View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF9714_3 (Length: 514)

Name: NF9714_3
Description: NF9714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF9714_3
NF9714_3
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-489)||(5215226-5215714)
chr4 (1-489)||(5197081-5197569)
chr4 (1-487)||(4840696-4841182)
chr4 (1-489)||(5174340-5174828)
chr4 (1-492)||(5183682-5184173)
chr4 (1-453)||(5161399-5161853)
chr4 (1-487)||(4855204-4855688)
chr4 (1-196)||(7143545-7143740)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 489
Target Start/End: Original strand, 5215226 - 5215714
Alignment:
Q  1 ttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215226 ttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 5215325  T
Q  101 gtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgc 200  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  5215326 gtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttatcaaccttcaatgtatcatacaacaacttttctggaacaccacctagtacaggacagtttgg 5215425  T
Q  201 aacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatcc 300  Q
    |  |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  5215426 aggttttgatgaggacagttacagaggtaatcccggtctttgtggaccactcctctatcaaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatcacaatcc 5215525  T
Q  301 aatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgt 400  Q
    ||||||||||||||||||||| |    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5215526 aatgacaatggagaaaaggaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataacagtgt 5215625  T
Q  401 tgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattga 489  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||||||| ||||||    
T  5215626 tgtgcgtcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtaaaatttttccaacgtttccattgtattga 5215714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 489
Target Start/End: Original strand, 5197081 - 5197569
Alignment:
Q  1 ttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5197081 ttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtg 5197180  T
Q  101 gtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgc 200  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  5197181 gtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtataggccagtttgc 5197280  T
Q  201 aacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatcc 300  Q
    ||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| || |||||||||| ||||||    
T  5197281 aaactttgatgaggataactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcagtcgaaagtgtgaacgtgtcgagcctccaccatcatcccaatcc 5197380  T
Q  301 aatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgt 400  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||   ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5197381 aatgacaatgaagaagaggaaactggtgtggacatgataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatactattggccttcataacagtgt 5197480  T
Q  401 tgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattga 489  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  5197481 tgtgcatcaatccacgttggcgcatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattctttccaacttttccattgtattga 5197569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4841182 - 4840696
Alignment:
Q  1 ttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4841182 ttgaatctatcacataatcacttgtcaggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaataacttgagtg 4841083  T
Q  101 gtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgc 200  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4841082 gtaagataccaaatgaactaacccagttgaactttttagaaatcttcaatgtgtcatacaacaacctctctggaacaccacctagtacaggacaatttgg 4840983  T
Q  201 aacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatcc 300  Q
    |   |||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||    
T  4840982 aggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcctcaatcgaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatcacaatcc 4840883  T
Q  301 aatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgt 400  Q
    |||||| | |||||||||||| |    ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4840882 aatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttagccttcataacagtgt 4840783  T
Q  401 tgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttatt 487  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  4840782 tgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtatt 4840696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 489
Target Start/End: Original strand, 5174340 - 5174828
Alignment:
Q  1 ttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 100  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  5174340 ttgaatctatcacataatcacttgtctggtcccattccaatcactttttcaaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatacaatgacttgagtg 5174439  T
Q  101 gtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgc 200  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5174440 gtaagatacccaatgaactaacccagctaaactttttgtcaaccttcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgg 5174539  T
Q  201 aacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatcc 300  Q
    |   |||| |||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||| || ||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||    
T  5174540 aggctttgttgaggaaaactacataggtaatcctggtctttgtggaccattcgtcaatcgaaagtgtgaacatgtcgagtcttcagcatcatcacaatcc 5174639  T
Q  301 aatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgt 400  Q
    |||||| | |||||||||||| |    ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  5174640 aatgacgacggagaaaaggaaaccatggtggacatgataactttttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccctcataacagttt 5174739  T
