 7143191  T
Q  101 aattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgga 200  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||  || ||||||||  | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  7143192 aattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacaaaatagacctatcagaaaacatgctcaatgcttcaataccaccttgcttccaaaatatgtcatttgga 7143291  T
Q  201 at 202  Q
    ||    
T  7143292 at 7143293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 5183187 - 5183389
Alignment:
Q  1 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattcc 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||| | |  ||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5183187 gggacaacaaattttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcagagttaagggtccttctattaggagggaacaattttgaaggagatattcc 5183286  T
Q  101 aattcaattgtgtcggt-taacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgg 199  Q
    ||||||||||||||  | ||| |||||||||||| |||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  5183287 aattcaattgtgtccttctaaaaaagatcaacataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttgg 5183386  T
Q  200 aat 202  Q
    |||    
T  5183387 aat 5183389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 4841667 - 4841466
Alignment:
Q  1 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattcc 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||| | | |||| || | |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4841667 gggagaacaaactttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctcagagttaagggttcttctattaggagggaacaattttgaaggagaaattcc 4841568  T
Q  101 aattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgga 200  Q
    ||||||||||||||   ||| ||| |||| ||| |||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4841567 aattcaattgtgtcatctaaaaaatatcaccataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatatgtcatttgga 4841468  T
Q  201 at 202  Q
    ||    
T  4841467 at 4841466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 5173852 - 5174053
Alignment:
Q  1 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattcc 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||  | | ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  5173852 gggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctcagagttgagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattcc 5173951  T
Q  101 aattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgga 200  Q
    ||||||||| ||| |||| | ||||||| |||| ||||| ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  5173952 aattcaattttgttggttcaaaaagatcgacataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcctccaaaatatgtcatttgga 5174051  T
Q  201 at 202  Q
    ||    
T  5174052 at 5174053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 352 - 660
Target Start/End: Original strand, 7143408 - 7143716
Alignment:
Q  352 tgcagttcagaacaaagcattacgattacttttacaaaggtaaaatcctagagaacatgacaggattggatttatcatgcaataagctaacaggtatcat 451  Q
    ||||||| ||||||||| | || || ||||||||| | | ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||  |  ||||    
T  7143408 tgcagtttagaacaaagaactatgagtacttttacgacgctaaaatcctagagatgatgactggattggatttatcatgcaatatcgtaactagagtcat 7143507  T
Q  452 cccttctcaaattggaaaccttcaacaaattagagccttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaa 551  Q
     |||||| || ||||| || | ||| |   | ||| |||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||    
T  7143508 accttctgaacttggagacatgcaaaaccatcgagtcttgaatctataacataatcacttgtcaggtcctattccaatcactttttccaatcttacccaa 7143607  T
Q  552 atagagagccttgacttatcatacaataacttgagtggtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaaca 651  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||| || ||| | ||||||  || |||| |||| ||   |  ||||||||||| |||||||    
T  7143608 atagagagtcttgacttatcatagagtaacttgaatggtaaggtagcttctcaactaagtcacttgacctttatagatatcttcaatgtgtcttacaaca 7143707  T
Q  652 acctctctg 660  Q
    |||| ||||    
T  7143708 acctttctg 7143716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 5196593 - 5196794
Alignment:
Q  1 gggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttttagagttacgtgctcttttacttggagggaacaatttggaaggagatattcc 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||  | | ||| ||| | |  |||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  5196593 gggagaacaaattttcaggaaaaattcccaactggatggataagttctcagaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattcc 5196692  T
Q  101 aattcaattgtgtcggttaacaaagatcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgtcatttgga 200  Q
    ||| || ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||| |  |||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||| ||| |||||||    
T  5196693 aatgcagttgtgtcggttaaaaaagatcaacataatggacttatcacgaaacatgctcaatgcttccataccatcttgctttcgaaatatgttatttgga 5196792  T
Q  201 at 202  Q
    ||    
T  5196793 at 5196794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 48
Target Start/End: Original strand, 5203489 - 5203535
Alignment:
Q  2 ggagaacaaattttcaggtaaaattcccaaatggatggacaatcttt 48  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  5203489 ggagaacaaattttcaggtaacattcccaactggatggataatcttt 5203535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 167
Target Start/End: Original strand, 5203556 - 5203597
Alignment:
Q  126 atcaacatgatggacctatcgcagaacatgctcagtgcttca 167  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  5203556 atcaacatgatggacctatcacggaacatgctcaatgcttca 5203597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University