Q  401 tgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattga 489  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  5174740 tgtgcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattatatcagtaagtttatgcgtagattttttccaacttttccattgtattga 5174828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 292; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 492
Target Start/End: Original strand, 5183682 - 5184173
Alignment:
Q  1 ttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 100  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5183682 ttgaatctatcacataattacttgtctggtcctattccaataactttttcaaaacttacccaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 5183781  T
Q  101 gtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgc 200  Q
    ||||||| ||||||||||||| | |||||| || ||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  5183782 gtaagattccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatcttcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagcacaagacaatttgc 5183881  T
Q  201 aacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatcc 300  Q
    ||  ||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  5183882 aaactttgatgagtacaactacagaggtaatcccggtctttgcggacaactcctaaatcaaaagtgtgaacgtgtcgagtcttcaccttcatcacaatcc 5183981  T
Q  301 aatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgt 400  Q
    |||||||||||||||||| || |    ||||| | ||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||| | |||||||||||||| ||||    
T  5183982 aatgacaatggagaaaagcaaaccatggtggacatgataacattttattggagtttcataacatcttatattacaatactattggccttcataactgtgt 5184081  T
Q  401 tgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttattgatga 492  Q
    || |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||    
T  5184082 tgggcatcaatccacgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattctttccatcttttccattatattgatga 5184173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 453
Target Start/End: Original strand, 5161399 - 5161853
Alignment:
Q  1 ttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5161399 ttgaacctatcacataatcacttgtcgggtcctattccaattacgttttcaaatcttaccgaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 5161498  T
Q  101 gtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgc 200  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5161499 gtaagataccttatgagctaacccagttgacctttttatcaaccttcaacgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacagtttgc 5161598  T
Q  201 aacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatcc 300  Q
    ||| || | |||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | || ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  5161599 aaccttcgttgaggacagctacagaggtaatcccggtctttgtggatcactcctcgaccgaaagtgtgaaggtgtcaagtcttcaccatcatcacaatcc 5161698  T
Q  301 aatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattgga-gtttc-acagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagt 398  Q
    |||||||||| |||| ||||| |    ||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5161699 aatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattggaggtttctacagcatcttacataacaatattgttggccttcgtaacagt 5161798  T
Q  399 gttgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagttt 453  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5161799 gttgtgtatcaatgctcgttggcgtatggcttggttttattacattagtaagttt 5161853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 4855688 - 4855204
Alignment:
Q  1 ttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4855688 ttgaacctatcacataatcacttgtctggtcctattccaattactttttcaaatcttacccaaatagaaagccttgacttatcatacaataacttgagtg 4855589  T
Q  101 gtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaatttgc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4855588 gtaagataccttatgaactaaccaagttgacctctttagaaatattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacagtttgc 4855489  T
Q  201 aacttttgatgaggaaaactacagaggtaatcccagtctttgtggaccactcctcaatcggaagtgtgaacgtgacgagtcttcaccatcatcacaatcc 300  Q
    ||| ||   |||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||    
T  4855488 aaccttcattgaggacagctacagaggtaatcccgatctttgtggaccactcctcgaccgaaagtgtgaaggtgccaagtcttcaccatcatcacaatcc 4855389  T
Q  301 aatgacaatggagaaaaggaatcttccgtggataagataacattttattggagtttcacagcatcttacataacaatattgttggccttcataacagtgt 400  Q
    |||||||||| |||| ||||| |    ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || |||||||||||||||    
T  4855388 aatgacaatgaagaagaggaaacaaatgtggacatgataacattttattggagtttcacaccatcttacataacaatactactgaccttcataacagtgt 4855289  T
Q  401 tgtgcatcaatgcatgttggcgtatggcctggttttattacatcagtaagtttatgcgtagattttttccaaattttccattttatt 487  Q
      ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |  |||  |||||||||| ||||||||| ||||    
T  4855288 --tgcatcaatccacgttggcgtttggcctggttttattacattagtaagtttgtaggtatcttttttccaacttttccattgtatt 4855204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 7143545 - 7143740
Alignment:
Q  1 ttgaacctatcacataattacttgtcaggtcctattccaattactttttcaaatcttaccaaaatagagagccttgacttatcatacaataacttgagtg 100  Q
    ||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||    
T  7143545 ttgaatctataacataatcacttgtcaggtcctattccaatcactttttccaatcttacccaaatagagagtcttgacttatcatagagtaacttgaatg 7143644  T
Q  101 gtaagataccttatgaactaatccagttgaactttttatcaacattcaatgtgtcatacaacaacctttctggaacaccacctagtacaggacaat 196  Q
    ||||| || ||| | ||||||  || |||| |||| ||   |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7143645 gtaaggtagcttctcaactaagtcacttgacctttatagatatcttcaatgtgtcttacaacaacctttctggaacaccacctagtataggacaat 7143740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University